韋氏冷眼旁觀，看清形勢後，便勸李顯盡量親近討好太平公主，以增強自己的實力和資本。太平公主本來就是李顯的親妹妹，這對李顯來說倒還不算困難。
在極力討好太平公主的同時，韋氏還主動與武氏兄弟結成姻親，她將長女永泰公主嫁給武承嗣的兒子魏王武延基，幼女安樂公主嫁給武三思的兒子武崇訓。如此一來，就同武氏兄弟成為了一家人。
但不久又發生了一件令李顯和韋氏悲痛的事。李顯與韋氏所生的兒子邵王李重潤風神俊朗，孝友好書，與妹夫武延基性情相投，引為知己。兩個年青人經常在一起議論朝政，很看不起張易之、張昌宗兄弟以男色侍奉武則天，在外趁機招權納賄的行為，說到激憤之時，還說總有一天要殺死這兩個人。結果，這些話被張氏兄弟知道了。其實，李重潤和武延基任何一方，都代表著不可小覷的勢力，如果張氏兄弟會做人，應該主動去與其結盟，這樣才能為將來武則天死後留下保命的資本。但這兩個面首毫無政治頭腦，恐慌之下，便向武則天告狀，誣陷李重潤與武延基想謀反。武則天也不問青紅皂白，下令將李重潤、武延基以及永泰公主杖死。李顯、韋氏親眼看著一對兒女被活活打死，卻不敢求一句情，內心的痛苦和恐懼可想而知。武承嗣因兒子慘死，不久抑鬱病死。一樣醉心於權力的韋氏，雖然恨武則天入骨，但內心深處卻相當佩服婆婆的手段和才幹。她經常想：「武則天能做的事，我為什麼不能做呢？」她相信自己的聰明才智，當然，她更希望像婆婆那樣，有朝一日能成為君臨天下的女皇。
韋皇后效仿武則天
到了公元705年正月，武則天的病情加重，而這時在身邊常陪侍她的是男寵張易之、張昌宗兄弟倆。就是宰相們和太子也很難見到武則天。宰相們害怕武則天一旦病逝，張易之兄弟藉機作亂。於是，宰相張柬之聯合其他大臣和京城的將軍，領兵五百前去請太子、即原來的中宗李顯即位。李顯害怕得要命，不敢去，最後是屬下將他抱到了馬鞍上。
政變因為謀劃得好，又有軍隊支持，取得了全勝。張易之兄弟被殺，然後，張柬之對武則天說張易之兄弟要謀反，已經被誅殺，請求她讓位給中宗李顯。年邁的武則天只好同意了。她讓出了皇宮，自己搬到皇城西南的上陽宮養病。李顯再次即位後，給母親上了尊號「則天大聖皇帝」。
二月初四日，中宗正式恢復了大唐的國號，武則天建立達十五年的「周」王朝到此結束。旗的顏色也從大紅色改回到唐朝原來的黃色。將長安重新定為首都，洛陽去掉了「神都」的名號，還是陪都。
武則天的行為、至高無上的權勢讓韋皇后這個兒媳婦羨慕不已，她也常想著有一天也像武則天那樣做個高高在上的女皇帝。長時間的軟禁式生活養成了她堅毅的性格，加上對中宗的有效的控制，這都是她的優勢。所以，等中宗再次即位後，權力便很自然地就轉入了韋皇后的手中。多年的苦媳婦熬成了婆，韋氏終於登上了皇后之位。韋氏先是學武則天的樣子，中宗上朝時，她就坐在帝座斜後方的帳幕中垂簾聽政。中宗一向對她敬愛有加，當然言聽計從。大臣桓彥范上書反對，奏道：「伏見陛下每臨朝聽政，皇后必施帷幔，坐於殿上，參聞政事。愚臣歷選列辟，詳求往代，帝王有與婦人謀及政事者，無不破國亡家，傾朝繼路。以陰乾陽，違天也；以婦凌夫，違人也。違天不祥，違人不義。《書》稱『牝雞之晨，惟家之索』。《易》曰『無攸遂，在中饋』。言婦人不得干政也。伏願陛下覽古人之言，以蒼生為念，不宜令皇后往正殿干外朝，專在中宮，聿修陰教，則坤儀式敘，鼎命惟新矣。」（《大唐新語?卷二》）意思是說，自古以來，凡是有讓女人參與政事的帝王，無不破國亡家。中宗感念韋氏患難情意，對韋氏言聽計從，當然不肯聽從桓彥范的勸諫。桓彥范後被武三思害死。
武則天死後，形勢急轉直下，武三思失勢。但他極有心計，通過上官婉兒搭上了韋後。韋後為了自己的利益，竭力向中宗建議重用武三思。於是，中宗下詔，拜武三思為司空，同中書門下三品，成為名副其實的宰相。這對張柬之等擁立中宗的定鼎功臣不啻是個重大打擊。張柬之等人秘密求見中宗，勸中宗不要養虎為患，應時時想到恢復李氏江山來之不易。這話不但沒有說動中宗，反而惹動中宗的怒意，認為張柬之自恃擁戴有功，有要挾之意。張柬之從此失寵。事實上，中宗也不可能聽從張柬之的勸諫，違背韋後的意思。在長期的幽禁生活中，他與韋氏患難與共，相濡以沫，感情相當深厚，甚至許下「幸復見天日，當惟卿所欲」的諾言。現在他重新坐上天子龍椅，擁有了天子的權威，怎麼能不對妻子施報呢？
在韋皇后的安排下，韋氏家族的人進入了中央的政府機構，堂兄韋溫是禮部尚書，其他的人也有的做了將軍。為了鞏固地位，韋皇后還和武三思勾搭成奸，武三思最後成了控制政權的實際上的天子。
武三思為了確保中宗和韋皇后的信任，和他們極為信任的秘書上官婉兒勾搭在了一起，促使後宮淫亂之風再起。後來，上官婉兒得到同意，在外邊修建了自己的私宅，和大臣們上朝一樣，早上去侍奉皇后，晚上回自己府上。這個惡例開了以後，在當時竟成了一種風氣。中宗對武三思毫不介意，和韋皇后一同聽政回到後宮後，便看著武三思和韋皇后在床上下棋，自己在一邊觀看，沒有了君臣之禮，中宗的可憐地位可見一斑。
中宗時期，公主們像得到解放一樣，活動和權勢都超過了皇子們，這也是武則天示範作用的結果。她們利用中宗的信任，紛紛賣官鬻爵，竟相建造豪華宅第，還像男子擁有眾多妻妾一樣，廣納男寵淫亂。
公元706年（神龍二年）十月，洛陽流言四起，說「當今皇后與武三思有通姦行為」，中宗因謠言不息，覺得有失顏面，決定遷回西京長安。這一年秋，中宗立第三子李重俊為太子。韋氏因李重俊不是自己親生，勸阻過中宗，但中宗在這件事上沒有聽從韋氏的意見。
武三思的兒媳、中宗和韋後最寵愛的女兒安樂公主李裹兒驕橫，而且她有著同母親一樣的性格——爭強好勝，野心勃勃。她竟然異想天開地想做「皇太女」，這樣將來就能繼承皇位做女皇帝。她常常說：「連侍妾出身的阿武尚能做皇帝，我是公主，為什麼不能當皇太女？」
然而，中宗雖歷來對女兒百依百順，卻唯獨不肯答應她這個離奇的要求，還是堅持立李重俊為太子。中宗是好丈夫，好父親，但他卻有他最後的尺度，他再溺愛妻子和女兒，卻不敢在違背禮法和祖制的路上走得太遠。
不過，形勢卻因安樂公主而起了意想不到的變化。安樂公主對庶出的哥哥李重俊很看不起，她和丈夫武崇訓經常辱罵太子，背後都稱其為「奴」。李重俊聽說安樂公主與武崇訓背後罵他小子或是「奴兒」時，怒火中燒，決心也像當年他的祖宗李世民發動玄武門之變一樣，誅滅武三思，逼中宗退位。他經過仔細分析，覺得滿朝文武中唯有遼陽郡王李多祚（即斬殺武則天內寵張昌宗、張易之的那位）忠誠爽直，值得信賴，便去向李多祚尋求幫助。李多祚為皇室宗族，對武三思的擅權也很憤慨，此時見太子流淚向他傾心訴說，很受感動，決定幫助太子起事。李多祚還聯絡了部將李思沖、李承況、獨狐之等人協助太子。
公元707年（神龍三年）七月某一天的半夜，太子李重俊和李多祚、李思沖等人假稱奉皇帝緊急詔令，率羽林軍300多人襲擊武三思的府第。武三思此時正擁著侍妾飲酒作樂，兒子武崇訓也陪坐一旁，安樂公主進宮去還沒有回來。羽林軍一擁而入，見一個殺一個，把武三思父子牽到太子李重俊馬前。太子李重俊罵了幾聲，拔出佩劍刺死二人，又下令殺盡武三思全家。隨即命左金吾大將軍成王李千里及其兒子天水王李禧分兵把守各處宮門，自己同李多祚一起殺入肅章門，直奔中宗、韋後的寢殿。
中宗與韋後、上官婉兒以及安樂公主等人夜宴方罷，忽見右羽林大將軍劉景仁飛奔前來報告，說太子李重俊謀反，已帶兵殺入肅章宮。中宗嚇得渾身發抖，韋後大罵：「我早說過你這兒子不是個東西，不聽我的話，死路一條！」還是上官婉兒鎮靜，她說：「玄武門堅固可守，請皇上皇后立即登上玄武門樓，一來可暫避殺身之禍，二來可宣佈緊急詔命，徵調兵馬討逆。」
中宗、韋後便跟著上官婉兒慌慌張張來到玄武門，上了門樓。中宗和韋後都沒了主意，上官婉兒老謀深算，便以中宗的名義令劉景仁立即率領在玄武門值夜的一隊飛騎百餘人，嚴密守在門樓下，抵禦叛兵。這時，李多祚已經領兵來到玄武門，見中宗在門樓上，又有飛騎守衛，不敢貿然行動。
此次事變中，李多祚為人耿直，不敢輕易對中宗無禮，導致目的不堅定明確，當斷不斷，已經注定了將要失敗的結局。
中宗在門樓上斥責李多祚說：「朕待你不薄，為何助太子謀反？」李多祚回答說：「武三思淫亂宮闈，臣等奉太子令，已將武三思父子正法，太子與臣等並無謀反之意，只是請求陛下准許肅清宮闈之亂，臣立即退兵，再向陛下請罪。」一聽武三思父子已被殺，韋後、上官婉兒以及安樂公主都大哭起來（野史記載說韋後、上官婉兒都與武三思長期有染）。李多祚又高呼：「上官婕妤勾引武三思入宮，是第一等罪犯，請陛下速速將她交出來！」中宗還沒有答話，上官婉兒已是淚水滿面，跪在中宗腳下，說道：「臣妾並無這等事，請陛下明察。臣妾死不足惜，只恐叛賊們先是索要臣妾，再索要皇后，最後索要陛下。」中宗一時沒有了主意。上官婉兒上前指點了幾句，中宗這才向城下大聲宣道：「叛軍們聽著，你們原是朕的親信宿衛，為何跟從李多祚謀反？若能立時反正，殺死多祚，朕不但不計前罪，還另加封賞，保證你們的榮華富貴！」
羽林軍本來以為太子和李多祚是奉詔令起事的，現聽到中宗的親口宣告，方知自己跟著李多祚成了叛逆。各人都有老小家口，未免動心，大家一時沉默。當時，宦官宮闈令楊思勖主動請求出戰，先斬殺了李多祚女婿羽林中郎將野呼利，羽林軍隨即一齊擁向李多祚，將他亂刀砍死。李思沖、李承況等將領也被殺死在亂軍中。楊思勖從此以宦官身份為將，以嗜殺善戰出名。
太子李重俊帶領幾十名侍從突圍而出，逃向終南山。兵部尚書宗楚客調動兵馬，迅速平息了這場叛亂。太子李重俊在終南山樹林中休息時，被手下士兵刺死，割下首級獻給了朝廷。中宗聞報後，毫不痛惜，反將兒子的首級獻入太廟，並奠祭武三思和武崇訓的靈柩，甚至還把兒子的首級掛在朝堂示眾。對於中宗的這種做法，大臣們既氣憤又寒心，但誰也不敢多說什麼。李隆基後來的崛起，在很大程度上是受益於堂兄李重俊的失敗。
官職卑微的永和縣丞寧嘉勖路過長安，見到被懸掛示眾的太子李重俊首級，立即脫下自己的衣服，包住首級，傷心得號啕大哭。他哭的不是素昧平生的太子，而是痛心大唐骨肉相殘的血腥，傷感動盪不安的局勢。此事被武三思的門人宗楚客知道後，立即要求中宗把寧嘉勖流放到嶺南。寧嘉勖後在嶺南病死。睿宗即位後，追念他「忠義而重名節」。
被親人毒殺的可憐皇帝
太子李重俊死後，安樂公主想當皇太女的願望越發強烈了。她恃寵驕恣，開府置官，「皆出屠販，納貲售官」，「侯王柄臣多出其門」。甚至偽造詔敕，掩住文字，讓中宗「署可」。