2009年6月18日，央視《新聞聯播》報道稱：Google中國存在大量淫穢色情和低俗信息，違反國家有關法律規定，嚴重侵害青少年身心健康。這個消息在公司內部炸了鍋。對於任何一家公司來講，這都是難以忍受的大災難。李開復到醫院做個小手術。在進手術室前，他給公關部的人說：「手術兩個小時就完成。兩個小時之後你們就給我打電話，我就出院了。」可知當時他壓力有多大。
李開復談到了這個問題：「我們的價值觀是要完整、公正、客觀地提供搜索業務，前提是要合法。法律定義了不良信息的時候，我們要做得更好。但是我們堅持在其他信息方面保持完整性。中國政府歡迎外商合法的投資，我們應該更重視理解中國的法律法規。」記者則通過另外途徑得知，有關方面封殺Google中國的同時，跟李開復聊天時還說，從個人認識角度，也不願意這樣。
他對Google中國有很大自主權，但公司價值觀是不能改變的。在強硬的Google總部與複雜的中國之間，李開復像一個烹飪大師，卻終是眾口難調。對於他和Google中國，互聯網觀察家劉興亮認為，李開復是個綜合素質比較均衡的人，「他沒有明顯的短板，搞技術出身，又有在蘋果、微軟多年的管理經驗，同時還是Google中國最大的公關經理。」
財經作家陸新之則認為：「李開復在Google的四年，我覺得是聲勢大於實際。這四年，李開復個人知名度增加了，但比起四年前看不到Google中國更大的進步。和同行相比，Google中國的增長幅度也慢多了，Google全球是超一流發展，阿里巴巴、百度是一流發展，Google中國只能算二流發展了。」但也有資深人士指出，某種程度上，Google中國在中國的發展，相比於對手，並沒有得到同等公平的機會。
五季咨詢合夥人洪波認為李開復帶的Google的發展比很多忠實用戶預想得要慢，另外，他也沒推出具有創新性的重要產品和本土團隊。但是，「這幾年，他很穩定地存在並發展著，這也是很多人意料不到的。當時我也跟很多人瞭解過，他們認為像Google這樣的公司在中國沒辦法生存，不適合中國的國情，無論社會環境還是商業環境」。
李開復這個能夠在不同文化圈子「自由遊走」的職業經理人，如同在三峽高空走鋼絲一樣，小心翼翼地平衡著總部與中國監管部門利益的關聯。或者說，他是那個用膠水塗抹裂痕的人。
最終，在李開復辭去Google中國區總裁職位之後，我們看到了裂痕劇烈擴大的結果。2010年1月13日，Google美國總部在官方博客中發表聲明：「這些（來自中國的）攻擊和攻擊所揭示的監視行為，以及在過去一年試圖進一步限制網絡言論自由的行為使得Google得出這樣一個結論，那就是我們應該重新評估中國業務運營的可行性。」這將導致Google可能關閉Google.cn，並撤出中國。事實上，到現在為止，Google.cn是一張簡單的頁面，無法進行搜索，點擊它會跳轉到Google在香港的服務器Google.com.hk。
做所有人都歡迎的事。
在李開復宣佈創辦「創新工場」之後，他告訴我：「Google在道德承擔方面非常正面，但很不幸，還是有風險。」他說：「平衡非常不容易，做得很辛苦，自己心裡很自豪，儘管看起來有很多不完美的地方，還是恪守了公司的價值觀，又依舊守法。」
他表示，在中國做媒體的確壓力和風險比較大，而做創新工場，所有人都歡迎，無論官方、資本還是年輕人。剛宣佈要做「創新工場」，官方就有互聯網方面的協會，要評他為年度創新之星。他以知天命之年出來創業，一開始網上就有一些質疑，比如年齡大了、賺夠錢了等等。李開復覺得很可笑，駁斥道：「第一，我的年齡大了，才能夠輔導這些青年，你找一個經驗不足的，能幫助人成長嗎？第二，我不缺錢，才表示我要做我有激情的事情。一個人努力工作，應該來自他的激情，而不是他的貧窮。你看創業成功的，有多少是因為太貧窮而成功的？」
他每天工作20小時，談到「創新工場」興奮之情溢於言表。他說，這是FollowMyHeart，「要有勇氣跟隨你的心，其他一切都是次要的」。李開復說：「我的每一個選擇、改變，都與這三個關鍵詞有關：創新、中國、青年。這三個關鍵詞這次套在了一起，滿足了我的願望，應該算是完美了。」
2000年夏天，在美讀研究生的郭去疾回到北京微軟中國研究院實習。李開復時任研究院院長，他準備給實習生做關於互聯網未來的演講，把提綱發給每個人。郭去疾回了郵件，說院長的觀點是錯誤的。李開復回郵件闡述了自己的觀點，郭去疾再次批駁。後來，李開復讓秘書送了郭去疾一件T恤，並告訴他不用去聽他演講，因為他已經知道內容了。郭去疾當時認為：「他是個開放的領導，儘管是受人尊敬的院長，但認真回復一個實習生的郵件。」後來有一天，李開復在取咖啡時，郭去疾告訴他：我是那個和你辯論的Alan，說來我們還算半個四川老鄉。
郭去疾後來跟著李開復去了Google中國。2009年2月，他辭去Google中國首席戰略官的職位，自主創業，做了「Lightinthebox（蘭亭集勢）」這一面向海外的電子商務網站。他的第一筆資金來自天使投資人徐小平。
徐小平原是新東方創始人之一，在新東方上市之後他積累了一筆財富，轉為做天使投資。過去五年裡，他花了一千多萬美元，投了三十多家公司，每筆投資也不大，小的也就一二十萬美元。他投的項目包括郭去疾的蘭亭集勢、龔海燕的世紀佳緣、陳歐的聚美優品。
像徐小平這樣給予創業者少量投資作為啟動資金的投資者被稱做天使投資人。他們是創業者上路時的第一根枴杖。
Google的創始資金是一張20萬美元的支票；後來這張支票的主人、SUN公司的共同創始人安迪·托爾斯海姆獲利近三億美元。Facebook創始人扎克伯格也從天使投資人那裡獲得20萬美元的夢想啟動資金。
在美國，活躍的天使投資人超過25萬人。2007年，全美國天使投資總額為260億美元，投資的創業公司總數為57000家，投資每家創業公司的平均金額為：45614美元見《美國的天使投資人》，作者查立，發表於網易科技。在中國，除了徐小平以外，著名的天使投資人還有薛蠻子、周鴻禕、雷軍等人。
李開復的創新工場做的也是天使投資，但有一點區別。他希望創新工場做得更多，不僅僅是投錢。他打算把自己積累的經驗與人脈也用於這些公司。因此，創新工場是天使投資+孵化器的混合體，不僅對移動互聯網、電子商務、雲計算等領域的創業團隊早期階段進行投資，還為這些創業團隊提供招聘、行政、公關、法務等外包服務——就像創新工場辦公室裡的鳥巢燈一樣，一堆蛋臥在鳥巢裡。按李開復的設想，創新工場所投資的項目經過三至五年的孵化後，便脫離母體。
2009年8月，李開復拉上汪華、王曄、王肇輝規劃創新工場。在李開復的家裡，每天中午12點到傍晚6點四個人就開會。李開復和汪華在會上講創新工場的模式設想。美國中經合董事長劉宇環幫李開復介紹了一些美國的投資人，李開復他們也研究了硅谷的一些模式。最後，他們達成了共識：可以凝聚一批創業者，帶著一批工程師做公司。這就是創新工場的起點。
自2009年9月創辦起，到2010年9月恰好一週年的時間內，創新工場募集了10億元的資金，12個項目，收到了10萬份簡歷，招聘了180個工友（工友是創新工場對員工的專門稱呼）。