阿里巴巴的這名員工，是因為參加2003年的廣交會而染上「非典」的。當時阿里巴巴的中國供應商項目承諾代替它的客戶參加各種展會，去展示客戶的產品和資料，其中當然包括中國最大的外貿展會——廣交會。雖然展會開幕的時候廣州已經被明確為疫區，「但是我們當時的想法認為，阿里巴巴對客戶承諾除了真正的不可抗力我們不會去外，能做的我們都應該做到。而政府當時還是照常舉辦了廣交會，所以我們也就正常地參加了。但我們的那位員工回來以後就出現了症狀，更要命的是她是一位非常勤快的人，從廣州回來以後本來可以休息，但她卻認為自己還有些工作沒有做完。所以，回到公司裡加了一會兒班，和不少人有過接觸」，阿里巴巴的一位高層這樣回憶說。
很快這名員工被確診為「非典」患者，同時阿里巴巴公司也迅速被政府確定為重點防範對象。公司辦公區域被完全封鎖，幾乎所有員工都被隔離在家——除了秘密製作淘寶的那一個小組之外，甚至連剛剛來參觀過阿里巴巴公司的當時的杭州市市長和他的隨行人員也不能例外——他們也被隔離了整整一周。馬雲後來描述當時的情況說：「（一直到隔離結束後）我走到街上人們都會指著我說，看看，那個『非典』來了。」
而另外一個令阿里巴巴人有所顧忌的事實是，「非典」時期正是電子商務發展，同時也是阿里巴巴業務擴張的高峰時期。而阿里巴巴人並不願意被別人誤會成是發災難財。因為恐懼，中國的商人們不得不留在家裡，需要大量採購中國商品的國外商人也不得不停止了到中國的行程。為了繼續他們的商業活動，他們就是不願意，也不得不開展電子商務活動。因為看到了伊拉克戰爭的可能，阿里巴巴正好在美國的CNBC上投播了大量廣告，而這些預定的廣告正好在此時開始在CNBC上大量播放，並因為「非典」而起到了極好的效果。因此，機會就這樣在阿里巴巴能力最為薄弱的時候到來了。
對於隔離，理論上像阿里巴巴這樣的電子商務公司是可以用在家辦公的方式來解決的。但問題是沒有一家中國公司真正在這個方面有過經驗，因此當2003年「五一」長假結束前一天，已經得知公司將被完全隔離的阿里巴巴所有高層都忙於整理通訊錄，安排電信部門給員工的家裡安裝電腦、寬帶和通訊設備（作為一個電話銷售業務巨大的公司，阿里巴巴把所有的業務電話都分配到了被隔離員工的家裡）的時候，他們對阿里巴巴能否度過這一個關口心中沒底。
「理論歸理論，當時實際上困難更多的是心理上的，阿里巴巴有大量外地在杭的單身員工，他們多半租住在一些偏遠的農民房裡，有的甚至沒有窗子，僅僅是一個睡覺的地方。而在隔離期間，這種房子的門口會站上一名警察和一名社區工作人員，水、食物都由他們送到房間內，員工的活動範圍就在房間內。因此，他們能不能在整個隔離時期安全地度過而不產生心理問題都是未知數，更不用說完成當時節節上升的業務流程了。」
這裡我們要引用馬雲在當時給阿里巴巴的員工家屬寫的一封信。作為一家公司的領頭人，馬雲當時是面對著很大的壓力的。因為阿里巴巴的員工染上了「非典」，「為什麼要在此時派員工去廣交會？」，成為外界對馬雲的主要指責。描述這樣一個背景，我們可以更為深入地體會馬雲寫此信的心理——此時他不得不面對這樣一個事實：縱使阿里巴巴的員工是因為職業原因被隔離，但他們的家屬卻是一群無辜的受害者。面對他們，馬雲的委屈是可以想見的，因為他始終堅信，阿里巴巴派員工到廣州參加廣交會是一個正確的決定，但他卻不得不因為此事而道歉。這種矛盾的心理在這封信裡得到了體現，即使體現得並不充分。
尊敬的阿里親友：
這幾天我的心情很沉重！從上午知道確診後到現在，我一直想給所有的人表示深深的歉意！如果今天有任何事可以交換我們不幸的患病同事的健康，如果今天我們可以做任何事來確保同事和杭城父老兄弟姐妹的健康，我願意付出一切！！
我知道今天做任何解釋都毫無意義！畢竟事情已經發生！我為我們的同事在事發前所做的一切應急預防準備工作表示遺憾！因為我們的準備工作也許是杭州最好的之一，但由於種種偶然的因素我們還是被SARS擊中！而我們的應急方案居然真的派上了用場！
確實，阿里巴巴存在很多不足之處和漏洞，很多問題我們會在災難後認真反省！作為公司責任人，我很想承擔所有的責任，如果可以的話。但理智告訴我，今天還不到指責埋怨的時候！！今天我需要和大家一起共渡難關，迎接挑戰！一家由年輕人組成的年輕的公司，經過這次我們會成熟得很快！
這幾天令我感動的是，面對挑戰，所有阿里人選擇了樂觀堅強的態度，我們互相關心、互相支持。在共同面對SARS挑戰的同時，我們沒有忘記阿里人的使命和職責！因為災難總會過去，而生活仍將繼續，與災難抗爭並不能停止我們繼續為自己鍾愛的事業奮鬥！
我為有這樣的年輕人而驕傲！我為自己能在這樣的公司裡工作而自豪！我也希望阿里的家人朋友們為你們這樣的年輕人，這樣敢於接受挑戰的年輕團隊而鼓掌！因為他們沒有選擇恐慌、退縮和悲觀！這是阿里價值觀的作用！阿里人能理解！
現在我還想向大家宣佈一件事：從今晚起阿里巴巴所有杭州員工可能面臨全部隔離！我想為了我們自己，為了家人朋友，為了杭城父老，也為了阿里巴巴的明天，我們就過上幾天封閉生活吧！
我理解大家現在的心情，真的對不起！影響了大家正常的生活和工作！養好身體比啥都重要！請大家認真配合有關部門的工作！請各位阿里人把此信轉給我們尊敬的親屬、朋友和所有因我們而受各種損失的人士！並向他們表示深深的歉意！
讓我們共同為那位生病的同事祈禱！祝福她早日康復！這幾天我們還會和大家通過網絡聯繫，我們仍會一如既往客觀透明地報告我們所知道的任何情況！
再次向各位表示歉意！！
謹致誠摯的問候，衷心祝願大家身體安康！
現在我們可以來說說，那位原來在GE公司服務過15年的阿里巴巴顧問對此事的評價了。
幾乎所有的條件都指向阿里巴巴將面臨一場災難的結局：錯過業務發展的高峰是一場災難，因為員工出現問題業務流程被迫中斷也是災難，出現大規模的員工抱怨造成人心渙散同樣也是災難。