病情不斷加重，光緒帝在死前很清楚。歷史檔案《病原》是根據光緒本人親口講述其病史、病狀的原始記錄，這份檔案提到，光緒帝自幼體弱多病，且長期遺精。光緒臨死前的一年，自己說：「遺精已經將近二十年，前幾年每月遺精十幾次，近幾年每月兩三次，冬天較為嚴重。」可見，光緒體質一直不好。1908年，即光緒死前的一年間，他常常感到胸悶，且渾身無力。病情不見好，也讓光緒帝的情緒越來越壞，《病原》常常有光緒大罵御醫的記載。例如光緒三十四年（1908年）五月，光緒斥責御醫們：「服藥總覺無效，且一症未平，一症又起。」七月十七日，他責備御醫，「服藥非但無功，而且轉增，實系藥與病兩不相合，所以誤事！」又說：「屢服湯藥，寸效全無」；「名醫伎倆，僅止如此，實在可歎！」這類斥責太醫的話在《病原》中屢屢出現，也反映了光緒帝絕望的心情。在光緒看來，御醫似乎都是庸醫，但還不至於達到不治的地步，但是到了1908年下半年，其病情不斷加重了。
《脈案》是御醫在為皇帝治病的過程中，留下專門的診治檔案。這些檔案，很詳細地記載了是哪位御醫、在什麼時候給皇帝看的病，皇帝的病情怎樣，最後給皇帝開了什麼藥等等，以備將來查考。《脈案》記錄說，十月中旬（農曆，即1908年11月初），光緒的病情進入危急階段。十月十七日，周景濤、呂用賓、杜鍾駿等為光緒診脈，光緒皇帝已是極度虛弱，元氣大傷，處於病危狀態。正如杜鍾駿私下所說：「此病不出四日，必有危險。」到了十九日，光緒「胸悶氣短，咳嗽不斷，大便不通，清氣不升，濁氣不降，全身疲倦乏力」。二十日則「眼皮微睜，流著口水的嘴角在輕輕顫抖」，當天便「肢體發冷，牙關緊閉，進入昏迷狀態」。到了二十一日的中午，「脈搏似有似無，眼睛直視，張嘴捯氣兒」。拖到傍晚，終於六脈斷絕與世長辭。
因此，持被害說的人便認為，光緒確實一直體弱多病，就在病重的時候，在慈禧死前的一天被加害。
2003年，央視紀錄片編導鍾裡滿偶爾得知，1980年清西陵文物管理處曾對光緒及隆裕皇后的棺槨進行清理並重新封閉，兩人的頭髮被移至棺槨外面，保管在清西陵庫房裡。於是他開始了長達5年的邊測試研究，邊拍電視紀錄片的過程。
清西陵文物管理處、中國原子能研究院反應堆工程研究設計所、北京市公安局法醫鑒定中心，先後提取了光緒皇帝的長26厘米、65厘米的兩小縷頭髮，清洗後晾乾，剪成1厘米長的截段，逐一編號、稱重和封裝，然後用核分析方法逐段檢測光緒頭髮中的元素含量。
結果顯示，光緒頭髮中含有高濃度的元素砷，且各截段含量差異很大，第一縷頭髮的砷高峰值出現在第十段，第二縷頭髮的砷高峰值出現在第二十六段和第四十五段。而同時對比測試的頭髮砷含量，當代人為0杄14—0杄59微克/克，與光緒埋在一起的隆裕皇后的頭髮砷含量為9杄20微克/克，清末一個草料官的乾屍頭髮的砷含量為18杄2微克/克。
後來，他們又按照規範的法醫檢驗要求和方法，提取了光緒遺骨及衣物樣品測試，結果肩胛骨、脊椎骨和每件衣物的胃區部位、繫帶和領肩部位的含砷量很高；內層衣物的含砷量大大高於外層。再對光緒棺槨內、墓內物品和陵區水土等進行對比實驗，結果表明光緒頭髮上的高濃度砷物質並非來自環境污染。最後他們得出結論：光緒頭髮上的高含量砷並非為慢性中毒自然代謝產生，而是來自於外部沾染；大量的砷化合物曾存留於光緒屍體的胃腹部，屍體腐敗過程進行再分佈，侵蝕了遺骨、頭髮和衣物。而砷化合物也就是劇毒的砒霜。經過科學測算，光緒攝入體內的砒霜總量明顯大於致死量。
光緒中毒的症狀與清末檔案、光緒醫案、光緒臨終前參與診治的御醫親筆回憶錄、軍機大臣和起居注官的日記等資料描述得很相似。眾說紛紜的光緒死因疑案，終於讓這個百年未解的疑案有了科學的結論——光緒死於砒霜中毒。但究竟是誰對光緒下了毒呢？這還有待史學家們的進一步研究了。
石達開到底是不是叛徒？
關於石達開被俘的問題，史學界一直存在一種說法，即石達開是個叛徒，在受降時「受騙中計」，被清軍活捉。意思是石達開在大渡河被清軍團團圍住後，進退維谷，在不得已的情況下接受了清將楊應剛等人的議和條件，結果石達開一到清營即被俘。這種說法也是有依據的，來源於《越西廳全志》。
而筆者認為，這種說法不足信。天京事變之後的1863年，頗受洪秀全猜疑的石達開負氣出走。同年5月14日，石達開率領部下約4萬大軍，經冕寧小路，進抵紫打地，準備越過大渡河直取成都，並準備以成都為根據地奪取天下。但當其到達大渡河之後，才發現此地地勢險要，且周圍暗藏殺機，到處是敵對勢力：東面是馬鞍山及土司嶺承恩、越西營參將楊應剛的兵勇；西面為松林河和土司王應元等的武裝；北面是總兵唐友耕等的部隊；南面的山徑險路有游擊隊王松林的士兵堵守。四面受敵的石達開知道此處不是久留之地，因此從5月17日起，就曾多次組織渡河戰鬥，無奈敵勢強大，均遭失利。沒多久，石達開糧草斷絕，部眾只得「摘桑葉，掘草根，殺羸馬為食」。清軍乘機攻陷了石達開駐守的紫打地，石達開連忙率殘部大約1萬人向東突圍，結果剛到老鴉漩，便「復為夷兵所阻，輜重盡失，進退無路」。此時「入夜昏黑，饑甚，覓食無所得，有相殺噬人肉者，達開莫能禁」。在內外交困之際，心灰意冷的石達開深覺前途無望，內心開始猶豫起來，而其手下的大部分部將也軍心渙散。由此可見，當石達開傷亡慘重時，是「頗有降心」的。
在石達開進退維谷之時，包圍石達開部的清軍也乘勢展開了誘降工作。清軍統帥周歧源鑒於石達開部「進退戰守俱窮，頗有降心」，急忙和部下楊應剛、王松林等人商討「密計」。於是，楊應剛、王松林在周歧源的授意下，相繼赴石營遊說。楊應剛「先貽書約誓，待以不死」，但將信將疑的石達開「未之信」，其部下甚至「懼欲傷應剛」。面對重重疑慮，楊應剛和王松林唱了一出雙簧，「指天誓日」，力圖消除石達開等人的疑慮。當時，擺在石達開面前的有三條路可走：其一，「血戰出險」；其二，「縱死西江定不降」；其三，「真心投誠，或可僥倖免死」。如果走第一條路，石達開「罷兵讓路」的話，他能夠率部安全轉移嗎？相信清軍的最高統帥周歧源不會「放虎歸山」。
既然第一條路走不通，如果石達開「解甲歸田」，倒是有可能的。石達開被圍的時候，四川總督駱秉章就曾遣楊應剛勸石達開解甲歸田。他傳書給石達開說，「大渡河天險，決無法飛渡，今既已被圍，請解兵柄，來共商善後」。事實上，「解甲歸田」只不過是「投誠免死」較為文雅的說法而已。
面對眼前的困勢，「達開當此欲進不得，欲退無所，……將自刎，會一將自梁橋馳陟高阜，急呼王應元各軍停攻：『吾已奉令俯准石達開降免矣。』應元視之，乃參將楊應剛也。達開聞訊，不得已率其子定忠及各官佐釋兵表降」。石達開在萬般無奈的情況下，只得接受清軍的議和要求，親赴敵營。關於這一點，駱秉章在《生擒逆首偽翼王石達開等並剿滅發逆巨股析》中也說：「當經楊應剛等以該逆無路逃生，於洗馬姑豎立『投誠免死』大旗，石逆裹攜其一子及偽宰輔曾仕和……等並餘黨至洗馬姑乞降。」
其時，駱秉章為四川總督，他直接參與了鎮壓石達開的行動，是個知情人，其所記是比較真實的。此外，《越西廳全志》以及其他私人記載的有關史料，雖然細節有些出入，但卻有個共同點，即敵人「誘降」，石達開「釋兵表降」。當石達開「不得已輕騎前往，楊乃設伏於涼橋，遂致被擒」。
綜上所述，可以看出所謂的「受騙中計」之說是不符合歷史真相的，與其說「受騙中計」，還不如說「乞降被俘」更為恰當。
有人總覺得石達開作為太平天國的開國元勳，經歷大小戰事無數，視死如歸，怎會向清軍乞降呢？事實上，歷史上這類自相矛盾的現象很多。在歷代農民起義中，很多將領能夠在不斷勝利的戰果中，馳騁疆場，同敵人殊死搏鬥，卻經受不起失敗的考驗，在軍隊潰散，身陷重圍時，喪師辱志便接踵而來。石達開之所以「低首乞降」，源於他自身的小農思想。
天京事變之後，被洪秀全盯梢的石達開極為憤怒，1857年公然率部出走，企圖「獨樹一幟」。但他的失誤在於，為了避開敵軍主力湘軍，放棄了江西根據地，導致一開始便陷入無後方流動性作戰的困境中；與此同時，在政治上，他還更改了太平天國的典章制度，「其動靜行為，多滋物議」。這也導致石達開在轉戰廣西時，其部眾紛紛「萬里回朝，出江扶主」，使得石達開眾叛親離，心灰意冷。此時，石達開有了「隱居山林」的想法，但由於清軍「到處懸賞嚴拿，無地藏身」，迫不得已，只好召集數萬之眾打出廣西，挺進兩湖，企圖入川。石達開在被圍困時，曾寫下了著名詩句：「垂翅無依鳥倦飛，烏江渡口夕陽微。窮途縱有英雄淚，空問西風幾度揮。」由此可見，此時的石達開已經深感前途渺茫。
1863年，石達開在大渡河被圍困後，給四川總督駱秉章寫了一封信，表明自己本想「矢堅貞以報國」、「待平定而歸林」，但「事拂人謀」，理想終於化成了泡影。前者「功竟難成」，後者「願終莫遂」。自悔說：「轉覺馳驅天下，徒然勞及軍民，且歎戰鬥場中，每致殃連雞犬。帶甲經年，人無寧歲，運籌終日，心少閒時。天邪人邪？勞終無益。時乎運乎？窮竟不通。」此時心灰意冷的他便產生了「戰則亡，但若『真心投誠，或可僥倖免死』，有可能得到清政府『推恩以待，布德而綏』」的想法。於是石達開「低首乞降」自在情理之中。
石達開在傾向妥協之後，一面致書四川總督駱秉章乞降，並接待清方代表「與議降事」；一面又表示贊成部屬的意見，勝則前進，不勝則一起赴死。石達開在被擒的前一天晚上還贊同部屬的意見：「妖來背水一戰，幸而勝則圖前進，不勝則主臣赴彼清流，斷不受斧鉞辱。」
既然已經同敵人接洽投降，又有什麼「寧死不降」可言？其實，此時此刻，石達開所謂的「寧死不降」，只不過是為了蒙騙部屬，掩護投降談判而已。
為了證明石達開沒有「低首乞降」，很多研究者用石達開被俘後的表現來否定他的乞降行為。其中重要的一篇文章是清軍劉蓉的《復曾沅浦中丞書》，裡面記載石達開「供自金田發難之後，一切悖逆情狀歷歷如繪。其梟桀堅強之氣溢於顏面，而詞氣不亢不卑，不作搖尾乞憐之語。自言南面稱王十餘年，所屠戮官民以千萬計。今天亡我，我復何惜一死！臨刑之際，神色恰然，實丑類之最悍者」。如果說石達開「低首乞降」，那麼他為何在被殺時還會視死如歸呢？
其實不然，首先，石達開「低首乞降」是被迫的。自從在大渡河畔陷入絕境後，萬般無奈，石達開只好「釋兵表降」，也就是說石達開的乞降是被迫的。因此，其昔日王爺的風度、戰將的舉止，不時流露出來就再正常不過了。
其次，石達開「低首乞降」，是寄希望清帝能「推恩以待」，以「僥倖免死」和「按官授職，量才擢用」。石達開之所以願意親自到清營談判，在於清方代表楊應剛、王松林等人赴石營遊說時，「先貽書約誓，待以不死」，且「指天誓日」。但當石達開真的「棄械投誠」後，清軍立即變卦。殘酷的現實粉碎了石達開的幻想，使他認識到向敵人獻諛乞憐挽救不了他的性命，因而早已心灰意冷的他懷著受騙的悲痛和對劊子手的仇恨走向刑場，「神色淒然，無一毫畏縮志」就不足為怪了。
作為太平天國的領導者，石達開和其他很多將領一樣，都是十分重視氣節問題的，對於自己，他「為國忘家不顧身，事主盡忠無改節」，對於部眾，他要求「忠於天王、忠於太平天國。凡是盡忠報國者則為忠」，並把投降清王朝稱為「變妖」，把叛徒叫做「反骨妖人」。但石達開並不是以身殉節的英雄，他在危急關頭，經不起考驗，「釋兵表降」了。不過石達開也不同於死心塌地的叛徒們，他的「釋兵表降」是迫於無奈，「並非真心反正之歸順」。他「釋兵表降」的目的之一，是希望拯救部下將士的性命，這說明他對晚清統治者缺乏正確的認識，抱有不切實際的幻想。他在臨刑時的表現是好的。縱觀全局，可以說，石達開確有變節思想和行動，但還不至於是叛徒。