科迪拉山脈與智利海岸之間的區域，被幾條與主脈相平行的小山脈分割開來。這些分割出來的區域就是一些窄狹而平坦的盆地，再加上一些河流從這裡流過，形成了一些河谷地帶，這些盆地與河谷慢慢成為智利的重要城市。達爾文認為，這些區域原來都是海。許多急流由智利境內流入大海，這也是智利平原的土壤特別肥沃的原因。這裡有小麥和玉米，還有成片的果園，果園裡有桃樹、無花果和葡萄……
8月16日，在嚮導的帶領下，達爾文登上了海拔約一千八百二十米高的鍾山。鍾山南山坡上長著一片竹林，還有一些奇特的棕櫚樹。這種棕櫚樹樹身極粗，當地人經常取出這些棕櫚樹的樹汁，作為糖漿食用。
達爾文晚上在這裡宿營。空氣潔淨、天氣明朗。他可以看見停泊在瓦爾帕來索灣的船隻，船山上的桅桿從這裡看像一條細線。
達爾文第二天早上到達了山頂，從山巔向東遠眺，便可看到安第斯山脈平直的山脊；從山頂向西遠眺，便可看到智利就像呈現在地圖上那樣清楚。他在這裡待了整整一天。
8月18日，達爾文從山上下來，穿過美麗的河谷，繼續往前走。達爾文第二天晚上到了哈胡耶爾銅礦場，本來他是來這裡考察礦山的地質結構的，但突然間下起了暴風雪，他不得不返回。
8月26日，達爾文到了智利首都聖地亞哥，並在這裡休整了幾天。
達爾文又上路了，他決定繞彎繼續往南走，來到了馬伊普河。河上架著一座吊橋，河流波濤洶湧，從這種橋上走過去相當冒險，因為吊橋連兩個人的重量都禁不起，一走上去就搖搖晃晃的。但當他到達卡查普爾這條小河時，連這種落後的吊橋也沒有了。在卡察普阿爾河的河谷裡，有幾處能治病的考凱納斯溫泉，這幾處溫泉在當地極負盛名。
這裡夏季幾乎是滴雨不下，但夏季溫泉裡的水要比冬季更多、更熱。達爾文推測，夏季的時候，山上積雪的融化首先滲入高溫區，然後，與這裡的地下水源混合後流到考凱納斯地區的地面上，成為泉水。
在塔關湖附近，有許多浮島，他在這裡著手勘察金礦。這裡的工人非常的累。他們必須從一百三十米深的地下，把五普特重的礦石背到地面上來。他們工作繁重，卻只能吃一些煮熟的豆子和麵包，伙食很差。礦石搬到地面後，把它磨成細粉後加水，隨著礦泥沉在礦池裡慢慢硬化，各種鹽就在表面上晶化。過個一兩年，黃金就能淘出來了。這是個複雜的過程，還得重複好幾次才能淘出不多的黃金。
達爾文本來以為礦工們的工資就已經很低了，但這裡農奴的生活比礦工們更苦。
達爾文回到瓦爾帕來索後就完全病倒了，他都在科爾菲德家養病一直到十月底。
達爾文患病之後，「貝格爾」號上發生了一件事。
1833年，菲茨·羅伊艦長為了加快海岸的測量工作，在加裡松那裡，他花三千六百五十英鎊租了兩隻縱帆船；過了一段時間，同樣的原因，他又花了一千三百左右英鎊買下了一隻洛烏船。他以為海軍部會同意這兩項開支，並補償他這筆錢。海軍部寄信說，他們不贊成租船，也不願支付他租船、買船付出的金錢，還要他盡快解雇所租的船隻。達爾文認為，這是兩黨之爭的結果：菲茨·羅伊屬於托利黨，海軍大臣屬於輝格黨。
對海軍部的這一決定，菲茨·羅伊極不高興，再加上他在長期的旅行中疲勞過度，這些原因使他的情緒非常頹喪，以至於他想到了向海軍部辭職。
很明顯，如果辭職被批准了，韋克姆就會晉陞為艦長。但韋克姆並沒有想自己生不生官的事，他勸說菲茨·羅伊收回辭職的決定。最後，艦長被說服了，大家都很高興。艦長撤回了自己的辭職書。
這件事發生以後，達爾文焦急不安。一方面，如果菲茨·羅伊真的辭職的話，「貝格爾」號就要被迫抄近道由大西洋返回，達爾文在「貝格爾」號上博物學家的工作也不得不終止；另一方面，也和他思念家鄉有關；再加上航海旅行愈來愈艱苦，使他疲憊不堪。
達爾文通過對收集來的材料進行研究，對南美洲的地質考察情況已經瞭然於胸。他也向自己提出了新的要求：竭力做到盡可能多收集搜集物，不僅記錄看到的現象，而且還要解釋這些現象的原因。他向菲茨·羅伊艦長借了一些關於許多南美和環球旅行的書，並給自己擬訂了未來工作、未來旅行路線和參觀一些新地區的計劃。他不能半途而廢，不能放棄快要完成的計劃。
11月24日，「貝格爾」號上的全體船員又忙碌起來，有幾個人在謝利萬的指揮下，乘著舢板和高速艇去奇洛埃島的東部，開始了測量工作。達爾文去了該島北端的查卡奧，在那裡，其他船員將與他會合。留在「貝格爾」號上的一部分船員去考察島的西部，任務完成後，與第一隊人馬在南部會合。
查卡奧原來是島上的主要港口，在海峽裡的急流和危險的巖礁中間，來到這裡的船隻經常失事。最後，無奈的人們就把港口移到了聖卡爾洛斯。在查卡奧，達爾文遇到了第一隊人馬。達爾文和他們碰面後，一起往南推進。小島有一些平坦的地方，是被河谷切割開來的，現在，這些地方被一片不能通行的森林覆蓋起來。在這片大陸上，有三座活火山，正在噴出一團團巨大的濃煙。每座火山，高度都有兩千米左右。
11月30日，這隊人馬來到曾是奇洛埃島的古都——卡斯特羅，現在這裡已經變成一個特別荒涼的地方。
達爾文特別注意到這裡有一種基幹一米多高的植物，名字叫龐克。龐克有四五個直徑超過兩米的齒狀圓葉子，葉子的周長起碼有十一米。
12月6日，這隊人馬到達島的南部——聖佩得羅，「貝格爾」號上的另一隊人馬已經先到了。
達爾文和菲茨·羅伊都想爬上島頂去看看，但這裡到處是腐爛的樹幹，根本無處借力，腳一踩就陷了下去，他們只好放棄這個念頭。
12月10日，兩隊人馬會合後，「貝格爾」號繼續向南駛去。13日，到達喬諾斯群島，在這裡遇到了罕見的風暴。「貝格爾」號又調轉船頭，向北駛去。
12月20日，在靠近特烈斯蒙特斯角以北的地方，「貝格爾」號發現了一處海港。海港附近，有一座正圓錐體的山丘，海拔大概五百米。這個小山儘管不怎麼高，但卻極為險峻，達爾文堅持著爬到了山頂。達爾文在《考察日記》這樣描寫了登山後的感覺：
能夠爬上一座山的山頂，特別是在這荒涼的地方，更會讓人覺得快樂。在爬山時，我不安地期待看到某種新東西。雖然我的期待經常落空，但我總是從新期待，這種期待總會出現的。從山頂眺望，我們能看見宏偉壯觀的景色，一種勝利和驕傲的心情油然而生，湧上心頭。在這些人跡罕至的地方，你也許會這樣想，我是第一個站在這座山頂上的人，這樣的話，你還會有一種榮譽感。
在這荒野的海岸上，他發現有人住過的痕跡：在懸崖凹處，有一堆草鋪，草鋪上有人睡過的樣子，還有篝火餘燼，岩石上有斧痕。他感到極為驚奇，難道這裡有人住嗎。轉念一想，也許這是遇難水兵留下的痕跡。
沒過幾天，「貝格爾」號發現另外一邊的海港，便停泊下來。這裡的海岸上出現一個衣不蔽體的人，他看到有船來到，大為興奮。這人是美國人，他是來這裡捕鯨的，但捕鯨小船被岸邊的暗礁撞得粉碎。他也不能沿著海岸走過去，這很危險，他的一個同伴就是這麼死的。其餘的兩個以海豹和軟體動物充飢，他們用燧石取火，還有兩把斧子和幾把刀，住在蘆草舍裡一直堅持了十五個月。帶上這個美國人，「貝格爾」號又出發了。
12月30日，在特烈斯蒙特斯半島最北端附近的小港裡，「貝格爾」號停泊下來。
1835年1月初，圍著這個深水的小海灣，達爾文同菲茨·羅伊乘小船繞行了一周。途中遇到無數的海豹，還有以食死屍為生的火雞兀鷹，火雞兀鷹窺伺著海豹。湍急的流水從花崗岩的高山上飛瀉入海。海燕、海鷗和鸕茲在水面上來回逡巡著，伺機捕捉魚類。有一對美麗的黑頸天鵝也在那裡游來游去，幾隻海獺也湊熱鬧似的在水裡慢慢游弋。
在喬諾斯群島，「貝格爾」號停泊了一個星期。這裡的植物嬌艷秀麗，一直生長到海岸邊。這裡還有四座火山，尤以科爾科瓦多火引人注目。
在喬諾斯群島上，哺乳動物很少。達爾文在這裡找出兩種水棲動物：一種是齧齒動物鼩鼱，它有一身珍貴的漂亮毛皮，一個又大又長的尾巴。後來，引進到前蘇聯後被馴養成功。另一種是小海獺，它不僅吃魚類，而且也捕食大量漂浮的小螃蟹。在這裡，還曾看到各個地方都有的一種小鼠，這引起了達爾文的深思。
與奇洛埃島上的樹木相比，喬諾斯群島上的樹木更像火地島上的樹木。這裡和火地島一樣，都有山毛櫸樹。更值得注意的是，火地島上的苔蘚植物，地衣植物和上型蕨類植物的種類繁多，數量很大。但這些植被在西海岸群島都能找到。
在這一地區，兇猛的大海燕在海面上盤旋。其中一種稱為別拉德的海燕，它一受到驚嚇，就鑽進水裡。在水下，游過一段時間後，又從水中飛到空中，直線飛行了一會兒，就一頭栽下來，重又潛到水裡去……從它腿的長度、嘴和鼻孔的形狀，都證明它是海燕。但它腳爪上沒有後趾、翅膀短，還有潛水習性，從這些來看，它更接近於與它相似的海雀。
1月18日，「貝格爾」號到了奇埃洛島，再次停泊在的聖卡爾洛斯海灣。
19日夜，用望遠鏡，達爾文觀看了奧索爾諾火山爆發的情景，火山一直到凌晨才停止噴發。
後來才知道，那天晚上，不止奧索爾諾一座火山爆發：距奧索爾諾向北八百公里，智利的阿康卡瓜火山，距阿康卡瓜火山以北四千三百公里的科謝圭鈉火山，也在同一天夜裡相繼噴發起來。爆發的同時產生了強烈的地震，在一千六百公里的範圍內都有明顯的震感。
達爾文和金克被菲茨·羅伊派往卡斯特羅，讓他們從那裡橫過奇洛埃島到西岸的庫卡奧小教堂去。在沼澤地區，路是用圓木鋪成的，本來就很滑，再加上下雨，就更滑了。不過，這裡的馬匹好像已經習慣了這裡的路，它們靈巧地像狗一樣，從一根圓木跳到另一根圓木。高大而茂密的森林和蘆葦圍在路的兩邊。
1月23日，達爾文和金克到達一座美麗的小城市卡斯特羅。達爾文給當地人彼得羅先生帶來一封介紹信，彼得羅非常友好，接待了達爾文。為護送達爾文及其旅伴沿著海岸往南走，還為他們雇了強壯的馬匹。當地一名警衛隊長自告奮勇，要親自護送他們到庫卡奧。他們沿著彎彎曲曲的小路前進，往西橫穿過一個島。時而又經過精耕細作的田地（穀物和馬鈴薯在這些田地上長勢很好）；時而穿過巍巍壯觀的森林。這裡的道路非常落後，警衛隊長就命令印第安人，用當地的一種小船把達爾文極其旅伴送到庫卡奧湖。
庫卡奧零星住著著三四十戶人家，都是看起來特別可憐的印第安人。沿著寬闊的海岸，達爾文和金克從這裡往北走，洶湧澎湃的海浪拍打著海岸。他們找印第安人為他們做嚮導，想到聖卡爾洛斯去，但這裡的印第安人死活不同意帶他們去。
1月28日，他們才到聖卡爾洛斯。
2月4日，離開奇洛埃島，「貝格爾」號向北航行。一路上大霧瀰漫，直到8日方才到達智利的瓦爾迪維亞，這裡離海岸約有十六公里，分佈在的沿河一帶的低地。這個城市的周圍，都是茂密的蘋果樹林。
休整了幾天，帶上一個嚮導，達爾文又出去旅行了。美洲海岸上，有著茂密的處女林，這裡森林的顏色比奇洛埃島上的森林鮮綠。可能是因為智利的常綠樹木比奇洛埃島上的常綠樹木少的緣故吧！
2月20日，達爾文正在海邊的森林裡躺著休息，突然發生了強烈的地震，持續了兩分鐘。地震時，達爾文在外面，他努力讓自己站穩，但地面的劇烈搖晃讓達爾文覺得頭昏。居民們驚慌地湧到外面。城裡的房子是木頭的，搖動得特別厲害。
2月22日，「貝格爾」號離開瓦爾迪維亞，「貝格爾」號沿著海岸往北繼續前行，沿途進行測量。
3月4日，「貝格爾」號停泊在智利的康塞普西翁市港灣，附近有一個基裡基納島，達爾文就在那裡登陸了。他一到這裡，就聽到人們到處在談論2月20日大地震造成的可怕性毀滅。在塔爾卡瓦諾海灣和康塞普西翁市，所有的房屋全都倒塌，地震後的巨大的海浪連塔爾卡瓦諾的廢墟也捲走了。達爾文親自去了地震中心地，見識到了地震災難性的破壞力，還有因為地震而引發的海嘯也具有強大的破壞力。有許多表面附有海生生物的岩石碎片，由於地震，被拋到海岸上，他親自進行了測量。他認為，地面的許多大裂縫和移位都是大地搖晃的結果。