防守失敗後，華盛頓立即組織軍隊撤退。已經接到撤退命令的休斯上校，開始沿著哈德遜河沿岸搜集大小船隻，並把搜集到的船隻集中起來，停泊在紐約城東。華盛頓在中午時發出的命令得到了一絲不苟的執行。為完成撤退任務，華盛頓讓軍隊必須做好夜間行軍的一切準備。一天的奮戰，讓美軍士兵疲憊不堪，然而，作為軍人，服從命令是天職，除了夜間行軍，他們沒有任何選擇的餘地。
華盛頓在敵人沒有絲毫察覺的情況下，悄然實行著他的計劃，在將軍米夫林、漢斯利特及斯莫爾軍隊的掩護下，軍隊主力全部撤離到了船上。華盛頓仍然在向外面派駐崗哨，一切都顯得異常平靜，和往常沒有什麼兩樣。然而，計劃萬一被打破，那麼，為了集中兵力抗敵，所有人就都要在距離布魯克林教堂很近的秘密地點集合。當天夜裡，美軍依照計劃開始進行撤退。首先撤除了中間防務，緊接著撤除了兩邊的，最後主力部分有條不紊地向著港口方向行進。年輕的漢密爾頓是一個不折不扣的軍事天才，此次行動中，他奉命殿後，並負責保障輜重的安全。然而，就在這時，一門大炮震耳欲聾的怒吼聲，讓人們驚慌失措，生怕自己的行蹤被敵人發現。不過幸運的是，英國軍隊並沒有絲毫響應，美國軍隊只不過是虛驚一場。
美軍不惜一切代價，動用了全部可能動用的船隻加速運兵。華盛頓親臨港口指揮，這讓所有列隊前進的人都顯得小心翼翼。同時，華盛頓讓上校斯卡梅爾傳令，要部隊加速行軍。斯卡梅爾卻把這個指令告訴了負責殿後的將軍米夫林，為此他犯了一個嚴重的錯誤，這一錯誤致使米夫林一接到命令，便立刻率軍趕向了港口。
將軍米夫林的到來，讓華盛頓勃然大怒，這是他最擔心的事情，他擔心會因為米夫林的擅離崗位而導致軍隊的全軍覆滅。所以當他稍微平息了怒氣後，米夫林才氣喘吁吁地說，是接到了副官斯卡梅爾的傳令。這一荒誕的錯誤讓華盛頓啼笑皆非。
此時，華盛頓意識到了這是一個極為可怕的錯誤，如今最好的補救方法只有一個，那就是米夫林趕快率軍返回去守住防線。情急之下，米夫林接受了命令率領原班人馬疾速趕往陣地。萬幸的是，回去時大霧籠罩著大地，方圓幾里都是灰濛濛的一片，敵人並沒有發現他們的行蹤，美軍終於安然無恙地度過了這段可怕的失控時期。而後，這隊殿後的軍隊中所有的士兵都表現出了一種極為頑強的精神，隨時準備著投入戰鬥，等所有士兵都安全撤離後，他們才撤離。
那天夜裡，美軍沒有遭受到滅頂之災完全是因為濃霧的掩護。很顯然，那晚的長島上有濃霧，可是令人驚奇的是，和它相隔很近的紐約卻是晴朗的天氣。滿載輜重的美軍船隻借助於陣陣微風一路行駛，暢行無阻，看來，風向幫了他們的大忙。當黎明的曙光衝破夜晚的最後一絲黑暗，全部人員和滿載輜重的船隻都安全抵達了紐約。將軍米夫林的軍隊也安全地從前線撤離，華盛頓堅持到最後，沒有聽任何人的勸說，直到軍隊全部安全撤離，他才坐上了最後一艘船離開。英軍還是發現了美軍撤離的計劃，然而，已經為時過晚，儘管英軍立即拉響了警報，豪將軍立即派人趕往了華盛頓的軍營，但那裡卻早已經空無一人了。濃霧漸漸散開，當英軍趕到渡口時，恰巧看到了美軍最後一批船隻在河對岸安全登陸。
這次完美的撤退，堪稱美軍歷來取得的最大成就之一，不僅沒有給英軍任何可乘的機會，而且撤退得如此乾淨利落，這讓華盛頓的聲譽也大大提高了。而眾所周知的是，為了軍隊的安全撤離，華盛頓兩天兩夜都沒有合眼。美軍撤離後，長島成了敵人的天下。布魯克林由黑森的士兵和英軍駐守，同時布什威克、希爾格特和牛頓也被他們佔領。豪將軍率領的艦隊隨後也衝了過來，拋錨在總督島的附近。
流血戰爭是豪將軍最不希望看到的，他崇尚通過和平的方式來解決殖民地和宗主國之間的爭端。為此，他派遣獲得假釋的將軍沙利文向大陸會議鄭重提議：在授權許可的範圍之內，通過最優惠的條件，來協調解決美國和英國之間的爭端。即便豪將軍根本不承認大陸會議是一個合法的團體，但他還是希望彼此之間能坐下來進行和平的談判。他的這個提議讓大陸會議感到非常為難，因為同意和談將意味著要放棄獨立，如果拒絕談判又將意味著完全斷送雙方和解的唯一希望。經過很長一段時間的爭論，9月5日，大陸會議答覆道：「作為獨立自由的美國代表，我們不可能派出任何人以私人身份同勳爵進行談判。此外，我們希望在相對合理的條件下，雙方爭取到真正所謂的和平。屆時，我們會委派委員會和勳爵就談判的具體條件進行商議。」
9月6日選出了這個委員會，成員有約翰·亞當斯、博士富蘭克林及愛德華·拉特裡奇。富蘭克林和豪勳爵早在一年前就有過數面之緣。那段往事在一封富蘭克林寫給豪勳爵的信中被重提，並且富蘭克林表達了希望和解的懇切願望。同時，他對豪勳爵率領軍隊攻打紐約的事件表示遺憾。在豪勳爵的回信中他強調自己作為英國貴族的尊貴身份。以及對王室忠貞不二的決心，強迫他必須要考慮到英國的國家利益。他認為，大陸會議如果不肯放棄獨立，戰爭將無法避免。而唯一和平解決的方案就是大陸會議進行低頭。
11日在斯塔籐島召開了會議。當美軍代表參加會議之時，一名英軍代表被作為人質，代表們上島時，受到了英軍司令官的會見。在他們走進司令官的住宅前，衛兵們對他們進行了仔細的檢查。與會期間，勳爵表明大陸會議是一個非法團體，是殖民地那些有聲望的人士的聚合體。然而，委員會只按照會議要求來確定他們的身份，而並不介意勳爵那樣的觀點。
隨後，代表們和勳爵展開了很長時間的會談，而會談其間，很少涉及到關於和平法案的問題。豪勳爵要求除非殖民地再次宣誓效忠英國，否則一切都免談。而委員會代表們認為，不可能會重新宣誓對英國表示效忠，他們和他談判是站在美國旗幟下的。最後，勳爵對於雙方意見無法達成一致而感到遺憾。談判結束後，勳爵對富蘭克林表達了失望之情。不過這次會談有個意外的收穫，讓大陸會議的代表們知道了一個事實，就是豪勳爵沒有什麼特殊使命，他只是在實施議會所賦予他的權力。
當美國軍隊從布魯克林撤離後，英國軍隊也撤離了斯塔籐島，轉而進軍到了長島，軍隊的大隊人馬在紐頓灣及弗拉興灣之間駐紮。在長島末端，英軍匆忙地興建了炮兵陣地，他們的目的是想牢牢地控制住哈萊姆河口。這很顯然，敵軍打的如意算盤是要佔領美國軍隊的後方，而後乘其不備用前後夾擊的策略一舉打敗大陸軍。
面對和自己軍隊相差懸殊的敵軍，華盛頓決定撤軍是非常明智的舉動。而一旦機會醞釀成熟，他便迅速著手準備。除了攜帶軍隊必需的補給品之外，其他的全部補給品都被轉移了。9月13日，英軍在三艘快船那猛烈炮火連續攻擊的掩護下，迎著徐徐的微風向東河挺進。當時華盛頓正頭頂著紐約的大炮轟鳴騎馬前去要塞。另外有六艘船趁著黃昏後駛過了桑德海峽，同前面的那幾艘船碰頭以後會合，接著繼續前進。很快地，司令部就接到了將軍米夫林和上校薩金特幾乎在時間的報告，報告中說，大約有三四千名的敵軍已經從希爾格特橫渡而過來到了哈萊姆河口。顯然，敵軍想在莫裡桑尼亞和哈萊姆突然登陸，給對方一個驚喜。而華盛頓迅速騎馬趕向哈萊姆高地。第二天一大早，泊在哈德遜河的三艘敵軍戰艦在總督島火力的掩護下，向美軍發動了兇猛的進攻。同時，亨利爵士也率領著自己的軍隊出現在了紐頓灣，他們在軍艦火力的積極配合下向龜灣和基普斯灣靠近而後登陸。在龜灣和基普斯灣進行守衛的民兵軍隊經不住敵軍的攻擊，潰不成軍，而前來準備進行支援的隊伍也是不堪一擊，混亂當中，分不清方向，只能落荒而逃。