司卻克蘭比達爾文小兩歲，為「命名規則」作出過很多貢獻，曾提出「優先權法則」的命名辦法。達爾文和他是通過寫信完成工作的……
達爾文為蔓足目的研究和寫作付出了艱辛的努力，同時這部著作也給他帶了無比的喜悅。他曾寫信告訴虎克：「正如您所說，觀察的本身就是一種隱含的快樂。不過，我還有其他的快樂，是什麼呢？就是在我們的頭腦中對比相近的事實。我因為從事了長期的地質考察寫作，現在突然讓我重新開始使用眼睛和手，真是一件令人愉快的事情。」但他對物種的描寫遠比想像的要複雜和困難得多，有時為了找到兩個特徵物種之間是否有過渡態，他就得花上一個兩個星期。他也曾抱怨說，在物種命名方面，為了找是否有前人已經命過名了，就浪費很多時間。他寫信給虎克：「我剛剛整理出兩個物種，它們共有七個屬名，二十四個種名。」
研究中，達爾文還發現，一些微小的生物體固定於套膜腔裡，而且是固定在成年動物身上的，因此很容易把它們誤認為是寄生物。當他發現，原來這些小東西是退化了的雄體時，他非常驚奇。這些小東西有的已經長成了成年動物，但那些異常矮小的雄體，其實也是雌體。這就是具有嚴重退化傾向的兩性異形現象。而其他物種的固定形態仍然是雌雄同體。這種現象是達爾文第一個發現的。他認為這些形態矮小的雄體是「附加」雄體，因為它們像其他雌雄同體一樣，也可以通過異體受精（當然沒有雄體參加）而繁殖後代，而真正的雄體一般是當雌雄同體在正常受精遇到某種困難時才發揮作用。
不管雄性如何退化，最終還是雄性，因為很多時候，可以看到同一物種的雌性或雌雄同體動物的個體存在相似的特徵……
達爾文說：「……不知是否會有人相信這樣的事情：就是蔓足目的寄生蟲和蔓足目之間的差別不是必然的。如果我對寄生蟲的看法不被人接受，就像對雄體的看法，那麼這一點就夠了。」
確實，達爾文對蔓足目的研究，清楚地向人們證明，想確定物種之間和各個變種之間的差別是非常困難的。後來，連達爾文自己也改變了稱呼，他稱變種為「開始發展的變種」，而稱物種為「發展完成了的變種」。
1853年9月25日，他給虎克寫信道：「……我還剩下唯一一個疑問：類型究竟是什麼時候開始變異的，今天還昨天？……當我把一定數量的類型分成不同物種開始描述後，我認為不妥，於是撕毀了手稿，重新把它們合為一個物種來描述，又覺得不妥，於是又撕了，再把它們分成單個的物種來描述，然後再合為一種。經常，我會把牙齒咬得咯吱咯吱響，開始詛咒物種，並問自己：為什麼我的命運是這樣的，難道我必須受到這樣的懲罰嗎？……」
這部著作最後被分為兩部分出版了。1851年，《關於現代海鴨的專題研究和關於古生海鴨的專題研究》出版了；直到1854年，《關於現代海橡實的專題研究和關於古生海橡實的專題研究》才得以出版。
對於蔓足目的研究，對於證實達爾文的進化觀點很有幫助，也給了達爾文自己帶來了很多好處。當時，赫胥黎曾說，這項研究為達爾文提供了豐富的實踐理論，對於發展解剖學、研究動物發展史與動物分類法的關係，非常有用。這項工作使他以後的研究工作少走了很多彎路，並避免了很多錯誤，也使他更能有效地利用各種材料。
1853年11月，達爾文榮獲了倫敦皇家學會的皇家獎章。他的許多朋友都向他表示祝賀，包括虎克在內。達爾文開始對獎章不是很熱情，但是當收到虎克的信之後，他的感覺就不一樣了。達爾文給虎克回了一封信，他寫道：「那個被人喜愛的人表現出來的關心、友愛和讚美是非同凡響的。因此，同一個事情，只有您說出來才會使我激動，使我異常高興而且心都快跳出來了。請相信，我會把這種快樂保持很久，這種真誠的、善意的友情比一切獎章更能讓人激動，更有價值。」
達爾文一直沒有斷了生病，疾病讓他痛苦不堪。1845年，他又一次給虎克寫信：「我的身體狀況絲毫沒有什麼變化。我估計，近三年來，我的胃疼會攪得我日夜不得安生，我也感到我的體力越來越差了，並且呈現急劇下降的趨勢。」
他的病情加劇的那段時期，正好也是他的學術被爭論最激烈的時期。因為要反駁他人對他學術的疑問，但他常常力不從心，而且還會情緒激動；有時還會進行必要的外出，這些都能使他的身體產生嚴重不適，讓他痛苦萬分。為此，他有時要躺上幾個小時，甚至好幾天。這段時間，他的工作時間是每週兩天，一天一兩個小時。
就這樣到了1849年，有人對他說應該去進行水療，水療或許對他的病有幫助。於是他來到莫爾文的一個水療機關，在那裡養了四個月（從四月一直到七月）。水療確實起到了一定的作用。我們從他給虎克的信中就可以瞭解到這點，他寫道：「這種水療法對我確實很有用，起到了健身的作用。這個月，我連續不生病的天數明顯增加了，比以前任何一個月的時間都長了。現在，我可以每天工作兩個半小時了……」
在他身體不好的情況下，達爾文還是會去參加一些英國科學協會會議。比如1846年，他帶著妻子去索斯安普敦參加了會議的，這是一次很成功的旅行，後來他回憶說，儘管會議上的一些報告枯燥無味，但他很高興，因為他見到了不少老朋友，還結識了一些新朋友，他對一些愛爾蘭的博物學家很看中。中間，他還同古生物學家法更納等到溫切斯特旅遊了一趟。
但1849年，在伯明翰舉行的一次會議，達爾文本來身體就不好，加上「長時間的朗誦」，使他精疲力竭。
在唐恩，達爾文也經歷兩件不幸之事。他的父親在1849年去世了，隔了一年，1851年，他年僅十歲的女兒安妮夭折了，這兩件事使他痛心不已。除了安妮，達爾文還有五個兒子和兩個女兒，他們的壽命都比父親長。
達爾文非常重視子女的教育問題，他很尊重子女個人的志向。他對表兄福克司說，雖然刻板、老套的古典教育是他痛恨的，但如果真的把子女放在家裡教育，他還真沒有這個勇氣。因此，經過千挑萬選，他才把大兒子送進了一所他認為是最好的古典學校。其他的幾個孩子的擇校標準都是這樣：學校必須安排有很多不同的課程，古典主義絕不能太佔優勢，更不能淹沒其他課程。
唐恩可以認為是達爾文生命第二個週期的開始。在這裡，時間像鐘錶一樣走著，非常規律和有節奏。儘管他長期患病，但還是創作了許多有價值的博物學方面的著作。唐恩起初的十二年，他完成了《「貝格爾」號動物學》，出版了《「貝格爾」號地質學》，修改並出版了《南美洲考察日記》。最主要的是，他完成了《1844年概要》，這使得他的理論更加自成體系，並且還出版「關於甲殼綱蔓足目動物的專著」。