時間漸漸逼近初冬，深秋使樟阪的霜色慾濃，到了冬天，樹葉開始凋落，但這一切的變化並未給樟阪帶來孤獨和肅殺感，反而使大地隱藏了生命的秘密，進入一種厚實的沉靜。堅挺的樹的枝椏顯示出引而不發的力量，並像蛹蛻變成蛾一樣，暗示在未來可能出現的令人無法想像形狀的新生命。死，可能是一個前提，就如同麥種只有死在了土裡，才能破殼結出許多子粒來，這些都是以死為代價的。
一大早沈全被電話吵醒，是看守所打來的，通知他立即進來有事相商。沈全有一種不詳的預感，馬上驅車到了看守所。潘警官把一份材料給他看，這是陳步森寫的一個申請報告，報告的內容很簡單，是這樣寫的：尊敬的看守所領導和監獄管理局領導：您們好。我是一個即將被處決的犯人，我叫陳步森。我曾經提交了一份遺體捐獻申請表，得到領導批准，我非常感謝。但是，正當我準備把我的肝臟捐獻給我的受害者冷薇女士時，由於我將以注射方式處決，所以無法向她捐獻肝臟，我為此非常難過。如果我的生命結束能挽救另一個人的生命，是我最大的盼望，可是，現在這個願望就要落空。為了挽救冷薇的生命，我鄭重申請，提出一個小小的要求，希望上級有關部門能否改變我的處決方式，由注射改為槍決。我不是一時衝動，而是不忍心看到她失去希望，我的生命反正都要結束，怎麼結束並不重要。我知道實行注射方式是對我們的人道，但更大的人道主義卻是救一個能救回來的人。我現在才明白，肉體是沒什麼用的，如果沒有靈魂的話。我知道不久我的肉體就會消失，但我的靈魂還在。請上級部門批准我這最後的要求，謝謝你們。陳步森——一個知罪感恩的靈魂。
沈全抱著頭看著這份申請書。潘警官說，你想見他一面嗎？你問問他為什麼要這麼做？沈全說，好吧。
一會兒功夫，陳步森出來了。沈全看見他臉色很憔悴，看來沒睡好覺。沈全問他，為什麼要這樣？陳步森說，救人。沈全說，你想過沒有？你這樣她會接受嗎？陳步森說，所以請你們想辦法說服她。沈全不知道說什麼好……陳步森說，別擔心我，我沒有衝動，我已經想了好幾天了，晚上睡不著，我想，由於我必須注射死刑，她卻因此失去機會，到時候她來陰間找我，我無法面對她，因為這是見死不救。沈全問，你想過注射和槍決的不同嗎？陳步森說，槍決……可能很痛吧？不過，再難受也就是幾秒鐘的事，而她卻可以得救。沈全的雙手交互捏得卡卡響。陳步森說，我想，再痛，也痛不過上十字架吧……我已經決定了，不改主意了，請大家幫忙。
沈全悄悄用手拂去臉上的淚跡，說，好的，我明白了，我不說了，現在就去跑這個事。
……沈全本以為這事有多難，出乎他的意料，上級很快批復了陳步森的申請。批准的理由是：出於人道主義。可是申請決定到了冷薇的手裡，遭到了她的強烈抵抗，她看到那份申請表時，渾身顫抖不已，她說她絕對不會接受這個結果。
沈全、蘇雲起和周玲圍繞在她身邊，大家不知道說什麼好。這是一個可怕的決定：如果勸冷薇接受，意味著陳步森將真的面臨槍決的結果，周玲幾乎看到了陳步森被子彈洞穿的畫面。如果同意冷薇的拒絕，她就沒有希望了，因為不可能在那麼短的時間內找到供體，她面臨和陳步森一樣的結局：死亡。
誰也不敢說話。最後，還是蘇雲起說話。他握起冷薇的手，說了以下的一段話：冷薇，我相信陳步森不是衝動的選擇，我們也看到了，這個弟兄是真的有了愛，現在這愛是何等真實啊。如果你拒絕他的愛，你想過他會怎麼樣？他會帶著遺憾死去，他還會感到疑惑，不明白為什麼他為此殫心慮，你卻不要他的禮物？你不要為他擔心，那將發生的所有痛楚對現在的陳步森來說，已經不算什麼。他既然可以這麼說出來，他就一定能做到。冷薇，你要活下去，代替他活下去，這才是他真正想說的話。我說過的，你和他，其實是一個人。
……冷薇用顫抖的手在申請書上簽下了自己的名字，她的淚水飄落到紙上。
陳步森即將在十二月十日執行死刑，決定採用槍決方式。
協和醫院有關冷薇肝移植手術的準備工作正在緊鑼密鼓地進行。冷薇已經住進了協和醫院消化外科手術病房等待肝臟移植。電視台和各大平面媒體趨之若騖。樸飛到沈全的律師事務所刺探死刑執行的具體行進路線，沈全說你問這個幹嘛？樸飛說，這是千載難逢的大案啊，我們準備在節目中繪一幅執行死刑行進路線圖，然後把當天的槍決和器官移植節目配合進來，多直觀，肯定提高幾個點的收視率。沈全氣得推了一下樸飛，說，你他媽的還有人性沒有？樸飛辯解說，觀眾愛看哪，他們說正義得到了伸張，他們沒有關心這個大案的權利嗎？沈全說，你們這些旁觀者看到一個人被處決就興高采烈，大快人心，可是有誰知道死者的心中隱藏著什麼樣的傷痛？成天只想到簡單的懲惡揚善，你們知道什麼是惡什麼是善嗎？現在他要死了，你們覺得有大熱鬧可看了？是不是？樸飛望著沈全說，你從來不罵人的，今天怎麼啦？吃了槍藥了？
陳步森在執行死刑前的三天，被特別允許和他想見的人或者提出要見他的人見面。見面地點安排在看守所的一間舊辦公室，這也是通常死刑犯被執行死刑當夜逗留的地方。
第一個要求見陳步森的居然是陳三木。他打電話給周玲，要求見陳步森一面。周玲帶陳三木來到看守所，見到了陳步森。陳步森沒想到他會來，他還是稱他為表姐夫。陳三木說，我聽到了你改變行刑方式的申請，我很驚訝，很想進來看看你。畢竟我還當過你的表姐夫。陳步森說，謝謝你。陳三木說，希望我過去對你這個事情所說過的話，你不要記在心上。陳步森說，你說過什麼？我都忘了。陳三木說，你知道我是做學問的，我說的話都是一種學術問題，不是結論，都在探討當中。所以，今天你得到這個結果，我還是很難過。陳三木說，我想問一句，你真的不怕死嗎？我聽到你選擇槍決，我覺得你真的是不怕死了，為什麼？陳步森想了想，說，我現在感到我身上的罪都被洗乾淨了，所以，心情比較輕鬆。陳三木就沒再說什麼，只說，你要保重，你要保重。他和陳步森握了握手，走出了會客室。
周玲和陳步森走出了看守所。周玲問陳三木，你今天為什麼要來看他？陳三木說，我是他親戚嘛。周玲說，聽說你要結婚了？陳三木說，沒有，我和她分手了。他看著遠處天邊的一團雲，說，我現在承認，基督教可能是一個比較複雜的現象，我過去把它看簡單了，不過，不是因為你使我有了這認識，是因為陳步森。我也奇怪，同樣的一個信仰為什麼在每個人的身上表現會如此不同。周玲說，因為有人認自己的罪，有人不認。陳三木說，錯了，陳步森天性是善良的，現在恢復了。我天性也是善良的，我並沒有失去，所以無所謂恢復，我有錯，但沒有罪。周玲說，三木，你真可憐，一個教授居然不知道人有罪，中國人常常只說人有錯，以為罪人就是犯人，罪犯，囚犯，但陳步森卻知道他是罪人，他比你強多了。陳三木笑了，說，你就等著瞧吧，我也許會改變，信個什麼，但一定是通過自己的修煉，只要努力，人可以體驗到神和神的境界，也許我們是殊途同歸，說不定我到時也信了上帝呢。周玲說，我希望看到蘇雲起有一天為你施洗。陳三木擺手，不不不，我跟這個人辯過，他有幾斤幾兩我知道，他沒有資格給我施洗，我如果真的要受洗，至少要海外的有名的牧師，這樣才能相稱。
周玲回到城裡立即去看了冷薇。冷薇說她想馬上見陳步森，她說已經向醫院請了假。周玲知道這是冷薇見陳步森的最後一面了。她打通了沈全的電話，聯糸好了看守所方面。看守所潘警官傳陳步森的話，希望同時見到淘淘和冷薇的母親。於是，當天下午，冷薇和母親帶著淘淘，在周玲的陪護下，來到了看守所。
先安排的是老太太帶著淘淘進去看陳步森。淘淘看到陳步森時，不像過去那樣高聲叫他劉叔叔，而是怯生生地躲在外婆後面。陳步森說，淘淘，你不認識我了嗎？淘淘仍然不說話。老太太說，小劉啊。她還是叫他小劉。這孩子來的時候說，他很想你，可是現在不知道為什麼不說話了。陳步森拿出一個東西來，居然是一輛地瓜車。這是陳步森特地托潘警官在外面市場買了地瓜做的。淘淘看到地瓜車，臉色緩和了一些，玩起地瓜車來。陳步森說，好玩嗎？淘淘笑了，好玩。他抱了一下淘淘，淘淘牽著車子出去了。老太太這時對陳步森說，孩子心裡難過，你知道嗎？他不說。陳步森眼睛紅了。老太太握著陳步森的手，不知道說什麼好。這時，潘警官把老太太領出去了，冷薇進來了。
陳步森見到冷薇時，兩人只是看著對方，什麼話也沒有。陳步森發現冷薇瘦了，瘦得他認不出來了。他說，你怎麼瘦成那樣？冷薇說，你也瘦了……陳步森說，我很好，只是有時睡不著。冷薇說，睡前洗個熱水腳，把腳放高了睡，就會睡著。陳步森說，冷薇，你……你千萬，千萬不要改變主意，我們說好了的，如果你改變主意，我就白白申請了。冷薇知道他說的是什麼，他到這時候還在擔心這個，她就受不了了，一下子哭出聲來。陳步森用手拍她的後背，她還是痛哭失聲：你為什麼要這麼做？……陳步森不停地說，你要活下去，你要活下去，如果你能活下來，我就知足了，我害了李寂，卻可以救你，我的命是好的。冷薇哭著說，死有什麼了不起，你不是說死不可怕嗎？我死了就算了，你這樣做，讓我更難受……陳步森堅持說，答應我，不要反悔，說好了的，就要做。
冷薇一把抓起陳步森的手，抱在懷裡，那一剎那，冷薇清楚地體驗到了愛情！對，就是愛情。她淚水不停地滴到這隻手上，她把他的手貼到自己的臉上。陳步森說，我也想活著，但我沒有希望了，法律不讓我活著，我只有走，但我知道我去的是什麼地方，所以我不害怕。蘇先生說過，最後我們都會在那裡見面，但現在不讓你去，所以你要好好活下去，到時候了，我們就會見面，我們約好了的，一定會見面。冷薇哭得大淚滂沱。陳步森說，我活了三十年，現在除了上帝和我這個身體，雙手空空，我能送給你的除了上帝，就是這副身體了。你一定要答應我，接受手術，好好養病。不要讓我的願望落空。你一定會好起來的。等手術一結束，你醒來的時候，你要相信，我已經在天上，已經在最快樂的地方，一定在那裡。
他從口袋裡拿出一個用塑料繩編成的小十字架，說，這個是我在裡面打發時間編的，送給你作禮物。冷薇接過它。陳步森說，現在很多女孩帶十字架做裝飾，這個是用繩子編的，不值錢。但我在書上看到說，它原本是古代最殘酷的刑具，可是現在卻成了最美的裝飾，真是奇怪的事情啊。
冷薇立即帶上了它。她還是不停地流淚，就是無法開口說完整一句話。會見時間馬上要結束了，這時，陳步森說，我要進去了。冷薇突然上前，緊緊地抱住他不放，陳步森痛苦地強忍住淚，對她說，你放心，我不會有痛苦的。說著，就用力推開她的手，走進去了。
陳步森死刑執行的前一晚，蘇雲起要求陪同陳步森度過最後的時刻，為了穩定被行刑人的情緒，准許了他的要求。
陳步森和胡土根被帶到了那間舊辦公室。潘警官問他們要吃什麼？在這最後一頓晚餐，廚房會基本滿足他們的要求。陳步森說，我不餓。胡土根說，他想吃梅菜扣肉和炸大蝦，再要一瓶酒。潘警官還是讓廚房準備了兩份這樣的菜。但沒有酒。菜上來後，胡土根不停地吃，把自己的那份吃光後，又把陳步森那份的肉吃了一半。陳步森一點胃口也沒有。
蘇雲起進來了，他問他們還有什麼需要他幫忙的事？陳步森和胡土根都說沒有。後來陳步森說，他想在離開時再聽一遍那首歌《奇異恩典》，蘇雲起就打電話叫周玲趕快把磁帶送進來。這時，胡土根說他要睡覺，可是他睡了一會兒睡不著，又嚷著要喝酒，他大喊大叫起來，好像失去了理智。潘警官只好讓人把他帶到另一個房間。蘇雲起說，他的情緒還是不好。陳步森說，比剛來的時候好。蘇雲起問他，你怎麼樣？陳步森說，還好。蘇雲起說，我們一起禱告好不好？陳步森說，好。於是他們開始禱告。他們禱告了大約有半個小時，蘇雲起睜開眼發現，陳步森已經淚流滿面。
蘇雲起用手巾紙替他擦去眼淚，說，不要害怕。陳步森說，我不害怕，我只是有些難過……蘇雲起說，你說給我，為什麼難過。陳步森說，我其實還想活下去，我為大家做的事太少，我不知道上帝會不會接受我，我這十幾年乾淨壞事，現在說得救就得救，真的太便宜我了。蘇雲起說，你一定要相信，你的靈魂得救不是靠行為，你記得嗎？我說過多少次的，主耶穌釘十字架時，對旁邊有一個即將釘死但悔改的罪犯說，今天，你就要和我同在樂園了。他什麼也沒做，但他將在樂園裡面。
陳步森說，你放心，這我知道，我現在心裡很平安。其實在這幾個月我想了很多，我想，如果這法律只是為了定我的罪，就算法律是對的，判我也是對的，我也被槍斃了，這法律也實行了，可是對我有什麼意義？我已經死掉了，法律是對的，我死也是對的，我沒法說法律不好，這很公平，可我卻帶著痛苦和恨死了。法律是好的，可是對我沒有用。
蘇雲起說，你一定要相信，上帝的公義是在律法以外向你顯明的，這就是你為什麼能得救，你雖然在負法律責任，但你得救了，不要疑惑。陳步森說我不疑惑，我心裡知道。蘇雲起說，上帝造我們不是為了要懲罰我們，而是要愛我們，他願意看他所造的一切是好的，好的，我們是他眼中的瞳仁，知道嗎？聽到說他是好的。陳步森鼻酸了。
磁帶被送進來了，潘警官拿來錄音機，播放了《奇異恩典》的歌。陳步森聽著，兩行淚水淌下來。在這個等待死亡的奇妙時刻，歌聲迴盪在這個小小的空間。陳步森很快地在腦海中劃過了這一年來經歷的所有畫面，甚至他想到了他小的時候，父親帶著他去釣魚，母親背著他上醫院的情景。陳步森現在回憶的都是好的，那些令人不快的回憶都消失了。
窗外曙色微茫。行刑的時間到了。蘇雲起和陳步森要分別了。陳步森猛地緊緊抱住蘇雲起，他的身體開始顫抖，蘇雲起感覺到了。陳步森小聲地在他耳邊說，謝謝您，蘇老師，我從小被人罵到大，罵我阿飛，沒有一句能讓我服，可是那天我遇到你，你說我有罪，好像在罵我，卻把我打動了。蘇雲起說，記住，不管遇到什麼，一定要朝光明的地方去。陳步森知道他是說槍響之後的事。陳步森的眼淚一下子湧出來。蘇雲起說，如果心中仍然不平安，你就一直禱告。陳步森點點頭。
陳步森被帶走了。
蘇雲起走出看守所大門，看見遠遠的天空上，紅色的雲在熊熊燃燒。一種悲喜交集的感覺漲滿了他的心。
……與此同時，冷薇被推進了手術室，陪同的人有她的母親和周玲。醫生們作好了手術前的一切準備。手術分全肝切除術和供肝植入兩步。孫主任要求做到肝切過程中，熱缺血時間不超過五分鐘。執行死刑的時間和移植手術的時間已經配合完畢。陳步森被槍決並證實死亡後，立即摘除肝臟，進行減體移入冷薇的體內。
在作好一切預備工作後，孫主任問冷薇，你準備好了嗎？冷薇看了看身邊的周玲。周玲低下頭，說，放心，一切會平安的。冷薇從早上開始到現在一直不停地流淚，周玲對她說，別再流淚了，對手術不好，我也不哭了，這是美好的事，不要哭。冷薇點了點頭。她想起了陳步森的約定，等她手術完成，他會在天上。她知道一會兒她要比他先睡著，然後他才被執行。
手術開始了。在麻醉針扎進她身體的那一刻，冷薇覺得視野漸漸模糊……她對自己說，在她睡著以前，陳步森仍然活著，是她先睡著的。等她睡著以後，他也會睡著。死，就和睡是一樣的嗎？在不再有罪的人中，死就是睡了。冷薇的意識漸漸模糊，她彷彿看到了他，他的笑臉在慢慢地飄浮。
……冷薇在一天一夜之後醒來，手術持續了八個小時，麻醉藥的效力也在十二小時後消失。手術完成了。
冷薇慢慢睜開了雙眼，她躺在加護病房裡，當她睜開眼時，剛好房間裡沒有一個人，出奇的寧靜。冷薇看到了窗戶，微紅的光從外面射進來，窗簾隨著風輕輕飄動。冷薇一下子沒有反應過來，這是什麼地方。她沒有感到身體任何的疼痛，反而覺得自己好像在漂移……床頭掛著陳步森做的小小十字架，被風吹得搖晃。
冷薇想起來了。她想起了一切。透過白色窗簾，遠處隱約有黛色的群山，若隱若現。冷薇想：現在，一切結束了。他的一部份，進入了她的體內。雖然她不能想像這個事實到底是怎麼發生的，但她相信，這是事實。她也相信，一切走到盡頭的時候，一切也開始了。
冷薇望著窗外，好像看到了遠山之上的天空。她想，此刻，他已經在天上了。這是無庸置疑的。因為這是他說的。她相信他對她說的每一句話。
在這樣的寧靜中，從地上撿起一根草都是美的。