我一直在強調選擇是起重要作用的力量，不管在這一章，還是在別處，我一直堅持這個觀點。但是，它的作用必須通過變異才能表現出來，這些變異由於我們的無知，而通常被看做是自發的，或者是偶然的。在這裡，我想用一個比喻來說明問題。我們假定有一位建築師遇到一個無理的要求：運用從懸崖上落下來的石頭來建造一座大廈，由於這些石頭沒有經過雕刻，可能形狀迥然。這些碎石塊的形狀是由，然而由重力、岩石性質以及懸崖傾斜度所決定的，換句話說，自然法則的所有情況都可能影響石塊的形狀。雖然，這些法則和建築師對每一個碎石塊的用途界定之間並沒有什麼聯繫。與此同理，一些固定的法則決定了生物的變異，但是，這些法則是通過自然選擇的力量而慢慢形成的，和生物本身的構造沒有必然的聯繫。而且，這樣的道理同樣適用於人工選擇。
對於達爾文而言，家畜和栽培植物的書籍算不上什麼新鮮事物。他按照自己的原計劃，把這一領域裡和他理論有關的各種事實都進行了全面的分析。在《物種起源》中只用個別例子來證明的理論，在這裡，他則研究和分析了全部事實。
當然，在這本書裡也添加了一些《物種起源》不曾出現內容。達爾文非常重視這些新內容。他力圖更明顯地闡明遺傳機制——找到一種能把許多他已查明的遺傳事實綜合起來的解釋。這些遺傳事實包括：返祖性或返祖現象，即遠祖具有的性狀的驟然出現的現象；一種性狀由於長期使用而遺傳給後代的現象；種子繁殖與芽繁殖時所得到的完全同樣的有機體的現象；產生出完全同樣的成年型態植物的現象。
達爾文在該書尚未出版的時候，將原稿寄給了赫胥黎，因為赫胥黎的意見對他很重要。1865年5月27日他這樣對給赫胥黎寫道：「我不得不承認一個事實：我是個英雄。因為我居然有勇氣把自己的假說交給您裁決，我時刻準備接受您最公正的評判。」
然而，赫胥黎的評價看起來似乎不太「公正」。他認為：這種假說之前被布豐提過，並且邦納也涉及過部分內容，因此最好不要發表。達爾文沒有接受他的建議，他在回信中反駁道：「讀完布豐的著作，我發現了意見很可笑的事情，書本裡整整有好幾頁的內容跟我是重合的。不過，我認為我們兩人的觀點存在一點基本的區別：布豐否認每一個細胞或組織的原子都會出生一個小芽；與此相反，他堅持這樣一個觀點——已經形成的『有機分子』組成了液汁或血液，這些有機分子可以給任意一個器官提供營養。而且，倘若這些有機分子完全發育成熟，聚集起來以後就能變成芽和性器官。關於布豐的這點理論，我們有必要稍作一點說明，他這種學說實際上就是「泛生論」。威廉·奧格爾曾在寫給達爾文的信中指出，希波革拉第曾經發表過與這種「泛生論」相似的見解。布豐很有可能是接觸過古希臘羅馬文學，就效仿了希波革拉第的說法。
這部書出版以後，引起了各式各樣的評論。這時，達爾文很在意朋友們的看法。1868年2月23日，達爾文給虎克寫信說：「我擔心這個泛生論會胎死腹中。貝茲懷疑我對泛生論的理解程度，斯賓塞也帶著同樣的疑慮。而何蘭得爵士則認為這個問題很複雜，很難解釋清楚，看來，我真成了一個可憐蟲。」弗裡茨·繆勒對這部書的評價很好，可惜他這樣評價沒有針對泛生論。卡魯斯的看法也讓達爾文有些心灰意冷。完全承認泛生論的只有華萊士，這件事多少給達爾文一點安慰。賴文的意見也讓達爾文輕鬆不少，他這樣對達爾文寫道：「雖然泛生論讓您有些不自信，但是，您已經瞭解了它，就應該永遠記住它。
在這裡，我們需要注意一點，在當時就連達爾文主義的熱烈捍衛者——克·阿·季米裡亞捷夫也反對泛生論這一假說，在他看來，這種學說沒有科學的依據，也不能造成有益的後果。後來達爾文本人也開始認為一個假說是「荒誕的臆測」。但是，他堅定了一點：得出關於遺傳機制的某種假說是非常有必要的。達爾文本人寫信給虎克說：「看來，泛生論假說注定會變成死胚。不過，我發誓，在將來的一個時刻它會重新問世，並擁有另一個父親和一個不一樣的名字。我說這樣的話語，您不會覺得我很自負吧？」
這本書材料翔實，因此達爾文得知赫胥黎對《物種起源》一書中關於雜種的章節提出非議是，他義正詞嚴地反駁了他。確實，達爾文可以這樣做。他在準備這部關於家養動物和植物的新書時，曾經觀察了一切，並且他是以具體事實為根據，從而得出結論的。也因為這個原因，這本新書內容很多。
達爾文花費了七個半月的時間把這本書的校樣檢查完畢。不過，因為《物種起源》的成功效應，這本《動物和植物在家養下的變異》出版以後，也贏得了好評。該書的第一版印製完成以後，一千五百冊很快全部售完，由於供不應求，出版者在半個月後又印製了一千五百冊。但是，這本書的第二版問世的時候，已經是七年以後了，達爾文對該書進行了修訂，而且添加了一些新材料。
儘管事實和證據的完備很有益處，但是，採用這種方法以後，書本冗長至極，給讀者的閱讀造成了很大障礙。達爾文意識到這個缺陷以後，有些意冷心灰，他打算放棄「寫巨著」的念頭。我們不妨來計算一下時間，倘若達爾文以目前的速度寫作，分別用一卷書來闡釋《物種起源》的每一章的話，那麼達爾文計劃要完成的這部「巨著」總共有12∼14卷。我們就按照三年完成一卷書來計算，完成這十幾卷書籍需要三四十年的時間。事實上，達爾文在著手書寫有關蘭科植物的著作時，已經中斷了「巨著」計劃，等到《動物和植物在家養下的變異》出版以後，達爾文決定轉向單個題目的寫作。這些題目已經純粹成為學說的深層次研究，而不再是《物種起源》的章節形式。
這一時期，達爾文主義的鬥爭情況直接影響了達爾文對於研究題材和對象的選擇。他很關注自己學說的被接受程度，對於人們的各種批評和指責，他都有所瞭解。他就像一場戰爭的統帥一樣，把集中主要兵力前去最危險的戰略要地。他花費二十五年耐心收集的大量事實則變成了攻擊力很強的「重炮隊」，通常會在特別激烈的陣地上發揮很大的作用。他憑借堅忍不拔的精神和頑強的意志完成《動物和植物在家養下的變異》一書後，開始著手一些新題目。雖然他對每一個新題目都仔細地進行了修改，但是，他仍然覺得很遺憾，因為諸如自然選擇這樣的核心問題，他已經不能像對待對人工選擇那樣，徹底地進行研究了。
由於疾病的困擾，達爾文的著書立說中途被打斷幾回。其中有一次，達爾文停頓了半年。那一次，達爾文前去莫爾文做水療，可是一個月過去了，他的病情依舊起色不大。因此，達爾文沮喪極了。不過，這並沒有妨礙他與朋友的書信往來。他很關心赫胥黎，曾勸說他注意身體，切不可過分操勞。由於赫胥黎一度熱衷於編寫教科書上或通俗的小冊子，達爾文覺得這種舉動實在是大材小用，非常浪費時間。不過，赫胥黎在1863年出版的一本叫做《對於在有機自然界起作用的那些原因的認識》的通俗讀物讓達爾文的看法有所改觀，看完這本書，達爾文居然建議赫胥黎再出一本關於動物學的通俗讀物。
對於經常旅行的博物學家，達爾文給予了特別的關注，他總是建議他們將自己的旅途見聞寫成文字，並提倡他們出版理論書籍。另外，達爾文很樂意給著手寫著作的人提供幫助。
因此，即便很多人反對達爾文的理論，他每發表一篇新作或者出版新版本的書籍，總會招致鋪天蓋地的批判，也毫不妨礙《物種起源》一書的連年暢銷和新譯本的不斷發行，總的來說，隨著時間的推移，達爾文主義的擁護者數量遞增。
依據自己的研究經驗，達爾文明白一個道理：想要摒棄舊觀念是一件非常困難的事情。因為他本人也是通過長期的研究工作，才逐漸堅定了對自己理論的信心，所以他並不奢望在短時間內得到所有讀者的認同。
我們不得不承認一點：科學和神學的關係有些難分難解。歷代許多先驅付出了血的代價，才最終使這些「神學」觀念開始褪色。可是在19世紀，唯心主義觀點和神學觀點恰恰是在博物學家當中廣為傳播，他們用這些觀念來解釋所有的動植物構造的合理性，以及它們對生存條件的適應性。不幸的是，在英國的博物學家中許多都是牧師出身，可想而知，達爾文主義需要面對多大的阻力。
不過，在1860年12月發生了一件令人驚異的事情：馬克思閱讀了《物種起源》並深刻地理解了這本書的精髓，在德國，他成為第一個贊同達爾文學說的人。他在書信上聲稱：達爾文的著作十分有趣，他的著作讓自然科學中的目的論第一次遭到了致命的打擊，並且用經驗為自己的學說作了合理的說明。