時間到了1834年，「貝格爾」號繼續測量著沿途的海岸。
1月12日，「貝格爾」號停泊在一個寬廣的海灣——聖胡利安港。他們兵分兩路，一部分水兵留守在船上，另一部分隨菲茨·羅伊和達爾文一起到這個地區的腹地去。這個地區特別荒涼，到處都沒有淡水，他們口渴得要命，也感到特別疲憊，特別是菲茨·羅伊還隨身帶著工具和笨重的雙筒槍。他們選擇了一個較高的地方向遠處眺望，發現兩個閃閃發光的湖，他們到湖那裡還有很遠的距離。然而，這時眾人都疲憊不堪，不敢到那裡去。如果那兩個湖不是淡水湖，還是喝不上水，還得走回來。達爾文自告奮勇地說，先讓我單獨去探探情況，達爾文認為，自己在這些長途徒步旅行中，比菲茨·羅伊和水兵們有經驗的多。達爾文和眾人商定，如果發現那裡有水的話，就會通知留下的人。
達爾文艱難地走到一個湖邊，發現那是個鹽湖，另一條也是鹽湖，只好黯然回到了眾人那裡。菲茨·羅伊這時連路都走不動了，雖然已經休息了不短的時間，但他還是沒有力氣返回小船。達爾文讓一個水兵留下來陪伴艦長，其餘的人往小船走去。達爾文因為擔心菲茨·羅伊艦長的安危，用最快的速度第一個到達小船，從裡面取出淡水和食物，馬上讓人給菲茨·羅伊送去。其實，達爾文也很累，在缺水的情況下，他不但去了那兩個湖邊探情況，又快速地回到小船，體力消耗極大。達爾文當天感覺還不怎麼累，第二天，他就病了，在床上躺了兩天。
「埃德文切爾」號縱帆船還留在希望港修理，所以「貝格爾」號又往那裡駛去，準備會合後一起前行。1月22日，在東福蘭克島作了短期逗留後，這兩艘船揚帆向麥哲倫海峽駛去。
他們的船經常停泊在格烈高利角，這裡經常發生大漲潮和退潮。他們在這裡遇見了印第安人種族的一個分支——巴塔哥尼亞人，巴塔哥尼亞人住在窩棚裡，以馬為交通工具。經常穿著羊駝皮大斗篷，身材特別高大、體形強壯，非常引人注目。他們的臉上塗抹著白紅顏料，讓他們看起來勇敢而嚴肅。這裡的婦女們也長得身材高大、體格勻稱。這些人善良可親，喜歡用羊駝皮和鴕鳥毛換取歐洲人的煙草，因為同歐洲人打交道，所以會講一點英語和西班牙語。
1月底和2月初，一部分人乘坐小船去勘探麥哲倫海峽，另一部分人乘「貝格爾」號航行。麥哲倫海峽的兩岸具有過渡的特性，在這裡，你能看到巴塔哥尼亞的生物，也能看到火地島的生物。在這些地方，對許多有趣的關於生物地理分佈的情況，達爾文又可進行觀察了。
「貝格爾」號停泊在飢餓港，連續下了三天的傾盆大雨，達爾文在雨停時登上海拔六百米左右的塔爾恩山。山上到處都是茂密的樹木，這些樹木安靜地生長著，外面的暴風驟雨絲毫影響不了這裡的一切。深溝與河谷裡堆滿了大量的腐爛樹幹，腳一踏在這些樹幹上，就會陷到膝蓋處。旅行者們經常想靠一下某些樹幹，但這些樹幹都是一碰就碎的枯木頭，所以他們經常摔倒。越往山頂，樹木越少，山頂山光禿禿的，什麼也沒有。從山頂上看，凌亂的一些大小山脈分佈在周圍，四周的山巒被片片雪跡點綴著。
2月10日，「貝格爾」號打算去火地島的東湖進行測量，不過，一件事的發生讓他們不得不暫時停下這個計劃。從福克蘭群島，傳來一艘海豹捕獵船捎來的消息。高楚人在暴動中殺死了自己的首領西蒙和兩名英國人，奪得了一半的野馬和牛。其餘的英國水兵逃走了，英國軍艦「挑戰者」號陷入混亂中。後來，這件事慢慢平靜下來。
從麥哲倫海峽返回後，「貝格爾」去了東火地島的東岸，完成了這次測量。
在聖·塞巴斯蒂安港，達爾文看見了一幅壯麗的景象：無數條抹香鯨正在嬉戲，它們跳出水面後，再橫身向水面拍去，發出巨大的拍水聲，很像大炮發射時的聲音。
在經過位於東火地島東南端的聖地亞哥角時，「貝格爾」號陷入了一個非常大的漩渦，南來的浪把軍艦衝擊的東搖西蕩，最後只好停在東火地島東岸。
「貝格爾」號向火地島南面的一些小島駛去，在拉斯頓島停泊下來。這裡住著火地島人，達爾文以前在這裡就曾碰見過。這裡有一些火地島部落，但有的部落甚至連首領都沒有，部落之間被一片荒無人煙的地帶或中立地區所隔離。為了爭奪那些少得可憐的生活資料（懸崖下和海岸上的貝殼、魚類和海豹，以及他們的主要財產獨木船），各個部落相互仇視。火地島人認識文明的歐洲人已經二百五十年了，但他們絲毫未變，還是老樣子。
2月26日，「貝格爾」號進入菲茨·羅伊以前駕小船旅行過的貝格爾河。這一次，順利過了這條河。頂著西風，航行中的「貝格爾」號熟練地迂迴行駛。一些火地島人守候在岸邊，一起向船上的人喊著「雅密爾舒納爾」，他們想用魚和螃蟹，換我們的一些破布條。
三月初的一天，天氣晴朗，達爾文和菲茨·羅伊參觀了朋松布海峽北部壯麗的達爾文山，也參觀了伏裡阿海港，他們還碰到了老熟人琴米，他駕著一隻掛著一面小旗的獨木船，向他們駛來。他送給自己的英國朋友兩張水獺皮，還送給艦長他親手做的幾個矛頭和箭頭，琴米看起來很溫和，好像對住在這裡沒有一點怨言。「貝格爾」號離去的時候，他就站在沿岸的一個山崗上，燃起一堆火，向我們送別。
3月10日，「貝格爾」號又到了福克蘭群島，在附近的巴爾克裡灣停泊。在這裡，頑強的達爾文仍然毫不動搖地繼續進行著博物學家的工作。不管是夾雜著冰雹的暴風雨天氣，還是極為寒冷的惡劣氣候，都阻止不了達爾文對工作的熱情。
3月16日，由兩名高楚人做嚮導，達爾文繞著這個島的部分區域進行了一次旅行。法國人以前曾把馬匹運到這裡來，這裡還有野牛，這兩樣動物特別吸引達爾文的注意力。這裡的高楚人狩獵野牛很有一套，他們靈敏地往野牛脖子上投套索，然後，用刀全力刺向野牛後腿的主腱上，剎那就把刀刺入脊髓的頂端。野牛被刺後，便不能再快速地向前奔跑，只能等著被殺死。他們殺死野牛後，把牛連皮一起烤來吃，連皮烤的話肉汁不會流失，達爾文也和高楚人一起吃了野牛肉。因為這個島上的母野牛很容易對付，經常被殺死後吃掉，所以在活著的野牛中，野公牛的比例比較大，它們經常向人和馬發起衝擊。對付野公牛，高楚人也很有一套，達爾文觀賞了他們用敏捷動作將野公牛拖倒，他們一個人把一根套索拋到它的後腿上，另一個人把另一根套索拋到牛角上，他們的動作很快、很準確，頃刻間公牛就被拖倒在地。
達爾文指出，福克蘭群島上一群群的野馬不斷地退化，許多野馬的個子在這裡長不大，而且還害有跛腳病，所以小馬經常死掉；相反，健壯結實的野牛卻不斷地繁殖增多。達爾文認為，這裡的馬之所以得跛腳病，是蹄子變長的緣故。小馬的死亡，是由公馬造成的，公馬強迫母馬拋棄小馬。從這件事上，他看出有些生物比其他一些生物更能適應新的生存條件。他還注意到牛在這裡分成了三種不同的毛色。
同高楚人一起的這次旅行，是在很困難的情況下進行的。開始旅行時，天氣寒冷，還遇到幾場夾雜著冰雹和雪的大雨；後來，天氣暖和了一點，馬卻開始常常滑倒，達爾文的馬就倒了不下十次。他們在回去的路上，不得不從水路而行。細小的浪花被風吹起，不斷吹到他們的衣服上，他們回到家時，全身都濕透了，凍得直發抖。
4月7日，「貝格爾」號又向巴塔哥尼亞駛去。因為「貝格爾」號在長期的旅行中有些損壞，菲茨·羅伊艦長想修理一下，他也想趁此機會，乘小船考察一下聖克魯斯河，這條河還沒什麼人去過。
4月13日，「貝格爾」號停泊在聖克魯斯河河口。
4月18日，菲茨·羅伊艦長準備沿聖克魯斯河上流對該河進行考察，他選了二十五名船員和他一起，乘坐三隻捕鯨船動身了。捕鯨船出發的時候，正好漲潮，藉著這個機會，捕鯨船逆流而上。這條河中心的深度約五米，河面寬約三四百米。潮退之後，無論用槳，還是張帆，都不能逆流而行了。於是，他們把三隻船首尾相連，繫在一起；把人分成兩批，到河邊拉著船走。軍官和船員們都一樣，吃一樣的食物，宿營在同一個帳篷裡。他們的行進速度很慢，每天只能走16∼20公里的樣子。河谷裡，到處是光禿禿的沙漠，長著一些稀疏的灌木和毫無生氣的植物。這裡的動物主要是羊駝，有時候還能碰到大群的羊駝。沿途碰見許多羊駝骨，這時美洲獅捕獵到羊駝後，吃完肉留下的痕跡。灌木叢中有許多小鼠，它們長著一對大耳朵和一身軟毛，經常受到小狐狸的追逐。
4月26日，隨著他們的不斷前行，地質情況也在發生變化。以前是稀疏的小玄武岩礫石，現在是更堅硬、更厚的玄武岩石塊。
他們就到了石隘口地區，這地方有幾個罕見的噴泉。河岸邊，陡峭的懸崖上，有一些巨大的猛禽，這些是兀鷹，它們的翅膀足有2.5米長。
29日，到了科迪拉山脈，一群雪峰從地平線上躍入他們眼簾。
5月5日，他們開始返回，因為是順流而下，只用了三天時間就到了。
5月12日，「貝格爾」號結束了對南美洲東岸曠日持久的測量工作，經麥哲倫海峽向西岸駛去。
6月8日，「貝格爾」號到了馬格達雷納河，經過這條河，來到塔爾納角。這裡的環境極為惡劣，有強風、堅硬的岩石那、滑溜的冰快、刺骨的水、覆蓋著地面的積雪……不過，不從環境角度來考慮的話，這裡的景色確實很壯麗，一條條通向海邊的冰川，山麓下有一片片陰森的樹林。
6月10日，沿著狹窄的海峽，「貝格爾」號迂迴行駛，從東符裡島和西符裡島之間進入太平洋。這裡的海岸形狀，看著就讓人害怕，你不禁擔心會不會遇到翻船等意外情況。
6月28日，「貝格爾」號停泊在聖卡爾洛斯港，港口在奇洛埃島上。奇洛埃是一個大島，山巒起伏，四周覆蓋著密林，常綠樹木和熱帶植物可以在這裡生長。海上的風一年四季吹向這裡，也帶來大量的雨水，這地方潮濕多雨。島上的居民具有印第安人的血統，但又不全是，大部分都是混血人種組成。他們和睦、勤勞，使用最原始的工具，開墾土地和磨碎糧食。他們住在清除掉樹林的海岸上，主要吃魚、馬鈴薯和豬肉。
7月14日，「貝格爾」號向智利的主要海港瓦爾帕來索駛去，7月23日，「貝格爾」號到達該港後停泊在那裡。
瓦爾帕來索的氣候宜人，達爾文極為高興。城市坐落在一排大山丘的山麓旁，由一條長街組成，看起來很漂亮。遠處的科迪拉山脈山巒起伏，這裡還有呈圓錐形的阿康卡瓜火山。還有一件事令達爾文極為高興，在這裡，他遇見了老同學和老朋友理察德·科爾菲德。在老朋友的邀請下，達爾文住進他家裡。
艱難困苦的海上奔波之後，終於能夠休息一下了。達爾文享受美好的、暖和的陽光，呼吸者清新乾燥的空氣，品嚐有味的新鮮煎牛肉。達爾文心情也變得輕鬆而愉快，然而，他在不知不覺中想起了家鄉，想起了朋友和劍橋自由自在的生活。在劍橋，達爾文與同學們的關係是多麼的友好、多麼的真誠啊！但在「貝格爾」號上，達爾文與菲茨·羅伊在政治上存在分歧，這使他們的關係有時候不怎麼融洽。
達爾文還想起了漢斯羅，像以前一樣，達爾文期待他對自己的工作給予有益的建議和批評，期待得到他的幫助。漢斯羅的住所成了達爾文的搜集物聚居地，因為達爾文收集的一切，全都寄給他了。所以，達爾文熱切地盼望漢斯羅的信件，希望知道那些寄給他的搜集品怎麼樣了，希望他能對自己的搜集物提些意見。但達爾文有時一年，甚至更長的時間都收不到他的來信，因為「貝格爾」號經常在航行中，很難知道什麼時候會停泊在哪裡。
達爾文在這裡終於收到了漢斯羅的回信，漢斯羅在信中對他的工作和他的搜集物給予了很高的評價，還對他的一些發現進行了評論。
在瓦爾帕來索，達爾文經常出去遊覽，有時遠，有時近。但這裡除了有一些散發著濃郁芳香的花朵外，其他的植物很少，動物也不多。這可能和這裡不刮海風，經常刮南風有關。
8月14日，為了考察安第斯山脈的地質結構，達爾文又一次出發旅行。在西海岸，他注意到這裡的貝殼，它裡面的泥原來是海裡的淤泥，裡面充滿著微小的海洋生物殘餘物，他因此確定這裡的海岸曾上升過。
達爾文翻過了基裡克山，就住在鍾山的山麓之下。這裡有一條基爾奧塔河，許多常綠植物長在河水旁的溝壑上。從山頂往下俯瞰，基爾奧塔河谷坐落在一群光禿禿的高山之中，谷裡風景如畫，有橙子樹和橄欖樹果園。