台灣於光緒十一年改設行省，以原台灣府為台南府，台灣縣為安平縣。自設省後，所有新政漸逐推行。先生對於新設施都潛心研究，每以為機器、礦務或其他實業都應自己學會了自已辦，異族絕靠不住。自庚寅從北京回籍，台南紳官舉他管理聖廟樂局事務。安平陳縣令聘他做蓬壺書院山長，辭未就，因為他願意幫助政府辦理墾土化番底事業。他每深入番社，山裡底番、漢人多認識他。甲午年春，唐巡撫聘他當台灣通志局協修，凡台南府屬底沿革風物都由他匯纂。中日開戰，省府改台南採訪局為團練局，以先生充統領領兩營兵。
黃海之敗，中樞當局以為自改設台灣行省以來五六年間，所有新政都要經費，不但未見利益，甚且要賠墊許多幣金；加以台灣民眾向有反清復明底傾向，不易統治：這或者也是決意割讓底一個原因。那時人心惶惶，希望政府不放棄台灣，而一些土棍便想乘著官吏與地權交代底機會從中取利。有些唱「跟父也是吃飯，跟母也是吃飯」底論調，意思是歸華歸日都可以。因此，民主國底建設雖然醞釀著，而人心並未一致。住近番地底漢人與番人又乘機混合起來擾亂。台南附近有劉烏河底叛變。一重溪、菜寮、拔馬、錫猴、木岡、南莊、半平橋、八張犁，諸社都不安靜。先生領兵把匪徒蕩平以後，分兵屯防諸社。
乙未三月，中日和約簽定。依約第二條，台灣及澎湖群島都割歸日本。台灣紳民反對無效，因是積極籌建民主國，舉唐巡撫為大伯理璽天德，以玄武旗（藍地黃虎）為國旗。軍民諸政先由劉永福、丘逢甲諸人擔任，等議院開後再定國策。那時，先生任籌防局統領，仍然屯兵番社附近諸隘。日本既與我國交換約書於芝罘，遂任樺山資紀為台灣總督，會見我全權李經方於基隆港外，接收全島及澎湖群島。七月，基隆失守，唐大伯理璽天德乘德輪船逃廈門，日人遂入台北。當基隆告急時，先生率台南防兵北行；到阿里關，聽見台北已失，乃趕回台南。劉永福自己到安平港去佈防，令先生守城。
先生所領底兵本來不多，攻守都難操勝算。當時人心張皇，意見不一，故城終未關，任人逃避。先生也有意等城內人民避到鄉間以後，再請兵固守。八月，嘉義失守，劉永福不願死戰，致書日軍求和，且令台南解嚴；先生只得聽命。和議未成，打狗、鳳山相繼陷，劉永福遂挾兵餉官帑數十萬乘德船逃回中國。舊歷九月初二，安平炮台被佔。大局已去，丘逢甲也棄職，民主國在實際上已經消滅。城中紳商都不以死守為然，力勸先生解甲，因為兵餉被劉提走。先生便將私蓄現金盡數散給部下，幾個弁目把他送出城外。九月初三日，日人入台南。本集裡辛丑所作《無題》，便是記當日劉帥逃走和他不能守城底憤恨。又，乙未《寄台南諸友》也是表明他底心跡底作品。
民主國最後根據地台南被佔領後，日人懸像遍索先生。鄉人不得已，乃於九月初五日送先生到安平港，漁人用竹筏載他上船。窺園詞中《憶舊》是敘這次底事。日人登船搜索了一遍，也沒把他認出來。先生到廈門少住，便轉向汕頭，投宗人子榮、子明二位先生底鄉里，距■浦不遠底桃都。子榮先生勸先生歸宗，可惜舊家譜不存，入台一世祖與揭陽宗祠底關係都不得而知，這事只得罷論。子榮昆季又勸先生到南洋去換換生活，先生底旅費都是他們贈與。他們又把先生全家從台灣接到桃都，安置在宗祠邊底別莊裡。從此以後，先生底子孫便住在大陸，其餘都留在台灣。
先生在新嘉坡、曼谷諸地漫遊，足夠兩年。囊金蕩盡，迫著他上了宦途。但回到兵部當差既不可能，於是「自貶南交為末吏」去了。先生到北京投供吏部，自請開去兵部職務，降換廣東即用知縣，加同知銜。他願意到廣東，一因是祖籍，二因朋友多。又因漳州與潮州比鄰，語言風俗多半相同，於是寄籍為龍溪縣人。從北京南下，到桃都把家眷帶到廣州，住藥王廟興隆坊。丁酉戊戌兩年中，幫廣州周知府與番禺裴縣令評閱府縣試卷。己亥，委隨潮州鎮總兵黃金福行營到惠潮嘉一帶辦理清鄉事務。庚子，廣州陳知府委總校廣州府試卷。不久，又委充佛山汾水稅關總辦。辛丑，由稅關調省，充鄉試閱卷官。試畢，委署徐聞縣知縣。這是他當地方官底第一遭。
徐聞在雷州半島南端，民風淳樸。先生到任後，全縣政事只用一位刑名師爺助理；其餘會計錢糧諸事都是自己經理。每旬放告，輕底是偷雞剪鈕，重底也不過是爭田賴債；殺人越貨，罕有所聞。「訟庭春草蔭層層，官長真如退院僧」，實在是當時光景。貴生書院山長楊先生退任，先生改書院為徐聞小學堂，選縣中生員入學。邑紳見先生熱心辦學，乃公聘先生為掌教，每旬三、六、九日到堂講經史二時。有清以來，縣官兼書院掌教實是罕見。先生時到小學堂，與學生多有接觸，因此對於縣中人情風俗很能瞭解。先生每以「生於憂患，死於晏安」警策學生。
又說：「人當奮勉，寸晷不懈，如耽逸樂，則放僻邪侈，無所不為。到那時候，身心不但沒用，並且遺害後世。」他又以為人生無論做大小事，當要有些建樹，才對得起社會，「生無建樹死嫌遲」，也是他常說底話。案頭除案卷外，時常放一冊白紙本子，如於書中見有可以警發深思德行底文句便抄錄在上頭，名為《補過錄》，每年完二三百頁。可惜三十年來浮家處處，此錄喪失幾盡，我身邊只存一冊而已。縣衙早已破毀，前任縣官假借考棚為公館，先生又租東鄰三官祠為兒輩書房。公餘有暇，常到書房和徐展雲先生談話，有時也為兒輩講國史。先生在徐聞約一年，全縣紳民都愛戴他。
光緒二十九年廣東鄉試，先生被調入內簾。試畢，復委赴欽州查辦重案。回省消差後，大吏以先生善治盜，因陽春、陽江連年鬧匪，乃命他緩赴三水縣本任，調署陽春縣知縣。到陽春視事僅六個月，對於匪盜剿撫兼施，功績甚著，乃調任陽江軍民同知兼辦清鄉事務。在陽江三年，與陽江游擊柯壬貴會剿土匪，屢破賊巢。柯公以功授副將，加提督銜；先生受花翎四品頂戴底賞。陽江新政自光緒三十年由先生漸逐施行，最重要底是遣派東洋留學生以造專門人材，改濂溪書院為陽江師範傳習所以養成各鄉小學教員，創辦地方巡警及習藝所。
光緒三十二年秋，改陽江為直隸州，領恩平、陽春二縣。七月初五日，習藝所罪犯越獄，劫監倉羈所犯人同逃。那時，先生正下鄉公幹，何游擊於初五早晨也離城往別處去。所長莫君人雖慈祥，卻乏幹才；平時對於所中犯人不但未加管束，並且任外人隨時到所探望。所中犯人多半是礅犯，徒刑重者不過十五年，因此所長並沒想到他們會反監。初五日下午，所中犯人突破獄門，登監視樓，奪守崗獄卒槍械，擁所長出門。游擊衙門正在習藝所旁邊，逃犯們便擁進去，奪取大堂底槍支和子彈。過監倉和羈所，復破獄門，迫守卒解放群囚。一時城中秩序大亂，經巡警和同知衙門親兵力擊，匪犯乃由東門逃去，棄置莫君於田間。這事情本應所長及游擊負責，因為先生身兼清鄉總辦，不能常駐城中。
照例同知離城，游擊便當留守；而何游擊竟於初五早離城，致亂事起時，沒人負責援救。初六日，先生自鄉間趕回，計逃去重犯數十名、輕罪徒犯一百多名。乃將詳情申報上司，對於游擊及所長瀆職事並未聲明。部議開去三水本任，撤職留緝。那時所中還有幾十名不願逃走底囚徒，先生由他們知道逃犯底計劃和行徑，不出三個月捕回過半。於是捐復翎頂，回省候委。十二月，委辦順德縣清鄉事務，隨即委解京餉。丙午丁未兩年間可以說是先生在宦途上最不得意底時候，他因此自號「春江冷宦」。從北京回廣州，過香港，有人告訴他陽江越獄主犯利亞摩與同伴都在本島當勞工，勸他請省府移文逮捕歸案。先生說：「上天有好生之德，我所以追捕逃犯，是怕他們出去仍為盜賊害民。現在他們既然有了職業，當要給他們自新底機會，何必再去捕殺他們呢！況且我已為他們擔了處分，不忍再借他們底脂血來堅固自己底職位。任他們自由罷。」
光緒三十三年五月，赴三水縣任。三年之中，力除秕政。向例各房吏目都在各房辦公，時間無定；甚至一件小案，也得遷延時日。先生乃於二堂旁邊設縣政辦公室，每日集諸房吏在室內辦公，自己也到室簽押；舞弊底事頓減，人民都很愉快。縣中巨紳，多有豢養世奴底陋習，先生嚴禁販賣人口，且促他們解放群奴；因此與多數紳士不協，辦事甚形棘手。縣屬巨姓械鬥，鬧出人命，先生秉公辦理；兩造爭獻賄賂，皆被嚴辭謝絕。他一生引為不負國家底兩件事：一是除民害，一是不愛錢。《和耐公六十初度》便是他底自白之一。當時左右勸他受兩造賂金，既可以求好巨紳，又可以用那筆款去買好缺或過班。
賄賂公行是三十年來公開的事情，拜門、鑽營、饋贈是官僚升職底唯一途徑。先生卻恨這些事情，不但不受賄，並且嚴辦說項底人。他做了十幾年官，未嘗拜過誰底門，也未曾為求差求缺用過一文錢。對於出仕底看法，他並不從富貴著想；他嘗說：「一個人出仕，不做廊廟宰，當做州縣宰。因為廊廟宰親近朝廷，一國大政容我籌措；州縣宰親近人民，群眾利害容我乘除。這兩種才，是真能為國效勞底宰官。」他既為公事得罪幾個巨紳，便想辭職；會授電白縣，乃卸事回省。將就新任，而武昌革命軍起，一月之間，閩粵響應。先生得漳州友人電召回漳，被舉為革命政府民事局長。不久，南北共和，民事局撤銷，先生乃退居海澄縣屬海滄墟，號所居為「借滄海居」。
住在海滄並非長策，因為先生全家所存現款只剩那用東西向汕頭交通銀行總辦押借底五百元。從前在廣州，凡有需要都到子榮先生令嗣梅坡先生行裡去通融。在海滄卻是舉目無親，他底困難實在難以言喻。陳梧岡先生自授秘魯使臣後，未赴任，蟄居廈門，因清鼎革，想邀先生落髮為僧，或於虎溪巖邊築室隱居。這兩事都未成功，梧岡先生不久也謝世了。台灣親友請先生且回故鄉，先生遂帶著叔午、叔未同行。台南南莊山林尚有一部分是先生底產業，親友們勸他遣一兩個兒子回台入日籍，領回那一大片土地。叔未本有日籍，因為他是庶出，先生不願將這產業全交在他底手裡，但在華諸子又沒有一個不願回鄉入籍。先生於是放棄南莊山林，將所餘分給留台族人，自己仍然回到廈門。在故鄉時，日與詩社諸友聯吟，住在親戚吳筱霞先生園中。馬公廟窺園前曾賃給日本某會社為宿舍，家人仍住前院；這時因為修築大道，定須拆讓。先生還鄉，眼見他最愛底梅花被移、舊居被夷為平地、窺園一部分讓與他人，那又何等傷心呢！
（20）坐起言語終不調戲常應法律而無輕失。(11)
「借滄海居」地近市集，不宜居住，家人仍移居龍溪縣屬石美黃氏別莊。先生自台南回國後，境遇越苦；恰巧同年舊友張元奇先生為福建民政長，招先生到福州。張先生意思要任他為西路觀察使，他辭不勝任，請任為龍溪縣知事。這仍是他「不做廊廟宰，當做州縣宰」底本旨。他對民國前途很有希望，但不以武力革命為然。這次正式為民國官吏，本想長做下去；無奈官范、民風越來越壞，豪紳劣民動藉共和名義，牽制地方行政。就任不久，因為禁止私鬥和勒拔煙苗事情為當地豪劣所忌，捏詞上控先生侵吞公款；先生因請卸職查辦。省府查不確，諸豪劣畏罪，來求先生免予追究；先生於談笑中表示他底大度。從此以後，先生便決計不再從政了。
卸任後，兩袖清風，退居漳州東門外管厝巷。諸子中，有些學業還未完成，有些雖能自給，但也不很豐裕。民國四年，林叔臧先生組織詩社，聘先生為社友，月給津貼若干；以此，先生個人生活稍裕，但家境困難仍未減少。故友中有勸他入京投故舊謀差遣底，有勸他回廣東去底。當時廣東省長某為先生任陽春知縣時所招撫底一人。柯參對幕客彭華絢先生在省公署已得要職，函召先生到廣州，說省長必能以高位報他。先生對家人說：「我最恨食人之報，何況他從前曾在我部屬，今日反去向他討啖飯地，豈不更可恥嗎？」至終不去。