之前有一種動物滅絕的「災變說」，在這裡，他提出了反對意見。他說不能用一次突然的災禍來解釋動物的毀滅。他舉例說，就像人類要消滅一種動物，只會使這種動物逐漸減少。那麼自然界的任何一個物種絕滅不單單是因為某場災難，而是因為它們天敵的數目增加了。人們已經習慣一些物種經常見到，而另一些物種卻不常見，而對此一點也不驚奇。難道就不能假設，很少見到的那種動物正在預示著要完全絕滅嗎？他總結道：「假設一個物種的不斷減少總能預示著它即將滅絕，而且對這種現象一點也不吃驚，還要用某種超自然的東西來解釋的話，而當這個物種真的消失了，才恍然大悟，這就像：本來一個生病的人的病症已經預示著他要死亡了，但人們對病症本身卻絲毫不感到驚奇，當有一天這人死了，才覺得怎麼會這樣呢？而且很可能還會揣測說他死於暴力襲擊。」
對於加拉帕戈斯群島的生物問題，在第二版裡，他在虎克整理加拉帕戈斯群島的成果裡加進了一些東西，……並用了大量的例子來說明這些結論。
結尾時，達爾文寫道：「經過查閱資料，結果使人吃驚：在這些光禿禿、到處都是岩石的小島上，創造力是驚人的。但還有更令人吃驚的事情，那就是這種力量的作用在完全相同的情況下，距離還是那麼的接近，卻呈現出多種多樣的結果。我曾說過，加拉帕戈斯群島可以被認為是美洲的衛星島，應該說是美洲的衛星群。它們外觀相似，而內部器官卻不同……」
達爾文在這裡沒有過多地把自己的理論寫進去，因為他認為時機還不成熟。因此，在修改方面也很小心，只是在一些事實和論斷方面表示了自己的懷疑。他還認為，像「創造」和「創造力」這些詞彙都是不能輕易改動的。
修改完之後，達爾文把它命名為《一個博物學家的日記》，然後出版了，作為送給賴爾的禮物。他承認《日記》以及其他著作的主要科學成果的取得，必須感謝對《地質學原理》的研究。
之後，達爾文寫信告訴賴爾關於獻禮的事情，接著他又給賴爾寫信，說賴爾剛出版的《美國旅行記》中對奴隸制的論斷令他非常憤慨，這使他徹夜難眠。估計賴爾很快就給達爾文回信了，並且證明自己對奴隸制的看法是正確的。因為達爾文後來又寫信給賴爾表示自己非常高興，而且補充了一些內容。他還說，希望賴爾對奴隸制的厭惡情感，應該在其他著作中也有所表現。
在此期間，一本沒有署名的《創造的痕跡》在英國出版，書中以新形式闡述了進化思想。這本書引起了達爾文的注意。這本書分兩卷，而且是分兩次出版的。第一卷在1843年出版，第二卷在1845年出版。在第一卷裡，作者綜合整理了各地質時期的古生物化石的大量資料；在第二卷裡，他也極力主張生物界自然發展的理論，並用大量的自然科學事實來證明這一發展規律。作者知道，這本書會引起宗教界的仇視，而他又不願意得罪這些人，所以又說他不反對上帝和上帝的意志，只是不同意「一切都是注定的」的說法……不過，他也堅持說：「我們越來越清楚，生物界的發展……主要是由時間決定的。」
和拉馬克觀點一樣，《創造的痕跡》的作者承認「自然進程理論」，……但又指出「萬能的上帝使各種植物呈現各種形態分佈」。
本書的作者呈現的其他一些論斷很多同樣是不科學的，而且是沒有理由的空想。但為了證明動物的發展情況，他也引證了胚胎學和古生物學的資料，展現了類似生物遺傳學的東西，他說，人是經過鞭毛蟲、毛蟲、魚、兩棲動物、鳥和低等哺乳動物等階段發展演變而來的。他認為，在蛋白質內，因為某種電的作用，先形成一個有核的小胞，而後繼續擴大，最後形成各種動物。這些都源於兩種因素：發展的願望和適應的動機。他還認為靈長目動物和人的祖先是蛙，因為蛙的後腿有小腿肚。
這本書的作者叫詹博斯，一個很受歡迎的蘇格蘭政論家。他對拉馬克的理論採取鄙視的態度，但自己的內容又較膚淺，達爾文在地質學會會議上曾見過這個人。在會上，這個人就達爾文研究的羅埃河谷的「平行階地」進行了演講，就這樣兩人取得了聯繫。關於作者身份，是四十年後才真正大白於天下的，那時達爾文的學說已經完全被世人接受了。不過，達爾文說，書一出版，他就知道出自誰手。詹博斯還寄了一本新版的《創造的痕跡》給達爾文，達爾文寫信給虎克：「我就知道作者是詹博斯」。這本書引起了兩方面的強大反響：一方面，荒誕怪離的空想引起了很多讀者的極大興趣，要求再版；另一方面，遭到了不少博物學家一致譴責。因此，進化思想的聲譽被《痕跡》作者就這樣給敗壞了。因為很多人以為，要成為物種變化、進化的擁護者，即成為一個真正的「演變論」人士，只要胡亂猜想就夠了。有詹博斯這樣的人，肯定是博物學界的不幸。每當有人對達爾文的理論進行評論時，達爾文都得懷著忐忑不安的心情來看。因為這些原因，達爾文也不再急於寫關於物種的書了，並且推遲了出版的時間。他給虎克信說：「當時他被思維清楚、敏銳的博物學家的輿論包圍著，如果不處理好，就會一敗塗地。」
完成南美地質學後，他說：「出版了一些動物學方面的書，效果還不錯！現在該出版關於物種的書了。」當年在智利海岸時，他曾經找到了一類蔓足目類型的蟹，這種蟹會鑽到其他蟹的甲殼裡。後來，他還專門為這個新形態立了一個科目。
蔓足類或蔓足目蟹是極為奇特的動物。它們的幼蟲屬於大海生形態，也屬於低級甲殼綱，是無節幼蟲的典型六條腿浮游形態的代表。它後面長著很多小腿，後來變為更為複雜的幼蟲。幼蟲的身上長出兩片鱗，好像一個介形目的小蟹，它用觸鬚把自己固定在一個培養基上，再次發生蛻變，成為「固定」動物。後來，它的小腿長成觸鬚一般，因此命名為「蔓足目」，而這些小腿也是它們進食的工具。幾塊甲殼覆蓋在鱗上，有的好像石灰質薄片圍繞起來的樣子。在激浪地帶，被大量的膠狀物質固定在陡峭的海岸上的海中橡實就是這樣。為了弄清這些新蔓足動物的構造，也為了弄清與其他蟹類區別，他開始解剖和研究其他常見的蔓足目形態。為完成這部著作，他花去了八年的時間，遠遠超過了他預期的幾個月。
因為達爾文的這種頑強和細緻的工作方式，他的孩子們誤認為任何人都在研究這類生物。有一次，他的一個孩子問莊園的鄰居：「你在哪裡製造海生橡實？」
但不管怎樣，這部著作的結果顯示了它根據是充分的、資料是翔實的。它共計兩卷，單正文部分，即使排得很密，也有一千多頁，這還沒計算蔓足目各種古生形態的補卷。他還附上了大量的插圖和圖表。而索引十四頁。尤其是校對同物異名的工作非常費時和費力，為此達爾文請教了動物學家司卻克蘭。