第三天，宋子文將上海的二十多名商業鉅子請到南京蔣介石的行轅。蔣開始高一腔低一腔的訓話。大意是政府急於「剿匪」，急需軍費。我派宋部長去上海向你們籌款，你們居然說長道短，實在不像話，說著說著，就吼了起來：
「須知今日不僅南洋有『共匪』蔓延，就是上海潛伏的『共匪』也不在少數，你們如果不肯幫助政府解決困難，一旦上海共產黨暴動，政府又何能幫助你們呢？你們先反省，我去小解。」
說完就走，走之不回。
會場冷場了，又不敢散會。
人們等了又等，半天過去了，飯都開過了，實在無奈。這時吃了飯的宋子文過來，人人紛紛責問是怎麼回事？宋子文也不知。此時一個「識時務者」提示大家說：「政府派兵『剿匪』有困難，我等體念中央難處，願回去限期籌足政府所需借款，豈不可回去吃飯了？」
大家同聲贊同。
宋子文將此情況告訴了蔣介石，蔣才下令「散會」。
一來一往，再二再三，弄得宋子文與工商界矛盾加深起來，同時也引起了人們對政府的不滿。
此後宋子文不得不考慮盡快實行中央財政預算制度。
不久，全國財政會議如期召開。
來自全國各地的百餘名工商界代表聚於上海大華飯店。
宋子文主持會議，並作財經總結報告。
他先報告了形勢，並對此存在的問題作了深刻的檢討。他說：「『剿匪』期間，為了籌措應急軍費，政府不得不採取一些強制政策，比如迫使大家出錢買公債，引起大家不滿，後遺症很大。對此，政府包括我本人在內應做深刻反省，向大家表示歉意。」
宋子文講到此，站起身向大家鞠躬，大家響起一陣理解的掌聲。接著，他針對財政中的問題，一針見血地提出了自己的見解。他說：「任何政策的制定，都要通過人民。否則，任何一個政府都得不到人民的信任。高壓政策，抑或強制政策，只能加劇政府與部屬關係的緊張，只能管一時一事。作為一個國家，像一個家庭一樣，應該搞財政預算方案，從宏觀加以控制。應該量體裁衣，力所能及。在軍費方面應該加以限制，根據我們的財力所及。我認為每年度軍費開支不得突破1.92億元為好，軍隊限員應為50萬人。否則我們財政負擔不起，重蹈高壓覆轍。」
宋子文講到此，又是一次更熱烈的掌聲。
宋的這個建議作為一次重要提案，得到了與會的銀行家、商人、工業資本家的支持並獲大會通過，上報政府批准執行。
後來，蔣介石等一行回到南京時，召開常委會通過此案時，遭到了包括蔣介石等多數人的反對。此方案就此擱淺。
好心當成驢肝肺，宋子文不肯善罷甘休。緊接著，在8月份南京政府召開的國民黨第二屆中央執行委員會第五次全體會議上，宋再次提出了「中央預算和限制軍費」的提案。宋子文激動地說：「五次『圍剿』期間，為了籌措軍費，我們財政部已將全部重要稅收都做了抵押，因此除非迅速採用統一稅收和預算計劃，形勢很難扭轉，中國勢將很快面臨破產。因此，我曾提出的中央預算和限制軍費的提案是有一定理由的。」
宋的講話不多，卻得到了與會者的支持。
蔣介石也順水推舟，這時宋子文才鬆了口氣。
可是宋子文高興早了，事實並非他想的那麼簡單。由於南京政府是軍政府，軍政府掌權，軍事要放在首位，不願壓縮軍費。再加上地方新軍閥各自為政，我行我素，不予配合。宋子文的上述提案雖批准，卻實行不了，最終流於形式，成為一紙空文，令宋子文好生傷心。
儘管宋子文挖空心思，百般籌財，被人稱之「搖錢樹」；但是蔣介石的軍費開支卻是個「無底洞」，張口就要，永遠也填不滿，致使南京政府的財政赤字越來越大，包袱愈背愈沉，填不滿巨額赤字，惟一辦法是靠借債生存。南京政府收入中的借貸部分，1927年6月高達48.6%，最低是1932年7月1日為16.8%。由於政府承擔了以前歷屆政府所欠的外債，國內政權尚不穩固，因而在國際上缺乏信譽，很難借到外債。僅1927年至1931年5年間，南京政府內債就發行了25種之多，合計10.058億元。由此蔣宋矛盾漸漸趨於公開、尖銳、激烈。
宋子文深知若再採取過去那種強制政策，向上海和江浙財團們籌款已無力行通，此次便採用了與這些財團合作的辦法發行公債，即以公債和庫券大折扣出售給銀行家，也就是將債券在正式發行前抵押給銀行，由銀行預付債券票面值的50%的現金。如上海錢業公會所屬錢莊，從1928年3月至1931年3月在13筆交易中，以1562萬元的預付金購得3060萬元的債券。債券正式發行後，或者直接投放上海證券交易所，或者存在銀行，由這些銀行根據市場價格議定最後出售價。由於有利可圖，銀行家們都願意做這宗買賣。特別是蔣宋家族，他們既掌握南京政府的財政大權，又控制著全國的金融業，信息靈通，所以他們可以通過國家政權發行公債又可以通過銀行壟斷公債的經費，從手中獲取巨額利潤。例如宋子良、宋靄齡等人創辦的七星公司就是利用蔣、宋、孔三大家族的關係，參與債券投資活動，從中獲取暴利。蔣家政權的腐敗也是從這裡開始的。
據統計，1930至1933年，蔣介石的南京政府由於發動中原大戰和對紅軍的大規模的軍事「圍剿」，軍費年年有增無減，所以時稱「南京政府視發行公債如家常便飯……宋子文上台後，南京發行公債是其籌款的惟一途徑，就是為蔣介石窮兵黷武之用。」而宋子文則把財政收入「一部分充當軍餉，一部分購買槍械，一部分收買軍隊，一部分則落入蔣介石和宋子文的私囊。」
從1928年至1933年，宋子文在籌款理財方面為蔣介石的南京政府做出了巨大貢獻，蔣介石在新軍閥混戰，特別是中原大戰中，之所以能擊敗眾多對手，取得全勝，在很大程度上就是因為有宋子文籌措的巨額軍費做後盾。宋子文的理財籌款本領，在南京政府中再一次顯露。也正因為如此，蔣介石對宋子文特別器重，並委以重任。蔣介石不僅把全國的經濟大權交給他，而且幾乎把南京政府軍事以外的其他權力也交給他負責或參與決策管理。宋子文竟成了蔣介石的左膀右臂。蔣介石之所以如此重用宋子文，可能一方面看中了他的才能，一方面是對宋家的報答。
然而好景不長，由於雙方矛盾達到激化，宋子文不同意過多地把經費投入「剿共」，於是向蔣介石遞交了辭職報告。這時候，孔祥熙從歐美訪問歸國，蔣介石感到宋子文不願再擔任財政部長有人接替，便許諾將宋提升為行政院長；宋則同意用販賣鴉片的秘密收入支付一部分軍費。
不久，宋子文發現他再次被蔣介石欺騙了。他為支付抗日軍費而發行的公債受到蔣介石的阻撓，駐熱河省的中國軍隊遵照蔣介石的命令從抗日前線撤退，一槍未放。而這時汪精衛從國外歸來，坐上了行政院長的寶座。
宋子文心灰意冷，決定辭去中央銀行總裁的職務。這是宋子文第二次向蔣介石提出辭職以示抗議。爾後他以參加世界經濟會議為堂而皇之的理由，到美國去進行長達四個月的訪問。話不投機，蔣介石只好默許。
在這個夾縫裡，孔祥熙就更加圓滑，因而更受到蔣介石的器重。
宋子文和孔祥熙雖然有很多相同之處：都是基督教徒，都受過國外教育，都同孫中山和蔣介石有姻親關係，都通過家族關係和個人才能在政界發跡，地位顯赫，但是他們在同蔣介石的關係上卻是微妙的。一位美國人說：孔含蓄隨和，似乎是中國政界的老好人，盡可能地與所有政客軍閥表示親善友好，對蔣慇勤馴順；而宋對蔣表現出一種「傲慢」的態度，宋曾私下對人說：「當財政部長，跟給蔣介石當一條狗，沒有什麼兩樣。」而蔣介石正需要孔祥熙的慇勤馴順。
宋子文在南京主政七年，樹敵不少。有的說，政府並沒有授予他此項使命啊！名曰借款，實則借糧；有的說，這不是美援而是援美，宋子文是上當受騙。贊成聲被淹沒在這強大的反對聲浪中。