儘管他如何強調理、氣是不能分的，離開氣也就無所謂理，然而歸根結底，他認為理是根本，是決定事物之所以為事物的根據。也就是說「理」是第一性的，是具體事物的模式，具體事物是按照這個模式來塑造的。這裡，朱熹把整個世界根本顛倒了。根據他這種「理在事先」的理論，不是從客觀具體事物的關係中，引出事物的一般原則，一般原則不是存在於具體事物之中的，相反，具體事物倒是由一般原則決定的，是根據一般原則而產生的。這種先於具體事物的一般原則「理」，朱熹又把它叫做「天理」。稱之為「天理」，無非是強調「理」是最高的、絕對的、永恆的和必然的。
朱熹所謂理一分殊，究竟是一個什麼性質的問題，他自己有時有不同的說法。有時似乎他所說的是指普遍的理與特殊的理之間的關係，然而，實質上是指太極與萬物之間的關係。
他說：「自其末以緣本，則五行之異，本二氣之實，又本一理之極，是合萬物而言之，為一太極而一也。自其本而之末，則一理之實，而萬物分之以為體，故萬物中各有一太極。」又說：「蓋合而言之，萬物統體一太極也；分而言之，一物各具一太極也。」這種關係不過是唯心主義者頭腦中虛構的產物而已。「理一分殊」的說法，其錯誤在於他把虛構出來的最一般的理即所謂太極，安置到每一個具體事物之中，作為每一個具體事物存在的依據，這樣就把觀念的東西當做事物的存在根據，把精神的東西說成是第一性的了。
朱熹講「人人有一太極，物物有一太極」，曾引用佛教的觀念，以「月印萬川」為比喻。天空中只有一個月亮，照在每一條河流的水中，每一條河流中都可以看到一個月亮。
全宇宙只有一個太極，而每一個人，每一個物中，也有一個太極。每一條河流中的月亮是一個整體的月亮，並不是月亮的一部分；同樣，每一人每一物中所有的太極也是全體的太極，而並不是太極的一部分。朱熹說：「釋氏雲，一月普現一切水，一切水月一月攝，這是那釋氏也窺見得這些道理。」事實上是他受了佛教的影響。佛教的華嚴宗大講「一即一切」的唯心主義觀點，禪宗也有類似的思想，朱熹所引的兩句話就出於禪宗玄覺所作的《永嘉證道歌》。朱熹強調太極是理，他說：「太極非是別為一物，即陰陽而在陰陽，即五行而在五行，即萬物而在萬物，只是一個理而已。」
他承認正反兩方面的交互作用是變化的原因。但他的整個哲學體系是形而上學的，他截然區分了形而上與形而下、理與氣、道與器，認為理是永遠不變的，他的體系正是發揮「天不變，道亦不變」觀點的形而上學體系。他承認事物的對立性，正是為了論證封建社會的等級差別的必然性。
朱熹也肯定了對立的普遍性，他說：「有高必有下，有大必有小，皆是理必當如此。如天之生物，不能獨陰，必有陽，不能獨陽，必有陰，皆是對。這對處不是理對，其所以有對者，是理合當恁地。」這是他對於程顥所說「天地萬物之理，無獨必有對」的發揮。
他又提出「獨中又自有對」的論斷：「一便對二，形而上便對形而下。然就一言之，一中又自有對。且如眼前一物，便有背有面，有上有下，有內有外，二又各自為對。雖說無獨必有對，然獨中又自有對。」任何事物都有它的對立面，而一物之內也包含對立，這就是內在的對立。但他所講的對立，都是靜止狀態的對立。在他看來，對立面相互對峙，並不在一定條件下相互轉化。朱熹也同意張載「兩故化」的學說。他說：「凡天下之事，一不能化，惟兩而後能化。且如一陰一陽始能化生萬物，雖是兩個，要之亦是推行乎此一爾。」
朱熹還認為，一切人、一切物都是理與氣所構成的，人物稟理以為性，稟氣以為形。他說：「人物之生，必稟此理，然後有性；必稟此氣，然後有形。」
人物的本性是從理來的，人物的形體是從氣來的。又說：「人之所以生，理與氣合而已。天理固浩浩不窮，然非是氣，則雖有是理而無所湊泊。故必二氣交感，凝結生聚，然後是理有所附著。凡人之能言語動作，思慮營為，皆氣也，而理存焉。」朱熹這裡說思慮營為，都是氣的作用，這就是說心也是氣的作用。程頤斷言理即是性也即是心。朱熹卻受了張載的影響，認為心與性有區別。張載認為，性是本來就有的，心卻是後來才有的。朱熹也認為心性雖有密切關係，但應區別開來。他以為理在氣之先，心卻是有形體以後才有的。他又說：「心者氣之精爽。」「是先有知覺之理，理未知覺，氣聚成形，理與氣合，便能知覺。」心是以氣為存在條件的。這就是認為理是第一性的，氣是第二性的，而作為個人意識的心卻是後於物質世界。但是朱熹又認為，心雖然是「理與氣合」而後有，但也可以說心包含了理與氣。他說「心之理是太極，心之動靜是陰陽」，又說：「所覺者心之理也，能覺者氣之靈也。」這就是說，心所要認識的對象，也就是本來就存在於心中的理，心的知覺作用是心藉以認識自己心中之理的一種機能。也就是說，心對理的認識，完全是一種先驗的理的自我認識。所以，他又說「惟心無對」，心又成為絕對的東西了。因此，朱熹雖然談理談氣，還是把心看做最主要的。
二、「格物窮理」的認識論
他認為，人的心中生來就含有一切事物之理，但心雖含有萬理而不能直接自己認識自己，必須通過「格物」功夫，就事物加以研究，然後才能達到心的自我認識，從而對於天地萬物之理就無不了然了。朱熹繼承了程頤的觀點，極力宣揚了唯心主義的先驗論。
他所寫的《補大學格物傳》中認為：「所謂致知在格物者，言欲致吾之知，在即物而窮其理也。蓋人心之靈，莫不有知，而天下之物，莫不有理。惟於理有未窮，故其知有不盡也。是以大學始教，必使學者即凡天下之物，莫不因其已知之理而益窮之，以求至乎其極。至於用力之久，而一旦豁然貫通焉，則眾物之表裡精粗無不到，而吾心之全體大用無不明矣。」所謂致知在格物，就是講，要想得到知識，在於就物而研究它的理。
他認為，當時有一派在認識論上只停留在「即物窮理」，因而在治學上就專重「務博」；另一派在認識論上要求「反身而誠」，直接達到大徹大悟，因而在治學上就專重「務約」，這都不是正確的方法，不能求得最高的真理：「自一身中以至萬物之理，理會得多，自當豁然有個覺處。今人務博者，卻要盡窮天下之理。務約者，又謂反身而誠，則天下之物無不在我者，皆不是。」
朱熹的唯心主義先驗論的認識論和他的唯心主義「理」一元論是分不開的。由於他一切都從「理」這個虛構的絕對觀念出發，因此在認識論中，認識的主體和認識的客體都不外是理的化身。就像馬克思在《哲學的貧困》中所批評的那種思辨哲學一樣，首先虛構出一個所謂的絕對觀念「理」，然後把自己跟自己對峙起來，又把自己跟自己結合起來（見《馬克思恩格斯全集》第四卷，第140頁）。從認識的主體說，那就是被安置在人身中的「性」，「性即理」；從認識的對象說，那就是事物中之「理」；這「理」當然不是事物的規律，而是絕對觀念安置在事物中的東西。主觀對客觀的認識，就是「理」自身的結合。這就是朱熹唯心主義先驗論思辨哲學的秘密。
在認識的發展過程中，朱熹認為要達到「豁然貫通」的飛躍階段，就必須以「即物窮理」的漸進階段作基礎。若不經過「今日格一物、明日格一物」的漸進階段，進行積累，卻直接要求大徹大悟，就必然流為空疏。但僅僅停留在漸進的階段，不能在這個基礎將積累的知識「一旦豁然貫通」，也必然流為支離。只有將兩個階段結合起來，開始時雖然勉強用力，久而久之，自然可以達到貫通的境地：「積習既多，自當脫然有貫通處。乃是零零碎碎，湊合將事，不知不覺，自然醒悟，其始固須用力，及其得之也，又卻不假用力。」
人心的靈明，都是有知的，而天下的萬物，都是有理的。因為對於物的理還沒有研究到，所以心的知也就不能夠完全了。所以「大學」教育的開始，必須叫學者就所有天下萬物，都根據已知的道理而更加以研究，以求達到最高的極限。以致力量用得久了，有一天就豁然貫通，那麼，萬物的表裡精粗就無不到，我心的全部內容也就無不明瞭。認識過程分兩段，第一段是「即物窮理」，就事物加以盡量研究，第二段是「豁然貫通」，大徹大悟，瞭然於一切之理。
朱熹講即物窮理，包括研究抽像道理和具體事物的規律。如說：「上而無極太極，下而至於一草一木一昆蟲之微，亦各有理。一書不讀，則缺了一書道理；一事不窮，則缺了一事道理；一物不格，則缺了一物道理。須著逐一件與他理會過。」但他所注重的是讀書。
說：「一心具萬理，能存心而後可以窮理。」「心包萬理，萬理具於一心。不能存得心，不能窮得理；不能窮得理，不能盡得心。」他的推論是：心中有性，性就是理，所以心中有理。他說：「性便是心中所有之理，心便是理之所會之地。」用現代名詞來說，就是認為，心中有理性，而這理性也就是世界必須遵照的原理。理性不是認識作用，而是真理本身，整個世界都是依靠這理性而存在的。
他所謂「豁然貫通」，指一種神秘的頓悟境界，研究了一些事物之理以後，久而久之，就會忽然覺悟最根本的理了。其所以如此，就因為心中本來含有一切之理，所謂格物，不過是起一種啟發作用，通過格物的啟發，心就能自己認識自己本來固有的理了。他用寶珠來比喻心中的理，用擦拭寶珠來比喻格物，他說：「有是理而後有是氣，有是氣則必有是理。但稟氣之清者為聖為賢，如寶珠之在清冷水中；稟氣之濁者為愚為不肖，如珠之在濁水中。所謂明德者，是就濁水中揩拭此珠也。」理本是心中固有的，但被氣所遮蔽了，格物就會除去遮蔽，那固有的理就顯露出來了。朱熹強調心中有理，他認為「人人有一太極」，每人所具有的太極就是這人的心中之理。
辯證唯物主義認為，人的認識是從實踐中得來的，然後認識又去指導人的實踐，因此，實踐是第一的。這是辯證唯物主義的知行統一觀點。相反，朱熹所講的「知行常相須」，知是第一的，行是第二的。這是由他的以理為最高本體的唯心主義體系決定的。既然萬事萬物都只是理的體現，當然必須先認識這個理，然後才能有行為所遵循的規範。所以，他所講的知是知理，行是行理，知行「相須」是以所知的理來指導行，以所行的理來啟發知，而歸根結底是統一在理上。
朱熹也談到知行問題，發揮程頤的知在行先的唯心主義觀點。他說：「知行常相須，如目無足不行，足無目不見。論先後，知為先；論輕重，行為重。」他所說的知指封建時代的學問，他所說的行指道德修養，即所謂：「涵養中自有窮理功夫，窮其所養之理；窮理中自有涵養功夫，養其所窮之理。」
窮理是知，涵養是行，二者是交互作用的，但知究竟在先。他說「為學先要知得分曉」，如果「義理不明，如何踐履」？這就是說，必須知以後才能行。進一步，他更認為只要對理認識得清楚，行起來就一定是正確的。他說：「若講得道理明時，自是事親不得不孝，事兄不得不弟，交朋友不得不信。」
三、「順理以應物」的方法
朱熹還從格物窮理的認識論，形成他的一套思想方法論。他的思想方法論雖然也包含一些合理的因素，如從客觀事實出發，通過歸納和推理，以求得抽像概念的知識等。但從其主要方面來分析，特別是通過他具體運用這個方法的所得實際效果來看，這個方法完全是形而上學的，即孤立的、靜止的和片面的方法。