1791年3月的下旬，華盛頓開始了對南部各州的視察，途中經過了裡士滿、威爾明頓、弗雷德裡克斯堡、查爾斯頓，以後又從無樹平原去了奧古斯塔、哥倫比亞以及弗吉尼亞和北卡羅萊納的一些內陸城鎮，行程共達1887英里。7月6日，華盛頓返回了費城，他對這次視察的收穫感到十分滿意。在視察當中，他看到了全國各處的實際情況，還親自聽取了百姓的意見。相比於書面匯報來說，華盛頓感覺那些百姓的意見和建議都具有非常大的價值。一路上，華盛頓總是在認真地觀察著所有的事情，看到人民生活得很幸福的時候，他總是會露出開心的微笑。
美國的國家制度正逐步完善並且日益深入了人心，人民已經習慣於接受國會制定的各項法律，這便表明了人們對國會以及議員們的信任。國會做出的國產酒徵稅法剛剛獲得通過的時候，有很多人斷言這一法案在南部各州根本就不可能實施，但是實踐證明，人民的普遍反應卻並不是這樣的，這一法案得到了廣大人民的支持。幾年來，政府的公信力有了極大的提高。新近成立的國家銀行在快速地發展著，這些都證明了人民對美利堅合眾國政府的信任。為了國家和個人的利益，人們紛紛認購股份，僅僅一個小時之內，2萬股就被一搶而空了。
首屆國會第二次會議於10月4日在費城如期召開，華盛頓致了開幕詞，他既講到了建國後獲得的巨大成就，同時也說明了西部邊疆存在著的軍事隱患。為了確保西部邊疆的安全，華盛頓主張要盡快採取行動。為了征討印第安人，華盛頓早已經在該地區設立了以聖·克萊爾為首的軍事委員會，要求他們盡一切努力去保障邊疆的安全。此後，聖·克萊爾的隊伍曾對肯塔基地區的印第安人部落進行了兩次征討，首次是在5月份，第二次則是在8月份。但是兩次討伐都戰績平平，遭遇征討的印第安人中部分被殺死，部分則淪為了戰俘。不久，克萊爾發起了第三次征討。9月上旬，他帶領著大軍在華盛頓的要塞集合，隊伍集中了2000名正規軍和1000名民兵。但是這次征討卻困難重重，他們要在荒無人煙的地方架橋，還要在沿線構築堡壘。為了和俄亥俄的隊伍獲得聯繫，克萊爾於9月6日指示隊伍向北行進。由於路途艱苦，許多民兵都在中途離去了，這便極大地影響了美國軍隊的士氣。
不巧的是，在隊伍行進途中，克萊爾本人得了痛風病，並且很嚴重，甚至連上馬都需要他人攙扶才行。弗吉尼亞的部分戰士要求退役，克萊爾憂心此舉將會引起連鎖反應，所以他便把隊伍帶入了腹地，這樣就將這些士兵掉頭返鄉的後路給斷掉了。隊伍在連續行進了6天後，總算是接近了印第安人的駐地。可就在此時，有60名民兵一起開了小差，他們還企圖要攔截後面的軍需車輛，多虧哈姆特倫克少校發現得及時，才保證了軍需車輛沒有遇到搶劫。隊伍最後在距離印第安人村莊15英里的地方安營紮寨，從印第安人殘留的駐地痕跡判斷，大約有十幾名印第安哨兵剛剛才離去。卡萊爾把戰士分成了兩部分，巴特勒少將率克拉克隊伍形成右翼，組成了第一團隊；達克上校指揮蓋恩麾和德丁傑手下的人馬和美國軍隊組成第二團隊，形成了左翼。每個駐地都長約400碼，斯諾登帶領騎兵隊伍隱藏在左翼的後面。
距離駐地不遠的地方溝壑縱橫、叢林密佈，根據克萊爾將軍的分析，敵軍有可能是從此處發起的偷襲。民兵被安排在了臨近小河的高台上面，他們是作為正規軍的預備力量而存在的。克萊爾著手進行了安排，只等哈姆特倫克少校的隊伍一到，便馬上對印第安人發起進攻。即日，他和福格森少校商議了次日的進攻安排，同時由歐德海姆率領著兩隊民兵進行巡邏。次日清晨，戰士們操練完畢，叢林裡便響起了馬蹄聲，隨即一陣密集的槍聲傳了過來。民兵只是胡亂地開了幾槍後，就馬上逃到了後面的駐地當中。印第安人跟著這些民兵闖進了營區，那些沒有準備的戰士被迫用刺刀進行還擊。這一戰美國軍隊損失了多達三分之二的戰士，巴特勒少將陣亡。美國軍隊在進行反擊無效後，由克萊爾率領隊伍倉皇出逃了，敵軍追擊了1英里後才撤了回來。經過此次慘敗，令克萊爾不知道怎樣回去向華盛頓交差。在他出征前，華盛頓反覆告誡他要嚴防偷襲，沒想到華盛頓的預言竟然成了現實。
首屆二次國會審議了各州選派議員的議案，依據《美利堅合眾國憲法》的規定，每3萬人方可選派一名眾議院代表。假如嚴格執行《憲法》的規定的話，一些不足3萬人的州就沒有辦法產生代表，這樣也就不能在立法機關中行使本州人民的權力了，因此大家希望能夠產生一個新的代表分配辦法。參議院根據這些意見做出了新的代表分配方案，具體內容是把全國人口除以3萬，這樣代表總數便是120名。這120個名額依然按30000比1的比例進行分配，最後把剩餘的代表名額分給那些餘額較大的州。通過激烈的爭論，眾議院的意見達成了一致，最後將它轉呈給了總統進行裁定。傑斐遜和漢密爾頓的意見在此項法案是否符合憲法的問題上有了一致性，他們都認為該法案的部分地方過於模糊，應該建議立法機關行使解釋權。華盛頓綜合聽取了各方面的意見，通過了深思熟慮之後，確定該法案違背了憲法精神，不予通過。依據憲法的精神，議員代表不應該按照美國的累計人口來計算，而是應該依據各州獨立的人口總數來確定。因此，華盛頓便首次動用了否決權。國會最終商定以33000比1的比例來選定代表。
國會爭論的激烈程度極大地超過了華盛頓的想像，他痛苦地發現國會現在形成了兩大政治派別，同時，輿論界也在煽動激進情緒、推波助瀾。當時費城有兩家對立的報紙，即《國民公報》和《合眾國公報》他們都站在各自的立場上來對對方的所有建議進行反駁。比如，由弗雷諾主編的《國民公報》，這個報紙除去不攻擊傑斐遜贊成的法案之外，對國會通過的任何法案都一概表示反對。損害內閣和諧、擾亂國家安靜的政治紛爭讓華盛頓感到心力交瘁，他感覺管理政府的任務實在太重，真希望撂下這副擔子。在此前，華盛頓就公開表明過，一旦總統任期屆滿，他就會馬上退出政壇，可現在距離任期結束還有一些時間，他必須要耐住性子。此時，傑斐遜也流露出了要和華盛頓共同辭職的想法。華盛頓對傑斐遜的這一打算感覺到十分不安，只能勸他不要這樣做。至於他自己，華盛頓說自己有很好的理由辭職，當初他就是在他人的懇求下才當選總統的，假如他再接著留任，估算會有人說他捨不得離開總統的職位了。華盛頓真誠地向傑斐遜說，自己已經漸入老年，基本沒有什麼精力和體力來管理國家了。在當前的情形下，隱退便是自己的最佳選擇。
傑斐遜對此表示了深切的理解，但是他也有著個人的苦衷。他說自己當初進入政界也十分勉強，接任內閣職位時便已經下定了決心，總統辭職之日就是我的辭職之時。現在，他對內閣的鬥爭已經感覺到了厭煩。不過他還是安慰華盛頓說，內閣裡的其他人員可沒人想要辭職，甚至已經有人開始進行繼任的準備了，傑斐遜所說的是漢密爾頓。但華盛頓的看法則是財政部的權力有限，而國務院要管理全國政務，責任十分重大，兩個職務不能相提而論。因此，華盛頓的觀點是國務卿不能夠辭職，否則便會引起極大的震動，有可能會影響到新政府的穩定。傑斐遜借此機會貶低了自己的對手，他感覺自己的不滿全部都來自於一個地方，那就是財政部。儘管他對國防部也有不滿，不過他感覺到這也是由於財政部的無能而影響到的。他認為，正是因為財政部行使的權力不恰當，才導致了當今社會的道德淪喪。傑斐遜對漢密爾頓大加討伐，華盛頓對此沒有做出任何評論。華盛頓與他談話的目的只是希望他能夠繼續留任國務卿，而不是聽他來貶低他人。
通過了長時間的思想鬥爭，華盛頓最終同意參加競選第二屆總統。結果沒有什麼懸念，大家一致再次選舉他為第二屆美國總統。民眾的愛戴和信賴讓華盛頓十分感動，同時，約翰·亞當斯以27票的優勢戰勝了喬治·克林頓，當選為美國的副總統。儘管華盛頓感激民眾的愛戴和信任，但是他也清楚這意味著本人還要在4年之後才能回到弗農山莊，每當想起這些，華盛頓的心中就都會感到很不愉快。1792年11月5日華盛頓主持召開了本屆國會的最後一次會議，會議開幕時，美國軍隊和印第安人的戰爭仍在進行，因此，華盛頓在演講中表達了自己深切的痛心，他敦促政府全力去平反叛亂。此前，政府曾經派出了兩位使者前去談判，結果均慘遭殺害。在此情形下，政府決心全力對敵人進行征討，由韋恩任此次遠征部隊的總司令官。在開幕詞中，華盛頓還提到了部分地區的群眾藉機鬧事，反對國家稅務制度的問題，他表明要堅決維護法律的尊嚴，要求當地政府和聯邦政府要保持一致。在向眾議院發表的演講當中，華盛頓表明現在的國家財政狀態確實有所好轉，大舉清償債務的工作真正能夠得以進行，他希望財政部可以加緊實施。