傑斐遜是獨立戰爭時期的有功之臣，同時還是一位才華橫溢的思想家，他不只有著強烈的民主共和思想，並且還待人真誠友好，因此，拉菲特以及其他的一些高官時常出入他的府邸。趕來拜訪傑斐遜的人，大部分都是一些不受舊傳統束縛的青年人，他們中的很多人都有過留學歐洲的經歷，回國後，這些人便積極地參與了國家政治，形成了人數眾多、熱情激進的愛國者黨派。他們對政府的弊端進行了抨擊，並提出了要採取對應的改革辦法，給政府官員提供了很多可以學習的東西。這個黨派把傑斐遜視為他們的權威，不斷地要求他為政治改革運動提出更多指導性的意見。因此，儘管傑斐遜沒能返回美國參加制憲大會，但是他的理論卻通過這些人之口得到了實現。
傑斐遜同意了新憲法中的絕大部分，並且認為新憲法能夠代表美國大多數公民的利益。三權分立的體制確實能夠保證國家的穩定。選舉方式採取投票的方式進行，令各個州的利益都能夠得到照顧，這些全都是十分好的方面。讓傑斐遜感覺到問題嚴重的地方是，新憲法裡缺少一部用來保護公民自由、能與政府和司法機關相制約的權益法。此外，憲法還應當規定，國家應該通過法律的形式來取消在審理案件中陪審團的訊問制度。傑斐遜還反對總統連任，他在1788年5月寫給華盛頓的信裡坦率地說出了個人的這個觀點。他憂心總統連任制會逐步導致總統終身制，這便成了君主制的變種。如果有一位高高在上的專制統治者存在的話，那麼這個國家就不可能長久地保持民主與和平。不管如何說，傑斐遜對君主制都十分恐懼，他時常祈禱上蒼，盼望上帝能夠救救這些在君主制下生活的人民。傑斐遜對美國的政治十分關心，他認為美國當前就已經存在著君主化的傾向。他竭力反對將總統稱為大人，認為一旦用「大人」、「閣下」這樣的稱呼，就必然會造成不平等現象的出現。
總統改選制實施後，華盛頓坐上了總統的寶座。傑斐遜對此並沒有什麼不滿，他只是希望華盛頓在任期內不要改變總統改選制。他相信華盛頓的執政才能是世界一流的，憑借他的威望，華盛頓一定能夠帶領新一屆美國政府快速地向前邁進。當時的傑斐遜正全身心投身於法國政治改革當中，他對愛國者黨派十分感興趣，他把他們的成功看成了是歐洲政治進步的新曙光。1789年2月3日，莫裡斯因為私事前往了巴黎，他隨身攜帶了華盛頓寫給駐英、法、荷蘭三國公使的親筆信。信的內容很快便得到了上流社會的認可。莫里斯本人對於愛國者的政治改革持有反對意見，這方面他和傑斐遜非常不同，他曾經直言不諱地說傑斐遜是個「十足的政客」。
莫裡斯在巴黎期間，給法國駐美公使寫了一封信，在信裡他說，法國當前正處於一個轉折時期，結果可能會有兩個，要麼有一部基本大法，要麼讓意願接著主宰法律。法國的貴族階級、平民全部都看好大選，認為只有大選才能夠將法蘭西民族體內沉睡的巨大能量喚醒。法國民眾共同要求法國國王召開三級會議，對改革方案進行。因此，傑斐遜成了三級會議的倡導者，他感覺那裡是充滿了進步和民主的地方，每個人都完全可以表達個人的意願。傑斐遜結識的愛國者黨派成員多數都來自於布列塔尼俱樂部。莫裡斯評價當時的傑斐遜說：「我不敢苟同他的政治觀點，但是這並不影響我對他本人的欽佩。每天他口裡高喊的全部都是自由、民主與和平，同那些法國的愛國者領袖們是一樣的。」
華盛頓以前的副官、著名的畫家約翰·特朗布爾從歐洲返回了美國。康華利投降時的很多法國將領現在都成了傑斐遜家裡的常客，他們是法國非常熱心的鼓動家。待在法國的時候，特朗布爾不只為他們逐一畫了肖像，同時還與拉菲特侯爵建立起了友情。法國大革命爆發期間，拉菲特侯爵曾經參與了多次活動，特朗布爾都在場。特朗布爾讓人給華盛頓捎來了侯爵的口信，侯爵想讓華盛頓盡快了解法國的情況，以及他自己從事活動的進展狀態。依據侯爵的敘述，孔多塞侯爵、羅什富考爾公爵和和拉菲特及其他那些領袖人物的目的便是制定一部與英國類似的憲法。迄今為止，大不列顛政府都是十分完美的政府，這個事實不可否認；而要實現這一目的，就必須要削弱王權。拉菲特準備把國王依然作為憲法中的主體，但必須要對他的權力進行一定的限制。法國的貴族階級已經不多了，拉菲特想要通過國王加封一些新的貴族的方式把權力奪回來。
拉菲特還期待著法國貴族階級可以組成像大不列顛上院這樣的機構，他們認為法國的三級立法機構的代表們可能會同意，但是他們的這些建議卻遇到了拒絕。主要原因是奧爾良公爵的阻撓，他極可能因此而變成人民的罪人。法國不乏有識之士，每個城鎮都可以找到有真才實學的人，因此，奧爾良公爵用他自己的錢財收買了很多有才能的人，他的目標便是置國王於死地，然後自己取而代之。當時的巴黎，到處都可以找到自稱是「優秀愛國黨人」的反叛分子，他們都希望天下大亂，夢想著能夠從混亂當中撈取到一些好處。他們到處煽動工人和農民的不滿情緒，以達到那些不可告人的目的。從某種程度上來說，這些人的做法和公爵用錢收買亡命徒去迫害百姓的做法如出一轍，他們都是人民的敗類和國家的敵人。不只是這樣，公爵還扇動激進的青年人去對大選進行破壞，他們打著熱愛自由、熱愛人民的幌子，力圖把法國推向災難的深淵。
特朗布爾和拉菲特結束了談話之後，國民公會馬上便把大選會場從凡爾賽遷到了巴黎。布列塔尼俱樂部也跟著來到了雅各賓修道院，很快便成為了人人皆知的雅各賓俱樂部。拉菲特自己不同意俱樂部的成立，他感覺此舉會對民眾造成太大的危害。
在聽完了特朗布爾的匯報後，華盛頓的思想十分沉重。很快，他又得到了拉菲特侯爵和傑斐遜開始動身返回回美國的消息，或許此刻他們已經抵達了弗吉尼亞。根據這種情況，華盛頓馬上寫信給傑斐遜，邀請他來出任美國的國務卿。傑斐遜雖然接受了任命，可他需要過一段才能前往紐約赴任，在此之前他要先辦理一些家務事。
1790年1月4日，國會再次舉行了，但是直到8日，到會的兩院議員才勉強超過了半數。華盛頓主持了開幕式並且進行了演講。在演講當中，華盛頓提請了國會需要審議的幾個重要事項，其中有加強國防預算、壓縮駐外機構開支、促進對外交往、外國僑民歸化法、美國貨幣和度量衡統一法、注意發展郵政事業和郵路、促進商業和農業發展、促進科學和文學事業進步以及支持政府信用的多個事項。
在所有提請的事項當中，華盛頓尤其關心最後一項。經過了千辛萬苦，新政府終於組建了起來，但政府的辦事效率卻還不盡人意。因此，要想恢復國家的名譽，不但要解決財政問題，還必須要提高政府官員的公信力。為了償還貸款，政府希望13個獨立的州出錢，但他們也可以不出。從某種程度上來說，當時的聯邦政府還不是統領於其他各州政府之上的機構，甚至還位於這些州的下方，什麼事情還都需要它們的幫忙。獨立戰爭結束的時候，國家共欠外債4200萬美元，由於沒有掌控好各個海港的海關，這時的聯邦政府基本無法償還這筆巨額債務。不只是外債，聯邦政府還需要解決獨立戰爭期間給國內遺留下來的很多問題，當時許多人捐出的家產、國家強行徵用的土地成為了這些國內問題中的老大難。由於國家長時間欠債不還，公債的公信力驟然下降到了最低點，實際價格已經不足票面價格的六分之一。到處流通的公債，在民眾眼裡早已成了無用的廢紙，大家不再對國家懷有同情心。從法律的角度來說，政府一定要償還這些債務，這是無法逃避的。除此之外，為了聯邦政府各個州也欠下了高達2500萬美元的債務，其中，南卡羅萊納州和馬薩諸塞州各欠500多萬美元，弗吉尼亞州則欠了350多萬美元。
在這樣的一種形勢下，傑斐遜在紐約就任了國務卿。傑斐遜十分反對君主制，他尤為不能容忍那些過著奢侈浪費生活的君主們。早在弗吉尼亞時他就聽說過華盛頓的政府總是採取十分隆重的歡迎歡送儀式，不只這樣，還有人說華盛頓喜歡大擺君主派頭，經常擅自舉行極為盛大的宮廷招待會；日常，華盛頓夫人也經常以皇后自居。聽到如此的傳言令傑斐遜感到十分惱火，抵達紐約之後，友人麥迪遜的一番談話讓他更加對此傳言表示深信不疑。麥迪遜十分反對政府的奢靡之風，他認為，華盛頓之所以能夠這樣鋪張，原因便是他身邊具有那些阿諛奉承的人。傑斐遜抵達紐約之後，基本上是帶著有色眼鏡來看待所有這一切的。剛剛結束的戰爭和新政府的成立依然是大家議論的重點，那時的君主主義觀點仍然十分盛行，在傑斐遜接觸的眾多客人當中，他發現很少有人為民主、為共和仗義執言。為了表明他們擁護新政府，大家經常說的一句話就是：當前的憲法雖然是好的開端，但它只能說是美國走向另一個君主制的跳板。