達爾文著實厲害，在這封信中沒有使用一句粗話，卻是把湯姆遜痛罵了一頓，正是用他那「帶有感情而又不太恭敬的議論」。
達爾文先把這封信寄給了赫胥黎，希望赫胥黎能夠幫助他決定怎樣處理這封信。他在附言中寫道：「您如果認為我的手稿十分平淡而又乏味，非常之淺薄，或者非常惡毒，又或者非常怎樣的，那我堅決懇求您把它一燒了之。」
赫胥黎把信寄給了編輯部，但是刪去了最後一句話：「也許我應該保持緘默，就像飼養人那樣。正如多年前，面對老系主任約克斯基對地質學家的不斷辱罵，塞治威克所指出的那樣，對自己一無所知的事物大發議論的人，是無法對其造成傷害的。」
達爾文的身軀雖然瘦弱，但是他始終保持著朝氣蓬勃的精神，清醒的頭腦，以及對博物學保有著異常廣泛的興趣。所有的這些都能夠在達爾文最後幾年的書信中獲知。這裡有幾個例子可以用來說明。
羅馬內斯是動物學的著名權威。前面也已經提到過，達爾文在論蚯蚓的著作中，也常常引用這位權威的話。他在書中寫道，蚯蚓的行為受到了某種智能的指導，絕不僅僅是盲目的本能。法布爾認為昆蟲的複雜本能幾乎是不變的，依據他對昆蟲本能的研究，在他的回憶錄中對進化論進行了大肆的攻擊，並著寫了《昆蟲學回憶錄》。達爾文認為，通過從比較簡單的本能開始選擇可以發展成為昆蟲複雜的本能，也能解釋法布爾所提出的疑問。但法布爾的觀察細緻獨到，達爾文也對此作出了高度的評價。在給羅馬內斯的信中，他談到了相關的動物本能及其智慧，看後不禁令人訝異。
1881年，他又給羅馬內斯寄去了一封信：「對於一些更為複雜，而又更為奇異的動物本能，不知道您在關於動物智慧的那本書中，是否有意論及。但是我認為，產生動物本能的可能性幾乎不存在，這樣，您的工作也會付諸東流的。雖然同『目』的其他成員中可能存在這些本能的狀態，但這也僅僅只是一種可能罷了。」
或許有人會期待您討論這些本能，而且可能您自己也希望這樣做。但是在我看來，正如《科學紀錄》上那篇法布爾的《回憶錄》裡所描述的那樣，可能麻痺的沙黃蜂已經是您所能找到的最好例子了。
在讀這本書的時候，我也對這個問題作了一番思考。有關沙黃蜂在解剖學上的情況，也時常能夠聽到有人提起，但那往往是不正確的。在法布爾的《回憶錄》中，曾經提到，沙黃蜂起初只是向獵獲物身體的下部最柔軟的那一面進行多次的蟄刺；到了後來，它們逐漸發現要獵殺它們的獵獲物，最有效的方法是蟄刺其某一節；於是這種習性就被遺傳了下來，像叭喇狗死咬公牛的鼻子或者雪貂咬開小腦的習性那樣。這樣，它們不僅只需蟄刺一下它的獵獲物，而且也令其不再只能得到老化的乾肉。在法布爾的論文中，他也承認了某種變異性的存在，而不僅僅只是對本能的不變特性的強調。
達爾文有一名叫虎克的朋友，有一回要在約克向地質學家們發表演說。他希望能夠在題目中就表明演說的內容：旅行家們對地理學的貢獻。由於時間比較倉促，虎克並沒有信心能夠寫好自己的演說稿。完成草稿以後，他就把它寄給了達爾文，要達爾文提供一些意見。看完虎克的演說稿，達爾文就主動表示，能夠幫助到自己的朋友，他樂意之至。只是，他說他自己的記憶力已經變得「極壞」，也從來不能夠很好地注意到任何問題的來龍去脈。當然，事實上，他給虎克所提的意見都表明了他對時事的關注，而且記憶超群，頭腦中保留了眾多奇異趣事，所提的意見也大多頗有價值，值得關注。
虎克認為，作為泰斗的洪堡德，無疑是一位最偉大的科學旅行家，而且他還是「無數後進的科學旅行家之父」。對此，達爾文也表示贊同。他飛快地讀了兩三卷洪堡德的《地質學》，指出洪堡德不但擁有獨創的精神，而且他還無所不識，著實是一個了不起的人。在談到達納的時候，他認為達納對「挑戰者」號的考察才是他的功績所在。正因為達納的考察才證實了的相關大陸和大洋永久性的思想。他奉勸虎克在表達自己的意見時也應當謹慎。他知道，不久之前，梅拉爾德·李德就發表並論證了一個相反的觀點。後來，雖然他反對植物開始於北方，但他從不反對北極古生物的發現具有極其重要的意義。
達爾文不但列舉了在美國白堊紀地層中多次發現的被子植物，發現了與澳大利亞動物群相似的澳大利亞古生物，又多次發現了在英國志留紀地層中的古生植物，不得不令人感到驚訝。達爾文始終密切注視著在古生植物和古生動物方面的每一個新發現。法國古生物學家薩波爾塔曾經提出，昆蟲中生代末期決定異花受精的強有力的發展可以用來解釋高等植物貌似驟然的或突然的發展，達爾文讓虎克對此加以關注。最後他又指出，勃萊特對斯堪的納維亞的泥炭層作了仔細的觀察，而這種觀察是極為重要的。
1880年，拉伯克以英國科學協會主席的身份在約克作了一次「關於近五十年來科學的進步」的演說。為此，達爾文寫信給拉伯克，要他注意到他所疏忽了的地質學在這一時期所取得的偉大進步。當然，並不是拉伯克已經注意到的那些進步：寒留紀層系之上的無生代地層的分類，約在四十年代發現的冰川時代，對地質學家以前沒有注意到的表面層（也就是從前的洪積世）的研究。
奧格爾將亞里士多德的著作譯成了英譯本。對此，達爾文表示了歡迎，並稱讚了他在英譯本中所寫的緒論。達爾文寫信給奧格爾：「儘管成就各不相同，我曾經十分崇拜林納與居維葉。但是，與同時代的亞里士多德相比，他們只不過是兩個小學生罷了。」同時，他也指出對於那些如肌肉是運動的器官等簡單的東西，亞里士多德卻表現出了驚人的無知。
另外值得一提的是，一位巴西人力求培育出一種甘蔗的變種。達爾文為了能夠在工作上幫助和支持他，在1881年是到處奔忙。達爾文是在最後幾年才與羅馬內斯密切往來的，他在給羅馬內斯的信中表示：「對於遙遠的世界各大洲的科學也應當鼓勵。」
1882年2月，達爾文寫下了最後一批信件。其中有一封寫給弗·戈爾斯弗爾的信。在這封信裡，達爾文對古生三葉蟲綱作了一些評論。達爾文指出，屬和種本身在連續不斷的結構發展各階段中，已經發生了變化，絕了種。但是在古代層中出現了像三葉蟲綱這些完善的生物形態，絕不意味著進化論的錯誤，因為在我們所熟知的地質層中找到最先出現的生物痕跡，還是普遍的。
1882年2月16日，達爾文給柯裡爾寫了一封信，柯裡爾就是那位曾經為林納學會繪製達爾文肖像的美術家。在信中他提到，柯裡爾所繪的那幅他本人的肖像，得到了所有的人的讚美。他還寫道：「看到林納學會裡掛著的自己的肖像，我心中的自豪感都可以維持上好些天。」
柯裡爾是赫胥黎的女婿。在信中，達爾文提到了赫胥黎的名字，就補充道：「赫胥黎的著作，我只閱讀了最後一卷。還好我以前都沒有讀過他的論普裡斯特利的論文，這竟是我從未讀過的最出色的論文了。還有他關於自動說的論文，也非常的有意思。如果我能夠像赫胥黎一樣好好地武裝起自己，那麼，我一定要與他就這一主題進行決鬥。但如果我真這麼做了，就是『聰明反被聰明誤了』，他一定能夠在我清醒之前，就用他那鋒利的輕劍在我身上穿胸而過。」
達爾文生前的最後十年，身體卻比以前有了好轉：他又可以不停地工作了，期間也不再像以前那樣會感到疲倦或不適了。在恩德裡·克拉克醫生的看護下，達爾文度過了他人生的最後幾年。克拉克醫生也是一位他所喜歡的人，他說克拉克醫生能夠使他煥發朝氣。但是，還是看得出來，他的體力已經開始下降了。在寫給自己朋友的一些信件中，他也常常抱怨說，他已經不能再開始那些唯一使他感到快樂的考察事項了，因為這些考察往往需要幾年的時間才能完成，他已經沒有這麼大的精力了。
1881年7月，從烏爾蘇奧捷爾回來以後，他就給華萊士寫了信：「……我散不了步，所有的事都令我疲憊不堪，即使只是觀賞風景也是如此……我簡直不知道應該怎樣利用這剩下的年月。生活對我而言，已經變得太過艱難，我只希望我周圍所有的人都能夠幸福美滿。」
1881年的秋天，關於碳酸氨對植物根部和葉子所起的作用，他還作了大量的研究。但是到了年底，他卻變得更加失落。
1881年12月13日，他在女兒亨利埃塔家裡的時候，想要去拜訪羅馬內斯，卻不想在樓梯上猝發了心臟病。
1882年1月底，達爾文的病情有惡化的趨勢。到了2月底3月初，他的心臟問題越來越嚴重，幾乎每天都會出現心搏過速的情況。3月8日，他的心臟病猝發了。這以後，他就不敢再遠離家門了。3月10日，恩德裡·克拉克醫生來給他看病。由於病患太多，克拉克醫生不能經常去看達爾文，只好交由其他醫生為達爾文繼續治療。這時候的達爾文已經無法工作了。但是他有時還會和艾瑪一起，坐在花園裡欣賞美景。
作為老朋友，赫胥黎對達爾文的照料特別熱心。3月27日，達爾文給他寫信說：
感謝您那封極為親切的信，要知道它可是我的一劑強心針。今天我感覺好多了，沒有感到任何的疼痛。如果我的健康允許，一定要好好和您談談您那偉大的計劃。克拉克醫生對我照看有加，只是他太忙了。親愛的老朋友，再次無比感謝您的照料，我誠摯地希望世界上能多一些您這樣的「自動物」。
1874年，赫胥黎曾在貝爾法斯特英國科學協會的會議上發表演說：《論動物是自動物的假說》。信中這句話就是對這一演說的暗指。
4月15日，達爾文在晚餐時突然感到暈眩，在走向沙發的時候，倒在了地上。17日，他感覺身體好了一些，他的妻子是這樣描述的：「天氣晴好，他做了一些輕微的工作，兩次到花園中散步。」18日半夜，他的狀況很不好，並出現了短暫的昏迷。醒來後就叫醒了妻子。此時的他，已經感覺到了死亡的逼近，他說：「我一點也不怕死。」並告訴他妻子，「謝謝您的照顧」。「告訴孩子們，他們一向孝順」。1882年4月19日4時左右，達爾文逝世。
艾瑪原本打算將查理葬在唐恩，卻遭到了他的朋友們的堅決反對，他們執意將達爾文安葬於西敏寺。當日，給達爾文扶柩的人是：虎克、赫胥黎、華萊士、皇家學會主席拉伯克及其他。參加葬禮的人有英國、法國、俄國、德國、意大利、西班牙和美國的科學學會代表，以及達爾文的許多親戚。可是，由於葬禮太過隆重，達爾文的妻子沒有前去參加。