傳統意義上的商幫有三個特徵，一是來自同一地理區域，二是在某一領域形成相對壟斷的勢力，三是信奉同一、獨特的經商信條。在明代之前，並沒有典型意義上的商幫出現，而因「開中制」而發達的山西商人則清晰地呈現出上述的三個特徵。首先，他們主要來自晉北和晉南地區，其次，他們因鹽引政策的特殊性，而形成了壟斷的勢力，當時由政府劃定的產鹽地區主要有五個——當時稱為綱，分別是蒲州之綱、宣大之綱、澤潞之綱、平陽之綱和浙直之綱，前四綱均地處山西而被當地商人控制。第三，晉商在文化上形成了一種認同性，他們奉三國時期蜀國大將、山西運城人關羽為神，講求「義、信、利」，以仁義和誠信為經商之準則，明清兩代，關帝廟遍佈天下，與晉商的崛起和不遺餘力的推廣大有干係。
晉商獨享鹽業之利長達120年之久，成為明代中葉之前實力最強的商人集團，到了1492年（弘治五年），他們終於遭遇到一支新興的南方商人集團的嚴重挑戰。
這一年，淮安籍的戶部尚書葉淇實行鹽政變法，他提出新的「折色制」，從而一改「開中制」所形成的利益格局。按照新的制度，商人不用再到北部邊疆納糧以換取鹽引，而是可以在內地就到鹽運司納糧換取鹽引，這就是所謂的以「納銀運司」代替「中鹽納粟供邊」。
「折色制」與「開中制」相比，不同之處貌似僅在於納糧的地點不同，然而，正因為這一點卻造成了利益上的重新分配－－自洪武之後，南方的淮河、浙江地區的鹽場產量日漸增加，淮鹽每年的鹽引總量達到57萬道（每引400斤），佔全國發行總鹽引數量的二分之一，在「開中制」時期，晉商從北方的邊關得到大量倉鈔票，然後南下換為淮浙鹽引，從而控制了鹽業銷售。改行「折色制」後，鹽商不再需要向北方運糧，晉商的地理優勢便全然喪失。
也就是說，在葉淇和「折色制」的背後，站著一群虎視眈眈的南方商人，他們主要來自徽州地區。
徽州——又稱新安，地處現今安徽省的南部，北依黃山，南靠天目山，這裡地狹田少，民眾自古就有離鄉背井的經商之風，《徽州府志》記載曰，「徽地瘠人稠，往往遠賈以逐利，僑居各大都邑。」在明代中前期，徽商主要經營徽墨、生漆、林木和茶葉生意等四個產業，棉紡織業興起後，徽商在這一產業中也非常活躍，據考證，在盛產棉布的嘉定縣南翔鎮和羅店鎮，來往最多的商人就是徽州人。「徽商」一詞，最早出現在明代的成化年間，記載的就是在松江一帶從事布業的徽州商人。不過，這些生意都無法與暴利的鹽業相比，「葉淇變法」事實上正是南方商人對北方晉商的一次致命的挑戰。
「折色制」推行之後，天下鹽商便自動地分成了「邊商」和「內商」兩類，後者漸漸控制了主動權。從此，太原、大同黯然失色，鄰近兩淮鹽場的一些市鎮起而代之，首當其衝的正是葉淇的家鄉淮安，《淮安府志》載：「淮安城北為淮北綱鹽屯集地，任鹽商者皆徽州、揚州高資巨戶，役使千夫，商販輻湊。」而地理條件更為卓越的揚州更是一飛昇天，成為新的交易中心和名符其實的「鹽商之都」，大批晉商不得不舉家南遷，落戶於揚州，其中著名的有太原賈家、代州楊家、臨汾亢家、大同薛家等等。與此同時，徽商則轟然崛起，從此與晉商並肩，雄飛於中國商界。
晉、徽爭雄，勢必造成慘烈的博弈，為了劃分彼此的利益，並防止新的競爭者進入，政府又「適時」地推出了「綱鹽政策」，即把鹽商分為十個綱，按綱編造綱冊，登記商人姓名，並發給各個鹽商作為「窩本」，冊上無名沒有「窩本」者，不得從事鹽業貿易。
「折色」加上「綱鹽」，就構成了官商一體的、結合了特許與准入特徵的承包經營制度，這是明人一大發明，它對後世的影響非常深遠，到了清代，在外貿領域發展出了「行商模式」，而一直到1970年代之後的中國，仍在被廣泛採用。在企業史的意義上，承包制是一種最顯著的「中國特色」，它是國營經濟體制的一個衍生型制度，它力圖在不改變國家控制重要資源的前提下，激發民間的生產積極性，從實施的效果看，它確乎部分地達到了這一初衷，而最終，它徹底敗壞了市場的公平性和法治化，並為官商經濟提供了肥沃的土壤和無窮的尋租空間，這一制度的剛性化實際上成為阻礙一國經濟走向真正意義上的市場經濟的最後障礙。
葉淇的「折色制」讓晉商頗不情願地切出了「半壁江山」，不過他們很快又在另外一個領域中形成了壟斷的優勢。
1570年（隆慶四年），與明朝長期對峙的蒙古政權發生了內訌，蒙古俺答汗的孫子把那漢吉率部棄蒙投明，邊關之患為之一鬆。當時，在北京的朝堂發生了一場激烈的政策爭論，大多數朝臣主張殺死把那漢吉，利用蒙古內部的矛盾發動決定性的攻擊，從此征服蒙古。而少數官員則建議用和平的辦法解決，晉商集團的實際領袖、當時正擔任宣大總督一職的王崇古向朝廷提出了「封俺答、定朝貢、通互市」的「朝貢八議」，建議開放邊關貿易。他的動議受到了首輔張居正、他的外甥、時任內閣大臣張四維等人的極力鼎助。
這是明朝國際政策的一個重大轉折點，同時又是山西商人基於新的政治局勢下的一次商業佈局。
在張居正、張四維以及晉商人士的朝野推動下，王崇古的「朝貢八議」獲得准許，明政府封俺答為順義王，並宣佈開放北方的邊市，在其後的六年裡，在長城沿線的張家口到大同一帶共開設13處貿易市場，此外在遼東開放與女真人交易的東馬市，在西域開設與西番人交易的西茶市，拉開了大規模的邊疆貿易的序幕。也是從此之後，歷時三百餘年的漢蒙對抗徹底平息，其和平相處一直維持到二十世紀初期的清朝末年，清末思想家魏源曾評價說，王崇古的和議政策「為我朝（指清朝）開二百年之太平。」
而在十五處邊貿市場中，擁有地理、資本和官府背景三大優勢的晉商無疑又成了最大的受益者。據《明史》記載，在開放邊市的前十二年，僅馬匹交易就增長了七倍之多，晉商相繼滲透進入糧食業、棉布業、茶業、顏料業、煙草業及藥材乾果等行業，成為最重要和最活躍的邊貿經營者，他們在鹽業中失去的利益又從邊貿中奪了回來。
在明代經濟史的研究中，一直有人在爭議，晉商與徽商到底誰更富有。
一種被普遍接受的觀點是：在最具暴利性的鹽業，徽商後來居上，所以在揚州的商人群體中，以徽商最富、山西和陝西商人次之——「以新安最，關西、山右次之」。而就全國財富而言，則仍然以晉商最有實力。
明代學者謝肇淛就說：「就富豪而言，南方以徽商最富，北方則是晉商。徽商靠販鹽為主業，有累積白銀超過百萬兩的，至於擁有二、三十萬兩的僅是中等富豪。晉商則從事販鹽、絲綢、遠途貿易及糧食倉儲等多項產業，其財富之巨更大於徽商。」
明代進入中期之後，也就是十六世紀以降，日漸由一個倡導儉樸、以農為本的社會轉而崇尚經商、奢靡放縱。
此時的明帝國，是一個看上去沒有任何危機的國度：北方的蒙古之患終於告解，外患似乎已全部排除，而在南方，「片木不得下海」的政策讓帝國與外部世界從此隔海相望。在國境之內，男耕女織的社會理想正在變成現實，士人、商人各得其所，一切都歌舞昇平。到了嘉靖（1522年－1566年）之後，朱元璋建國時所規定的「庶民廬舍，不過三間五架」早已不被遵循，徽州商人「盛宮室、美衣服、侈飲食、擁趙女」，奢靡得一塌糊塗，人們追求世俗財富的熱情遠遠高於之前的任何朝代。顧炎武在《天下郡國利病書》中說，商賈之利可三倍於農事，所以從商者趨之如騖。明人何良俊曾統計說，現在放棄務農而從事商業的人比之前多了三倍，天下百姓之中，十分之六、七都不再務農。
受到這種社會風氣的影響，知識階層對財富的理解也發生了悄然而重大的變化，值得記敘的事實有兩個，一是對傳統的國用專營制度的反思，二是對「農本商末」思想的修正，前者以丘浚的思想最為先進，後者則以王陽明和顧憲成的言論為標誌。
在明代學者中，出現了一些對國有經濟體系有過認真和理性思考的人，丘浚(1420－－1495年)是最傑出的一位。
他是明代中葉的理學名臣，弘治年間官至太子太保、戶部尚書、武英殿大學士，主管過一國財政。與宋代的司馬光、蘇軾等人相比，丘浚也反對國家過多干預經濟，不過他從體制的角度思考得更為深刻。在傳世的《大學衍義補》一書中，丘浚有幾段非常精彩的論述，他寫道：
自從桑弘羊變法開始，國有專營體制的弊端就存在了，而後世的人在才幹上無法與桑弘羊相比，所以執行起來怎麼可能有成效呢？一般而言，老百姓從事自由買賣，商品的優劣、價格的高低，都可以通過公平、透明的交易來取捨，到了政府與老百姓做買賣，東西要好的，價格卻又是定死的，再加上執行者參雜私心，而要能夠公平順暢，實在是太難了。執政者還不如不要做這些的事情為好。
進而，丘浚明確反對官府經商，他說，經營商業活動，是商人們的事情，作為政府，只需要制訂便利人民的法律，讓民眾自由貿易，何必要官辦什麼企業呢？
中國的經典儒家一直以「抑商」為基本的治國理念，特別是對富商大賈，從來主張堅決打壓。丘浚則認為，富家巨室，是平民的生計所仰賴的，是國家藏富於民的一個標誌。因此，他提出了「安富」的思想，「那種把富人的錢財奪走、均分給貧窮人的治國之策，是沒有什麼道理的。」
有人認為官營商業可以使「商賈無所牟利」，而所到的利益就歸之於國家了，丘浚也反對這種觀點，他反駁說，「如果商人沒有辦法獲得利潤，而由至高無上的皇帝來獲取商人之利，這樣可以嗎？政府經營商業，就是以君王的身份去做商人的事情，這是極其丟臉的。」
從上述言論，我們可以從中看出丘浚反對政府干預市場的堅決態度，與司馬光、蘇軾等人相比，丘浚的思想更接近商人階層的立場，前者看到了王安石變法之弊，不過仍然陷在經典儒家的善惡道德評判中，沒有進行制度性的思考，丘浚則不然，他明確地將政府職能與工商規律進行了分辨。