舒亶這一招的確惡毒，蘇軾的這些涉及新法的詩並無攻擊訕謗之意，無非是描述了行新法後產生的一些現象，但在舒亶的嘴裡，都成了惡毒的攻擊，在此情此景之下，誰又能說得清楚呢？果然，在猶豫了一陣之後，神宗還是下令把蘇軾拿問。
蘇軾在湖州任上被逮捕，押出湖州中，百姓夾道相送，失聲痛哭，足見蘇軾之得民心。押到開封以後，投於烏台獄，這就是中國歷史上著名的文字獄之一——「烏台詩案」。
蘇軾在獄中呆了很長時間，蘇軾的兒子求告無門，便去南京找蘇軾的弟弟蘇轍想辦法。臨行之時，他囑咐別人，送飯時送魚，不要送肉，但送飯的人搞混了，竟把肉送了進去。蘇軾一見，誤以為大限將到，不由得悲憤中生。原因是蘇軾與兒子約好，如果沒有什麼情況，送飯時帶魚，如果情況緊急，送飯時帶肉，這樣可以內外通氣，早作準備。蘇軾自覺李定、舒亶等人必欲將他處死，在悲憤之中，索筆寫下了兩首詩，其一云：
聖上如天萬物春，小臣愚闇自忘身。
百年未滿先償債，十口無家更累人。
是處青山可埋骨，他年夜雨獨傷神。
與君世世為兄弟，更結人間未了因。
蘇軾的這首詩是寫給弟弟蘇轍的，本想托一獄卒交給弟弟，沒想到被李定安排的耳目看到，一把搶去，交給李定。李定以為蘇軾又在寫詩怨謗，正愁拿不到證據，便把詩稿往袖中一塞，匆匆上朝去了。
這時，朝廷內部又發生了一些微妙的變化，曹太后在彌留之際，跟神宗談過一次話，指出蘇軾是個忠臣、才子、廉吏、好人，要神宗千萬別冤屈了蘇軾；神宗雖然年輕氣盛，但也並未想殺蘇軾，只是李定一夥人極力陷害，企圖置之於死地。第二天上朝，李定竟把蘇軾的詩交給神宗，並說蘇軾又在獄中大發怨怒，神宗看完詩，覺得莫名其妙，就問李定詩上寫的什麼，李定一驚，才想起自己害人心切，竟未看詩稿。這麼一來，形勢急轉直下，以前幫助李定的人見神宗態度已變，都見風使舵，替蘇軾說情。就這樣，在審無證據的情況下，蘇軾被釋放出獄。
對於「烏台詩案」，還有另一種解釋。宋代諫議大夫劉安世（另號元城先生）在《元城先生語錄》中有一段記載：蘇東坡被御史謝景溫誣告乃至下獄。當時張安道在南京做官，就向皇帝上疏營救他。本想附在南京府的公文中遞交皇上，府官不敢接受。於是張安道就命令他的兒子張恕到登聞鼓院將信投進去，張恕左思右想，覺得有些不妥，徘徊再三，終於未敢投書。不久，東坡出了獄，後來看見那封上疏的副本，不由得伸出舌頭，臉色都變了。有人問他為何如此，東坡未回答。後來蘇東坡的弟弟蘇子由看了那副本，說：「我哥哥當然要吐舌頭了！這件事全靠張恕之力。」別人問:「為什麼呢？」子由說:「難道不知道漢代鄭昌救盍寬饒的事嗎？鄭昌上書說:『上無許、史之屬，下無金張之托』，這話正激起漢宣帝的憤怒。寬饒有什麼罪過呢？正是因為觸犯了許、史之輩而遭禍。再來發人隱私，就更添加了幾分怒氣。如今東坡也沒有罪，不過是名氣太高，與朝廷爭勝負。張安道的上疏說東坡實在是天下之奇才，難道不只有激起人主的憤怒嗎？」僕人聽了這一番話，覺得很有道理，說:「那麼當時要救東坡，應該怎麼說呢？」子由說:「應說本朝還未曾殺過士大夫，如今就從陛下開始，後世子孫必然要援引陛下為例子。神宗好名而畏此，也許可以制止那件事。」古人說才大壓主，會引起君主的嫉妒，其實蘇軾忠心耿耿，並無得罪之處，真所謂匹夫無罪，懷玉其罪了。
元豐三年（公元1080年）二月，蘇軾被貶為黃州團練副使，在這裡，他寫下了千古不朽的名篇《前赤壁賦》和《後赤壁賦》，躬耕東坡，留下了許多佳話。
元豐八年（公元1085年），三十八歲的宋神宗病逝，年僅十歲的哲宗即位，由高太后攝權聽政。高太后一貫反對王安石的新法，在高太后掌權後，第一件事就是清除那些靠結黨營私而爬上高位的官員，她免去了王圭的宰相職位，重新任命司馬光為宰相，對那幫因反對新法而遭貶斥的人物，也陸續復用。這樣，蘇軾先被任命為登州太守，後又召還朝廷。李定、舒亶等人見蘇軾果然東山再起，又恨又怕，便時時尋找機會陷害蘇軾。
恰在其時，遼國派使臣來朝，帶來一副對子的上聯，要大宋朝在三日之內對上下聯，若能對上，即為上邦，若對不上，便為下邦。這對子的上聯是：𣿅
三光日月星。𣿅
高太后傳旨，讓百官聯對，可此聯實在太難，百官無一能對。李定和舒亶心意相通，推薦蘇軾入對，說蘇軾文名滿天下，定能對上，若不能對出，便是欺世盜名之輩。高太后聽了，明知他倆陷害蘇軾，但她還是相信蘇軾可以對出，便召蘇軾前來。
蘇軾見了遼使，尚不明白他何以耀武揚威，等說明來意，蘇軾便請遼使亮對，遼使大聲朗誦道：「三光日月星」。蘇軾一聽，啞然失笑說：「敝國三歲蒙童也能對出，滿朝文武，無非不屑聯對，逗你玩罷了！」遼使發怒，以為他對不出，故意大言欺人，便催他快對。蘇軾說：「敝國蒙童即讀《詩經》，我對『四詩風雅頌』可以嗎？」此對一出，遼使愕然，滿堂大嘩，歎為絕對。這「風」、「雅」、「頌」中的「雅」分為「大雅」和「小雅」兩種，故可稱四詩，一下子解決了數字「四」和後面三個字代表三種事物的矛盾，可謂巧妙之極，況且還寓有把「四詩」比作「三光」之意。
蘇軾趁勢戲弄遼使說：「貴國這副對子，我信手拈來即可，『一宮清慎廉』，『一陣風雷雨』，『半桶泥塗漿』……」弄得遼使暈頭轉向，羞慚萬分，只得自認下邦，狼狽而去。
李定、舒亶弄巧成拙，反幫了蘇軾的一個大忙。在高太后的支持下，蘇軾在一年之內連升了三次官，升為中書舍人，翰林學士知制誥，兼侍讀。其職權在副宰相以上。
司馬光任宰相以後，當然要廢除新法，元祐元年（公元1086年）三月，司馬光主持政事堂會議，要求五官以上的朝官全參加，中心議題是全盤廢除王安石所行的新法。蘇軾在被貶的過程中，親眼看到了新法推行後的一些好處，覺得不應該全盤廢掉新法，因此，他反對司馬光的主張。
對於王安石的新法，即使在今天看來，也不能全盤否定。北宋以後，「冗官、冗軍、冗費」十分嚴重，王安石主要針對「三冗」，精簡機構，收攏權力，提高效率，發展經濟，應該說是正確的，但由於王安石用人不當，再加上守舊派反對，推行不力，新法實行了十幾年確實未有大的成效，原來的問題反而顯得更嚴重，因此，司馬光當然要廢除新法。
而就在這次會上，蘇軾竟放了「頭炮」，他說：「天下所以不能大治的原因，失誤在於用人不當，而不是法本身的錯誤。如今司馬光要全盤廢除新法，實屬大錯！」此言一出，不僅司馬光大驚，整個政事堂的氣氛都為之凝固了。司馬光不解地問：「你我過去一同反對新法，況又遭新黨之害，為什麼還要為新黨新法說話呢？」蘇軾說：「一切據實情而定，乃是為官為政之道，不應存黨派門戶之見，也不應有私人政見之爭。過去王安石急行新法，確有不當，但如今盡廢新法，亦如抱石而救溺，也不妥當！」司馬光聽了蘇軾的話，怒氣更盛，厲聲說道：「盡廢新法，皆如舊制，本相已決，不必再議！」說完即走出政事堂。
蘇軾也很生氣，回家後直罵「司馬牛！司馬牛！」吃完午飯後，他捧著肚子，問左右的人說：「你們可知此中裝了何物？」一女僕答道：「都是文章。」蘇軾搖頭。又一女僕說：「滿腹都是機關。」蘇軾更搖頭。唯有愛妾王朝雲笑笑說：「學士老朝一肚皮不合時宜。」蘇軾聽後，長歎一聲說：「知我者，朝雲也！」
這樣，蘇軾又遭到了司馬光的舊黨排斥，同時尚在朝中的新黨也極力排擠他，另外，還受到持有不同學術觀點的程頤、程顥的洛黨的攻擊，蘇軾處境很艱難。他曾歎息說：「如隨眾人，內愧本心，上負明主；不改其操，知無不言，則仇怨交攻，不死即廢。」他接連上書，要求外任，高太后體諒他的心情，便讓他以龍圖閣學士的身份出任杭州知府。
在蘇軾出任杭州以後的一年多一點的時間裡，曾兩次被召還朝，又兩次改換任所，實在是疲於奔命。後來，蘇軾被任命為兵部尚書，兼侍讀，又改任禮部尚書，兼端明殿學士，其弟蘇轍也被任命為宰相。
自哲宗十歲起，蘇軾就是他的老師。哲宗此人剛愎自用，好大喜功，不喜忠誠老練之人，在一些政敵的攻擊之下，哲宗逐漸疏遠了蘇軾。哲宗親政以後，就盡廢高太后在元祐年間所做的事，任命章惇為宰相，呂惠卿等奸佞之徒也陸續引進。這樣，蘇軾的厄運就到來了。
章惇等一批新黨全部還朝，他們對元祐年間的執政大臣採取了殺戮、鞭屍、懲罰、流放的「報復」措施，蘇軾當然在劫難逃。蘇軾被以「譏斥先朝」的老罪名剝奪了職務，貶廣東熒州，在途中又被貶為寧遠軍節度副使，惠州安置。年近六旬的蘇軾帶著全家，顛沛於暑熱坎坷之中，在同年的春天到達了惠州。
惠州生活的艱辛困苦是可想而知的，但蘇軾以其豁達超脫的生命態度來感受這種生活，自己動手，全家人開荒種地，日子居然也過得有滋有味。在當地，他仍和在杭州、徐州等地一樣，盡其所能地為百姓做事，在文化上也留下了許多美談。
一天，蘇軾全家團聚，偶逢其興，便提筆寫了一首《縱筆》詩：
白髮蕭散滿霜風，小閣籐床寄病容。
報道先生春睡美，道人輕打五更鐘。
不久，這首詩傳到了京城，章惇見了，嫉妒異常，他恨恨地說：「好吧！你不是『春睡美』嗎？我偏偏要讓你睡不著覺！」於是，在紹聖四年（公元1097年）四月十七日，朝廷下令貶蘇軾為瓊州別駕，昌化軍安置，不得簽署公事。
瓊州即現在的海南島，在當時是一片蠻荒之地。對於六十二歲的蘇軾來說，這一次貶謫是一次迫害性的流放，蘇軾聞風，準備拋骨瓊州，不擬生還。他的這種心態，在他的許多詩文裡可以看到。
但蘇軾到瓊州後，卻以堅韌超脫的態度活了下來，並為海南島的文化發展做出了巨大的貢獻。他不僅使當地人有了大批的舉子，就是在語言、生活習慣等方面也對海南島的居民產生了很大的影響。可以說，蘇軾遭貶不幸，卻是海南島的大幸。
元符三年（公元1100年），二十四歲的哲宗去世，宋徽宗趙佶即位，他想調和新舊兩黨的關係。在蘇軾被貶瓊州三年多以後，被詔還朝。在還朝的途中，蘇軾每到一處，都有大批的文人學士和無數的百姓夾道歡迎，想結識或是一睹這位文化巨人和數朝名臣的風采。公元1101年，蘇軾病死於北歸的途中，死時，京口驛館四週一片哭泣之聲。
【評議】
蘇軾一生純白，絕無機心，更不玩弄權術，由此而使他在仕途上經歷坎坷，幾遭殺身之禍。但正是因為他不通權術，他才成為任何權術家都無可比擬的千古名人。歷史的公正，在他的身上得到了充分的顯現。
蘇軾的詩、詞、文、賦以及書法在中國文化史上有著巨大的意義，他以超越的情感來觀照艱難生活的生命態度，也有非常重要的價值，至於不屈己阿人、不媚俗附貴的正大人格，在中國文化史上更是一直發揮著重大的影響！
歷史畢竟還是公正的，人們並不因為蘇軾一生多遭貶斥就對他懷有偏見，也不因為他一生多不得勢就對他置若罔聞，而是能實事求是地評價他一生的功績，給予期無限的尊重和讚揚。至於迫害他的那些人，都像小爬蟲一樣地灰飛煙滅了。如果歷史還能記起這些人的話，那是因為蘇軾，僅只是因為他們迫害過蘇軾而已。借此傳名，也可謂怪誕了。