葬事畢。焚棄筆硯，矢往深山。道友鑒空、如寧留掩關於吳江之松陵。關中大病，乃以參禪工夫，求生淨土。
丁卯，二十九歲。
崇禎元年，戊辰，三十歲。
是春出關，朝南海，覲洛伽山，將往終南。遇道友雪航□公，願傳律學，留住龍居。是夏，第二次閱律藏一遍，始成毗尼事義集要四本及梵室偶談。
是年，在龍居閱藏，於一夏中，僅閱千卷。夏初遇惺谷師，乃訂交焉。時惺谷師尚未剃染。仲冬，又獲交歸一師。於是二友最得交修之益，同結冬。
刺舌血書大乘經律。撰刺血書經願文，及書佛名經回向文。
過檇李東塔，見人上堂，有感。賦偈云：「樹杪聲聲泣露哀，岸舟魚背漫相猜，宗乘頓逐東流下，觸目難禁淚滿腮。」「一滴狐涎徹體腥，當陽鴉立法王庭，卻慚普眼能弘護，猶使天人掩耳聽。」「聾人聽曲啞人歌，跛躄相將共伐柯，今日已成冥暗界，不知向後又如何。」
己巳，三十一歲。
正月十五日，為同學比丘雪航智□師講四分戒本，並刺血書願文。
是春，同歸一籌師，送惺谷至博山，依無異艤禪師薙發。艤禪師見大師所著毗尼事義集要，喜之。即欲付梓，大師不許。
在博山，遇璧如鎬師，詳論律學，遂與訂交。
隨無異艤禪師至金陵，盤桓百有十日。盡諳宗門近時流弊，乃決意弘律，大師律解雖精而自謂「煩惱習強，躬行多玷，故誓不為和尚。」「三業未淨，謬有知律之名，名過於實」，引為「生平之恥」。
是春，撰持咒先白文。願持滅定業真言（注）百萬，觀音靈感、七佛滅罪、藥師灌頂、往生淨土真言各十萬。次當結壇持大悲咒十萬。
（錄者注）指持地藏菩薩滅定業真言。
母亡三週年，乞善友課持經咒。撰為母三周求拔濟啟，及為母發願回向文。
秋，游棲霞，始晤自觀印闍梨。贈以偈云：「舉世不知真，吾獨不愛假。羨君坦夷性，堪入毗尼社。」
是冬，同歸一籌師結制龍居。第三次閱律一遍。至除夕，第三次閱律藏畢，錄成六冊，計十八卷。
撰禮大報恩塔偈，持准提咒願文，禮大悲銅殿偈，起咒文，除夕白三寶文。
撰尚友錄序。
庚午，三十二歲。
春，病滯龍居。正月初一，然臂香，刺舌血，致書惺谷。三月盡，惺谷同如是昉公從金陵回，至龍居，請季賢師為和尚，新伊法主為羯磨闍梨，覺源法主為教授闍梨，受比丘戒。經三閱律，始知受戒如法不如法事。彼學戒法，固必無此理，但見聞諸律堂，亦並無一處如法者。
是春，歸一籌師作毗尼事義集要跋。
撰閱律禮懺總別二疏，安居論律告文，為母四周願文，為父十二周求薦拔啟。結夏安居，為惺谷壽、如是昉、雪航□三友細講毗尼事義集要一遍。添初後二集，共成八冊。雖然盡力講究，不意或尋枝逐葉，不知綱要。或東扯西拽，絕不留心。或頗欲留心，身嬰重恙聽不及半。其餘隨緣眾，無足責者。大師大失所望。
擬注梵網，作四鬮問佛。一曰宗賢首，二曰宗天台，三曰宗慈恩，四曰自立宗。頻拈，得天台鬮。於是究心台部，而不肯為台家子孫。以近世台家與禪宗賢首慈恩，各執門庭，不能和合故也。時人以耳為目，皆雲大師獨宏台宗，謬矣謬矣。
〔案〕大師法語，示如母云：「予二十三歲，即苦志參禪，今輒自稱私淑天台者，深痛我禪門之病，非台宗不能救耳。奈何台家子孫，猶固拒我禪宗，豈智者大師本意哉！」復松溪法主書云：「私淑台宗不敢冒認法派。誠恐著述偶有出入，反招山外背宗之誚。」「然置弟門外，不妨稱為功臣。收弟室中，不免為逆子。知我罪我，聽之而已。」
撰結壇水齋持大悲咒願文，為父回向文。
辛未，三十三歲。
是春，撰毗尼事義集要序於皋亭古永慶寺。先是真寂聞谷老人，博山無異禪師，勸將毗尼事義集要付梓流通。乃同璧如、歸一二友商榷參詳，備殫其致。惺谷以此書呈金台法主，隨付梓人，至今歲於皋亭佛日寺刊成。
春，同新伊法主禮大悲懺於武林蓮居庵。
撰楞嚴壇起咒及回向二偈。
八月，惺谷師示寂於佛日。師病時，大師割股救之。並賦偈云：「幻緣和合受茲身，欲剜千瘡愧未能。爪許薄皮聊奉供，用酬嚴憚切磋恩。」
九月，入孝豐。取道武林，晤璧如師，不旬日，師示寂。著惺谷、璧如二友合傳。
始入北天目靈峰山過冬，即靈巖寺之百福院也。有句云：「靈峰一片石，信可矢千秋。」時山中無藏，為作請藏因緣。
是冬，在靈峰講毗尼事義集要七卷。次夏，續完。聽者十餘人，惟徹因比丘能力行之。
是冬，有溫陵徐雨海居士，向大師說占察妙典。大師倩人特往雲棲請得書本。一展讀之、悲欣交集。撰讀持回向偈。
壬申，三十四歲。
結夏靈峰。為自觀師秉羯磨授具戒。
撰龍居禮大悲懺文，及禮大悲懺願文。
癸酉，三十五歲。
是春，為靈峰請藏至，未裝。
撰西湖寺安居疏。結夏金庭西湖寺，細講毗尼事義集要一遍。聽者九人。能留心者，唯徹因、自觀及幻緣三比丘。
撰前安居日供鬮文。前安居日，大師自念再三翻讀律藏，深知時弊多端，不忍隨俗詴訛，共蝕如來正法。而自受具，心雖殷重，佛制未周。爰作八鬮，虔問三寶。若智旭比丘戒從心感得，十夏行持，當得作和尚鬮。若得戒前，輕犯未淨，當得禮懺作和尚鬮，先行懺法。若未得不成遮難，或已得未堪作范，當得見相好作和尚鬮，禮懺求相。若不成難而未得，當得重受鬮，如法秉受，更滿十夏。若成盜難而通懺，當得禮懺重受鬮。若已成難，當得菩薩沙彌鬮。若不許沙彌法，當得菩薩優婆塞鬮。若一切戒法悉遮，當得但三歸鬮。若得作和尚等三鬮，誓忘身命，護持正法。寧受劇苦，作真聲聞。不為利名，作假大乘。若得重受等二鬮，敦弟子職，誓不藐法。若得菩薩沙彌鬮，誓尊養比丘，護持僧寶。若得菩薩優婆塞鬮，誓以身命護正法，終不迷失菩提心。若得但三歸鬮，誓服役佛法僧間，種種方便，摧邪顯正。並然香十炷，一夏持咒加被。至自恣日，更然頂香六炷，撰自恣日拈鬮文，遂拈得菩薩沙彌鬮。
撰禮淨土懺文二首。
冬，述占察行法。
甲戍，三十六歲。
癸酉、甲戍之際，大師匍匐苦患。徹因比丘獨盡心竭力相濟於顛沛中，毫無二心。
是冬，在吳門幻住庵，講毗尼事義集要一遍。聽者僅五六人，惟自觀、僧聚二比丘能力行之。
撰禮金光明懺文。
乙亥，三十七歲。
春，阻雨祥符。始晤影渠、道山（字靈隱）二師，為莫逆交。是冬，大師遘篤疾，二師盡力調治，不啻昆季母子也。
撰講金光明懺告文。
夏初，住武水智月庵，講演占察經。是時即有作疏之願，病冗交沓，弗克如願。述戒消災略釋、持戒犍度略釋，盂籣盆新疏。
丙子，三十八歲。
是春，大師自輯淨信堂初集。
三月，遁跡九華，禮地藏菩薩塔，求決疑網，拈得閱藏著述一鬮。於彼抱病，腐滓以為饌，糠粊以為糧，忘形骸，斷世故。續閱藏經千餘卷。撰九華地藏塔前願文，亡母十周願文。
丁丑，三十九歲。
是歲夏、秋之際，居九子別峰，述梵網合注。先是如是昉公，遠從閩地，攜杖來尋。為其令師肖滿全公，請講此經，以資冥福。復有二三同志，歡喜樂聞。大師由是力疾敷演，不覺心華開發，義泉沸湧，急秉筆而隨記之。共成玄義一卷，合注七卷。
〔案〕梵網合注初刊之板，存金陵古林庵，後康熙丙辰歲，沈書准應成時師之請，重刻板，送嘉興楞嚴寺入藏流通。（見沈書准跋）日本元祿五年所刊之板，即據此也。
撰完梵網告文，贊禮地藏菩薩懺願儀。
自觀印闍梨自武水尋大師於九子別峰，商證梵網佛頂要旨。大師見其躬行有餘，慧解不足，設壇中十問拶之。
夢感正法衰替，痛苦而醒，寫懷二偈云：「魔軍邪幟三洲遍，孳子孤忠一線微，夢斷金河情未盡，醒來余淚尚沾衣。」「休言三界盡生盲，珠系貧衣性自明。肯放眼前閒活計，便堪劫外獨稱英。」
戊寅，四十歲。
結夏新安，重拈佛頂妙義，加倍精明。
四十初度詩云：「物論悠悠理本齊，年來漸覺脫筌蹄。拳開非實掌元在，□去惟空眼不迷。流水有心終匯海，落花無語亦成溪，剎那生處生何性，卻笑威音劫外提。」
自輯絕余編。
秋，踐誦帚師之約，入閩。渡洪塘，往溫陵。
十一月撰陳罪求哀疏。
己卯，四十一歲。
住溫陵。
誦帚昉師及一切知己堅請疏解大佛頂經。大師感其意，兼理夙願。在小開元撰述玄義二卷，文句十卷。
刊佛頂玄義，板藏大開元寺之甘露戒壇。
如是師示寂。助其念佛，並為撰誦帚師往生傳。
撰為如是師六七禮懺疏，挽如是師詩。
庚辰，四十二歲。
住漳洲。
述金剛破空論，（在溫陵刊）蕅益三頌，齋經科注。
辛巳，四十三歲。
結冬溫陵月台。有郭氏問易，遂舉筆述周易禪解，稿未及半，以應請旋置。
（錄者注）今泉州大開元寺藏有大師施贈之梵網經兩部。卷末有大師親筆題識。文曰：「崇禎辛巳。古吳智旭，喜捨陸部。奉大開元寺甘露戒壇，永遠持誦。」
壬午，四十四歲。
是夏，自輯閩游集。
自溫陵返湖州。
述大乘止觀釋要。
靈峰山中藏經裝成。
撰鐵佛寺禮懺文。
癸未，四十五歲。
結夏靈峰。
是歲結制。簡閱藏經，僅千餘卷。
崇禎十七年清順治元年甲申，四十六歲。
是秋，居檇李，游鴛湖寶壽堂。撰游鴛湖寶壽堂記。
返靈峰。有句云：「靈峰片石舊盟新。」
九月，述四十二章經、遺教經、八大人覺經解。
是歲，大師退作但三歸依人。
撰禮慈悲道場懺法願文，佛菩薩上座懺願文。
乙酉，四十七歲。
自去歲退作但三歸人以來，勤禮千佛、萬佛及占察行法。於今歲元旦獲清淨輪相。
夏，撰周易禪解竟。
撰大悲行法道場願文。
是秋，住祖堂及石城北，共閱藏經二千餘卷。
是歲，紫竹林顓愚大師遣七人來學。
丙戍，四十八歲。
晤妙圓尊者於石城之隈，同住濟生庵。
撰占察行法願文。
丁亥，四十九歲。
三月，述唯識心要，相宗八要直解。九月，述彌陀要解，四書蕅益解。
去歲，顓愚大師坐脫於紫竹林。門人以陶器奉全身供於林之山陽。今年弟子請歸雲居，於是金陵緇素以所存爪發衣缽，就山陽建塔供養。大師為撰志銘。
是冬，自輯淨居堂續集。
居祖堂幽棲寺。除夕普說。
戊子，五十歲。
成時師始晤大師。大師一日顧成時師曰：「吾昔年唸唸思復比丘戒法，邇年唸唸求西方耳。」成時師大駭，謂何不力復佛世芳規耶？久之，始知師在家發大菩提願以為之本，出家一意宗乘，逕山大悟後，徹見近世禪者之病，在絕無正知見，非在多知見。在不尊重波羅提木叉，非在著戒相也。故抹倒禪之一字，力以戒教匡救，尤志求五比丘如法共住，令正法重興。後決不可得，遂一意西馳。冀乘本願輪，仗諸佛力，再來與拔。至於隨時著述，竭力講演，皆聊與有緣下圓頓種，非法界眾生一時成佛，直下相應，太平無事之初志矣。
是冬，自輯西有寢余。
己丑，五十一歲。
九月，從金陵歸臥靈峰。
撰北天目十二景頌。
臘月，力疾草法華會義。翌年正月告成。
庚寅，五十二歲。
結夏北天目，究心毗尼，念末世欲得淨戒，捨占察輪相之法，更無別塗。
六月，述占察疏。
自癸酉迄今十餘年，毗尼之學無人過問者，而能力行之徹因、自觀、僧聚三比丘，又皆物故。毗尼之學，真不啻滯貨矣。是夏安居靈峰，乃有心學律者十餘人，請大師重講。大師念向所輯，雖諸長並采，猶未一一折衷。又問辯、音義二書，至今未梓。因會入集要而重治之，兼削一二繁蕪，以歸簡切。名曰重治毗尼事義集要。
六月二十一日，撰重治毗尼事義集要序。
安居竟，重拈自恣芳規，悲欣交集，慨然有作。賦偈云：「秉志慵隨俗，期心企昔賢。擬將凡地覺，直補涅槃天。半世孤燈歎，多生緩戒愆，幸逢針芥合，感泣淚如泉。正法衰如許，誰將一線傳，不明念處慧，徒誦木叉篇。十子哀先逝，諸英喜復聯。四弘久有誓，莫替馬鳴肩。」
八月初八日，撰重治毗尼事義集要跋。
與見月律主書。談論律學，冀獲良晤。
冬，住祖堂。
辛卯，五十三歲。
夏，結制長干。
九月，重登西湖寺。
是冬，歸臥靈峰。重訂選佛圖。
壬辰，五十四歲。
結夏晟溪。
草楞伽義疏。八月，遷長水南郊冷香堂，乃閣筆。
秋，輯續西有寢余。