1871年2月14日《人類的起源》一書問世了，並且獲得了舉世矚目的成功，因為2500冊書很快就銷售一空，在年底又加印了5000冊。很顯然，這本書引起了各種各樣的情緒如憤怒、讚賞和驚訝隨之而來。安頓·竇恩在《國外》雜誌上寫道，這本書在德國也取得了巨大的成功，但最開始，可以理解的是，幾乎都是反對的聲音，因為它觸動了一個根深蒂固的宗教觀念即人在自然界中處於怎樣的位置，而且《人類的起源》一書只是給出了太過「抽像」的答案，尤其對一些重要的問題。
各種各樣的意見和評論紛至沓來，有溫和的，有同情的，有野蠻的、尖刻的和無知的，不過，大部分都是小打小鬧。他的每一部新著作一經出版，就會被輿論的浪潮包圍，這沒有什麼新奇的，達爾文也不會為此感到不安，而這一次，著名的動物學專家邁弗特卻給了他重大打擊，邁弗特在《物種的發生》一書中對達爾文的自然選擇論發出了頗讓人信服的、嚴厲的批判。邁弗特指責達爾文的證據不足，前後矛盾，還列舉了許多無法用自然選擇理論解釋的實例。他的批評的焦點是，構造特性的初始階段不能用自然選擇理論解釋。
反對達爾文主義隨著邁弗特的書和凱拉克的書發表進入了新階段，標誌是：因為達爾文和他的信徒給出了關於進化論的相當充分的論據，所以邁弗特是承認進化論的，但卻不同意自然選擇理論。宗教的衛道士們、造化論者、唯心論者、目的論觀點（關於「目的」的學說）的擁護者們所反對的正是自然選擇這一用以說明進化的形式，自然選擇的概念非常明確從而為進化論思想的傳播創造了條件，但是由於自然選擇排斥各種目的論（正如馬克思所說的自然選擇給「目的論以致命的打擊」）和創世主，所以自然而然的招來了反對的觀點。至於邁弗特觀點正確的一面是，他看到了「某種內在的力量和傾向」才是進化的原因，並且在發展是跳躍式的這個觀點上，同凱拉克持相同。
邁弗特的書的影響是巨大的，很快有了第二版，書刊上反覆出現書中的論據。
達爾文已經迅速意識到這本書的作者的真正動機是什麼，所以他必須給予回應。同那些和達爾文在人類問題上存在分歧的學者的動機相同，即希望達到「科學包容宗教」的目的，並且想復活「創世說」。當時他能尋求幫助朋友實在不多：雖然華萊士的演說很有才氣的，可是他不一定會堅持達爾文的觀點，愛沙·葛雷也是；其他朋友都非常繁忙。
可是這時，有一個叫瓊斯·賴特的人給予了達爾文不可思議的幫助，弗朗西斯·達爾文這樣描述他「大量閱讀並且思考過形而上學的問題」。他給達爾文寄了一本估計會使達爾文感興趣的書，即給《北美評論》寫的一篇評邁弗特書的書評手稿，他從哲學角度出發，闡述了他贊成自然選擇的理由。
達爾文一看完這篇文章，就決定：在英國出版賴特的書評，以小冊子這樣的形式；他自己則準備在第六版《物種起源》裡新加上一章，這一章的內容是：回應報刊上反對自然選擇的各種言論，尤其是回應邁弗特的反對意見。因此，通過引用賴特的哲學分析，達爾文的反駁依據得到了充實。他把賴特的手稿給華萊士看，希望他可以給出意見。達爾文在給華萊士的信裡寫道：「雖然這篇文章觀點表達的有些模糊，而且由於缺乏必要的知識，某些部分的說服力不夠強，但我認為其還是有值得肯定的價值的。」
達爾文一邊和惡化的病魔作鬥爭，一邊十分艱難地著手寫作，他感到精力極度地衰竭了。更加雪上加霜的是，不久《每季評論》（1871年7月）發表了對達爾文的著作所進行的新的、更為激烈的評論，根據文章風格和寫作技巧，達爾文斷定其作者就是邁弗特。達爾文對這篇文章深感困擾。不考慮哲學和宗教的基本原則，評論雖然承認自己是支持發展學說，但是又辯稱：人與動物的差別，與它們同地上的塵土的差別相比，是非常巨大的。這種「假道學的無禮攻擊」使達爾文無比的沮喪和苦惱。他寫信給華萊士說：「我很快會成為被大家看不起的人。」為了反駁眾人的觀點，他決定出版賴特的文章。在給華萊士的這封信裡他還寫道：「即使是人們不關注這本小冊子，但最起碼表明，並不是所有人都支持邁弗特，對待邁弗特的意見要審慎，不能無條件的全盤接受。」這才是出版小冊子的目的所在。
這是達爾文最艱難的時刻，很多搖擺不定的人背棄了他，走向了他的反面，只有赫胥黎，對達爾文不離不棄，一直站在達爾文這一邊支持他。《現代評論》雜誌發表了一篇赫胥黎寫的文章，文章主要駁斥了對達爾文的攻擊，《每季評論》裡的一篇貌似邁弗特寫的文章裡，在華萊士的書評《論人類》裡，以及邁弗特的《物種的發生》一書的第二版裡都有這樣的攻擊。
《每季評論》的評論員（邁弗特）指出，宗教其實是順應現代科學的，天主教會的權威領導者都承認形體被創造出來之前，就被賦予了渴求發展的意識，其實是承認了進化論，他作出了這樣的解釋。這在論證這個問題時，他引證了學者蘇阿雷斯的著作，蘇阿雷斯是一位著述豐富的耶穌教徒。赫胥黎在圖書館找到了蘇阿雷斯的著作，準備深刻地瞭解這些所謂的權威和正統觀點。正像他寫信給達爾文說的那樣，他在那裡掃了一眼以後，就抽出兩卷看起來非常有價值的書，並決定從材料中抽出實質東西，用對手的論據打擊對手，就是援引蘇阿雷斯的觀點，來打擊邁弗特的觀點。針對發表在《每季評論》上的攻擊，赫胥黎結束語是：這篇評論既不客觀公正，水準又低。
達爾文看到赫胥黎有關此事評論之後，感到精神很是振奮。終於有人對邁弗特的攻擊作出回應了。他在《物種起源》裡也回應了此事。赫胥黎和瓊斯·賴特分別從哲學方面和神學方面打擊了邁弗特，邁弗特也受到了相當大的打擊。赫胥黎寫道：「那些搖擺不定的人終究會回到我們同一邊的戰線。」的確，達爾文是非常有遠見的，他預計鬥爭「在我們死去和消失之後」也還將繼續下去。
達爾文高度讚賞了赫胥黎的文章，他無比高興地看到赫胥黎對邁弗特深刻的批判，包括對神學和理性及其定義的論斷的抨擊，對形而上學的論斷。赫胥黎支持他的《人類的起源》中的觀點的行為使達爾文非常滿意，這些觀點是發展了的、關於道德起源的觀點。他重點標注了赫胥黎反對華萊士的、關於野蠻人的智力的論據，並且以完全讚賞的態度結束了這封信。「虎克兩年前對我說過，赫胥黎的文章是如此的深奧，讀他的文章，就像醍醐灌頂，深受啟發」。
在《物種起源》的第六版裡，新增了一章的內容。這一章主是駁斥邁弗特對自然選擇理論的批判，同時還了反駁博朗、布洛克和其他反對者。他寫到，邁弗特一條有利於他自己的論據都沒有提出，只是把達爾文的觀點和反對自然選擇的觀點簡單地匯總了一下；邁弗特認為拉馬克提倡的「器官鍛煉與否學說」則意義重大，其實達爾文在《動物和植物在家養下的變異》一書中談到過這一原則，但邁弗特採取忽視的態度；邁弗特批判達爾文不重視不經選擇的變異性，這一批判是沒有道理的，因為達爾文在這本書裡恰好討論了「不經選擇的變異性」問題。
然後，邁弗特反對自然選擇理論最重要的原因是：邁弗特認為「動物和植物構造其有益特性的初始階段」無法用自然選擇理論來解釋，於是達爾文就舉了很多例子來反駁，這些例子在邁弗特看來，完全無法用自然選擇理論解釋有益特徵是如何起源的，達爾文描述在自己的想像中自然選擇是怎樣起作用的。例如長頸鹿有修長的脖頸和高大身材，鯨魚的須，比目魚的兩隻眼睛長到一邊的原因。哺乳動物為何有乳腺，棘皮動物為何有叉棘，捲鬚植物為何長著捲鬚以及苔蘚動物綱的短腕幼蟲和鞭狀體，蘭科的花朵各部分結構的改變只為借助昆蟲給花授粉。
在邁弗特看來，「某種內在力量或者尋求發展的趨向」這樣的因素可以取代選擇作用，達爾文提出了這樣的反對意見：這是一種神秘的、無人知曉的力量。達爾文認為突變式的物種進化根本不可能，因為通過觀察家養動物，這種「突變」發生的可能性基本為零，正常個體雜交的結果，在人類不對其干涉情況下，突變也就會迅速消失。而在自然界自由雜交的結果也不可能突變。
達爾文在增加一些內容的同時，還刪減了不少內容。
達爾文起初打算在自己有關人類的著作中，加入人的面部表情一章。達爾文曾經讀過著名生理學家貝爾《面部表情解剖學和生理學》，這本書十分有趣，這本書主要寫面部肌肉和呼吸存在何種關係。貝爾認為人的某些肌肉的作用只是為了他能用面部表現自己的感情，也正因為人有面部表情，所以可以認為人類和獸類完全不同。這些觀點，同達爾文的進化思想截然相反。
達爾文對這個問題很感興趣。大概早在30年代末和40年代初，他以自己孩子的作為觀察對象，對其感覺表現做了相當詳細地觀察。華萊士得知達爾文要研究面部表情的問題後，提醒他這並不是一個很重要的值得研究的問題。達爾文也大體上同意他的看法。1867年3月，他寫信給華萊士說：「近27年來我最喜歡的題目之一就是面部表情問題，在寫完一篇關於人類的文章後，一個念頭在我心中萌生了：如果能研究出一些有關感覺表現的問題，我的研究就更完整了。」這項研究帶給他的快樂是巨大的。達爾文為《動物和植物在家養下的變異》嘔心瀝血，進行了艱苦卓絕的研究。他寫信給華萊士說：「這恐怕是一部艱深的巨著，而不能獲得大家的理解。」後來他用自己的實力向華萊士證明了，關於感覺的表現的部分完成的相當出色，比華萊士想像的要好。達爾文的觀點還是與大家想法不同的：動物的那些感覺的表現為人的面部肌肉的表情動作和感覺的表現奠定了基礎，機體的發展總是遵循循序漸進的原則，這一原則在這個問題也是適用的。
《人類的起源》和《性選擇》這兩本書被人為地合併成一本書後，關於人類的書就充實起來了。關於感覺表現的補充意見會更增加了這本書的份量，而且這方面的資料還在不斷增加。所以很自然的，達爾文把這個問題分出來單獨寫成了一本書。達爾文看完《人類的起源》的最後校對稿後，立即開始著手寫《動物和人類感覺的表現》一書。他花費了三個月的時間寫這本書的概要。六月份籌備《物種起源》的最新版本（第六版）的工作，使他耽擱了《動物和人類感覺的表現》一書的寫作，但是後來他繼續寫下去，並在當年11月和12月就拿到了最後的校對稿。在寫這本書的過程中，他同傳教士，同各個不同民族人士，同醫生和生理學家，進行大量的通訊，並給這些人寄去事先印好的調查表。這些前期工作大大充實了這本書的內容，還導致了延期印刷。達爾文於1872年8月22日看完了最後的校樣，同年秋天這本書出版發行。一下子印了7000冊，很快就銷售了5000多冊。雖然達爾文也為第二版收集了大量意見，但由於這本書內容太充實了，所以沒有出第二版的需要。
這本書有序言，分十四章。序言主要是介紹該問題歷史概況，並指出達爾文利用了那些資料：一、對孩子面部表情的觀察；二、對精神病患者的面部表情的研究；三、杜申拍攝的一位老人的照片，老人的面部肌肉因受到電擊而收縮；四、著名繪畫和雕塑大師們的作品；五、對上面提到的、不同人種的人的感覺表現調查表中36個問題的答案；六、對動物，主要是家養動物的觀察資料。在序言的最後，達爾文提出：
人類以及動物的感覺表現能不能用同樣一種原因來解釋。前三章，達爾文提出了一些「一般原理」：
（一）習慣是一種聯想原理。所謂反射動作，要麼是一種習慣的繼承，要麼是原始本能在經過自然選擇後的保留。例如，狗先轉圈子和刨地，然後再躺下睡覺以前；幼獸的吸奶動作；馬先用蹄子磕地，然後再動身，等等。受到了克制的人類的某些動作，還是可以表現人類的感情。
（二）對立原理：反映同一種感情和相反感情的動作是不同的。例如，一條狗面對主人和另一條狗的表現是截然相反。再如，人在說「是」和「不是」的時候，都會配合不同的動作。
（三）無意識的、神經系統的影響和習慣。通過長久的觀察，達爾文發現了以下現象，例如：頭髮因恐懼而突然變白，身體因寒冷、燒燙傷、恐懼而顫抖，人因聽到演奏而戰慄，因情緒激動而導致的腸道或腎臟不由自主的排泄。各種感覺對心臟和血液循環的作用；皺眉、出汗、閉氣、暈倒等一系列疼痛的反射表現。
第四章的內容是：動物先發出可怕的聲音再鼓起皮毛的原因是為了使自己顯得更強大，如：哺乳動物豎起皮毛，鳥類撐起、展開翅膀和尾巴，蜥蜴鼓起咽囔並微微抬起頸脖。狗、馬、某些猿猴等用牙齒搏鬥的動物，他們狂怒時的表現是耳朵向後拉和把耳朵貼頭部。