這是一場力量對比懸殊的戰爭，但是劉裕身先士卒，將士們無不死戰，以一當百。劉裕接連以少勝多，匯聚了越來越多的支持者。不幾天，反桓軍隊就進入建康。桓玄西逃，途中被部下殺死。劉裕駐屯石頭城，在宣陽門外焚燬桓溫神主，重新將東晉新主立在太廟中。一時間，劉裕成了再造晉朝的救世主。
劉裕現在成了全國性的政治人物，聲望日隆，身邊還聚集了一批文臣武將。如果說之前他完成了從社會最底層向上流社會的轉變，那麼討伐桓玄一仗則奠定了日後劉裕代晉的基礎。在劉裕起兵之前，曾任琅琊府主簿的劉穆之正賦閒在家。他主動響應劉裕的召喚，加入劉裕陣營，成為了謀士。劉穆之非常能幹，內管府中事務，外供軍旅給養，處理問題麻利迅速，一切事情沒有堆積遲滯的。劉裕成名後，各色人物從四面八方湧來，朝野內外事務千頭萬緒，一時間讓劉裕難以適應。劉穆之從容不迫地將千頭萬緒的事情處理得井井有條。通常的情況是，他眼睛看著文件資料，手裡起草批閱意見，耳朵聽著情況匯報，嘴裡當場答覆下屬的徵詢，應對自如，沒有絲毫差錯。
與劉裕團隊的生機勃勃和積極向上形成鮮明對比的是，東晉朝廷暮氣深重，走向了不可逆轉的衰亡。當時在位的晉安帝司馬德宗是東晉的第十位皇帝。
真可謂天不佑晉，連續給了晉朝兩位白癡皇帝。晉惠帝司馬衷是個典型白癡，這位晉安帝司馬德宗也是個白癡。父親晉孝武帝司馬曜本人也對這個白癡兒子很頭疼，遺憾的是這個白癡偏偏是長子，只好立他為太子。正史毫不隱諱地載明晉安帝的智商很低，連話都不太會說，甚至辨別不出春夏秋冬。這樣的皇帝統治能力就可想而知了，因此晉安帝時期的朝政始終掌握在當朝大臣手中。晉安帝初期朝政由會稽王司馬道子主持。司馬道子、司馬元顯父子把持朝政，橫徵暴斂、大肆搜刮民脂民膏。而東晉中期，外地將領開始擁兵自立、不受君命的弊端在安帝時期爆發了出來。安帝即位後第三年，桓玄、王恭、庾楷等地方刺史就以清除朝中奸臣為名造反，建康城很快就看到了叛軍的旗幟，朝廷政令開始到達不了建康以西的州郡。與此同時，孫恩、盧循的起義軍南北縱橫，也給了東晉沉重的打擊。402年，孫恩直接威脅建康，建康被封鎖，城內爆發饑荒。
劉裕對桓謙說晉朝衰微，失去民心已久的判斷的確是真實的。
403年，晉安帝在大臣的鼓動下，親征桓玄大敗，桓玄反而進入建康，殺司馬道子，自號楚王、大將軍，成為新的主政者。桓玄篡位後貶晉安帝為平固王，逐出建康遷居潯陽。劉裕舉兵打敗桓玄後，桓玄挾安帝逃往江陵。桓玄被殺後，晉安帝在江陵復位為皇帝。誰知幾天後，桓玄的將軍桓振又攻陷江陵，再次俘虜晉安帝。直到406年3月，晉安帝才脫離叛軍之手。他下詔歷數桓玄罪狀，竭力稱讚劉裕平定桓玄之亂的功績。朝廷封劉裕為侍中、車騎將軍，都督中外諸軍事，使持節、徐青二州刺史如故。劉裕堅決推辭朝廷的官爵，朝廷以為他是嫌官爵太小，又加錄尚書事。劉裕還是不接受，屢次請求出鎮外地。晉安帝不允許，派遣公卿百官敦勸他，還親自到劉家去挽留。結果劉裕在朝堂中公開申請，不久就帶兵出鎮丹徒。晉安帝多次派遣使節敦勸，劉裕都不接受。於是朝堂改授劉裕「都督荊、司、梁、益、寧、雍、涼七州，並前十六州諸軍事，本官如故」。不久劉裕主管的青州被替換成兗州。這樣的官職，簡單地說，就是負責大半個天下的軍事指揮和地方行政。
劉裕終於實現了從普通士兵到元帥的躍升。
三建立南朝第一國
劉裕成了東晉舉足輕重的人物。他面對的東晉是皇權屢受權臣摧殘、四大家族相繼衰落的局面。國家動亂不斷，人民苦於連年征戰。史稱當時「百司縱弛，桓玄雖欲厘整，而眾莫從之」。劉裕以崇高的威望和手握的實權，「先以威禁內外，百官皆肅然奉職，二三日間，風俗頓改」。可見在劉裕主持下，朝野上下確實有了振興的氣象。
義熙二年（406年）十月，劉裕被封為豫章郡公。
東晉自偏安以來，時時面臨著北方的威脅。祖逖、庾亮、殷浩、桓溫都曾先後北伐，但無一成功。為了提高自己的聲望，劉裕決定興師北上。在亂世中，權臣以對外戰爭來增加聲望和權勢是慣用的做法。對於從洛陽南渡，以天下正朔自居的東晉王朝來說，討伐北方少數民族政權更具有正義性。東晉歷史上，北伐和守江是朝廷爭論的焦點之一。先是有祖逖北伐，力圖恢復中原，接著有庾亮、庾翼和殷浩、桓溫等人發動的北伐，希望借此建功立業，擴大勢力。劉裕在安定了內部後，將北伐看成了進一步建功立業的好機會。
409年，劉裕開始北伐慕容家族建立的南燕，屢戰屢勝，第二年就將南燕皇帝慕容超押回建康斬首，滅了南燕，收復山東等地。廣州刺史盧循乘劉裕北伐之機叛亂，進攻建康。劉裕毅然班師南下，趕回建康宣佈戒嚴，並招募士兵一舉擊敗盧循。411年，盧循在交州被刺史杜慧度殺死，困擾東晉多年的孫恩、盧循起義最終失敗。415年，荊州刺史司馬休之和雍州刺史魯宗之起兵討伐劉裕，被擊敗。417年，劉裕發動第二次北伐。這次北伐取得了輝煌的戰績，收復了洛陽、長安在內的中原腹地。在劉裕全力北伐的8年時間裡，東晉消滅了南燕、割據四川的譙縱和後秦等政權，奪取了北方廣大地域。晉軍收復原都洛陽後祭掃了西晉皇陵，而長安自316年被匈奴佔領後，已經一百多年沒有見到漢家軍隊的旌旗了。史載當時三秦父老「不沾王化，於今百年。始睹衣冠，人人相賀。」這一刻，劉裕的聲望如日中天。
但是第二年，劉裕在被晉封為相國、宋公後主動從關中地區撤軍。劉裕聽到留守後方的劉穆之病死的消息後，怕朝廷有變，留下12歲的兒子劉義真鎮守長安，自己統軍南歸。劉裕的目的就是以北伐為進身的工具，而不是真心統一國家。現在目的已經達到，加上擔心後方不穩，自然就回軍江南，去爭奪更高的地位去了。當時北方百姓沿途痛哭，請求晉軍不要撤退。但也有人看穿了劉裕的真實目的，說他將關中之地托付給年幼的小兒子鎮守，本來就是無心恢復北方領土。「狼狽而還者，欲速成篡事耳，無暇有意於中原。」一句話點破了劉裕的不負責任，只是將北伐作為篡位的工具。
劉裕匆匆南歸，為夏主赫連勃勃之謀臣王買德窺破心跡。王買德對赫連勃勃說：「劉裕讓其子鎮守長安，自己卻倉猝南還，不為別事，是為了圖謀皇位。他再也無暇顧及關中了。對我們來說，這機會其實太好了！」夏國乘機佔領了以長安為中心的關中地區。
從此，晉軍再也沒有回到長安。但對56歲的劉裕來說，他有自己的想法。
經過兩次北伐，黃河以南、淮水以北以及漢水上游的大片地區，為晉據有。巨大的戰功，使劉裕在朝廷的地位顯赫無比。回到建康後，劉裕接受了「相國、宋公、九錫之命」，建立了有十個郡領土的宋國。朝廷封劉裕的養母、豫章公太夫人為宋公太妃，世子為中軍將軍，副相國。劉裕還建立了封國內的官職體系，以太尉軍咨祭酒孔季恭為宋國尚書令，青州刺史檀祗為領軍將軍，相國左長史王弘為尚書僕射，其餘百官都依照東晉的舊制。
四劉裕的皇帝生涯
劉裕的登基是大勢所趨，表面上看是謎團，實際上是自然的政治結果。
當劉裕的黨羽將已經擬定好的禪讓詔書遞給東晉末代皇帝司馬德文的時候，司馬德文欣然允諾。他邊抄邊對左右侍從說：「桓玄篡位的時候晉朝其實已經亡國了。多虧了劉公出兵平定，才恢復晉朝。我們司馬家族得以繼續君臨天下近二十年全靠劉公之力。今日禪位之事，我心甘情願，沒有什麼可怨恨的。」司馬德文謄抄完詔書，交給劉裕，然後主動攜同后妃等眷屬搬出宮去。王朝更替順利結束了。
劉裕的登基一方面是客觀上的實力對比導致的。如前所述，東晉王朝已經腐朽至極，完全喪失了制約地方、尤其是手握實權的軍閥的能力。在野心勃勃的造反者面前，東晉的最後幾代皇帝只能逆來順受，毫無抵抗之力。而劉裕不僅擁有軍隊，而且代表著他所處的那個階層的利益。在東晉時期，門閥世族的力量已經大大削弱，而劉裕所代表的寒門地主逐漸掌握了實權，他們自然期望出現一個寒門皇帝。另一方面，從主觀上說，東晉末期的亂政和動盪已經讓普通百姓對司馬家族喪失了信心。晉朝皇帝失去了民心，失去了君臨天下的道德基礎。而劉裕作為事實上的主政者，他的功績和能力有目共睹。再加上普通百姓對終日清談、無所事事的世族大家極度失望，人心已經傾向了劉裕一邊。
劉裕的成功也是軍權對皇權的勝利，也是軍權對皇權的完全顛覆。劉裕通過控制的軍隊建立功勳，最終獲得天下。之後的南北朝權臣都出身於軍隊將領，都是依靠控制的軍隊謀取政權。這也幾乎成為古代中國特有的現象。
劉裕受禪不久就殺死了司馬德文，在政治上手段毒辣。但他一生戎馬，結束了江南在東晉後期的動盪局面，採取了一系列抑制豪強兼併、減輕人民負擔和恢復農業生產的措施，與民生息。儘管劉裕只在皇位上坐了不到兩年時間，但他的崛起意味著之前中國歷史上以個人出身為考核標準的門閥政治的瓦解，一個新的平民政治時代的到來。總的來說，劉裕還是個相當不錯的皇帝。
劉裕還是歷史上有名的節儉皇帝。魏晉以來，皇室、官府、世家崇尚奢華。由於是苦寒出身，劉裕知道稼穡艱辛。他平時清簡寡慾，事事嚴整有度，車馬不加裝飾，後宮不奏音樂，內府不藏財寶，甚至連床腳上的金釘也令人取下，換上鐵釘；女兒出嫁，嫁妝絕無錦繡金玉；回到家裡，馬上脫掉公服，只穿普通衣衫，腳下則拖雙連齒木屐；住處用土屏風、布燈籠、麻繩拂。他喜歡散步，每次只帶幾個隨從，從不要任何儀仗。
當然，任何一個從最底層躍升為皇帝的人都會受到花花世界的吸引。對於許多從小生活儉樸，沒有見過珍寶美女的人來說，真正面臨物質利誘時，抵抗力通常會顯得異常薄弱。劉裕平定關中的時候，就得到了姚興家族的女兒。劉裕一度非常寵愛這個女子，並因此荒廢了政事。後經謝晦勸諫，劉裕馬上將這個女子遣走，恢復了勤政的生活。
劉裕對珠玉車馬、絲竹女寵十分節制。一次，長史殷仲文上奏朝廷應該備齊音樂，劉裕以沒有閒暇、不會欣賞為由予以推脫。殷仲文再勸皇帝經常聽聽自會欣賞，劉裕直接回答說：「正以解而好之，故不習之。」劉裕患有熱病和刀傷，需要睡在冷物上。寧州進獻光彩艷麗、價逾百金的琥珀枕，光潔華麗，劉裕聽說琥珀可以療傷，令人搗碎分發將士。劉裕不僅內外奉禁，處處節儉，還能不忘窮時警戒後人，他在宮中懸掛著當年做工時使用過的農具、補綴多層的破棉襖。
劉裕身邊的近臣上奏稱讚皇帝節儉樸素。劉裕回答說：「田舍公得此，以為過矣。」（老農夫過上我這樣的生活，還覺得過分呢。）後來，劉裕的孫子孝武帝劉駿看見這些東西，批評祖父是「鄉巴佬」。
劉裕做了兩年多皇帝後，在西殿駕崩，時年60歲。劉裕被稱為武帝，葬在丹陽建康縣蔣山初寧陵。宋武帝劉裕和其子宋文帝劉義隆統治時期，南北朝亂世出現了難得的安定局面，史稱「元嘉之治」。
劉裕的江山是辛辛苦苦得來的，而且多有起色。但是劉裕的子孫們為了爭奪皇位展開了駭人的殺戮，不是子弒父親、兄弟相殘就是叔侄屠殺。宋孝武帝、前廢帝、宋明帝三朝皇族129人，被殺者121人，其中皇室內部相殘者多達80人。劉裕奠定的國家基礎也被日益掏空了。可見，皇帝的好壞與身世無關，最重要的還是要看皇帝的執政能力。