在這個方向上的一個關鍵性步驟是由克萊門斯和歐利根做出的，他們是公元2世紀和公元3世紀在亞歷山大裡亞盛行的講授基督教教義的學校教師。他們不僅建立了作為科學的基督教神學，而且還對科學的等級作了劃分，其中，神學處於最高地位。歐利根說：「如果那些智者們說幾何學、音樂、語法學、修辭學和天文學是哲學的婢女，那麼我們也可以說，哲學是神學的婢女。」他要求神學家們要精心研讀古代哲學著作並仔細地傾聽其中的話語。在自己的學說中，歐利根將基督教思想與新柏拉圖主義緊密地融合到了一起，這對基督教教會來說已經走得太遠了。在他的主要著作《論基本原理》中，他將上帝與上帝之子的關係比作太陽與光之間的關係，光發自太陽又離不開太陽。上帝之子介於上帝和人之間，他是溝通人與上帝之間的橋樑。
在中世紀早期的一部偉大的思想作品中，即希洛尼姆的拉丁文《聖經》譯本，在日益覺醒的基督教文學創作中，古典神話和《聖經》傳說融合在了一起。
古典文化的形式對基督教作家的影響要大於其內容，希洛尼姆稱讚西塞羅是修辭學之王，是拉丁語言的啟示者。正是由於他們的修辭學重視古典文化的形式甚於其內容，對於後來的文化發展既產生了積極的影響，也產生了消極的影響。一方面的結果是，除宗教作品之外，還產生了一批世俗的文藝作品，或者說，在宗教文化之外還形成了一種世俗的文化，他們以維吉爾、霍拉茲和西塞羅等人為榜樣，西方世界的精神生活因此而大大豐富起來；另一方面的結果是，希臘的科學遺產在中世紀被忽視了。
3基督教的內部危機
[1]諾斯替派
基督教內部在最初的幾個世紀裡也形成了許多思想運動，在這些思想運動中，傳佈最廣且對基督教構成最大威脅的就是諾斯替派，這個教派是思想史上最為變化多端和最難以把握的現象之一。
這些運動對基督教的統一和繼續存在構成了威脅，一方面，他們試圖從基督教本身的思想中尋找源泉；另一方面，他們也試圖把基督教的和非基督教的因素融合到一起。
諾斯替派的來源及其主要代表人物
早期基督教信仰中有來自古代東方的宗教觀念，主要是來自波斯、敘利亞和猶太地區；其中有來自波塞東尼的哲學思想，他是一位廣博的思想家和歷史學家；此外還有來自柏拉圖和新柏拉圖主義、畢達哥拉斯和新畢達哥拉斯主義以及斯多葛派的思想。在諾斯替派的思想中，基督教信仰與各種不同來源的思想成分混合在了一起——在此期間，基督教信仰還未形成一個完整的理論大廈，因此它還有一定的開放性。
我們應該說明一下，在基督教創立之初，在主張應該保持猶太割禮和摩西律法的所謂猶太基督徒與力主摒棄這些習俗和律法的異教基督徒之間，彼此的對立始終佔據著主要地位。根據它們所吸收的各種外來成分的多少，也形成了各不相同的諾斯替派。以吸收猶太教思想為主的教派被稱為猶太化諾斯替派，其主要代表人物是巴西裡德和瓦倫丁諾。與它並駕齊驅的是另一個喜好異教思想的基督教化諾斯替派，其主要代表人物是西諾普的馬西揚。他建立了一個自己的教派，這個教派長期與主要教派並存。這些諾斯替教派被基督教會斥責為異端邪說，它們遭到了最為尖銳的批判，除此之外，前面提到的教父克萊門斯和歐利根從寬泛的意義上說也屬於諾斯替思想流派。
諾斯替派的基本思想和特點
我們在這裡不想對各個不同的諾斯替派別進行詳細的討論，而是列舉出它們的三種共同觀點，這三個觀點對他們都有代表性，這樣我們對這個宗教運動的特徵就會有個大致的印象。
辨神論諾斯替派思想家思考的中心問題就是所謂的辨神論問題，也就是為上帝的存在作辯護並說明世界上惡的起源與意義。這個問題實際上也是每一種宗教的基本問題。在基督教中，這個問題之所以特別重要，一方面是因為創世主的觀念是他們從猶太教那裡吸收來的；另一方面是因為他們把這個世界看做是充滿不幸和罪惡的地方，只有通過基督，我們才能獲得拯救。人們會問，完善的上帝為什麼會創造一個充滿罪惡的世界呢？而我們卻又需要上帝的拯救才能擺脫不幸。
伊壁鳩魯派也曾經以類似的形式提出過這個問題，後來這個問題也讓萊布尼茨費了不少腦筋。當里斯本發生大地震時，6歲的歌德也曾經問過，上帝為何會聽任這樣的災難發生，如他在《詩與真》的開頭所描寫的那樣。
諾斯替派解決這個問題的方法是，他們把創世的上帝和救世的上帝區別開來，但是這樣就有了兩個上帝：一個是至善的世界拯救者；另一個是偶爾懷有敵意的創世者，後者臣服於前者。馬西揚把《舊約》中作為創世者的上帝與《新約》中的作為拯救者的上帝區別開來。
以認識為目的的諾斯替派的上帝觀念也造成了他們關於人在世界上的位置及其拯救的特殊觀念。人身上的罪惡看來並非他自己的過錯，個人的靈魂只是一個戰場，在那裡，善與惡的原則會無休止地鬥爭下去。個人的靈魂會因此而喪失掉某些特殊的尊嚴。但是問題的關鍵並不在於，人要經過一番鬥爭而重獲新生，擺脫掉「舊的亞當」而成為一個改過自新的人；問題的關鍵在於，人要在自身之內觀察和認識這世界充滿了善與惡的鬥爭。因此，在諾斯替派那裡，認識逐漸上升到一種信仰的高度，這個教派的名稱便是由此而來，而且它也成為這整個思想運動的名稱。諾斯替派信徒甚至也可以引用使徒保羅的話：「聖靈無所不知，它甚至知道上帝的深奧的秘密。」
作為神秘教的諾斯替派上帝的道成肉身以及在聖禮中神與人的合一，這是基督教教義中的大秘密，而且在基督教的歷史上也滲入了越來越多的神秘主義思想。神秘教（MystikMystik，這個詞來源於希臘語的myein，意思是閉上眼睛。）既否定感覺世界，也否定理智的邏輯，它所關注的是一種無法用言語表達的、無意識的、心醉神迷或狂喜的人與神的神秘交感。諾斯替派所理解的對上帝的認識也不是一種理性的認識，而是一種神秘主義的認識。
與其他神秘教形式一樣，諾斯替派也以充滿幻想的神話形象來表達自己的思想。幾乎所有的神秘主義思想流派都有某些共同點，如普羅提諾提出的神的逐級「流溢」的觀念，如神與人之間存在中介物的思想，如一切存在物向神的原始本原永恆復歸的思想。
[2]摩尼教派
由於摩尼教派斷然拒絕猶太教而將異教的思想與基督教的思想結合到一起，摩尼教派也被視為諾斯替派的異教流派。它由波斯人摩尼創立的，他於215年出生在波斯王室中，他在印度生活了很長時間，後來他作為一個新教派的創立者返回到自己的故鄉。273年，他被釘死在十字架上。據摩尼遺留下來的微不足道的著作殘簡以及後來的一些記載得知，他從波斯宗教那裡吸收了一些觀念，認為亙古以來就有兩個並存的世界，一個是光明的世界，它由神聖的光明之父主宰；另一個是黑暗的世界，它由黑暗之父及其惡魔主宰。在他看來，耶穌就是從光明世界下凡世間的人類拯救者。
其倫理學要求嚴格的禁慾主義，類似佛教的苦行主義。其信徒又區分為兩類，一類是被選出來的「知者」，他們要嚴格地遵守那些戒律不吃肉，不性交，不從事下等的手工勞動。；一類是純粹的「聽者」或崇拜者，對這些人的要求就沒有那麼嚴格了。
與基督教教義的根本區別在於，摩尼教摒棄《舊約》，主張兩個世界的二元學說，而且它關於人類獲得拯救的思想也與基督教不同，在它們看來，拯救是可以靠自己來實現的。摩尼教主要在東方和北非傳播，形成了一個獨立的宗教派別，它時而也對基督教構成威脅，為此基督教極力抵制它。摩尼教派的勢力一直保持到中世紀。
[3]阿里烏斯和阿塔納修斯
阿里烏斯的基本思想至今仍然沒有完全消失。他是亞歷山大裡亞的一位學識淵博的長老，他承襲了歐利根的思想，並且把他的論點發展到了一個極端，認為聖子與聖父在本性上是不同的，聖子從屬於聖父，他是上帝與人之間的中介。基督教世界在第一個世紀裡充滿了眾多的信仰之爭，他們爭論的首要問題就是基督的本性以及他與聖父的關係。阿塔納修斯起初是主教的一名機要秘書，阿里烏斯被免職以後，他成了阿里烏斯的繼任者，自己當上了亞歷山大裡亞的主教。他死於373年。他反對阿里烏斯的觀點，認為聖子亙古以來就與其父親本性一致。
在康斯坦丁皇帝於325年召集的尼西亞公會上，這兩種觀點展開了激烈的辯論。在這場辯論中，阿塔納修斯最終獲勝。聖父與聖子的本性一致被確立為一種宗教教義。阿塔納修斯的勝利只是暫時的，東部教會仍然一如既往地傾向於阿里安教派。日耳曼人幾乎也都是阿里安教派信徒。阿塔納修斯仍然繼續為維護自己的觀點而鬥爭，他曾經多次遭到驅逐，後來又被召回。他死後，教會於325年在君士坦丁堡舉行了宗教會議，在這次會議上，聖父、聖子和聖靈的本性一致被確定為一種牢固的教會原則，於是，三位一體的教義最終就確立了下來。公元6世紀，日耳曼人才放棄阿里安教派而改信天主教。
4教會統一性的鞏固
為維護教會的統一性，教父們作出了不懈的努力，其中取得最大成就者就是伊裡奈烏斯。他來自小亞細亞，後來成為加利安的主教。諾斯替派是他的主要攻擊對象，這也是他的著作《偽知識駁議》的主要內容。他對諾斯替派信徒提出批評，是因為他們妄自尊大地以為人能夠通過「靜觀」而認識上帝。在他看來，上帝是不可認識的，對於上帝我們所知甚少，而且這很少的一點認識也只有通過「天啟」才能獲得。上帝通過良心的聲音向異教徒顯靈，通過律法和預言向猶太人顯靈，通過基督向基督徒顯靈，基督的思想表明了一種純粹聖徒的傳統。諾斯替派將造物主和救世主區分開來，這是對上帝的褻瀆，因而應該堅決予以駁斥。就如同他為了維護基督教思想的純潔性而努力一樣，他也全身心地致力於保持教會的一致性和羅馬的統治地位，「整個教會，也就是世界各地的全部教民，必須聚集到一起，因為他們的根源是共同的，教會必須保持一致，這是因為在傳佈各地的教區中，來源於使徒的優秀傳統必須保持下去。」