對那些初步改變常見造化說觀念的人，達爾文非常歡迎，因為在他看來，這些人正朝著新的科學觀點的過渡，不過，對於自己的朋友們試圖「使科學和神學不相矛盾」的作法，達爾文就沒那麼包容，他通常會針鋒相對。之前我們提到，當愛沙·葛雷主張創世主「用某些對人類『有益的』方法指導變異」時，達爾文就在刊物上同他進行論戰。事實上，賴文的思想與這些觀點很接近，他還把這些陳詞濫調又重複了一遍。達爾文看到這些意見後，十分惱怒，甚至在寫給賴文的書信裡包含了一些嘲諷。我們由此也可以看出：達爾文對朋友們的一些與他的理論有聯繫的著作非常重視。一方面，對於那些成功地發展了自然選擇理論的著作，他會大加讚揚，有時候，這些讚揚會稍顯言過其實；另一方面，他發現朋友們犯了錯誤，偏離了他在生物學中所堅持的新方向，因而危害了大眾的事業，他就會在書信裡，有時在報刊上，駁斥這種錯誤。
在唐恩幽居期間，達爾文更加深居簡出，不管是學術界的會議，還是其他各種公共集會，他一概放棄。身處唐恩的日子，達爾文力爭將自己的戰友組成一個堅固的聯盟，勉勵他們的正確言行，糾正他們的錯誤言行，從而使所有人都為人類「共同的事業」奮鬥。
此外，世界各國進行的捍衛進化論學說鬥爭，也是達爾文重點關注的對象，他會想方設法跟這個舞台上的傑出活動家取得直接聯繫。總之，在這場捍衛達爾文主義的戰鬥中，為爭取科學中的先進思想的勝利，達爾文進行了不屈不撓的鬥爭，並且成為這場鬥爭中的卓越組織者和領導者……
先前，我們提及過，越來越多的人開始擁護新版《物種起源》。早在1861年，達爾文在書信中指出，他的理論應該在年輕的地質學家中最受歡迎，次之是植物學家，再次之是動物學家。後來，他得知德國的許多科學家已經接受了他的主張，只是害怕聲譽受損不便聲張。此時，在德國，諸如萊卡爾特、該根波爾、克拉帕列德、亞歷山大·勃朗和施列登等人已經成為達爾文的擁護者。
甚至，這種學說在荷蘭也引起了不小的轟動。達爾文從他的朋友——古生物學家法更納那裡得知了一件有趣的事情：因為達爾文學說的傳播，法國的青年們對這種學說很感興趣，迪戍的動物學教授勃留列的學生們更是如此，他們除了達爾文學說，什麼都不聽，也不感興趣，遺憾的是，這個可憐的教授並不瞭解達爾文，因此就把自己的困惑告訴了達爾文的朋友，並向他詢問對達爾文學說的真正意見。
另一件事——反對達爾文的言論改變了性質，也標誌著新學說的勝利。1865年德國人凱拉克首次改變了態度，他不再反對進化論，而反對進化論出現的原因——自然選擇，並且還闡釋了自己的理解。不過，從這個事實看出：堅持物種靜止不變的看法已經站不住腳。接著，達爾文的理論被他親自劃分為兩部分：一部分是自然選擇的學說；一部分是進化論的學說。關於這一點，誠如克·阿·季米裡亞捷夫所說，進化論只有結合自然選擇加以簡單和有說服力的解釋，才能得到贊同，但是，達爾文堅持自己的主張——進化論比自然選擇重要得多。
而且，達爾文為了捍衛進化學說，還參與了報刊上的辯論，這有點反常，因為在此以前，達爾文從來不參與這種辯論。這件事情是這樣的。
1863年，在「科學協會」上發表了一篇針對卡本德的《根足蟲綱研究緒論》一書的書評。在這篇文章裡，評論者指出，卡本德不是一個獨立的研究者，而是一個盲目的跟風者，因為他的著作深受達爾文的影響。看到這樣的評論，作者卡本德自然很不情願，於是，他給雜誌編輯部寫信抗議，並指責了編輯部將他的著作加以解釋的行為，同時，他還在信中強調，他實際上是反對達爾文主義的。為此，「科學協會」專門發表了一篇文章來答覆卡本德的來信，但是，這篇文章引起了達爾文的不滿，於是他只好出面參加了這次辯論。
誠如達爾文所說：歐洲大陸的認識在進步，英國的認識正在轉變，而且這種好的轉變開始日漸明顯。1863年，艾恩斯特·赫克爾在德國舉行的斯德丁德國自然科學家和醫生代表大會上，向公眾表明了自己對達爾文主義的擁護，從他那熱情洋溢的演說中可以看出：他把達爾文的理論看成了具有最廣泛意義的新的世界觀。當然，這些年輕人的發言在當場就引起激烈的爭論，之後，許多報刊都開始輪番轟炸達爾文主義。可是，經過這些攻擊，意想不到的事情發生了：在捍衛與反對達爾文主義的鬥爭中，整個德國都燃起了熊熊的烈火，達爾文的理論得以廣泛的普及。
1864年，在德國出版由醫生兼教師弗裡茨·繆勒書寫的德文書籍，書名為《擁護達爾文》。雖然這本書篇幅不長，但是內容卻很豐富。這本書的出版無疑是對達爾文理論的極大幫助，儘管這種聲援不夠聲勢浩大。繆勒完成這本書以後，就給達爾文寄去了，達爾文寫信對他表示感謝，這封感謝信是他們頻繁書信往來的開端。不僅如此，他們還開始將各個著作相互交換。繆勒的這本書引起了達爾文的高度重視，為了能出版英譯本，達爾文花費了大量金錢到處張羅。最後，繆勒和達爾文形成了堅強的聯盟，凡是達爾文關心的事，也都引起了他的關注，他也就自然而然地成為達爾文在國外最積極的助手。
1864年11月，達爾文獲得了英國科學界最高的榮譽——被授予皇家學會柯普雷獎章。這件事在捍衛達爾文主義的鬥爭中也是一個重要的轉折點。不過，正申請這一獎項的時候也證明了：要想翻越偏見這座大山是非常困難的，一些老一代的學者仍在極力反對《物種起源》中的主張。
申請皇家學會柯普雷獎項的專門呈文，是由法更納擬訂的。他在書寫呈文時，將達爾文的地質學書籍、動物地理學書籍和植物學書籍放在首位，而將達爾文的最在意的著作——《依據自然選擇的物種起源》放在末尾。對於這種做法，法更納作了一個附帶說明：
我認為，查理·達爾文並沒有將這一問題進行通透的證明。不過，可貴的是，他帶著一種尋求真理的哲學精神來研究和解釋這一對象，甚至還特意收集了大量的觀察現象來進行解說，並以真誠的態度把研究對像置於合理的科學範疇。
在會議上，法更納的建議被採納了。11月30日，皇家學會按照慣例在舉行年會的時候，為達爾文舉行了隆重的頒獎儀式。可是，此間達爾文因為舊病復發未能親自出席。在頒獎典禮上皇家學會主席發表了演說，他特意指出，因為達爾文撰寫了有關動物學、植物學和地質學的著作，而且還進行了大量的觀察，並且這些觀察成果在《物種起源》一書中都有所體現，所以，皇家學會決定把柯普雷獎章頒發給達爾文。至於《物種起源》本身所涉及的理論，主席是這樣評價的：現在，人們對於這本書名稱中所提到的理論存在兩種傾向：一部分人傾向於接受，而另一部人傾向於反對，或者選擇暫不表態，一直等到對這一問題有一個明確的認識為止。因此，按照慣例，我們一致認為應該把這部著作從授獎的理由中排除出去。
赫胥黎對演說的最後一句話非常不滿，就要求宣讀理事會的決議，以此來證明是否只有除去自然選擇的理論，才同意頒發獎章的。誰知，決議中根本沒有提及這一條件，於是達爾文的朋友貝斯科和法更納就以此為依據，抗議主席的這句話，後來，在發表主席的演說時，這句話被刪去了。
達爾文得到了柯普雷獎章後，許多朋友都寄來了至誠的祝賀信。值得一提的是他寫給赫胥黎的回信，他在信中指出：真正的獎章不是那塊圓形的小金盃，而是您寫的這封信，還有之前的幾封類似的信件。不過，達爾文也意識到，這種公開的獎勵對於達爾文學說的順利傳播是非常有利的。
1868年，達爾文在寫給虎克的信中除了向他報喜，還逐一列舉了已經出現的幾種《物種起源》版本，其中：在英國存在四個版本；在美國存在一或兩種版本；在法國出現兩種版本；荷蘭、意大利和俄國各是一種版本。此外，在當時，《動物和植物在家養下的變異》的現行版本如下：英國有兩種，美國、德國、法國、意大利、俄國各有一種版本。值得指出的是，在德國和在北美有關這方面的研究課題逐漸開始增加。
《動物和植物在家養下的變異》一書出版後，得益於寫一部「巨著」的打算，達爾文更加明顯地感覺到：他的學說需要扎根於大量的事實基礎之中。然而，就他的學說而言，出版該書面臨了許多困難。因為在早期的書本寫作時，達爾文已經將注意力轉移到植物學上，在他看來，在植物構造中存在著極其微小的細節，通過研究植物可以為他的自然選擇學說提供大量的事實證據。
與此同時，不管是在英國本土，或者在國外，一場持續已久的捍衛達爾文主義之戰仍然在持續。不過，那些敵對者——唯心主義者和目的論者，又稱「終極原因」學說的擁護者，已經放棄了純粹的造化說。在當時，物種的一次創造學說和物種的靜止不變性的學說，已經被歷史淘汰。在論證中，進化學說終於佔據了上風，可是唯心主義和目的論拒絕投降。於是，它們把鬥爭矛頭指向了進化的原因上。因為批駁進化的原因實際上就是批駁自然選擇，如此一來，很方便這些學說用「不完善的法則」，或用其他抽像的原則，來取代自然選擇。在這場鬥爭裡，達爾文毫不懈怠，隨時給達爾文主義的擁護者提供幫助，對他們的成功進行褒獎，不過，他一旦在他們的文章和書信裡發現了舊神學傾向，就會毫不猶豫地指出這些錯誤。在達爾文看來，為人類起源問題而戰的時機已經成熟，此時，應該讓神學家們正視這個令他們討厭的問題。