土肥原調到瀋陽後幾個月，就爆發了九一八事變。事變發生時，土肥原正奉召到東京匯報東北情況。戰後遠東國際軍事法庭仍然判定：「土肥原賢二確為1931年瀋陽事變的共謀者之一」。主要理由是：1.事變發生時他雖然不在瀋陽，但由他主持的土肥原特務機關是發動事變的中心。2.土肥原被召回東京時，在報刊公開主張：「關於滿洲一切懸案應從速解決，如有必要應以武力進行解決」。3.事變發生後3天，土肥原即從東京返回，就任瀋陽市長。4.土肥原是將遜帝溥儀由天津轉移到東北的陰謀策劃與實施者。因此，遠東國際軍事法庭以土肥原對九一八事變有「共謀侵略計劃罪」而提出公訴，並認為罪證「均確鑿無疑」。
九一八事變後，土肥原提出在東北建立以遜帝溥儀為首的滿蒙「五族共和」體制的日本傀儡政權。在關東軍的支持下，他親自趕赴天津，製造「便衣隊」暴亂事件，乘機將溥儀從天津劫持到東北。在土肥原等人的導演下，以溥儀為首的偽滿洲國政權很快成立，東北淪為日本的殖民地。在長達14年之久的殖民統治下，日本從中國東北掠奪了大量資源，東北人民遭受了深重災難。
日本侵佔東北後，又向華北擴張。與日本的侵略政策一致，土肥原於1933年再次充任瀋陽特務機關長，開始策劃「華北自治運動」。當時，華北山海關、唐山、通州等地的特務機關，全部劃歸土肥原領導。在他的策劃下，特務機關先後對閻錫山、韓復矩、宋哲元等中國地方首腦進行拉攏，企圖使他們脫離國民政府，另立自治政權，但沒有收到成效。於是，土肥原又開始尋找其他機會。
1935年5月，4名日本軍人在察哈爾省由多倫經張北縣沿途偷繪地圖，到達張北時因無證件而被中國軍隊扣留。土肥原立即以此為由向冀察當局施加壓力，逼迫察哈爾省民政廳廳長秦德純與之簽訂《秦土協定》。該協定主要內容包括：
1.向日軍道歉，撤換與該事件有關的中國軍官。
2.停止國民黨在察哈爾的一切活動。
3.成立察東非武裝區，第29軍從該地區全部撤退。
4.取締察哈爾省的排日機關及排日活動。
5.撤換宋哲元的察哈爾省主席職務。
1935年10月，土肥原特務機關進入北京後，繼續策劃以分裂中國為目標的「華北自治運動」。戰後遠東國際軍事法庭認證，土肥原曾親自與國民黨冀東行政督察專員殷汝耕進行密商，要求後者「起事」。在土肥原的煽動下，殷汝耕於11月25日在通縣宣告脫離國民政府，成立「冀東防共自治政府」，並發表了親日宣言。冀東偽政權成立後，土肥原又鼓動主持華北軍政的宋哲元與殷汝耕合作，成立「華北五省聯盟自治政府」。宋哲元得到國民政府同意後，成立了冀察政務委員會。土肥原擔任冀察政務委員會顧問，並安插了一些親日分子充當委員。
1936年3月，土肥原奉調回國出任留守第一師團師團長。1937年3月，他又被任命為第14師團師團長。1937年盧溝橋事變爆發，日本發動了全面侵華戰爭，土肥原奉命率部入侵中國。8月20日，土肥原部在塘沽登陸，之後在華北作戰，一路殺向保定、石家莊、邢台、邯鄲、磁縣、大名、安陽、新鄉，直抵黃河渡口。因其進軍迅速，被日本報紙稱為是「華北戰場上的一顆明星」。
1938年5月，土肥原率部渡黃河進入隴海鐵路向鄭州方面進攻。中國軍隊為阻止日軍沿平漢鐵路進攻武漢，在花園口掘開黃河堤岸，以黃河之水阻止日軍行進。土肥原部被洪水圍困月餘。黃河決堤造成中國人民數十萬人死亡和1200餘萬人流離失所，日軍的侵略是該事件的根本起因。
1938年6月，日本為在佔領區組織統一的偽政權，成立了對華特別委員會，調土肥原中將負責，稱「土肥原機關」，後改稱「重光堂」，在上海設辦事處。該特務機關成立後，在土肥原的主持下，先後對唐紹儀、吳佩孚、靳雲鵬做工作，但並未取得成效。1938年底汪精衛叛國出走後，日本改將汪作為統一中國偽政權的對象。
土肥原於1939年調任北滿第五軍司令官；1940年調任日本軍事參議官兼陸軍士官學校校長；1941年晉陞陸軍大將並出任陸軍航空總監；1943年調任第七方面軍司令官，統轄日本駐馬來亞的第29軍、駐蘇門達臘的第25軍、駐爪哇的第16軍和駐婆羅洲的日本守衛隊；1945年調回東京任教育總監。
日本戰敗投降後，土肥原賢二被盟軍逮捕，關入橫濱刑事所。1948年11月，以「破壞和平」、「違反戰爭法規慣例及反人道」等罪行，土肥原被遠東國際軍事法庭判為甲級戰犯，在巢鴨監獄執行絞刑。
另外一名就是製造震驚世界的「南京大屠殺」的元兇——松井石根。
1937年7月7日的盧溝橋事變之後，日本侵略軍對我國開始了大舉侵略，所到之處都實行「三光」政策。到了11月下旬，日本侵略軍已經逼近六朝古都南京。日本侵略軍上海派遣軍司令官松井石根在攻佔上海時受到了中國軍民的頑強抵抗，攻佔上海後，松井石根在12月1日晚7時，向部隊發出了攻佔南京的命令。
此時的南京已有半數居民和僑民撤離，但還有幾十萬的居民和少數外僑留下。在外僑劃定的國際安全區域內，設置了25個難民收容所。12月9日，松井石根命令部隊向南京城內空投所謂的最後通牒，並聲稱：大戰即將開始，若中國軍隊必欲抗戰，則一切戰爭之恐怖將盡現於南京。12月12日下午5時，國民黨南京守備部隊的高級將領棄城逃跑，數十萬手無寸鐵的老百姓卻落入了日本侵略軍的屠刀之下。
松井石根在入侵南京後，下令部隊「分區對城內進行掃蕩」，之後的六個星期，松井石根帶領他的侵略部隊在南京製造了一起舉世震驚、慘絕人寰的屠城血案。此外，令松井石根無以辯駁的證據是外國記者的相關報道：美國記者達丁在發回國內的報道中描述，「隨著日軍佔領下關，出現了防守部隊遭到集體屠殺的事件，屍體被混入沙袋中堆積起來，形成了6英尺高的小山。」
在國際安全區域裡的25個難民收容所也沒有逃過這場屠殺。裡面的中國百姓許多人都被日本侵略軍拖出難民營集體屠殺，眾多婦女都被多次強姦。當時國際安全委員會的創立委員、金陵大學醫院外科主任、美國教授貝蒂斯在遠東國際法庭上作證說：「在72小時內南京國際安全地帶委員會埋葬軍民死屍大約30000具……我曾目睹5次強姦事件，在金陵大學校舍內收容難民30000人，曾發生強姦事件數百次。」?趩?趽
在南京犯下纍纍罪行後，1938年3月松井石根復原回國，定居在日本東京以南的靜岡縣伊豆山。他竟然在伊豆山山腹燒製了一尊合十觀音立像，燒製使用的泥土是從南京大場鎮帶回的紅土。這座觀音像還被起名為「興亞觀音像」。松井本人還對此像的含義作了解釋，說：「此像容目溫和，面向南京，體現了以此功德永遠向怨親平等、祈仰東亞之大光明之本意。」
距觀音像不遠處還建了一座觀音堂，堂內祭壇正中設有一座觀音坐像及一座立像，觀音像前的木匣內擺放著記有松井部下戰死者23104人的名冊，兩側還立著兩個牌位，寫著「支那事變日本戰歿者靈位」和「支那事變中華戰歿者靈位」，以此表示對中日雙方戰死者的祭奠。雙手沾滿了鮮血，卻仍想以此來掩蓋自己的罪行，模糊這場侵略戰爭的事實。但是在1948年的遠東國際軍事法庭上，面對鐵一般的事實，松井石根還是不得不對自己的罪行一一供認。
在1948年12月23日松井石根等七名甲級戰犯被處死刑後，其「靈位」被放置在觀音堂祭壇的突出位置，祭壇兩側還陳列出許多與松井十分有關的實物，儼然成為一個「松井紀念館」，之後這裡更是成為祭奠包括1068名甲、乙、丙級戰犯在內的所謂「大東亞戰爭全體陣亡者」的場所，因此被一些日本人視為「小靖國神社」。
儘管松井石根視中國百姓的生命如草芥，但他自己卻是一個害怕死亡的人。當他被宣判死刑時，竟然因過於害怕而險些摔倒在法庭上，在《侵華日軍甲級戰犯大結局》一書中，對松井石根此時的表現這樣描述道：
松井石根聽到自己被判為絞首刑後，頓時臉色蒼白，渾身顫抖，竟然在摘耳機時把眼鏡也帶了下來。他拾起眼鏡，仔細觀察了一番，發現並未破損後復又戴上，向法庭鞠了一躬，不想又腳底不穩，險些摔倒，幸虧站在他身後的美國憲兵拉了他一把。隨後，憲兵像挾小雞一般，將松井石根拖出了法庭。?趪?趭
如果說在明治維新之前，作為一種民間信仰，靖國神社將「成者王侯」與「敗者盜寇」一起祭祀，確實顯示出日本古代文化中的某種「人情味」（如祭祀叛亂而死的西鄉隆盛）；那麼，在明治維新之後，靖國神社的意味發生了改變。
余傑認為，如今的靖國神社已「完全蛻變成為軍國主義意識形態的馬前卒」。他說：「我在靖國神社及『游就館』中看到的一切，絕非『宗教自由』那麼簡單。」北京大學中文系教授陳平原分析得更透徹，他認為：「靖國神社之突出『為國捐軀』，使得這種『已在國民的宗教意識中扎根的慰靈傳統有了本質的改變』。此後，必須是效忠於天皇和大日本帝國的，才有資格享受祭祀。這種置幕府軍隊與外國士兵之死於不顧的『招魂』，在推行天皇參拜和軍國主義的同時，培養了民眾的『殘忍心』——很難說這與太平洋戰爭期間日本軍隊在中國以及東南亞的暴行沒有關係。」?趪?趮
事實上，在靖國神社成為一個國際問題之前，日本政府和日本戰死官兵親屬之間一直有較為強烈的對立感情。日本戰死官兵的親屬，固然可以接受為天皇戰死的說法，但日本人通常並不把天皇和政府看作一體，我家的人是被日本政府帶去的卻沒有帶回來，要找政府算賬是理所當然的事情。這些人得罪不得，但要討好也很不容易，因為他們人數眾多，日本政府就算有金山也無法填補他們的需要。這也是歷屆日本政府頭疼的問題。
但是，靖國神社問題一出，日本政府的頭疼就迎刃而解。由於亞洲鄰國的反對，日本政府成功地獲得了戰死老兵家庭的支持，成為了他們的代言人和保護者，雙方站到了一條戰線。按說，中國方面在這個問題上佔有絕對的道義優勢，但是具體到日本每一個戰死官兵的家庭，無論日軍有怎樣的罪惡，這些供奉在靖國神社的人畢竟是他們的兒子、兄弟、丈夫或父親，可以想像這個時候，這些普通日本人無論是不是軍國主義者都不會講道義的。
於是，在日本國外的人認為靖國神社有甲級戰犯在裡面，日本人是要復活軍國主義，在日本國內的人則認為是外國人不讓本國政府表達對於為自己戰死者的尊敬和歉意，在這一輪的對抗中，日本政客獲得了最大的成功。日本首相支持率不夠高的時候去拜靖國神社，也就成了不二法門。
3.一個普通人的憤怒
2001年8月上旬，離日本戰敗投降日越來越近。8月13日下午4點半，當選不到半年的日本第87任首相小泉純一郎身穿燕尾服以首相身份去參拜。
韓國人憤怒了，20名青年人於8月14日在漢城日本駐韓國大使館門前剁小指抗議。報章上開始分析韓國人和中國人對這件事反應的差異。