因此，奧古斯丁拒絕所有將世界看做是人心靈的產物的哲學，他也拒絕所有試圖通過人的沉思冥想而獲得真理的做法。在他看來，不是認識製造了可認識的東西，而是存在一個現實，它獨立於我們的思想之外。它就是上帝的秩序和現實。於是，關於上帝的本質，奧古斯丁發展出一種獨特的三位一體的學說。他摒棄了歐利根和阿里安教派所認為的那種聖子低於聖父的三位一體說，而認為，「神聖實體」存在於聖父、聖子和聖靈三者之內；而且在其中的每一個那裡都是完整地存在。為了說明這個令人費解的教義，奧古斯丁用人的靈魂與它作類比：人的靈魂是由存在、生命和認識構成的（他也曾說過是由存在、知識和生命構成的）一個統一的整體，它實際上就是神秘的神的三位一體的一個象徵，而且這已不僅僅是一個比喻，因為人就是按照上帝的模型造出來的。
創世與時間性
「我們以及我們的時日和時間都從上帝的手掌穿過。」應該指出的是，他的這一思想與現代物理學中的相對論觀點是何其相似。奧古斯丁的天才思想是圍繞時間問題展開的。他堅持基督教的觀念，認為上帝按照自己的意志從虛無中創造了世界。由此，在被造物的虛無和神聖存在之間便產生了一個鴻溝，在他那裡最鮮明的表達就是，一方面是上帝的永恆性；另一方面是被造物的純粹時間性。「主啊！你是永恆的，但是我卻從半路跳入時間之中，我不知道時間是如何相互銜接的。我的思想，我的內心生活在紛亂中變得支離破碎，直到最後皈依到你的懷中才得安寧。」奧古斯丁對時間的考察實際上是一種心理分析，在哲學史上（除印度哲學外），他對時間意識和時間經驗所做的考察是前無古人的。他發現，時間與我們的意識是分不開的。對時間來說，究竟什麼是確實的呢？他經過仔細觀察發現，只有當前，也就是直接的現在才是確實的。過去只存在於我們的記憶裡，而未來則只存在於我們的期待中。過去和未來都不是確實的。這就是我們人類意識的局限性，它只能在先後連續的現象形式中把握存在物。在上帝的眼裡，倏忽即逝的時間永遠都是現在。
奧古斯丁關於時間的另外一個觀點也值得我們特別關注，他認為，時間只能存在於世界的變化中；上帝不可能是在某個特定的時間創造了世界，毋寧說，時間和世界是同時誕生的。「我們完全有理由把時間和永恆區別開來，因為如果沒有變化和變易，時間就不會存在，而在永恆中則不存在變化。顯而易見，若沒有生成和造物，那麼時間根本就不會存在……毫無疑問，世界不是在時間之內被創造的，而是與時間一起被創造的。因為在時間之內發生的事情，它總是在某個時間之前或之後發生的，所謂之後是指這段時間已經過去，所謂之前是指這段時間即將到來。在世界存在之前不可能有時間存在，因為若沒有處於運動和變化狀態的造物，時間就無所依托。毋寧說，時間和世界是共生共存的。」
我們看到，為了以神學的形式表達某個思想，奧古斯丁可謂搜腸刮肚地尋找恰當的語言，而在今天的自然科學中人們通常是用數學的形式表達它的。但是，如果我們不去考慮這兩種表達方式的區別，我們會發現，奧古斯丁的思想與現代宇宙起源學的理論是基本一致的。
意志自由與預定論
英國僧侶裴拉糾斯代表著一種觀點，他認為人生而自由，並且也沒有原罪；人可以以基督為榜樣並遵從基督的教導，從而自己獲得最大幸福。人的意志自由是每一種哲學和每一種宗教最難解決的問題之一，在奧古斯丁的時代，圍繞這個問題人們也展開了激烈的爭論。裴拉糾斯在東方教會中擁有大量追隨者。但是反對他的人也有一大批，奧古斯丁就是其中之一，他不久也參與到那場激烈的辯論之中，並提出了他的影響深遠的理論，即預定論一切都是上帝預先規定了的。
在「辨神論」問題上，奧古斯丁的立場是搖擺不定的。根據他的理論，亞當是第一個生而自由和沒有原罪的人，本來他有機會遵從上帝的意志並能獲得永生。由於亞當受到撒旦的誘惑，並犯了罪，由於他犯了罪，所有的人也都背負上了原罪。因而人就不再是自由的了，他本性有罪，他將在死亡中走向毀滅。但是仁慈的上帝會來拯救他，不過上帝不會拯救所有的人！上帝會有所選擇，那些未被選擇的人將被上帝拋棄。上帝的選擇是按照他自己「智慧的和神秘的意志」作出的，完全是依據上帝自己的意願，這就是說，若從人的角度看，上帝的選擇就是專斷的。根據上帝永恆的意旨，一部分人會獲得拯救升入天國，另一部分人則永遠被罰入地獄，這是上帝預先規定好了的。雖然這種學說是合乎邏輯的，但它卻令人費解。我們應考慮到人與生俱來的不同，印度人和柏拉圖都曾試圖把它解釋為，靈魂在一種前世因緣中就已經選擇了自己的命運。但是這與人的那種根深蒂固的情感是相違背的，因為我們每個人都想做自己命運的主人。
這種宿命論過於粗暴，因為它讓我們中的一部分人陷入絕望的孤立無援的恐懼之中，而且它也與教會的意志和利益相違背，於是教會就對奧古斯丁的學說作了修改，他們在純粹的裴拉糾斯主義和嚴格的預定論之間採取了一種折中的立場，認為全知全能的上帝不是預先就決定人的命運，而是能夠預知人的最終結局。由於奧古斯丁的預定論把一切都解釋為是上帝的意志所為，這樣他就很難解釋世界上為什麼會產生惡。如果一切都是上帝的意志決定的，那麼世界上根本就不存在惡才是合乎邏輯的。於是，奧古斯丁在他著作的某些地方解釋說，惡之所以存在，是因為善的暫時缺席，這就像黑暗的存在是因為光明的暫時缺席一樣。從另一方面說，奧古斯丁是經過了激烈的內心衝突之後才皈依基督教的，在此之前，他的生活是混亂的，被激情和感官慾望所驅使，而且他還曾經長時間地信奉摩尼教，認為亙古以來就存在一個相互對立的善與惡的王國，加之世間惡的勢力又是如此之猖獗，這樣一來他要麼斷然否定善的存在，要麼就把惡的存在解釋為善的暫時缺席。
歷史與上帝之城
奧古斯丁完全可以被看做是真正的教會之父。在《上帝之城》中，奧古斯丁把自創世至今的整個人類歷史以及人類歷史的終結描繪成是上帝的意志和神聖計劃，這是一個獨一無二的、不斷演進的歷史進程。用歌德的話說，世界歷史的真正主題就是有信仰與無信仰之間的鬥爭，這實際上也是奧古斯丁的基本觀點。對於歷史來說，上帝的人格化，上帝通過上帝之子而顯身，這是一個重要的事件，它為最後的審判拉開了序幕，一部分人將得救，得救的人構成「上帝之城」，另一部分人將被罰入地獄，他們構成「塵世之城」，它最終將被上帝毀滅。「母教會」還不是上帝之城。因為在其中還有正義和非正義，不過它是上帝之城的一個不完善的摹本，並為上帝之城的完善作準備，它是上帝之城賴以產生的土壤。在這樣一幅歷史畫卷中，教會的地位是至高無上的，它是基督徒的聯盟，所有按照上帝的意志將要得救的人都將聚集於其中，教會以外的人不可能得救。
6奧古斯丁之外的教父哲學家
在500年左右，日耳曼人征服了西羅馬帝國，他們的部族也佔領了意大利、加利安、西班牙和北非，這樣，羅馬的大部分土地都落入了日耳曼人之手。東羅馬帝國這時基本上與西羅馬帝國是分開的，但是除了日耳曼人的威脅，它還面臨著波斯人、保加利亞人、塞爾維亞人以及阿拉伯人入侵的威脅。從奧古斯丁的時代至教父哲學結束這一段時期，歐洲的政治歷史充滿著野蠻人之間的爭鬥，最終導致羅馬帝國的滅亡。
我們今天所擁有的全部古典拉丁語文獻幾乎都是由於寺院在這數世紀裡的藏書才得以保存下來的。在這個混亂的時代，教會的勢力則得到了進一步的加強，在教皇強有力政策的影響下，教會的外在形式得到了鞏固，而教會的內在形式則通過寺院制度的進一步完善而得到充實。自從努西亞的貝奈狄克特於529年在卡西諾山上建立了修道院之後，寺院制度便迅速地傳遍整個基督教世界，特別是在英國和愛爾蘭。
一個偽托狄奧尼修斯·阿里奧帕基塔的人於500年發表的著作在哲學史上具有更大的意義。這位佚名作者選用的這個名字是基督生活時代一個皈依基督教人的名字，這個人叫狄奧尼修斯，是雅典的阿里奧帕格（AreopagAreopag，這是一個古老的參議會，它以雅典城郊的一座山而命名。）的成員。他之所以如此，目的是想給他的著作賦予一種神秘色彩，以引起人們的注意，他的這種偽托是極其成功的，幾個世紀之後人們才辨明了它的真偽。他的最重要的著作有《論神聖名稱》、《論天國等級》、《論教會等級》。這些著作之所以在哲學史上引起人們的興趣，是因為人們能夠從中看出，新柏拉圖主義思想又滲透進了基督教，而這時，即截至奧古斯丁時代，在教父的積極努力下，教會的地位已經得到了鞏固，它的內部也達成了統一。作者把神學作了劃分，一種是積極的肯定的神學，一種是消極的否定的神學。肯定的神學以上帝為動力因，由萬物的形式推導出上帝的屬性。否定的神學以上帝為目的因，由萬物的可見的象徵意義上升到神學的目的，它通過一條神秘的道路達到與上帝的融合。其中，具有強烈新柏拉圖主義色彩的否定神學佔有優先權。
整個教父時期的哲學都受到古希臘哲學的影響，並帶有柏拉圖哲學的特徵，或更確切地說，是帶有新柏拉圖主義的特徵。亞里士多德哲學的時代在此之後才到來。
早期教父哲學思想家中值得一提的還有尼薩的格利高裡以及來自米蘭的著名的安布洛斯，奧古斯丁曾經聽過他的布道。此外還有馬西亞諾·卡佩拉、卡西奧多以及本書第二部分的末尾提到的波依修斯，雖然他們並沒有多少獨創的思想，但是他們對於保存和傳播古代遺留下的思想作出了重要的貢獻。塞維利亞的伊西多爾、聖彼得和阿爾昆（AlcuinAlcuin，約生活於800年，他是卡爾大帝的老師。）是以前面三位思想家的著作為基礎的，他們的工作為中世紀後期豐富的知識奠定了基礎。大馬士革的約翰也佔有同等重要的地位。
隨著教父哲學時代的結束，即將到來的經院哲學也為自己準備好了概念上的工具，特別是通過奧古斯丁，教會不容置疑的地位得到了進一步的鞏固。其中主要的因素是：三位一體的思想，即三個同等級神聖人物的神秘統一的思想；創世的上帝和救世的上帝統一的思想——與諾斯替派不同；造物主和被造物之間存在鴻溝的思想——與新柏拉圖主義截然對立；原罪的思想；把人類得救的過程看做是一個獨一無二的現實的歷史進程的思想——與各種各樣的神秘主義截然對立；最後，教會成為人間神聖真理的唯一護衛者。