中國遠征軍的失敗與史迪威的指揮失誤有一定的關係。宋子文推舉史迪威言過其實。現在史迪威失利的消息傳到宋子文的耳朵裡，他生怕引起蔣介石的指責，便於5月15日在華盛頓致電蔣介石，小心翼翼地詢問蔣對史迪威的看法，並乘機出謀獻策。
宋子文在電文中除直陳「緬戰不利之主要原因，無疑為英國不能與我徹底合作」外，還說考慮到「此後我尚需利用印度為運輸軍械飛機之航空站」。「英美戰後或背道而馳，在戰時則因生死存亡關係，不能不密切合作，故我如公然向英責難，反失美國同情」。建議蔣介石不失時機，密緻總統（羅斯福）及丘吉爾一電，直陳緬戰過去之錯誤，措辭嚴正而委婉。並告以中國為此原因，「危難更為迫切，不得不要：甲，英美即派大批飛機來華助戰；乙，英、美、華速策劃雨後反攻緬甸，奪回仰光，恢復中國之國際路線」。
蔣介石對中國軍隊的失利極為懊喪，遷怒於史迪威。這從1942年6月18日，蔣介石以發表感想形式給熊式輝、宋子文的電文中可以看出。
蔣介石的電文是：「前得刪電，詢我對史迪威之感想，業已另復。中國戰區至今並未有何組織，亦未籌備進行，限度與其可能方案，亦尚未曾著手。至於空軍之建立與補充，空運按月總量，陸空軍作戰與反攻時期之整個方案，亦皆視為無足輕重。若中國戰區之成敗存亡，與彼無關痛癢。此人（史迪威）不重視組織與具體方案，及整修實施計劃，此或因平日未習幕僚業務之故，緬戰失敗之原因，其咎全在戰略之失敗，而彼乃完全歸罪於我高級將領，且謊報羅卓英逃回保山，其實彼自緬甸退卻之先……竟自赴印度，並擅令我軍入印，事前對我並未請示，或直接報告，於情於理，皆出意外。」
蔣介石在電文中雖對史迪威的組織能力、責任觀念、指揮經驗多有責備，但考慮中、英、美國之間關係，便叮囑宋子文：「我為保全友邦榮譽處計，不願多言，此時對馬歇爾參謀長不必急於答覆，將來彼或亦能瞭解吾人之苦心也。」
不久，史、蔣的矛盾也反映到美國人的耳中。儘管在羅斯福總統送給蔣介石的禮物中，史迪威不是最受歡迎的，但是畢竟還有其他值得感謝的東西。最受歡迎的一件就是1942年初那筆為數不小的貸款——500萬美元。
當時蔣介石正在新德里，羅斯福總統給他拍了一封報告這個好消息的電報，電文說：「中國軍隊對於兇惡的侵略者的英勇抵抗，贏得了美國人民及一切愛好和平的人們的最高讚揚。」
正處於怨聲載道的蔣介石，接到這份喜報，多少是個安慰。他立刻向羅斯福總統回電說：「你在世界的這場最大的危機中所表現出來的遠見卓識，值得讓一切真正的政治家羨慕。」
3月8日，由宋子文出面達成的中美貸款協議中的第二條，把最後的償還期推遲到戰後，條件是要「符合美中兩國的共同利益，並有利於建立世界永久的和平與安全」。
接著，在宋子文的活動下，英國人也馬上帶來了5000萬英鎊的貸款。有美國和英國人參加的一個聯合穩定委員會宣告成立。
然而這些，並沒有阻止蔣、史矛盾，相反卻逐步升級，以至於鬧僵。最後美國政府不得不召回史迪威。這中間宋子文做了大量工作。雖說史迪威身兼六職，神氣一時，是宋子文一時的工作疏忽，而美國政府召回史迪威，也同樣是宋子文的點子。殊不知宋子文得知史、蔣的矛盾後，始終站在妹夫一邊。當史、蔣矛盾升級時，宋子文曾三次策劃撤換史迪威。
第一次是1942年7月20日，不可一世的史迪威不同意蔣介石要從中國租借物資中撥出兩架運輸機交航空委員會使用，而作為航空委員會秘書長的宋美齡立即對史責問，並要他向蔣就有關處理中國租借物資之權做出解釋。於是史迪威當時送蔣一份備忘錄，陳述其個人權限與地位，為自己申辯。
蔣介石看到史迪威這份為自己申辯的備忘錄後十分氣憤，立即給宋子文拍去電報：平時我對史迪威不用中國戰區參謀長名義簽署文件，並時時以羅斯福總統代表自居處理一事「皆不以為忘，毫不與之計較」，但這次「再不能不與其政府坦白商討」參謀長地位與權限。
宋子文知其原委後，亦大罵：「史迪威態度殊屬離奇，閱其原函，強詞奪理，謬解職權，非神經錯亂，不能狂妄至此。」決定盡快與美國政府交涉，並請示蔣介石是繼續留史在華供職，還是乘機更換人選。蔣介石復電宋子文「暫不表示為宜」，暗示「最好能由其自動召回」。
第二次發生在1943年秋冬之交，史、蔣意見再度分歧。史建議蔣介石「轉移西北的兵力來阻止日本」，要把蔣介石封鎖陝甘寧邊區的50萬大軍和共產黨軍隊調出來打日本。蔣介石反共立場已定，豈肯調出，表示堅決反對，並公開要求美國政府撤換史迪威。
這次主子有令，宋子文極為賣命。他擬就一份「改進中國戰區方案」，目的是想通過改組來撤換史迪威。這個方案是：一、將中國戰區增設副統帥一人，由美軍官擔任，參謀長一人改由中國軍官擔任，增設副參謀長一人，由美軍擔任，其下處長副處長，則由中美軍官混合編成。二、中國代表必須參加C.C.S與軍火分配委員會。如委員長以國家領袖之尊不宜使受C.C.S之統馭，則中國戰區統帥可由蔣推薦中國軍官擔任。
接著，宋子文就活動羅斯福總統。8月21日上午，在白宮的橢圓形辦公桌前，羅斯福接見了宋子文。宋子文提交了改組中國戰區的意見書。交談是愉快的，宋說：「如史迪威不予變動，中美軍事合作甚為可慮。」羅答：「此事美國政府已經考慮，近期召回史迪威，改派斯特萊曼和韋洛接任的擬議。請轉告蔣委員長。」
宋子文走出羅斯福辦公室後，心情是十分高興的，立即向重慶的蔣介石致電報告此消息。
9月29日，宋子文在返國前夕向羅斯福辭行時，再次重申史迪威必須撤換，否則中國戰區將亂套。羅斯福回答：「原則上基本同意。有些工作還待落實。我準備派蒙巴頓上將、薩姆維爾將軍偕同你一塊去重慶。」
「好的。」宋子文答道。
然而，就在宋子文一行10月1日飛達重慶時，事情又發生了戲劇性的變化。撤換史迪威之事再度擱淺，宋子文的努力又成了泡影。謎底在哪裡？宋子文做夢也沒想到，拆台的不是美國方面，而是自己的大姐宋靄齡和小妹宋美齡。
事情原由是這樣的。
9月13日下午3時，史迪威辦公室的電話突然響起，話筒裡傳來了蔣夫人宋美齡的聲音：「我和大姐靄齡邀請參謀長到住處一晤。」
「那好。」史迪威此時正為美國政府撤換他而焦急萬分。正式命令還沒下達，他現下還不十分摸底。心想去瞭解一下情況也好，便應允下來了。
史迪威不敢怠慢，準時來到會晤地點。只見宋靄齡和宋美齡在等著他。
一陣寒暄後入坐。
宋靄齡首先道：「我們姐妹讓你來，主要對目前中國戰區的情況交換意見，中國戰區戰備情況之差之糟令人感到震驚，怎樣改變目前這種無所作為的情況？美國政府表示關注，蔣委員長更是頭痛。」宋靄齡說到這裡，故意停頓下來，給對方留下思索的空間。然後又道，「我們姐妹看，不出成績要撤人的！」
宋靄齡的一番話說得史迪威一時心裡十五個吊桶七上八下，於是便問：「姐妹聽到什麼消息嗎？」
史迪威問的消息主要是指他自己要調動的傳言。
宋美齡莞頭一笑道：「消息倒是聽到些。我們說的消息倒是何應欽先生在中國戰區作梗，致使中國戰區困難重重，不知史參謀長清楚嗎？」
「你們說是要撤他？」
「對。」宋靄齡與宋美齡唱著雙簧。
「這，這……」史迪威面有難色。
「我們姐妹們知道你目前的處境。只要你處理了何，我們可以在委員長面前為你的問題說話。」宋美齡又道。
思前想後，史迪威終於下定了決心：「那就這麼辦。望你們上天言好事。」史再也沒有以前那種神氣了。
「一言為定。」一場暗中交易達成。
事後一個晚上，宋靄齡又撥通史迪威的電話，正式告訴他：「有人正在幕後奔走，極力策劃撤換你。」同時也轉告了人們抱怨史迪威的那些話云云。
又是一個晚上，宋美齡撥通了史迪威的電話，告訴他：「委員長現在受到各方面的壓力，希望先生屈尊到委員長這裡來一趟，說幾句道歉的話，我看事情就過去了。」
接到這個電話後，以「醋性子喬」聞名的史迪威有點害怕了，睡不安覺了。為了避免免職，強壓心中怒火，真的跑到委員長面前來道歉了。旁觀者道：「別看他血氣方剛，目中無人，讓宋家姐妹一掐一個印兒。」
史迪威一進蔣介石的辦公室，就開口道歉：「委員長，請你不要介意，我有錯，但惟一的目的還是為中國好，並非出於對委員長不尊。」
蔣介石笑了：「何必這樣，我也是個脾氣不好的人，都是為了共同的抗日事業。今後我們一塊繼續戰鬥。」
就這樣，宋子文幾經周折撤換史迪威的事再次擱淺。
史迪威向蔣介石道歉，並非心願。當天晚上他從蔣介石處回到住處，心裡很不是味兒，於是提筆寫下了這天的日記：
這是一次該詛咒的經歷，男子漢大丈夫做事從來無悔，想想真是可笑至及。一條響尾蛇沒有發出響聲就咬人了。
……
寫完日記後，史迪威更無睡意。他在想究竟誰在搗鬼，在幕後下決心撤換他？他腦中浮現了多個面孔，最後停在「宋子文」頭上。接著他又在10月18日的日記寫道：
有一種預感。是宋子文？他是製造麻煩者？如果羅斯福得到情況說我破壞關係，他從哪裡獲得的呢答案——只有從宋子文那裡。因此，宋子文想免我的職，為什麼？因為我和蔣夫人合作，而她是為了大元帥，不利於宋子文的野心。
史迪威疑心重重，10月21日又寫道：
啊，是宋子文。在新德里告訴薩姆維爾這件事就要實現了。
原來，宋子文和薩姆維爾在飛渝途中，透露了羅斯福總統要撤換史迪威，由薩接任的消息。
抵達重慶後，薩姆維爾恐怕由自己頂替史迪威而招致史的怪罪，便將宋子文的原話全盤托出來為據。這樣才使史迪威明白宋子文是他的最大的敵人。於是史迪威在後來的日記中又寫道：
當宋氏姐妹保證其地位將大為改善，將來不致遭攻擊時，我推測宋子文著實受到了打擊。
再說宋子文聽到這個不祥的消息，打擊說不上打擊，他心裡著實一肚子火無處發。據說他從美國回來，宋美齡、宋靄齡邀他吃飯，他不洗塵，他連回話都沒有，後來，宋美齡登門問：「這是吃虧啦？我和大姐的邀請連回聲都沒有？」
「你和大姐做的好事，還讓我說啥？史迪威不走，國無寧日！」宋子文大發雷霆。
宋美齡只是陪笑，不再說什麼。
事情恰被宋子文看破了——史迪威不走，國無寧日。後來蔣、史矛盾重起，宋子文再度出山，活動美國總統羅斯福，終於「趕走」了史迪威。這個時間為1944年10月20日下午。
宋子文主持了第三次國際代表大會，並召開了中外記者招待會，給代表和記者的印象是：宋子文屬學者型，態度慎重，英文清晰，主持會議用語準確，給各位代表留下良好的印象。