除了「試錯」、「觀察」、「閱讀」之外，「思考」，準確地說，「正確地思考」，才是獲取真正意義上的知識的主要手段。沒有文字的時候，人類已經能夠思考。但局限於已認知的知識數量，人類很難正確思考。
比如，很容易想像，在遠古時代，人們對因果關係的認識當然會非常局限。而一切的現實生活經驗都在讓他們體會到「萬事必有因果」。當人們看到樹上的枝葉被風吹動的時候，當然可以理解風是枝葉飄動的原因。但是他們並不知道今天人們在小學的時候就已經從教科書裡得知的「空氣的流動性成了風」。於是，他們自然地這樣認為：「肯定是有什麼力量造成了風，但是究竟是什麼呢？」在沒有任何「合理解釋」的情況下，他們會接著認為，「那只能是神的力量」——因為，「萬事必有因果」。他們無法想像這樣這世間確實有「沒有任何目的」的事情存在。事實上，到今天為止，整個人類群體中存在一個絕大多數的比例的人依然堅信「萬事必有因果」，並把這樣的認識作為理解一切的根據。
托馬斯·索維爾曾經慨歎達爾文的偉大，說，「達爾文不僅是生物學上的，更是人類思想發展史上的一個界標」7。達爾文之所以偉大，是因為他幾乎是第一個有完善的能力、可以用跨越長達幾百萬年的時間跨度、並徹底擺脫「個體感知」的局限去「正確地思考」問題的人；也因此使得後來無數的人可以「站在巨人的肩膀上」，建立並完善一個突破人類個體局限的系統的思考方法——「科學方法」（ScientificMethods）。
1859年11月24日，在經過二十年小心謹慎的準備之後，達爾文出版了《物種起源》。第一版印了一千二百五十本，在一天之內銷售一空。然而，這並不意味著達爾文「勝利」了，宗教「失敗」了
達爾文逝世後的第43年，《物種起源》問世的第66年後，即，1925年，美國田納西州的一位中學教師約翰-斯科普斯，因在課堂上講解達爾文進化論的被告，被拉進了法庭，推上了審判台，最後被處以90美元的罰款——這就是歷史上著名的「猿猴訴訟案」（TheScopesCase，alsocalled「monkeytrial」）8。
儘管「猿猴訴訟案」的判決只限於田納西州，但，直到1968年，美國高級法院才根據《第一修正案》判決，學校可以講授進化論，因為這是科學。
1987年，一起來自路易斯安那州的案件使得爭議再起。最終高級法院判定，「要求學校在講授進化論的同時必須允許講授神創論」是違憲的。
1999年，堪薩斯州教育委員會投票決定從標準化考試中剔除作為考試科目的進化論。有些專家認為，這是個非常有效的阻止教師講授進化論的方法，因為學生不用被考到進化論了。
阿拉巴馬的教科書上，印著這樣的聲明：「進化論是某些科學家相信的學說，而非事實。」
在明尼蘇達，一位認為神創論是確鑿的科學的老師因在課堂上發表對進化論的批評而被勸退。這位老師將學校告上了法庭。
2005年12月20日，美國賓夕法尼亞州聯邦地區法院作出裁決，認為生物由某種高智能設計師所設計而成的「智慧設計」論系宗教理念，在公立學校科學課上講授該理論則違反了美國憲法第一修正案。
大多數關於這個話題的文章，總是從宗教和科學相互對立的前提出發，力圖用這些事件證明宗教實力的龐大和邪惡。對於宗教本身，我有我自己的理解和看法，但是即便我個人是個所謂的「沒有信仰的人」，我也不會反對「信仰自由」；同時也不應該，也做不到去強迫任何人放棄信仰。
事實上，宗教和科學並不一定對立。如果宗教和科學是徹底對立的話，那就沒辦法合理解釋這樣一個事實了：哥白尼、伽利略、達爾文、牛頓等等眾多的巨人都是有堅定的宗教信仰的。事實上直到今天為止，這地球上毫無疑問還有很多科學家依然有著很堅定的宗教信仰——儘管我們很難有辦法獲得一個確切的百分比統計數字。
與科學一樣，宗教也是人們用來「思考」這個世界、「解釋」這個世界的工具，只不過，在解釋物理世界方面（比如，生命的起源，天體運轉的機理），現代科學已經逐步地替代了宗教。今天的宗教勢力依然龐大，只是宗教的重心已經轉移到另外一個更需要它的方面去了——精神世界（也許應該相當於我們常常提到的「精神文明」）。
在「進化論」和「神創論」（以及「神創論」的變體「智能設計論」，又稱「神力設計論」）至今的持續爭議中，爭論雙方都是對自己的看法確信無疑的。而真正關鍵的區別在於，達爾文的支持者，如果確實是在理解透了之後堅定地支持的話，都是有能力運用心智的力量擺脫自身感知的局限的人。而達爾文的反對者，是那些心智力量尚未發達到可以用來擺脫自身感知的局限的人，他們無法正確地理解並完整地運用新的思考工具——科學方法論——去思考問題，甚至並未意識到自己恰恰是因為這個原因而拒絕科學。
今天，與創世說的觀點相反，嚴肅的科學雜誌沒有過否定進化的報導。上世紀90年代中期，美國華盛頓大學的GeorgeW.Gilchrist調查了列入原始文獻的數千種期刊，想要找到關於「神力設計」或創世說的文章。他查遍了數十萬個的科學報告，也沒有發現一篇關於創世說的報告。後來，由東南路易斯大學的BarbaraForrest和凱斯西部保留地大學的LawrenceM.Krauss用了幾年的時間分別獨立進行了同樣的調查，結果也是無功而返9。可以說，今天的所有嚴肅的科學家都應該是相信並能夠理解進化論的，儘管他們同樣可能有嚴肅的宗教信仰。
我們知道，我們每個人內心都充滿了恐懼，所有的恐懼其實都源自於我們害怕未知。於是，恐懼是永恆的，因為我們永遠不可能什麼都知道。托馬斯索維爾的類比特別精巧。他說，在茫茫而又無限的未知空間裡，我們的「知識」只不過像其中的星球一樣，而星球與星球之間的空隙要不知道比那些星球本身大出多少倍。所以，我們需要「信仰」、「希望」、「愛」、「奇跡」，甚至子不語之「怪力亂神」10等等被學者們稱為「必要之幻覺」（necessaryfiction）之類的東西去填補這些空隙才感覺心安理得。
所以說，去討論很多人熱衷於討論的關於「愛因斯坦的宗教信仰究竟是怎樣的」，或者「愛因斯坦究竟有沒有宗教信仰」是沒多大意義的事情。因為，即便是愛因斯坦也會心存恐懼或者說敬畏。因為他跟所有的人一樣，也要面對未知——即便他知道得比所有其他與他同時代的人都多得多，然而，他所知道的一切，與對他來講未知的一切來比，只不過是汪洋中的一個水分子而已。所以，即便他有信仰也並不令人驚訝；就算他有信仰，信奉的也肯定不是那些拒絕科學的人所信奉的神。
人類要是不會閱讀，不會記錄，不會表達，不會思考，會是什麼樣子呢？下面這個故事流傳頗廣11：
把五隻猴子關在一個籠子裡，上頭掛著一串香蕉。實驗人員準備了開水，一旦有猴子碰香蕉，馬上就會有滾燙的開水澆向那隻猴子。首先有隻猴子想去拿香蕉，被開水燙，之後每隻猴子在幾次同樣的嘗試後，發現莫不如此。於是猴子們不再試圖去拿香蕉。
然後實驗人員把其中的一隻猴子換走，換進去一隻新猴子。這只新猴子看到香蕉，當然馬上想要去拿。結果，還沒等科學家澆水，其他四隻猴子就對那新來的猴子一頓暴打。新猴子挨了幾次打之後，也不再試圖去拿香蕉了——怕再挨打。
此後，實驗人員再把另一隻猴子換走，換進去另外一隻新猴子。這只新猴子看到香蕉，也是迫不及待要去拿，當然，一切如前，等待它的是其他四隻猴子的一頓暴打。於是，這只新來的猴子也不敢碰香蕉了。
最好玩的是，上次挨打的猴子，這次出手最重。（其他的猴子也許出於愛護，這隻猴子肯定是出於報復——因為）儘管它並沒有被開水澆過。
最終，籠子裡最初的五隻猴子都被換走了。現在的這五隻猴子並不知道開水的存在，它們只知道一件事情——誰要敢碰那串香蕉，上去就是一頓暴打。（它們的行為與愛護無關，全都是出於報復！）
這個故事據說可以說明傳統是如何形成的。事實上，這個實驗只能部分說明某些荒謬的傳統是如何形成的。很多今天看起來沒什麼道理的傳統，當初可確實曾經正確或者曾經最接近正確。這個故事真正可以讓我們看到的是，對於知識的正確傳播來講，語言和文字以及邏輯思維有多麼的重要。暫時不討論這個故事的真實性，讓我們繼續聯想：如果，猴子們可以講話，那麼就不用動手打了。如果，猴子們會寫字，無論換多少次，換多少隻，新來的猴子都不用挨打——更不會無辜地被打。如果，猴子們竟然能完整地使用邏輯，或許它們最終會想出辦法躲開開水吃掉香蕉，並且甚至可能會因此對那些做實驗的人心存鄙視。
講到文字的重要，忍不住多花些篇幅，冒著被認為是過於囉唆的危險，再插入一個例子。以下是電影《基督山伯爵》的一個片段，這一小段，看過無數遍，每次都讓我滿身雞皮疙瘩。
身陷大牢裡的愛德蒙唐太斯終於見到挖了六年卻不幸挖到另外一個牢房的法利亞神甫。
後來，法利亞神甫要求愛德蒙幫他挖地道：Inreturnforyouhelp，Ioffersomethingpriceless…-
Myfreedom？愛德蒙的眼睛一下子亮了。
Freedomcanbetakenaway.法利亞神甫頗有些不屑，接著說道：Asyouwellknow，Iofferknowledge，everythingIhavelearned，Iwillteachyoueconomics，mathematics，philosophy，science…
愛德蒙忽然又發現了值得自己興奮的東西：…toreadandwrite？
利亞神甫愣了一下，發現這是個大字不識一個的傢伙，頗有些無奈：…ofcourse.
愛德蒙根本無法拒絕了：Whendowestart？
因為沒有足夠精巧的語言，也沒有可以使用的文字，所以那些猴子不可能進行有效的交流和討論。於是，猴子不大可能有機會發展出完整的邏輯思維能力，更不用說「科學地思考」。所以，猴子們最終都不可能搞清楚香蕉和開水是什麼關係，只是得到了一個結論——香蕉是不能碰的——至於為什麼不能碰，卻被完全地曲解了。只看結果，不究原因，或者是亂解原因，是一種多麼危險的想法和做法啊？正所謂「經驗主義害死人」。
談到這裡，我們已經涉及到所有學習過程中，或者說知識傳遞過程中，最大的障礙——「經驗主義」的局限。所有的人或多或少都是經驗主義者，因為，前面已經提到過——所有的人獲取知識的最為基礎的手段就是通過「體驗」。經驗主義在一定的層面上是適用的，不能徹底否定它的重要價值。但與此同時，必須認清「經驗主義」的根本局限。
首先，個體的經驗有限。一個特別說明問題的例子是所謂的「強光噴嚏反射」（Photicsneezereflex）。現在我們已經知道這是一種通過基因遺傳的特徵，大約有17%到35%的人擁有這種「症狀」。目前可信度較高的說法是，眼睛和鼻子的知覺受到同一條三叉神經的支配，所以，對於強烈刺激的防禦反應混淆在一起引起了噴嚏的出現。具體說來，從眼睛進入的強烈陽光，鼻腔誤以為對自己的刺激，故以噴嚏的形式欲將其異物驅逐出去。亞里士多德在他的《問題》第三十三卷就曾提到過這個現象，可是亞里士多德當時儘管自己有過體驗也無法正確解釋，更為困難的是，讀到亞里士多德的文字的人，至少有65%的可能性能無法用自己的經驗理解那段文字所記錄的現象。
1798年，英國化學家約翰戴爾頓（JohnDalton）發表了他那篇著名的《關於色彩視覺的離奇事實》（「Extraordinaryfactsrelatingtothevisionofcolours」）。科學家們從那時候開始才開始對「色盲」現象展開研究，對其做出更為全面更為科學的解釋。從統計數據來看，至少有3%以上的人在色彩辨認上存在障礙。然而很容易想想，在此之前，色盲的人無法獲得來自他人的任何理解，能夠獲得的最多可能只是嘲弄。
另外一些時候，無法突破個人自我有限的經驗去理解週遭事物和他人，總是會帶來驚人的災難。2004年12月1日，中國官方首次公開發佈「同性戀白皮書」，稱中國目前處於性活躍期的男同性戀者超過1000萬人。在一些開放的西方國家大約有5至7的男性承認自己是同性戀或者有同性戀傾向。女性稍低於這個數字。而按照世界公認的數據，即同性戀人口佔人口總數的2%到5%的比例，中國大陸的同性戀總人數超過4000萬人。並且這個比例相對恆定，同性戀人口不因社會的壓制或寬鬆而減少或增多，只有隱蔽與顯露的區別。
同性戀現象不只是在今天存在，也不是歷史上從來不曾發生過。也沒有任何證據表明同性戀人口的比例在增加。然而，僅僅是因為大部分人無法突破自我經驗的局限，而導致的慘劇是難以想像的。在伊朗、毛利塔尼亞、沙特阿拉伯、蘇丹和阿曼，抓到同性性行為判死刑；巴基斯坦判二年至終身監禁，並且加上鞭刑；馬來西亞最多可判二十年；阿聯酋十四年；孟加拉國國判七年；利比亞判三至五年；阿爾加利亞判二個月至二年徒刑；但是在埃及、印度尼西亞和伊拉克三國沒有相關的刑罰。有些國家還訂下諸如「二位同性別的人裸身躺在一起，鞭打99下」、「男男親嘴，鞭打60下」等詳細的法條。
在沙特、埃及、敘利亞、黎巴嫩、突尼斯、也門等國同性戀被視為犯罪。不久前，開羅一名少年因登錄同性戀者網站，公佈自己的個人信息，而被判處17年監禁，其中包括2年強制性勞動。伊朗曾公開處決了兩名青少年，罪名是發生同性性行為。伊朗自從1979年柯梅尼執政以來，已有四千多名男女同性戀者遭到處決。「我們伊朗不像貴國，我們沒有同性戀，」2006年，內賈德在美國哥倫比亞大學被問及該國最近處決兩名同性戀男子時如此回答。「在伊朗，我們沒有這種現象，」他繼續說道。「我不知道是誰說我們有這種情況的。」這番話引起現場約700名聽眾發出一陣爆笑和噓聲。
其次，群體的經驗有限。群體經驗的局限根源來自於人類的有限壽命。目前還沒有確鑿的證據表明哪一個屬於人類的生物的壽命可以超過200歲。可是，哪怕長達200年的時間，對於知識積累和消化來講，也實在是為不足道。從公元前三世紀希臘哲學家阿里斯塔克斯猜想太陽應該是世界的中心到哥白尼提出日心說，大約經過了1800年；從亞里士多德在《問題》第三十三卷中記錄「強光可能導致噴嚏」到現在科學家們提出相對可信的解釋，已經過去了2300多年。
達爾文的進化論，到今天也只不過是少數人真正理解並堅信的科學學說的真正原因在於，這是一個無法僅僅通過個人體驗而獲得的知識，甚至是整個人類群體自身的經驗也無法涵蓋的知識。人類中有誰有能力親身體驗從我們與猴子的共同祖先一直進化到今天的整個過程呢？如果誰真的竟然可以全程經歷的話，就可以看到他的某些親戚到今天還是猴子，而另外一些親戚慢慢變成了大猩猩，而那些大猩猩的某些親戚慢慢變成了黑猩猩，黑猩猩的親戚後來有一些變成了猩猩；猩猩的某些親戚最終變成了今天的人……可是，今天，人類整體需要至少200萬年，才有機會看到某些大猩猩進化成黑猩猩呢。
面對無法親身體驗的知識，人們往往會心存恐懼，因為人們害怕未知。而群體面臨無法體驗的知識，往往會表現為瘋狂。有句話非常精闢，「很多時候，人們的善良出自於軟弱，而他們的殘暴出只不過來自於恐懼。」哥白尼深知這一點，所以，知道臨終時刻才敢於正式出版關於日心說的《天體運行論》。哥白尼的支持者布魯諾就嫩了一點，或者說表現得勇敢了一點，結果就被燒死了。
最後，不僅存在無法通過個體或者群體經驗獲得的知識，還存在與現有經驗相悖的知識。我們常說，「經驗寶貴」，然而，在某些時候，所謂的「經驗」恰恰就是我們進步路上的絆腳石，甚至是我們進步時能遇到的，稍稍出點差錯就可能無法逾越的鴻溝。
人們在理解新的知識的時候，往往以來過往的經驗。所以，在教育學中，「類比」是很多學者和專家最為推崇的教學方式之一。小學老師用煮熟的雞蛋類比地球的構造，使得小學生一下子理解了他們不可能親自體驗的知識——誰有能力鑽到地心去看看呢？中學老師用太陽系的構造類比原子的內部構造，使得中學生一下子理解了他們不可能親自體驗的知識——在相當長的一個時期裡，不是每個學校都可能擁有足以觀察原子內部構造的場離子顯微鏡的。更為神奇的是，這次中學生們依賴的是一個無法通過個體體驗來獲得的知識經驗——太陽系的構造。
然而，使用類比理解新的，或者是未知的知識的前提是，這個知識與某個「現存經驗」接近，或者類似。可是，某種程度上，有些時候連「類比」這個神奇的工具都無能為力，因為，總是有些時候我們面對並嘗試去理解的知識與現有經驗相悖。
觀察一下就知道，日常生活中幾乎所有主要的「溝通障礙」本質上都是因為溝通雙方無法讓對方理解與他們的經驗相悖的知識或者信息造成的。不誇張地講，目前書店和圖書館裡幾乎所有的關於《溝通技巧》的書籍中提供的解決方案都沒有真正說道點子上。這種知識和信息的傳遞，不是僅僅通過「站在對方立場上考慮問題」就可以輕鬆而徹底解決的。儘管「站在對方立場上考慮問題」確實已經是很有用也很難以掌握的技巧，可是，當我們面對（或者說「背對」可能更準確些）「雙方立場都無法考慮到的問題」時候呢？儘管這樣的時候我們甚至可能不知道問題究竟是什麼，但有一點是幾乎確定無疑的，這種問題不僅確實存在，還往往至關重要。
克林頓的夫人希拉裡就觀察到這樣一個現象，「所謂優秀的領導，能夠把人們帶到他們想去的地方；而所謂卓越的領導，能夠把人們帶到他們應該去的但是沒想到過要去的地方。」能有這樣的思考，能有這樣的表述，說明希拉裡同學不僅智商過人（據說超過147），心智力量也足夠強大，強大到可以理解那些「卓越的領導」的地步。
在我看來，所有的教育失敗的癥結，也是基於同樣的原因。探索未知，尋求真理的時候，幾乎所有的困難都來自於如何正確地理解「甚至可能與現存經驗相悖」的知識。從這個角度看，過去的宗教已經沒有能力承擔這個責任，必須讓道於少數人已經把握，並且正在使用，也正在完善的方法手段——科學。關於科學方法，是一個遠遠超出我的文章可討論範圍的話題，我的建議是，所有的學生都應該認真至少分別閱讀三本關於科學史和科學方法的書籍。
從這個角度上看，人類也許是地球上最尷尬的物種之一：長期的進化使人類發展到今天這個高度，但是，每個人在出生的那一剎那，實際上與其他的動物居然站在幾乎同樣的起點上，心智要從零開始進化。此後的一生中，要用相當長的時間通過枯燥的學習和反覆的實踐才能獲得文字運用能力（有些人通過努力能夠使用多種語言）。有了文字能力才能通過閱讀擺脫種種局限獲得更多的知識。而後還要學會邏輯、通過科學的方法思考問題，然後才可能成長（或者乾脆用」進化「作為類比更好一些）為真正的意義上的人——當然一定有相當比例的、絕對超過半數的「人」其實在這條路上只進化到一半都不到的程度就自以為是去了。
看穿本質的人們對教育稍微脆弱一點，就會無比失望，甚至絕望。因為，顯而易見，有些人並沒有進化完整，可竟然被篩選出來成了老師。無法想像這樣一幅畫面：
一個大猴子在賣力地「教」一群小猴子——要是一個大猩猩在教一群小猴子倒也強一點。可以想像的是那些最終進化成人的小猴子一路上要經歷怎樣殘酷而難以想像的磨難？！
這個類比貌似過於尖刻，且令人非常難以接受。但是不得不承認這個類比不僅生動而且準確，並且還是在沒有任何冒犯任何人的意圖的情況下。當然，估計也沒有誰原意對號入座。
據說，上帝因為了不讓古巴比倫人建成通天塔，於是就讓人們所不同的語言。事實上，語言障礙從來都不是「不可逾越」，頂多是「難以逾越」。馬可波羅在七百多年前，在沒有金山詞霸、不懂「艾賓浩斯記憶規律曲線」、既不「逆向」也不「瘋狂」的情況下，學會了地球上最無從捉摸的、容易忘記、難以學習的（elusive）語言——中文。今天，地球上掌握多種語言的人越來越多，然而，建造通天塔的另外一個障礙終於浮現了出來——很多「人」可能一輩子都不能擺脫的、「經驗主義」的局限。
在這個轉折點上，「類比」依然有著神奇的力量。最關鍵的第一步是，記住並理解以上的例子，然後牢記這世界確實的存在「與現有經驗相悖的知識」。而後把這句話變成現存經驗，用它去類比未知。而後，必須投入大量的時間和精力去學習和掌握「科學方法論」，掙扎著進化成真正意義上的人類。當然，必須重申，誰都有放棄進化的權利。