1994年4月，拉登被沙特取消了國籍。這讓拉登最終孤注一擲，憑著其家族在建築業中所積累下來的數十億美元的家財，開始了他的活動。只要哪一地區的穆斯林陷入困境，他就會幫著招兵買馬，甚至帶兵征戰。由於中央情報局所代表的美國屢屢想在穆斯林世界站穩腳跟，這儼然與拉登“統一”穆斯林世界的願望背道而馳，所以，拉登最終把打擊目標專注地放在了美國人身上。
早在1996年1月，中央情報局就成立了一個由12人組成的反恐小組，全力對付拉登在蘇丹的工作站。該部門的主要任務是了解“本·拉登在哪裡？他的巢穴在哪裡？支持他的後勤管道和途徑在哪裡？他們是怎麼相互聯系的？他的支持者和盟友是誰？誰在贊助他們？”該部門的代號是“Alec”，“拉登處”是它通俗的叫法。幾年後，這個部門的人數可能翻了至少幾十倍。中央情報局的這個小組剛成立，就隱約覺得拉登會向美國的海外目標發動攻擊，因為他們有可靠情報，拉登正大力資助北非的恐怖組織，於是，中央情報局通過政府向蘇丹政府施壓，迫使他們驅逐拉登。拉登被迫於該年的5月份輾轉返回到他的成名地阿富汗。在阿富汗鞏固了他的基地後，很快就讓他龐大的國際網絡投入工作。
1997年，拉登頻頻向美國發出威脅，並且聲稱“有組織地殺死美國人和他們的同盟軍，這是每一個任何國籍的穆斯林的個人義務。”1998年2月，拉登突然宣布，他是奉真主之命執行殺美國人的任務的。他的這份聲明讓中央情報局大為震動，中央情報局巴勒斯坦工作站站長施羅恩制定了一個計劃，打算趁拉登到阿富汗南部大城坎大哈時將其綁架。這一計劃立即得到中央情報局局長特尼特的贊同，要求“拉登處”協同特別行動小組執行計劃。後在6月初，特尼特局長又突然取消了這一計劃。
直至2001年9月11日，“9·11”事件發生。
據美國中央情報局調查報告，在“9·11”事件發生後，基地組織主要在阿富汗、中亞、中東地區活動。其最高領導是以拉登為首的中央委員會，下設有4個專門職能委員會，分別負責管理軍事、宗教、宣傳和財務事務。基地組織在阿拉伯有10多處訓練基地，對從各國來到阿富汗的成員進行恐怖活動訓練。訓練內容包括學習原教旨主義教義，學習使用輕型武器、使用電腦。
其實，早在上個世紀80年代反抗蘇軍侵占阿富汗的時候，前往阿富汗作戰的宗教極端分子們就已經熟知“基地”這個詞的具體含義了。拉登的精神導師阿卜杜拉·阿扎姆早在1987年的時候就寫道：“每一條宗教原則都得有人去維護，每個人都應該扛起重任和作出犧牲，這就是我們的根本！”
據估計，自上世紀末以來，在“基地”接受過訓練的人有3萬以上，他們被稱為“阿富汗的阿拉伯人”。據悉，“基地”組織核心成員約400-5000人，主要由“阿富汗的阿拉伯人”組成。拉登通過傳真、移動電話、因特網或信使遙控指揮其在世界各地的支持者。
“基地”組織三層核心鮮為人知，邊緣團體跑到“基地”訓練營偷藝被逐。到1999年和2000年的樣子，“基地”組織才真正地成熟起來。不過，就算“基地”組織成熟的時候，其核心機構其實也沒有多大，甚至於外界動不動就指某個組織是“基地”，那是不了解基地組織的真正結構情況。
“基地”組織三層核心：
第一層核心是“基地硬骨頭”，這個核心是由拉登本人以及那些自八十年代以來一直隨拉登鞍前馬後跑的人組成，人數在數十人左右。當然了，後來也有一些有經驗的人被吸納入這層核心，比如說曾在菲律賓和其他地方屢屢制造炸彈爆炸事件的哈立德·穆罕默德。
第二層核心是數十個分散在世界各地的“基地”組織分支的領袖人物。這些組織分支往往原本就是當地極端組織，它們通過各種關系與拉登搭上線，並且得到拉登的完全賞識、信任和訓練之後，才能進入“基地”圈子。
第三層核心是拉登最鐵桿的秘密信徒。這些人並不從事恐怖行動，而是分散在世界各地，有著正當的職業和道德操守，但他們卻秘密為拉登搜集情報和籌集資金！這個核心拉登非常看重。
3.塔利班——游擊隊“聖戰”
2010年末，“維基解密”創始人阿桑奇在接受阿拉伯半島電視台采訪時指出，大量在阿拉伯國家擔任要職的高官與美國情報局CIA有密切的接觸，他們經常訪問美國在這些國家的使館。阿桑奇說，“這些重要官員是美國在這些國家的間諜”。
據“維基解密”《阿富汗戰爭日志》中的文件披露，美軍與塔利班的交火中，美軍往往殺錯人，導致平民死亡，引發阿富汗人的憎恨。美軍越來越多地使用無人機偵測和打擊阿富汗的目標，但經常發生墜機情況。令人驚訝的是，文件顯示，塔利班當下已擁有具熱尋功能的便攜式地對空導彈，而過去美軍從未公開承認塔利班有如此裝備。
阿富汗雖然只有約2993萬人口（2007年1月），卻有20多個民族，數百年來，因為民族、宗教的世代恩怨，部落之間相互爭斗不斷。阿富汗有三個較大的民族，普什圖族有人口1100萬，約占阿富汗總人口的40％。普什圖人對國家斷斷續續統治了兩個世紀。被推翻的國王查希爾、塔利班領袖奧馬爾、前總理希克馬蒂亞爾都是普什圖人。普什圖人長期得到巴基斯坦的政治和軍事支持。絕大多數普什圖人是穆斯林遜尼派。普什圖人主要居住在興都庫什山以南。在阿富汗北部，普什圖人不到15％。
塔吉克族有人口500萬，占全國人口25％。塔吉克人屬穆斯林遜尼派，是阿富汗歷史上人才輩出的民族，在國家中有很強的影響力。大多數部長、銀行家和大商人都來自這個民族。大多數喀布爾人也是塔吉克人。如果不把拉巴尼短暫的執政算進去的話，塔吉克人總共統治過阿富汗兩次——14世紀、20世紀20年代末。塔吉克人是北方聯盟的骨干。已故的馬蘇德將軍、拉巴尼總統、法希姆將軍、伊斯梅爾汗將軍都是塔吉克人。
烏茲別克族有人口230萬。烏茲別克人相當稠密地居住在靠近獨聯體的省份。阿富汗的烏茲別克人是穆斯林遜尼派。
阿富汗由於地形復雜，交通不便，經濟落後，各部族間相互隔絕。部族的內部事務由各自的首領管理，而且大多數部族擁有自己的武裝組織，矛盾錯綜復雜。
普什圖族是阿最大的民族。在過去的200多年裡，普什圖族在阿軍事、政治和經濟生活中占統治地位。普什圖族與非普什圖族之間常常處於相互對立的狀態。
塔利班是阿富汗武裝派別之一。“塔利班”在阿富汗普什圖語中是“宗教學生”的意思，也稱“學生軍”。其骨干成員多來自宗教學校或受過培訓的阿富汗普什圖族難民。塔利班屬伊斯蘭教遜尼派，信奉原教旨主義，致力於建立“世界上最純粹的伊斯蘭國家”。
1995年5月與6月間，塔利班在阿富汗內戰不停、軍閥割據的背景下發起，發動了代號為“進軍喀布爾”的戰役，很快的控制了阿富汗近40％的地區。並贏得阿富汗人、特別是普什圖族人（占國內總人口40％）的擁護。塔利班乘勝向喀布爾發起全面攻擊。同一年的9月26日，塔利班占領了電台、電視台與總統府。此時，塔利班已經全面控制了首都，之後並控制了包括首都喀布爾在內的全國90％以上的領土，而反塔利班聯盟中唯一具有與塔利班正面對抗能力的，只剩下馬蘇德一派。
掌權後的塔利班聲稱要建立世界上最純潔的伊斯蘭國家，但執政以來對國家重建並無明顯建樹，主要在於經濟每況愈下，加上疾病流行，使它得到的支持度逐漸下降。
在塔利班占領阿富汗首都五年的時間裡，塔利班已經給這個曾經在20多年前飽經內戰與蘇聯入侵洗劫的國家烙上了“不妥協的伊斯蘭運動”的標記。在阿富汗，小偷會按照伊斯蘭教律例處罰；婦女被禁止從事大多數職業，而且會因為通奸行為被處死；流行音樂與跳舞也已經和電視或錄像一樣，歸入了被禁之列。即便是放風箏以及在公眾場合談笑也遭到譴責。最近，塔利班又再一次激怒了世界各地的印度教徒，因為塔利班要求在阿富汗占人口少數的印度教徒必須在外衣上佩戴特別的身份標記，以把他們與穆斯林區分開來。
2001年“9·11”事件後，在美軍事打擊下，塔利班政權垮台，一些殘余轉入山區。此後其長期隱藏於山區中，從2006年開始塔利班東山再起，並從北約手中奪回阿富汗南部地區。
當前，阿富汗“塔利班”組織雖已沒有當年主政阿富汗時的實力與氣魄，卻也早已不是昔日敗走麥城的草寇。在阿富汗，它現控制了70%的國土；在巴基斯坦，其塔利班成了比阿富汗塔利班還危險的組織；甚至在印度和斯裡蘭卡也出現了自稱塔利班的組織。
美國軍方現在已經意識到，擺在面前的麻煩數這裡最大。
據“維基解密”中美國國務院的機密文件，在巴基斯坦已發現有43個恐怖分子營地，其中22個位於巴基斯坦控制的克什米爾地區。
1997年，巴基斯坦是世界上第一個承認塔利班政權的國家。“9·11”事件之後，巴基斯坦又曾是世界上唯一沒有和塔利班斷交的國家。後來，在美國政府的強大壓力下，巴基斯坦不得不與宣布支持本·拉登的塔利班中斷聯系。而在追隨美國反恐8年後，塔利班成了巴政府的大仇人。當年支持塔利班給巴基斯坦帶來的副作用也是巨大的，它加劇了巴基斯坦遜尼派與什葉派之間的矛盾，甚至因此損害到了巴基斯坦和伊朗的關系；與阿富汗問題長期糾纏不清，還令腐敗、槍支泛濫、恐怖事件如影隨形，使巴基斯坦變得混亂而脆弱。近來巴基斯坦塔利班武裝的頻頻得手更令西方擔心巴將日益“塔利班化”。
自從美國推翻阿富汗塔利班政權後，塔利班就開始越過邊界向巴基斯坦滲透，並在巴西北部部落地區擁有了相當的勢力。斯瓦特山谷地帶就是巴塔利班最牢固的控制區域之一。不過，巴軍方並不承認那裡是塔利班的“國中之國”，認為這是“誇大其詞”，故意渲染巴軍方與塔利班之間的“曖昧關系”。目前，巴塔利班控制著西北邊境省聯邦直轄部落區、省直轄部落區的一部分和半部落區的一部分，總計占有4萬平方公裡土地和約500萬人口。巴政府每年都要對塔利班發動冬季攻勢，但收效甚微。巴境內的塔利班還分成許多派別。實力最大的是馬哈蘇德領導的“巴基斯坦塔利班運動”，控制著北瓦濟裡斯坦和南瓦濟裡斯坦的絕大部分地區以及阿富汗邊境的其他部族地區，成員不下1萬人。該派別是唯一得到“基地”全天候資助的巴塔利班力量。
與阿富汗接壤的邊境城市白沙瓦近兩年來也是恐怖襲擊頻發之地，塔利班在這裡形成了廣泛而深厚的勢力網。他們修建地下軍事通道，訓練武裝分子，並通過地下通道與其他伊斯蘭極端組織秘密聯系。巴軍方將整個白沙瓦地區稱為“一個輻射巴阿邊境地區弧形軍事區域的支撐點”。一些在白沙瓦地區采訪過的外國記者普遍表示，塔利班依托多山的復雜地形建立起了非同一般的“軍事防御體系”，很難實施有效打擊。