為與葡西商人打交道，李旦、李錦、鄭芝龍等都成為天主教徒。李旦到達日本時，日本反天主教運動正在深入，對葡西商人的限制也日益增多。1600年，也就是英國成立東印度公司那年，日本的天主教徒達70多萬人，連德川幕府的帳下親信都入了教，引起德川幕府的驚恐與警覺。同年，安汶（今印度尼西亞港口城市）的統治者允許荷蘭人在安汶修築城堡，給予荷蘭人丁香經營專利權，排擠了葡萄牙人。
荷蘭原為西班牙屬邦，從1566年尼德蘭（尼德蘭包括今天的荷蘭、比利時、盧森堡三國和法國北部的一小部分。14~16世紀中期，通過中世紀的王朝婚姻關係和王位繼承傳統，尼德蘭成為西班牙的一部分）爆發反抗鬥爭開始，荷蘭人醞釀的就不僅僅是掙脫束縛。當時安特衛普（今比利時最大工業港口）是歐洲主要金融中心，屢遭西班牙人劫掠，數千名手工業者、商人和銀行家逃往北方，尤其是阿姆斯特丹。1585~1622年，阿姆斯特丹人口從30萬激增到105萬。
16世紀末，各種意外的事件相結合，驅使荷蘭人公開挑戰葡萄牙在東方的霸權。弗朗西斯·德雷克爵士在其著名的環球航行（1577~1580）中的一個意外發現，加速了這一進程。在他眼中，葡萄牙人樹敵甚多，商船航線和據點漫長而分散，其在東印度群島的勢力並非無懈可擊，也遠非東方主人。
尼德蘭的反抗運動妨礙了殖民地商品在北歐的運銷，荷蘭人不能再從伊比利亞各港口得到貨物。以往有一段時間，英國人一直在地中海東部諸港口獲得東方的產品，但這一貿易也因西班牙和葡萄牙軍艦封鎖了穿越直布羅陀海峽的航道而被抑制。在這些壓力下，荷蘭人和英國人決定，既然不能從里斯本和亞歷山大得到香料，那就直接到東印度群島去取。他們越是侵入，越是發現對方出乎意料的虛弱。
一開始在西屬美洲露面的英國闖入者，試圖以和平的、商業的方式進入，但當時外國人在西班牙殖民地通商是非法的，遭到西班牙的抗議乃至伏擊，船隊5艘船裡有3艘被擊沉或捕獲，這一厄運發生於1567年，是英西兩國關係的一個轉折點，它結束了英國與西班牙殖民地和平、合法通商的希望，於是英國人以海盜和劫掠的方式駛往西屬西印度群島。
最早向西班牙發起致命挑戰的是英國人，但1588年西班牙無敵艦隊在侵犯英國時遭遇滅頂之災，百年的海上霸權開始走向衰落。1594年當葡西國王下令荷蘭人不准與東方發生商業關係時，荷蘭人開始了自己的東方冒險。1598年，荷蘭船隊抵達東南亞。儘管葡萄牙人已在此稱霸80年，但從未能有效壟斷這裡的貿易。
以香料來說，其主要源於德那地、蒂多雷、安汶和班達等群島。德那地和蒂多雷盛產丁香，安汶與班達群島是肉桂、肉豆蔻的主要出產地，胡椒則遍佈馬來群島。1511年以前該地的物產大都由爪哇商人運至馬六甲集中轉口，但是這種商業秩序卻因葡萄牙人佔據馬六甲而瓦解。從某種程度上說，葡萄牙人佔領馬六甲之後，馬六甲在東南亞貿易中的地位就出現了下降的尷尬。
英西關係史上的轉折，首先發生在荷蘭人身上。1601年9月，荷蘭人首次抵達澳門，儘管被駁回了通市要求，但得到廣州當局的善待。澳門葡萄牙人認為這是荷蘭不可饒恕的冒犯，就用殘忍方式殺害了部分荷蘭船員。這激怒了荷蘭人，馬六甲海峽遂出現了集結的荷蘭戰船，專門截擊從澳門駛往果阿等地的葡萄牙船。
1603年2月，荷蘭人在柔佛附近海域對葡萄牙進行了一次劫掠。這艘滿載中國絲綢、漆器、陶瓷等物品的船被運抵阿姆斯特丹拍賣，一共獲得了350萬荷盾，在當時引起不小轟動。這讓荷蘭人對與中國的直接貿易充滿期待。
同年，荷蘭人將永久商站設在爪哇萬丹。在東南亞，貫通東西航道最理想的港口，一處是馬六甲，另一處就是萬丹。一年之前，英國將商館開到了這裡，直到1682年這裡都是英國在東南亞的貿易總部。英國人似乎總比荷蘭人快半步，1600年當英國東印度公司建立時，荷蘭國王、高級官員和大富商才在兩年後合資組成荷蘭東印度公司，准其擁有從非洲好望角到南美洲之間的貿易壟斷權，以及建立軍隊、設置法庭、簽訂條約、宣戰媾和等特權。
儘管這時荷蘭有多達5倍於英國的船隻，但荷蘭人容忍了英國人在東印度群島的競爭，他們仍在為擺脫西班牙統治而獨立戰鬥，無力再樹敵。兩者在很多地方相安無事，一直到1609年荷西締結安特衛普休戰協定，荷蘭人開始轉身對付英國人。與朝貢貿易圈是一種非侵略性的親疏關係不同，18~19世紀，荷蘭、英國吞併了很多由其保護的聯盟國家。
葡西商人在安汶被直接排擠的境遇，很快延伸到了日本等地。1604年德川幕府實行生絲特許制，統制生絲貿易，由葡西商人操縱的局面一去不復返。1612年，日本發出禁止天主教令，同時宣佈不再對西班牙實行生絲特許制，卻給予分別在1609年和1613年才到日本貿易的荷蘭、英國商船以內地貿易的自由，儘管他們帶給日本的是與葡西商人大致相同的貿易商品──槍炮、火藥、鉛等軍需品和豪商需要的呢絨、生絲、綢緞及棉紗棉布等。
17世紀初，荷蘭一派如日中天之象，其曠日持久的反西獨立戰爭，也是打破葡西對東方壟斷的過程。明朝朝貢貿易網早已沒有了當年的風光，取而代之的華人私人貿易網絡，正面臨著荷蘭人的入侵。
華商力量：不戰而屈人之兵
1602年，荷蘭人在暹羅南部的大泥建立了商館。緊接著，荷蘭駐官發現當地中國人數目遠遠超過當地居民。
「若欲通商，無如漳州，漳州之南有澎湖，南北交通之要地也，誠能踞而守之，則互市不難。」當被問及中國事時，久居大泥的漳州海澄商人李錦，給荷蘭人支招說道。
荷蘭人問：「如果守將不允許，怎麼辦？」李錦就授之以賄賂之說。
春汛之後冬汛之前，澎湖沒有明兵駐守，荷蘭人一邊乘機登上馬公島，「伐木築捨，為久居計」，一邊向福建當局要求與漳州「通商」互市。
按照明朝「非朝貢國不與之通商」的法律規定，福建巡撫徐學聚、總兵施德政對互市要求予以拒絕。在明兵威懾下，荷蘭人短暫佔據澎湖到1604年，後撤出。李錦後仍在大泥從事貿易，1612年，他舉家遷徙到安汶，1614年死於當地。
1604年，東南沿海發生了有史記載以來最大的一次地震（8級），泉州發生大澇，民饑，上下無策。《明代大員宣慰司研究》說，福建名士陳第向徐學聚建議，把數萬饑民遷到台灣地區，給三金一牛，以墾荒島，得到官府默認，於是就出現了有組織地向台灣地區移民的一幕。
這次移民也能看到商人的影子，黃合興商號就是重要的組織者。在《東番聞見錄》中，時任黃合興商號的賬房程子嘉詳細記載了這次移民所用的船隻和物件，1604年初首次移居台灣地區的大陸人有3342人。在中國海商史上，作為在政府點頭情況下對台灣地區較早進行商務開發的商號之一，黃合興商號是一個仍未被充分認識的商號。
先前葡萄牙船隻遠航東海，路過台灣之北，遇見澎湖，這是歐洲人發現台灣島之始。1613年，日本平戶荷蘭商館館長建議佔據台灣島作為貿易基地，但並沒有下文。因為對日本平戶—馬尼拉、平戶—中國澳門的貿易前景不太樂觀，大約從1615年開始，李旦派人前往澎湖等地從事貿易活動。
也有一種說法，荷蘭人需要得力的中國人幫助他們打開對華貿易，李旦成為他們主要借助的力量。而在1617~1618年，李旦兒子李國助取得德川幕府的朱印狀，從事台灣地區貿易，並利用台灣地區進行對福建的轉口貿易。
不知道其中是否存在內在聯繫，1615年，德川家康向長崎代官（相當於現在的市長）村山等安發出朱印狀，令其組隊遠去台灣地區。1616年，村山等安的次子率船13艘，動員3000人進犯台灣雞籠（現基隆），這一消息為琉球國王獲悉，他立即派人向明政府通報，於是出現了1617年晚明的一次重大抗倭戰役——「東沙之役」，最後村山等安一家被德川幕府以「遠征違背國策」的罪名，滿門抄斬。
1614~1625年，李旦共發船18艘，歐華宇發船5艘，目的地包括東京、交趾、呂宋、高砂（台灣別稱）4地，其中前往台灣地區的船隻數量就佔了一半，達11艘之多。李旦的生意包括外銷日本的工藝品和金屬，交易中國的絲綢、瓷器、茶葉，以及收購台灣地區的鹿皮。一船的貨物通常價值大約10萬兩白銀，以現今白銀價值來算，相當於100萬美元，李旦生意規模之大可想而知。
1621年，李旦派顏思齊帶隊在笨港南岸（今雲林縣北港鎮）登陸，伐木築寨，建立了10座營寨，移民前來，並提供生產工具（船、牛、耕具等）和武力保護。各部落頭目訂約劃界，向移民抽稅、收租。為支援台灣地區的移民基地，這年李旦共派3艘「朱印船」到台灣島，為歷年來最多。1622年，李旦的兒子李國助也來到台灣島。李旦船隊的貨物主要有來自日本的工藝品、金屬和從澎湖收購的鹿皮，在和許心素派來的船會合後，交換明朝的絲綢、瓷器、茶葉等物。
在荷蘭人佔有台灣島以前，李旦、顏思齊、鄭芝龍共同以日本的平戶、長崎和台灣地區的雲林、嘉義一帶為基地，從事對日貿易和海上武裝打劫活動。
1622年4月荷蘭人從巴達維亞港出發，分乘8艘戰船進攻在澳門的葡萄牙人，但受挫，隨後佔據澎湖列島，明政府官方遂嚴海禁，不准中國商船出洋興販。同年，日本發生屠殺外籍及日本教士事件，1623年驅逐葡萄牙人出境。
1624年日本禁止西班牙人來日通商，並強行將天主教徒集中到長崎，結果引起教徒的強烈反抗。荷蘭人趁機向德川幕府說，這是葡萄牙人暗中策劃煽動的暴亂。德川幕府將軍大為震怒，以武力平息了暴亂。
長崎於1571年開港，由信奉天主教的大村純忠所開，從此長崎就作為對外貿易及傳播天主教的據點而急速發展，但當新的西歐勢力崛起時，長崎更多受到荷蘭文化的影響。
在謀求通商不得的情況下，1617年，荷蘭人對中國南下商船的劫掠變本加厲。僅這一年，就有11艘中國商船遭到荷蘭人搶劫。根據荷蘭船長威廉·龐德的記述，在1622~1623年，荷蘭人又劫掠了12艘中國商船，並在漳州港燒燬中國商船60多艘。
在與以國家力量為後盾的西方武裝商船的競爭中，中國海商基本上是以個體或群體面目出現，很多時候處在被排擠和殺戮的劣勢地位。
由漳州人顏思齊出面組織的28人拜盟兄弟團，包括泉州南安人鄭芝龍、漳州海澄人陳衷紀、福建莆田人洪升、泉州惠安人張弘、泉州同安人林福等，欲起事，不幸事洩，遭到搜捕，倉皇逃往台灣島。
顏思齊原是一介成衣匠，1612年遭官家欺凌，逃往日本。鄭芝龍，先祖世居河南固始縣，唐時入閩，從小習海事，被舅舅黃程領上商道，並結識李旦，這成為其人生拐點。
在日本待不下去之時，鄭芝龍奉李旦之命，搭乘荷蘭船「好望號」由平戶起程赴澎湖，擔任荷蘭人的通事（翻譯）。1624年8月李旦也從日本平戶抵達澎湖。到這時，中國人各類漁船被荷蘭人搶走600多艘，修築工事、炮台和城寨成為被強迫之事，以至於1300名中國人餓死累死，270多人被掠往爪哇做苦役。