首先，這個格物窮理方法論的形而上學性質表現在將一切事物及其在思想上的反映看做「固定的、僵硬的、一成不變的研究對像」，不是實事求是，從客觀實際出發，「執古御今，以靜制動」。
朱熹認為，格物即是窮理，而理卻是不生不滅、永恆不變的。窮理以後，即以這個固定的、不變的理來應付千變萬化的事物。這就是他說的「聖人之學，本心以窮理，而順理以應物」。他曾把這個方法概括為：「理定既實，事來尚虛。用應始有，體該本無。稽實待虛，存體應用，執古御今，以靜制動」。他還認為理在事先，事物尚未存在時，理早已存在，只要掌握了這個本已存在的固定的理，就可以在處理具體變化的事物中發揮無窮的作用，用古代的道理駕馭當代的事件，用靜止的概念制約變動的實際。
他具體解釋他這個方法說：「所謂事來尚虛，蓋謂事之方來，尚虛而未有，若論其理，則先自固定已實矣。用應始有，謂理之用實？故有。體該本無，謂理之體該萬事萬物，又初無形跡之可見，故無。下面雲，稽考實理，以待事物之來；存此理之體，以應無窮之用。執古，古便是《易》、《書》裡面文字言語；御今，今便是今日之事。以靜制動，理便是靜底，事便是動底。」從這個具體的說明，我們可以清楚地看到，朱熹「順理以應物」的方法，完全是一種以不變應萬變的形而上學的方法。
他提出持敬才是「聖學始終之要」。這也就是說，要以封建道德的仁、義、禮、智作為最高指導原則，貫徹始終，作為探求知識和指導行動的出發點；而不是從客觀存在的實際出發，從其中引出客觀規律，作為我們一切行動的指南。這當然阻礙了研究客觀事物規律的自然科學的發展。
這個格物窮理方法論的形而上學性質，表現在孤立地、靜止地看待事物，把書本知識、特別是儒家經典，看做超越一切時間、地點和條件的絕對真理，應用到各種情況上去，變成神聖不可侵犯的教條。朱熹格物窮理方法論的這些形而上學特點：即不是實事求是，從客觀的實際出發，而是從主觀的封建觀念出發，「執古御今，以靜制動」；即把儒家經典的隻言片語看做超越一切時間、地點和條件的絕對真理，變成神聖不可侵犯的教條；即片面地看待具體事物，好就是絕對的好，壞就是絕對的壞。
他說：「今之言理也，離人之情慾求之，使之忍而不顧之為理，此理欲之辨，適以窮天下之人盡轉移為期偽之人，為禍何可勝言哉。」這就是說，提出這個極端不合人情的片面要求，事實上不可能使人達到，因而只能使人人成為兩面派，在社會造成極端虛偽說謊的風氣。他還說：「以無慾然後君子，而小人之為小人也，依然行其貪邪。獨執此以為君子者，謂不出於理，則出於欲；不出於欲，則處於理。於是讒說誣辭，反得刻議君子而罪之。此理欲之辨，使君子無完行者，為禍又如是也。」
朱熹所謂格物的一個意義就是讀書，特別是讀儒家的經典。他認為，通過讀書就能瞭解聖賢的思想，要用聖賢的思想去觀察客觀世界。他說：「讀書以觀聖賢之意，因聖賢之意以觀自然之理。」他還認為：「古之聖人，作為六級，以教後世。《易》以通幽明之故，《書》以紀政事之實，《詩》以導情性之正，《春秋》以示法戒之嚴，《禮》以正行，《樂》以和心，其於義理之精微，古今之得失，所以該貫發揮，究竟窮極，可謂盛矣。」
這是說，儒家聖人所傳的六經，對於義理已經發揮到精微的地步，對於歷史的得失也作了充分的總結，真正學到這些教導，就能在各個領域受到全面的訓練。他特別吹捧四書，說什麼：「如《大學》、《中庸》、《論語》、《孟子》四書，道理粲然，人只是不去看。若理會得此四書，何書不可讀，何理不可究，何事不可處？」
他把所謂「聖人」經典中的片言隻語都認為字字是真理，句句是規律。在他看來，「聖人言語皆枝枝相對，葉葉相當。不知怎生排得恁地整齊。令人只是心粗，不仔細窮究。若仔細窮究來，皆字字有著落」。因此，他要求人們學習這些「聖人」所寫的經典，要一字一字地學習，一句一句地研究，虛心領會，切己體察，在一切行為中加以貫徹，即所謂「字求其訓，句索其旨，未得乎前，則不敢求乎後；未通乎此，則不敢志乎彼」。
我們如進一步瞭解他所謂的理的具體內容和他的格物說的一個主要觀點：「持敬為窮理之本」，他這種形而上學方法論更表現為主觀主義方法。他所謂的理的主要內容，就是封建主義道德的仁、義、禮、智。他認為，應該以持敬作為窮理的基礎，就是要求人在格物時，心中要念念不忘封建道德的準則，來觀察一切、規範一切、處理一切。這個方法並不是真正從客觀的事物出發，通過客觀事物的多樣性和複雜性發現事物的客觀規律，而是用主觀的封建的規範去剪裁客觀的事實。他曾進一步說明持敬與格物致知的關係，說：「近來覺得敬之一字，真聖學始終之要。……蓋古人由小學而進於大學，其於灑掃應對進退之間，持守堅定，涵養純熟，固已久矣。是以大學之序，特因小學已成之功，而以格物致知為始。今人未嘗一日從事於小學，而日必先致其知，然後敬有所施，則未知其以何為主而格物以致其知也。故程子曰：人道莫如敬，未有能致知而不在敬者。」
他這樣把所謂儒家的經典看做包括一切真理的百科全書，認為其中每一句話都是神聖不變的教條，具有至高無上的權威，可以應用到古往今來的一切事件中。
朱熹格物窮理的最高目的，就是要實現封建道德的準則，使人能「革盡人欲，復盡天理」，達到窮理與盡心的統一，成為心與理一的聖人。
他所謂的人欲，包括的範圍又很廣，甚至想吃一點好的東西，都是人欲，這完全是一種禁慾主義的宗教思想。他將天理、人欲完全對立後，進一步又將聖、凡完全對立起來。他認為，能夠正心誠意、復盡天理的就是聖人，若不能正心誠意，有一點人欲的就是凡人。他要求一般人經常要克制人欲，心存誠敬，實際上就是告訴一般人應該自認罪孽深重，天天洗心革面，向聖人頂禮膜拜。他將天理與人欲完全對立起來，「天理存則人欲亡，人欲勝則天理滅」。他認為，聖人就是完全達到天理流行的境地，沒有夾雜一絲一毫的人欲，並且還是自然而然，沒有任何勉強的成分；「不勉而中，不思而得」，因而就是太極的體現。所以他說：「聖人之所以聖，不過全此實理而已，即所謂太極者也。」
他這種思想與西方宗教表面上有些不同，表明中國封建主義的歷史文化的某些特徵，但這種思想對人的專制殘酷，與西方中世紀則完全相似。戴東原曾特別揭露這種將天理與人欲、聖人與凡人完全對立的形而上學思想的虛偽性和殘酷性。朱熹的這套思想方法，在中國後期封建社會中發生很深的影響。特別是由於朱熹自稱他的方法要求不脫離實際格物，要求對事物的大小精粗進行周密的考慮，他用這種貌似客觀和全面來掩飾其方法論的形而上學本質，因而他的方法論就具有更大的欺騙性。
四、朱熹對「天理人欲」問題的闡釋
朱熹根據二程的學說更加以發揮和補充，他對唯物主義關於氣的學說的思想資料加以歪曲利用，一方面斷言理是根本，一方面又講理氣不能相離；一方面斷言心本有知宣揚先驗論，一方面又講「格物窮理」，承認研究事物的必要。他的學說是比較精緻的，也是更加狡猾的。朱熹建立了一個龐大的客觀唯心主義體系，內容更富于思辨性，因而具有更多的欺騙性。他寫的《四書集注》，後來成為幾個封建朝代的知識分子必讀書，借孔子的名義宣傳他自己的思想，因而影響最大。
朱熹繼承了程顥、程頤的人性論，認為理表現在人這方面，就叫做性，所以說：「性者，人之所得於天之理也。」同時，他又採用了張載所謂「天地之性」與「氣質之性」的名詞，也認為人性有二：一是「天命之性」，也叫做「天地之性」，也就是先驗的理性，是從作為世界本源的「理」得來的。一是「氣質之性」，即生來固有的感情、慾望等，是從構成身體的「氣」得來的。
朱熹認為，理是至善的，因此這天命之性也是無有不善的。至於氣質之性則有善有惡。他說：「天之生此人，無不與之以仁義禮智之理，亦何嘗有不善？但欲生此物，必須有氣，然後此物有以聚而成質。而氣之為物，有清濁昏明之不同。稟其清明之氣而無物慾之累，則為聖；稟其清而未純全，則未免微有物慾之累，而能免以去之，則為賢；稟其昏濁之氣，又為物慾之所蔽而不能去，則為愚為不肖。」
他一方面把封建地主階級的道德說成為人人固有的天賦本性；另一方面又以所謂氣稟的清濁來解釋天生來就有賢愚的區別，為封建等級差別作辯護。他甚至於用所謂氣稟的不同作為富貴貧賤的差別的根源：「稟得清高者便貴，稟得豐厚者便富；稟得衰頹薄濁者，便為愚不肖，為貧，為賤，為夭。」
他認為「人之所以生，理與氣合而已」，「人物之生，必稟此理，然後有性；必稟此氣，然後有形」。人是理與氣結合而生成的，其所稟受的理，表現為天命之性；其所稟受的氣，構成為身體，而氣與理結合在一起，就表現出氣質之性。
他說：「論天地之性，則專指理言；論氣質之性，則以理與氣雜而言之。」這裡所謂天地之性，是採用了張載的名詞，但說法與張載還有所區別。張載所謂天地之性指物質性的氣的最根本的本性，即所謂「浮沉升降、動靜相感之性」，即運動變化的本性，朱熹則認為天地之性就是理。
朱熹又從「心」的體用關係來說明人性問題；他認為性和情都統於「心」，是「心」的體和用。他說：「心有體用，未發之前，是心之體，已發之際，乃心之用。」如以心比水，那麼「性猶水之靜，情則水之流」。「心」的本體，也就是「天命之性」，是無不善的；「心」的用，也就是「情」，就有善有不善，其所以流而為不善，完全是由於受了物慾的引誘或牽累。他又講所謂「道心」和「人心」。本體的心，是天理的體現，叫做「道心」；受到物慾引誘或牽累，發而為不善的心，是人欲，叫做「人心」。「人心」、「道心」的區別，是朱熹對《尚書·大禹謨》中所講的「人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允執厥中」這句話的發揮。朱熹等認定這十六個字是堯、舜、禹三聖相傳的，所以以後道學唯心主義都稱之為「十六字心傳」。朱熹認為，「人心」、「道心」也不是兩個不同的「心」，它是同一個精神主體，只是從追求和滿足於耳目的慾望上來講，就叫做「人心」。從追求和實行天理上來講，就叫做「道心」。
朱熹講人性問題，既分別「天命之性」和「氣質之性」，又分別「道心」和「人心」。而朱熹的整個人性理論，是要克服「氣質之性」帶來的不善思想和行為，使「人心」服從於「道心」，這就進一步必須講道內心修養的問題，也就是如何使「人心」聽命於「道心」，把「氣質之性」帶來的不善思想和行為克服掉。
朱熹認為這種修養的原則就是「去人欲，存天理」。這也就是朱熹所著重強調的所謂「天理人欲之辨」。就是說首先要認清「天理」和「人欲」的區別，「天理」是至善的道德標準，而「人欲」則是一切不善行為的根源。二程把「道心」等同於「天理」，把「人心」等同於「人欲」，所以說：「人心私慾，故危殆；道心天理，故精微。滅私慾，則天理明矣。」朱熹進一步發揮了二程的思想，而認為「人欲」只指「人心」中為惡的一方面，而不包括「人心」中可以為善的一方面。他認為「天理」和「人欲」是絕對對立而不可並存的，必須「革盡人欲」才能「復盡天理」。他說：「人之一心，天理存，則人欲亡；人欲勝，則天理滅。」只有克服和去掉「人欲」，才能保存和恢復「天理」。