以大悲寺屠戮士子事件來說，這絕不是張獻忠心血來潮、一時衝動之舉。粗通文墨的張獻忠行伍多年，擁有強大的軍事實力，滿腦子稱王稱帝思想，他代表的實際上是一種遊民思想和遊民文化，對文化人始終抱著蔑視、仇恨、提防、控制和利用的態度，倘若文人稍不順從，便要其人頭落地。關於這一點，從張獻忠在1646年2月13日立的一塊「聖諭碑」中可見一斑：「天有萬物與人，人無一物與天。鬼神明明，自思自量。」這裡的「天」，不是指上天，而說的是他自己。在張獻忠眼裡，既然自己做了皇帝，那就是天子，他的到來就是對四川百姓的大恩大德，而四川的百姓有負於他的大恩大德，就是忘恩負義，就要受到懲罰。
從某種程度上說，張獻忠慘絕人寰的大屠殺不僅在於他鼠目寸光，也源於他心胸狹隘，心理變態。據《蜀破鏡》記載，一天晚上，張獻忠在皇宮裡品茶，這時小兒子正好經過堂前，他便讓兒子過他身邊去，兒子沒聽到，結果惹惱了張獻忠，手起刀落，兒子便成了他的刀下鬼。第二天起床後，他又故裝吃驚地責問妻妾們為何不救，然後又借此下令將諸妻妾全部殺死。那麼，由此看來張獻忠對四川民眾「忘恩負義」的行為極其失望，於是由怨恨而生殺心也就不足為奇了。張獻忠按照自己的思維方式，得出了這樣一個結論——這些士子是老百姓的頭腦，士紳階層的骨幹，忠君思想比較嚴重，而且也是他最難駕馭的人群。一旦形勢變得嚴峻，變得於他不利，就有必要除去這些心腹之患。
史料記載，張獻忠對明王朝的開山之祖朱元璋一直嗤之以鼻，但唯有一點例外，那就是他對朱元璋發明的那麼多酷刑，尤其是剝皮之刑佩服得五體投地。於是他「先施於蜀府宗室，次及不屈文武官，又次及鄉紳，又次及本營將升。凡所剝人皮，滲以石灰，實以稻草，植以竹竿，插立於王府前街之兩旁，夾道纍纍，列千百人，遙望如送葬俑」。
在學習朱元璋殺人技巧的同時，張獻忠還自創了許多殺人「技藝」。比如上朝的時候，他命侍衛在大殿裡放幾條狗，百官在下邊跪著，狗嗅誰，他就命令侍衛把誰拉出去斬了，還給這個「遊戲」起了個「天殺」的好名字，意思是說這是上天決定的，由不得他。
為了證明自己的卓越戰功，屠夫張獻忠每屠殺一地，都命令手下人詳細記錄所殺人數，沒事的時候就翻捲賞析，在某地殺了多少人，人頭幾大堆，人手掌幾大堆，人耳朵幾大堆。極盡變態的是，在打下麻城後，張獻忠將全城婦女的小腳砍下來堆成山，之後他帶著一妾去參觀。他問該小妾此「景觀」是否好看，小妾說：「好看好看，只是美中不足，要再有一雙秀美的小腳放在頂端，就再好不過了。」於是張獻忠以「你的腳最秀美」為由，把小妾的腳剁下來放到「山尖」上。
以上這些屠殺都發生在大西政權短暫的穩定期。之後沒有多久，張獻忠就「眾叛親離」，在明軍地方武裝以及清軍的凌厲攻勢下，兵敗潰退。這時，惱羞成怒的張獻忠又殺婦女醃漬後以充軍糧。在屠殺過程中，如遇上懷孕的婦女，他就命人剖開其胸腹，看孩子是男是女。而對懷抱中的嬰幼兒則將其「拋擲空中，下以刀尖接之，觀其手足飛舞而取樂」。稍大一些的兒童或少年，則將數百人圍成圈，將柴薪點火，士兵在圈外用矛戟刺殺，「看其呼號亂走，以助興致」。張獻忠的獸性唯有日本侵華戰爭時期的日軍與其可比。據《溫江縣志》記載，在張獻忠的屠殺下，溫江縣「人類幾滅」。1659年，溫江全縣僅存32戶，有男31人，女23人，「榛榛莽莽，如天地初辟」。民國《簡陽縣志》卷十九：「明末兵荒為厲，概成曠野，僅存土著十四戶。」而這些，其實只是張獻忠屠殺行為的「冰山一角」。
1646年10月20日，當張獻忠在川北西充縣與鹽亭縣交界處的鳳凰山坡中箭身亡之時，不知道張獻忠是否想過孟老先生在《孟子·公孫丑下》說過的一句話：「得道者多助，失道者寡助。寡助之至，親戚畔之。多助之至，天下順之。以天下之所順，攻親戚之所畔，故君子有不戰，戰必勝矣。」張獻忠若明白這個道理，也許其終極命運就不會如此淒慘、悲涼！
史可法的致命失誤——輕信馬士英
公元1644年，李自成的大順軍攻陷北京城，明朝最後一位皇帝崇禎帝在煤山上自縊身亡，延續了近300年的明朝滅亡。同年5月15日，在馬士英、史可法等明朝遺臣的簇擁下，明福王朱由崧監國於南京即皇帝位。馬士英等因擁戴新皇有功，把持朝政，起用閹黨餘孽，貪贓枉法，與高弘圖等東林餘黨針鋒相對。1645年，清軍迅速南下，連續破徐州，渡淮河，兵臨揚州城。隨後，清軍又渡長江，攻克鎮江。朱由崧被迫出奔蕪湖，5月15日大臣趙之龍、王鋒、錢謙益等獻南京城投降；22日朱由崧被擒，被押赴北京處死。弘光政權覆滅。
許多人將南明政權迅速瓦解的源頭歸結為馬士英和阮大鋮。其實，如果不是史可法在決策上有重大失誤，馬士英及他的幕後策劃者阮大鋮也難以實現其陰謀。而史可法若不是受到東林黨人的壓力，也不會犯此錯誤。
崇禎帝死後，史可法在南京任兵部尚書，在軍隊裡有很高的威望，《明史》記載說：「可法短小精悍，面黑，目爍爍有光。廉信，與下均勞苦。軍行，士不飽不先食，未授衣不先御，以故得士死力。」史可法出任兵部尚書時，北方戰局已相當嚴峻。鑒於明朝政權所處的險惡環境，這位忠心耿耿的良將憂心忡忡，積極訓練軍隊，隨時準備救援北京。
北京危急時，史可法接到崇禎皇帝「命天下兵勤王」的詔書後，立即領銜發佈「號召天下臣民起義勤王捐資急事」的南都公檄，稱：「留都系四方之率，司馬有九伐之經，義不共天，行將指日，克襄大舉，實賴同仇。」於是率軍渡江，北上勤王。
軍隊剛出南京城，史可法就得到了北京陷落的消息，史可法「北向痛哭，改穿喪服」，回到南京，召集南京的大臣商議對策。由於北京失陷，名義上大明已經滅亡。此時的南京自然成為政治中心。「國不可一日無君」，於是冊立新君也成為當務之急。而此時的實際情況是，崇禎皇帝已死，他的三個兒子也被起義軍俘獲——在沒有直系皇位繼承人的情況下，帝位只能由藩王繼承。
於是問題就出來了，此時藩王眾多，如淮安的福王朱由崧，廣西的惠王朱常潤、桂王朱常瀛等等。究竟哪個藩王是最佳人選，眾人莫衷一是，沒有統一的意見。這主要是因為新君的繼立涉及各種政治集團的根本利益，所以，此事很快變得非常棘手。
此時，幾位藩王當中，以血緣關係講，福王朱由崧、惠王朱常潤、桂王朱常瀛三人都最有資格當選，因為他們都是崇禎帝的祖父明神宗的直系子孫。而在這三人中，福王朱由崧在淮安，最有優勢，因為桂、惠二王均在廣西，距南京較遠。另一方面，桂王、惠王均比崇禎帝高一輩，不如福王以兄弟關係來繼承帝位更為妥當。除這三人外，神宗朱翊鈞的侄兒——潞王朱常淓也成為候選人。
在緊急的形勢下，立福王為帝成了當務之急，但事情遠沒有如此簡單。在立福王為帝這個問題上，出現了反對的聲音——前禮部侍郎錢謙益、南京兵部侍郎呂大器、南京戶部尚書高弘圖、右都御史張慎言、詹事府詹事姜曰廣、禮部員外郎周鑣等人連成一片，強烈反對由福王朱由崧繼統。其深層原因與「黨禍」有關。
《弘光朝偽東宮偽後及黨禍紀略》中記載：黨禍始於萬曆年間，其時，浙江人沈一貫為宰相，此人擅權恣肆，當時很多賢人，如顧憲成、高攀龍成立了東林黨。結果和沈一貫等意見相左，相攻擊，產生了仇怨。明神宗時期，鄭貴妃越來越受寵，她的兒子就是老福王朱常洵，朱常洵是朱由崧的父親。由於東林黨在皇太子的冊立上得罪了鄭貴妃，便引起了兩派之爭。以他們的權力之爭為起點，萬曆、泰昌、天啟三朝發生的「妖書」、「梃擊」、「移宮」三案以及後來對三案的評定，將東林黨人捲了進來，並引發了一系列血屠事件。因此，作為與此三案淵源很深的福王朱由崧，自然受到東林黨人的高度警惕。他們擔心一旦朱由崧登上帝位，重翻舊案，自己及其黨人將會再次受到打擊。因此，從集團利益考慮，他們要想辦法阻止福王即位！
為了阻止朱由崧即位，錢謙益等人以「立賢」為名，提議迎立潞王朱常淓。欲「立」必須先「廢」，錢謙益等人四處活動，誹謗福王朱由崧品行不端，沒有做皇帝的美德，並列出朱由崧「貪、淫、酗酒、不孝、虐下、不讀書、干預有司」等七不可立的理由。相反，他們又極力稱讚潞王朱常淓賢德之名遠近皆知。由於東林黨人掌握著強大的輿論陣地，所以「江南北諸紳，則群起擁潞王」。其實，錢謙益等人擁立潞王也有私心作祟——潞王本不當立，如果能使潞王即位，那他們即為有功之人，必然會受到重用。
這一次，史可法站在了錢謙益等人的對立面，他試圖說服東林黨人改變觀點：「以齊桓之伯也，聽管仲則治，聽其牙開方則亂。今吾輩之所立者，豈其不惟是聽，而又何患焉？」也就是說，我們何妨迎立福王，他聽從我們的觀點，又有何患呢？
此言論一出，擁立潞王的人勃然大怒。無奈之下，史可法只能對擁立福王之事「引避不言矣」。儘管當時的輿論界掀起了強大的「擁潞」風潮，但許多有識之士仍主張由福王朱由崧繼統。淮撫路振飛即認為：「議賢則亂，議親則一，現在唯有福王。」李清在《三垣筆記》中也記載：「北都變聞，在籍錢宗伯謙益有迎潞王之意。揚州鄭進士元勳密語予：……福從此始矣，神宗四十八年，德澤猶系人心，豈可捨孫立侄？況應立者不立，則誰不可立？萬一左良玉挾楚，鄭芝龍挾益，各挾天子以令諸侯，誰禁之者？且潞王既立，置福王於何地？死之耶？抑幽之耶？是動天下之兵也，不可……時草野聞立潞，皆不平；及（福）王監國，人心乃定。」由此可見，倫理次序在當時人們的內心深處占何等重要的地位，而與黨爭無關的中間人士及廣大百姓，更是以此為綱常。
擁立潞王勢必會引起巨大的混亂，這是史可法能夠看得清的。但他又深受東林黨人的壓力，在南明建立的最根本問題上，不具備果敢的魄力，反而試圖尋求另一種折中而完美的方式。可是，在時局瞬息萬變的轉折關頭，刻意尋求面面俱到的行為，本身就是一種自殘。如此，史可法就處在了立與不立的兩難境地。優柔寡斷的史可法請鳳陽總督馬士英給他出主意，結果馬士英主張「以親以賢，惟桂乃可」——擁立遠在廣西的桂王為好。對於這個決定，史可法似乎很滿意，第二天就以手書告知諸臣：「迎桂者何？以福、惠之有遺議也，乃捨而立桂也。其潞藩，則仿古兵馬元帥之制，暫借統兵馬。」如此安排，史可法可謂用心良苦——既避開了矛盾的焦點，使南京的官紳沒有意見，而且也爭取了馬士英的支持（此時的馬士英直接管制著高傑、黃得功、劉良佐、劉澤清等總兵，軍事力量很強大）。如此一來，一直處於高度緊張狀態的史可法終於鬆了一口氣。但他沒有想到，他所倚重的馬士英則另有算盤——馬士英準備搶佔擁立大功，和史可法商議之後，他立即召開會議，準備採取措施，但南京大臣們對其反應冷淡。馬士英於是迅速返回鳳陽，和太監盧九德以及總兵高傑、黃得功、劉良佐等人商議，最終決定改立福王朱由崧為帝。
在馬士英的策動下，駐紮在江淮間的另一支軍隊的總兵劉澤清也由「擁潞」轉為「擁福」。如此，在南方統軍最多的左良玉、高傑、黃得功、劉良佐、劉澤清五位將領中，有四位全部擁立福王，而左良玉對此雖有異議，卻遠在湖北。不僅如此，馬士英還賄賂了以劉孔昭為首的軍功貴族，阮大鋮則聯絡了南京城內搖擺不定的投機分子，而鳳陽太監盧九德則繼續與南京城內的太監集團相勾結。一個強大的「擁福」勢力正在形成，而史可法沒有及時得知，他甚至寫信給馬士英，繼續陳述福王朱由崧七不可立的理由，這樣的白紙黑字很快成為馬士英制約史可法的把柄。
時機成熟，馬士英迅速給南京守備太監韓贊周寫信，稱：「吾已奉福藩，主三軍也。」口氣強硬地宣佈擁立福的決策。南京各大臣被韓贊周邀請到家中，傳閱馬士英的書信，開始時大家都非常驚愕，但隨即知道此事已成定局，於是唯唯稱是，表示同意。韓贊周本來就與盧九德、阮大鋮等是一夥的，見此情景，馬上因勢利導，命人筆墨伺候，請眾臣在紙簿上畫押簽字，表示臣服福王。