達爾文夫婦不喜歡受約束，而且他們已經完全習慣了田園式的生活方式，現在的倫敦生活，對他們來說完全是一種束縛，特別是目前，達爾文的身體每況愈下，這樣的都市生活讓他們更加無法忍受，而且艾瑪又懷孕了（他們已經有了兩個孩子）。種種因素促使他們快速作出了決定：搬回到農村。如果有必要的話，最多兩三個星期來倫敦一趟。
1842年9月，達爾文夫婦在離唐恩村不遠處買下了一個莊園，在那裡定居下來。這個莊園位置很偏僻，舒適而寧靜，而且距離倫敦城區不很遠，便於他們與外界的來往。唐恩村處於兩條村道的交叉口，只有幾百戶居民。從莊園到村子，只需要走0.25英里的路，非常方便。在這裡唯一的不好就是出行不方便，因為離莊園最近的兩個火車站距離莊園都有十英里的路程，而且還不全是平路，中途有不少的山路和蜿蜒崎嶇的鄉間土路。這可難為壞了既是園丁又得充當馬車伕的老傭人，如果達爾文夫婦要坐火車，老園丁就得趕著馬車，在崎嶇不平的山路上小心翼翼地駕駛著。為此，達爾文還取消了原來打算經常去倫敦的想法。
這個莊園已經很久沒人住了，雜草叢生，看著很荒涼，尤其是那裡的舊房屋年久失修，外觀非常難看。為了翻修房屋，使它看起來美觀大方，達爾文花了很多心思，並付出了很多勞動，尤其是最初剛住進去的前幾年。他把房子的裡裡外外全部粉刷了一遍，並且在院子裡弄出兩塊空地，種上花草和蔬菜，然後在周圍圍上籬笆。他還在房屋的第三層開闢了一個陽台，上面用籐蔓植物做頂棚。莊園的周圍被一片森林包圍著，使人產生一種幽深的感覺。達爾文還把一些露在外面的白堊和被小路截斷的深溝用東西掩蓋起來，並在河谷中開闢了一塊耕地。
唐恩田園式的生活一直陪伴達爾文度過了剩下的後半生。儘管有時他會出去走訪親戚朋友，或去倫敦去辦事，或因為必須要參加英國科學協會會議而到其他城市，或者去參加水療「訓練班」，但這些出訪因為不需要活動量很大，也不需要消耗極大的體力，所以對他非常合適。也許正是這些環境和條件才造就了達爾文的盛名，讓他有給世人展現了他的巨著，使人們清楚了生物界是怎麼回事，以及人在生物界的地位是怎樣的。但是他身體一直不好，長期以來疾病不斷，所以每天工作時間非常有限，最多只能工作兩三個小時。
我們後來看到的達爾文傳記，其實不是一般的生平傳記，而是一部他的著作史以及他與他的那些生物界朋友們一起為生物學的發展而進行的鬥爭史。
之前，我們說過，達爾文年輕的時候，一次偶然的機會，他來到了位於熱帶的佛得角群島上的聖地亞哥，他坐在熔岩懸崖下，採用賴爾[ 賴爾（1798∼1875）：全名查理·賴爾，英國地質學家，他發展了赫頓的火成論，提出了均變論。他的著作為近代地質學奠定了科學的理論基礎，被後人尊稱為近代「地質之父」。]分析地質的新思想來研究這座島嶼的地質史。在這樣的環境熏陶下，他萌生了一種想法，他要把他到過的所有國家的地質狀況彙編成一本著作。《珊瑚礁》一書只是他實現這一理想的一個開端，這本書成功了。當賴爾看到達爾文的珊瑚礁觀點後，非常贊同，儘管達爾文的觀點與賴爾的環形島理論有些相悖（賴爾認為，珊瑚礁成環形島，像圓環一樣圍繞在水下的火山噴口上。）。賴爾督促達爾文，讓他盡快將所搜集到的材料在地質學會會議上作一次報告。
《珊瑚礁》出版後，1842年的秋天，達爾文開始著手撰寫乘坐「貝格爾」號旅行時到過的那些火山島的地質和地貌的狀況和分析。這本書成書後，定名為《「貝格爾」號航行地質學》，這是他的第二部地質學著作。他的第三部著作寫的是有關南美的地質考察的情況。至於他在途中寫的一些「地質」方面的信件和記錄，在地質協會的一些會議上已經發表過了。返回英國後，他寫的一些簡訊和報告，多是以報道的形式與公佈見面的。現在，他要把搜集到的有關地質方面所有筆記和見聞進行全面整理了。
這本著作的前五章主要描述大西洋和太平洋上的火山島的情況。
第一章寫的是聖地亞哥島的地質情況，他的描述非常詳盡。他寫到，在他面前呈現出了多層地貌：最底層是由於海底流動形成火山岩；中間層大部分是第三紀初期遺留下來石灰石的水平層，一直延伸有好幾海里（後來，古生物學家索爾比在英國鑒定了他帶回的這些岩層中的貝殼。）；最上層是熔岩層，形成比較晚，當該島嶼從海中上升時，錐形噴火口噴出來的流質熔岩形成的了這一層，因為溫度太高，接近噴火口的一些石灰層都已經變形了。
第二章描述比較簡單，主要包括亞速爾群島中的費爾南多·德諾羅尼亞島和特塞拉島的地質情況，塔希提島（他在這個島上找到上升的痕跡）西北部的地質情況、大西洋中聖保羅小島的地質情況。
第三章，他記述的也比較詳細，描述的是阿森松島的地質情況。他寫到，他拿著錘子曾經「興奮地敲擊這裡的山巖」。也正是在這裡，達爾文聽到了一個鼓勵人心的消息：塞治威克預言達爾文將會成為一個有前途的地質學家。