不管這故事顯得多麼圓滿和周詳，1939年12月1日，拉奧的初審法庭依然宣判費迪南德犯有殺人罪，而且，證據確鑿無疑。考慮到他年輕，服刑時間最少為10年，最多為10年零4個月。他的父親被判無罪釋放。
這時候，費迪南德竟然提出了一個相當可笑的要求：請准予他保釋，因為他要去上學讀書。奇怪的是，法院竟然同意了。這且不說，更奇怪的事情還在後面，幾天之後，法官克魯斯把費迪南德叫到自己的私人住所，對他說，奎松總統準備赦免他！也就是說，馬科斯從被判殺人到無罪赦免，只有短短的幾天時間，而且，赦免是什麼理由，從來沒有公開解釋。
有分析家認為，這顯然與馬科斯真正的父親柴法官有關，在他被判有罪的時候，柴法官一定私下拜會了奎松總統，要求對馬科斯進行赦免。作為堂堂一國之總統，赦免一個殺人犯自然是小事一樁，奎松答應了柴的這一要求。
奎松為什麼這樣看重柴法官呢？柴法官是巨富，奎松的任期，到1941年就完結了，他想獲得連任，自然需要柴法官財力的大力支持。這樣，他們就進行了一樁骯髒的政治交易。
讓人驚訝的是，費迪南德竟然拒絕了奎松的赦免，回到了拉奧的監獄。這一消息，不脛而走。這就是馬科斯的過人之處。他不想給人留下口實，他要通過「正當」的法律程序，來證明自己的「清白無辜」。當時，一般人都沒有看出來，這個還是學生的年輕人，具有非凡的政治理想，他還不想就此罷休。
在拉奧監獄裡，費迪南德待了六個月，寫出了長達830頁的申訴書，於1940年5月遞交最高法院。同時，他在這一期間還參加了律師會考，會考分數高達98.01分，這是他超群記憶力所得到的回報。他的這分數，使許多人不相信，有人甚至以為他作了弊。為此，費迪南德大為惱火，被控殺人的事情他還沒說清，這裡又要污蔑他考試作弊。他要求進行複試，法學院的院長讓最高法院的法官對他進行面試。這也表明院長對自己學生所抱的充分的信心。
面試的時候，費迪南德向他們提出挑戰，讓他們在刑法、法律道德規範、民法、商法、訴訟程序法和政治法等方面隨便提問。他通過了考試，成績為92.35分（幾年後，有人錦上添花，把這個分數改為95.30分）。事後，法官們問他，報上說任何東西他都可以倒背如流的報道是否屬實，作為答覆，馬科斯當場表演了一番。「這是費迪南德最為得意的一天。」
最高法院決定於1940年10月12日就馬科斯的上訴進行辯論。「為了這件大事，他穿了一件白色的用鯊魚皮做成的衣服，以示他是清白無辜的。」他的父親沒有出席。主持這次最高法院審訊的，是人們褒貶極不一致的副大法官——勞雷爾。
後來成為總統的勞雷爾是個傳奇人物，1909年，他十八歲，為跟一個男子爭奪一個女孩，他一劍刺死了對方，這使他一舉成名。當他被指控殺人之後，他在最高法院成功地為自己進行了辯護。勞雷爾在最高法院任內，比別的任何一個人都對馬科斯的案子感興趣，他搶在別人前面宣佈他將親自起草「多數人讚成的決定」。據某一消息來源說，勞雷爾逐個走訪了最高法院的成員，為無罪釋放馬科斯作了一番很動情的辯護。
勞雷爾何以如此？年輕的馬科斯有哪一點值得他如此看重？這個問題，從未得到過讓人信服的解釋。有人說，馬科斯得以無罪釋放，完全得力於勞雷爾的大力干預。雖然勞雷爾在法律上了結此案顯得矛盾百出，但是，作為大律師，他似乎不願損害自己的名聲。有人試圖解釋這個問題，認為勞雷爾是出於同情心，因為他年輕時候也殺過人，也被判刑，現在，與他當年差不多年紀的馬科斯的處境，使他想起了自己的過去，產生了同病相憐的感覺。
這樣的解釋是不會讓人信服的，因為這畢竟牽涉到一樁殺人案，而不是普普通通的民事糾紛。又有解釋說，大法官勞雷爾是愛惜人才，因為馬科斯才華出眾，如果對他判刑，對國家和民族都是—種損失。這樣的解釋照樣不能令人滿意。
真正的原因，與馬科斯的親生父親有關。
柴與勞雷爾是同齡法官，柴絕對找勞雷爾疏通過。柴讓勞雷爾照顧一下，在一個習慣於以職務之便「互相照顧」的國家裡，這並不是一件稀奇事。勞雷爾對柴吩咐的事情是樂意效勞的，原因很簡單，同為法官，誰沒有求人的時候？更何況柴是那樣的富有，又跟奎松總統有著扯不斷的牽連。
最終，馬科斯被宣佈無罪。1940年，馬科斯謀殺納倫達桑一案被徹底推翻。
對這件事，一個名叫約瑟夫·萊利維爾德的人寫過一篇文章，發表在《紐約時報》上。在那篇文章裡，他評論道：「在菲律賓被判有罪就等於被判缺乏勢力。」他的這一評論相當精闢。
那麼，納倫達桑到底是不是被馬科斯槍殺的呢？一時間眾說紛紜，對社會公佈的最為可靠的答案，應該是他後來的夫人伊梅爾達的堂姐的說法，她說，有人私自問過馬科斯，問他是否真的殺了納倫達桑，馬科斯迴避了這個問題，卻不屑地說道：「那是孩子都幹得了的事。」
對此，國際社會事實上是知道的，1965年，馬科斯在訪問華盛頓的前夕，送給華盛頓方面許多禮品，據說，搬運重物的滑道都被禮品搞得油膩膩的。奉命協調訪問事宜的特使，菲律賓第一夫人、後來被人稱為「瘋婆子」的伊梅爾達的兄弟科科伊被安排會見了約翰遜總統，並送給總統一頭野水牛的頭，他對約翰遜總統說，這頭野水牛，是費迪南德親手射中的，當時，國務院裡一些愛說笑話的人，竟給這頭野水牛取了一個綽號：「納倫達桑」。
由此看來，納倫達桑一案的影響是很深遠的，但它並沒有影響馬科斯的政治前途。
二戰「英雄」
現在，再讓我們來看看他在抗日戰場上的表現。
二戰之初，馬科斯曾為美軍效勞是肯定的，在戰爭還不十分危險的情況下，他跟幾個同學一道，通過關係混進了卡平平將軍的G-2部隊。他的任務是搜集情報。進隊之後，他沒有參加多少次戰鬥，也沒有獲取什麼有價值的情報，他把主要的精力，都用來「打劫」了。
他們不把槍口對準日本人，而是為了算舊賬，或者為了爭奪女人，或者為了爭奪財產，互相幹了起來。
馬科斯和他的幾個同夥對本國人卡利克斯托·阿奎納多下了毒手，原因是卡利克斯托曾是納倫達桑一案中指控馬科斯的主要證人，他們把卡利克斯托殺死之後，卻聲稱是他在搶銀行時被抓住的，可是，抓住他的人沒有殺他，而是卡利克斯托後來在跟日本人搞什麼交易時才被游擊隊殺死的。
馬科斯有一個做人的原則，他把這原則化為一句名言：講話要與事實相反。
他曾經被日本人抓住過，在那裡，他顯得很不清白，但是，當他逃出來之後，卻神化自己的故事，說自己是怎樣怎樣在跟日本人作鬥爭，還受了傷。他分明在日本軍營中當了日軍的傭人，但他事後解釋說：他是「存心讓日本鬼子抓住，假裝當傭人，然後帶著敵軍的兵力和駐紮情報設法逃回我們自己的營地」。
他對他的傳記作者斯彭斯說，他回到卡平平部隊後，認識到「理想的情報工作就是找出自己方面的弱點，並直接組織力量，參加行動……他的巡邏隊就像一支小型的戰鬥隊一樣」。
1966年，《時代》記者根據斯彭斯的文章寫過一篇深度報道，指出馬科斯確實是位英雄，這篇報道說：
他認為情報工作就是經常開著自己那輛美國汽車進入敵區，尋找他們的弱點。
他在巴丹的納提普山上看出了敵人的弱點：那是正在用70毫米炮彈轟擊已經陷入包圍圈的美國喬納森·溫賴特將軍所屬部隊的日軍炮隊。他和另外三個戰友一起尋到這炮隊，躲在兩個沒精打采的日本士兵背後來到大炮跟前，接著就猛烈掃射。
他們幾個人一口氣就打死50名日本官兵，叫大炮也成了啞巴。很快大伙就逃了回去。三名戰友中只有一個受傷。
馬科斯因戰鬥英勇而首次榮獲銀星背帶，幾個星期後又因在薩利安河保衛戰中立功而被提名為美國榮譽勳章的候選人。不過，這次提名沒有上報到華盛頓……
沒有上報華盛頓是有原因的，據說，就在1965年，五角大樓「已準備且願意授予馬科斯『傑出功績十字勳章』和『銀星勳章』，如果他的履歷上未曾獲得過這些勳章的話」。並指出，要盡快問問馬科斯對此事的反應，看他是否接受過勳章，如果沒有，白宮欲於9月14日下午他與約翰遜總統會見時不聲張地舉行授勳儀式。
可就在這時，菲律賓方面的報紙卻對馬科斯在戰時的所謂功績發出了疑問，而且，美國方面又派出了調查組。馬科斯要使美國和菲律賓國民相信，那些報紙和前來調查的人都是「罪惡的，居心叵測的」，於是，他發表了一篇長長的演講，演講中有這樣的話：
大喊大叫的無休止的批評一直糾纏著我，說我在政策上過分親美。或許我是，——感情上講是這樣。像許多人一樣，當星條旗有史以來第一次在亞洲的土地上遭到踐踏之時，我將一切——生命、夢想和榮譽——都押在了對美國的信仰和夢想之上……
除卻公正，沒有任何別的東西可以換來信仰……
老兵們竟然嘲笑我們在戰鬥中受傷帶回的傷疤。我身上的這些傷疤有一處就是在試圖營救一位美國戰友時留下的……
是的，我的美國戰友死在我的懷裡。我們也被包圍了，必須得突圍出去。他倒下了，就在他試圖爬到一個安全地帶的時候，我轉過身來，伏在他的身旁——菲律賓人和美國人的鮮血在菲律賓的土地上交融到一起了。
在我擁著他爬向一個散兵坑時，他死了，死前留下了這樣的話：「你若活下來，告訴美國國內的人，我死時唯一的遺憾是美國讓我失望了！」似乎是為了減輕他死時的痛苦，我，一個菲律賓人，向他——一位美國戰友——保證說：「不，美國不會忘記我們，不會使我們失望的。」
他的這一段演講，含義是豐富的，對自己的標榜，對美國複雜的感情，全在其中。他的演講起了作用，獲得了議會不絕於耳的掌聲。
但是，他後來的所作所為，確實讓美國對他厭棄了，約翰遜總統甚至對自己身邊的人說：你如果再把那個厚顏無恥的傢伙帶到離我50米的地方來，我就撤了你的職！他之所以那麼快就讓白宮對他厭棄，主要是因為他的貪得無厭。這且暫時不提。
根據以上的情況，也就是馬科斯自我吹噓的情況，後來就演化為他當了游擊隊長，在戰場上英勇戰鬥，成了一個不可多得的菲律賓民族英雄。
斯彭斯簡直是一個善於虛構的出色人才。他曾這樣描寫馬科斯：「他自己設法在地上爬，每前進一步就感到那子彈擦過股骨。此刻，日軍離他只有500碼，他就用匕首剜出子彈，然後流著鮮血，拖著虛弱的身體，爬了幾英里後才回到自己的部隊。」
這麼動情的描寫，怎麼會不感動人呢，怎麼會不讓善良的菲律賓人民覺得馬科斯是自己民族最偉大的英雄呢？可遺憾的是，他們被騙了。
1942年，巴丹戰役剛剛結束，日本就開始釋放戰俘。按費迪南德自己的說法，他是在1942年8月4日獲釋的，他的母親何塞法拿著乾淨的衣服把他領了回去。這之前和之後，他的父親瑪麗安諾都在幫助日軍辦事，早在1942年初，瑪麗安諾就參加過歡迎日軍的儀式。
在後來的整個戰爭期間，他一直充當日軍的宣傳員，在日本兵的保護之下到各個村子去宣傳鼓動，宣傳的內容，當然是要菲律賓人降服日本，不要再參加游擊隊。可是在戰爭即將結束之際，瑪麗安諾卻承認自己是被兒子拉去跟日本人合作的。