一九五九年，三位美國學者在台灣實地調查教育文化狀況，寫了一篇報告，直指台灣是「文化沙漠」（ｃｕｌｔｕｒａｌｄｅｓｅｒｔ）。台北的「學術權威」李濟認為「旁觀者清」，心有慼慼焉。他把這三位學者分析「文化沙漠」的成因，歸納為五條：
一、最初接收時，有些訓練不夠的人做了教授；二、大陸來的學人，精神頹唐不自振作；並且不少失去了讀書興趣的人以教書為臨時職業；三、教育界五日京兆的心理，沒有做任何長期打算；四、社會裡、政治裡流行的各種禁忌，因之思想的範圍大大地受了限制；五、青年的學者不肯到大學來。（「文化沙漠」，《自由中國》第二十一卷第十期（一九五九），頁三Ｏ二）
其實，這五條之中，第四條是「綱」，其他都是「目」。「各種禁忌」，乃是政治高壓的產物；在政治高壓下，思想不僅受到限制，根本受到禁錮，以至於形成冰河狀態。思想應該愈活潑、愈有問題愈好，因為活潑的思想才能產生創造文化的智慧，有問題的思想才能使文化進步與繁榮。然而在蔣氏父子的高壓下，思想有問題是可以被槍斃的，有幾個人敢惹「思想」，當然導致思想的冰河，而文化沙漠正是思想冰河之果。
蔣介石搬運了許多寶貝到台灣，除了國庫黃金、故宮國寶等等之外，還有完整的國民黨特務。軍統、中統之名雖已消失，但其實體更為集中，由蔣經國一手掌管黨政特務機構，所統率的特務人員一開始就有五萬餘名。蔣家的特務到了台灣之後，地小權大，更由於「戒嚴令」的配合，布下天羅地網，其得心應手為大陸時代所未有。何況作為特務頭子的蔣經國，更遠非大陸時代的戴笠可比。蔣介石與戴笠只不過是主僕關係，而與經國有父子關係，豈可同日而語？於是特務勢力在太子的管轄與指揮下，籠罩全島。至於一九五Ｏ年七月公佈的《中國國民黨改造方案》，名為「改造」，實系「集權」，把權力更加集中到蔣氏父子手中。至國民黨第七次全國代表大會於一九五二年十月召開時，「改造」完成，除蔣介石當然連任總裁外，蔣經國已躋身中央委員，名次僅在陳誠之下。
蔣氏父子初到台灣時，驚魂未定，草木皆兵，為了他們的「安定」，殺戮尤慘。政工幹部學校出身的江南（劉宜良）在所著《蔣經國傳》中，有頗為具體的透露，如謂：
位於台北植物園附近的馬場町，取代過去南京雨花台的地位。據執教東京立教大學的戴國輝說：「我當時在南海路的建國中學唸書，有天我看到一輛卡車，載著七八位犯人，雙手背綁，口用白布紮著，大概怕他們聲張，一忽兒，傳來槍聲。我心裡想，他們做了革命的烈士了。」翻開五十年前半年的《中央日報》，「匪諜××等數犯，昨日槍決伏法」的標題，一周出現好幾次。以「匪嫌」名義，送往青島東路軍人監獄、台東綠島，或用麻袋捆紮，未經司法程序，丟到海裡餵魚的，不計其數。台北的一位化學工程師陳天民，江蘇靖江人，因為出言不慎，告訴投奔他的鄉親們說：「台灣都快解放了，你們還來這裡幹什麼？」經人檢舉，判刑十五年。陳當然不是「匪諜」，沒有任何證據支持保安司令部軍法處的指控，充其量，不過是對國民黨的統治前途失去信心而已。諾貝爾獎金得主李政道的母親張明璋女士，和兒子李崇道（後來曾擔任中興大學校長）因在淡水家中，留宿一位廣西大學時候的同窗，卒以「掩護匪諜」，鋃鐺入獄。（頁一八三）
此一「恐怖世界」即為蔣經國指揮下特務們的「傑作」。在「恐怖世界」裡，朝野誠惶誠恐，以蔣氏父子的馬首是瞻。特務勢力是蔣介石在台灣的權力基礎，是蔣經國繼承權力的階梯。
在此一背景下，任何「左」傾思想固然十惡不赦，格殺勿論，連溫和的自由主義與民主思想，在蔣氏父子控制下的台灣也絕無容身的空間，其犖犖之大者，就是發生於一九六Ｏ年的雷案。雷案的主角雷震字儆寰，原是老國民黨員，大陸撤退來台後，與一些擁蔣的自由派分子如胡適、毛子水等辦了一份以《自由中國》為名的半月刊。胡適在赴美的船上還替這份雜誌寫了發刊詞，並由胡適擔任發行人，後由雷震繼任。《自由中國》這一名稱是很好的宣傳，以別於大陸上的共產中國，許多人便把台灣稱作「自由中國」，其實蔣介石的台灣既不「自由」亦不「中國」?選更具諷刺性的是，蔣介石終於把《自由中國》扼殺了，判了雷震十年徒刑。
《自由中國》的宗旨，原是要「支持並督促政府走向進步，逐步改革，建立自由民主的社會」。蔣介石在嘴巴上絕對不會反對「自由民主」，但骨子裡關切的是鞏固權力以及替兒子接班鋪路，而這種「關切」往往與自由民主不搭調。《自由中國》的一個主要筆桿子殷海光（原名殷福生），原來也是國民黨員，後來成為羅素的信徒，大唱英美自由主義思想，自然與封建獨裁的現實相扌干格，逐步增強對現實的批評，涉及政治、經濟、教育各個層面。一九五四年，《自由中國》批評到蔣經國的「青年救國團」控制青年學生，蔣介石「勃然大怒」之下，於是同年十二月二十八日，親自開除了雷震的黨籍（見《雷震回憶錄》，頁三六〇），雷震被迫成為黨外人士。
《自由中國》在蔣氏父子特務勢力的陰影下，生存多年，主要利用了蔣介石為了討好美國而打出的「民主」招牌，所謂以子之矛攻子之盾，即以「言論自由」之矛攻「黨化教育」之盾、以「自由經濟」之矛攻「金融管制」之盾、以「多黨民主」之矛攻「一黨專政」之盾。一九五六年十月是蔣介石的七十大壽，《自由中國》又利用了蔣氏「婉謝祝壽」、「均盼海內外同胞直率抒陳所見」的聲明，出刊了《祝壽專號》，對蔣介石個人提出直率而又剴切的建議和批評。專號的社論更明確地勸蔣不要違憲連任總統，並要求黨部退出軍隊，使軍隊國家化。（見第十五卷第九期）
面對這些挑戰，蔣經國直接控制的國防部總政治部發動了「向毒素思想總攻擊」的運作，《自由中國》的台柱胡適尤成為「攻擊」的大目標。……（略——編者）胡適在圍剿聲中，感到回台灣比留在外國更重要，遂於一九五七年年底答應就任中央研究院院長。（參閱《胡適致趙元任函》，一九五七年七月二十八日）院長一職是由蔣介石圈選的，蔣任命胡為台灣最高學術機關的首長，未嘗沒有以「高官厚爵」籠絡之意，使胡多少有所顧忌，最後胡適果然未能以「去就」爭「自由」。
《自由中國》的命運也未因胡適於一九五八年四月回台長住後得到改善。特務們反而由「圍剿」進而迫害，而胡適竟要《自由中國》的執筆者多「容忍」，引起殷海光的不滿。雷震則在胡適回台以及美國輿論的鼓勵下，更向民主的方向邁進，進而要想組織反對黨了。至此，蔣介石不再顧民主的招牌，撕破臉皮，命特務製造匪諜案把雷震抓了起來。雷被捕後，胡適不肯主持組黨，其他的人在齊世英的影響下主張「穩健」，新黨遂胎死腹中。蔣介石達到「殺雞警猴」的目的。
雷案發生的時候，胡適正在美國，曾公開支持雷震。他回台灣後，蔣介石故意冷落他，農復會主任委員蔣夢麟比他晚回來，卻先見到蔣，而胡適卻得在「不談雷案」的約定下，才見到蔣。蔣平常與胡適見面，通常是兩人密談式的，這次卻是秘書長、秘書、副官全在的官式談法，顯然是有象徵意味、表示有距離了。但是見了面，胡適仍然忍不住要談雷案，很誠懇地想說明雷案如何在外國產生「很不好的反響」，胡適在一九六Ｏ年十一月十八日的日記中說：
總統說：我對雷震能十分容忍，如果他的背後沒有匪諜，我絕不會辦他。我們的政府是一個反共救國的政府，雷震背後有匪諜，政府不能不辦他。我也曉得這案子會在國外發生不利的反響，但一個國家有它的自由、有它的自主權，我們不能不照法律辦。這是他在九月十四日對美國西岸報人的談話，今日重說一遍。
這最後二十五字，寫得極見內功?選不溫不火，但把蔣對他的態度，畫龍點睛了。為了雷案，他顯然被蔣介石「見外」了?選不過，胡適在蔣面前一再「盼望此案能夠司法審判」，未免書獃?選軍法或司法審判，在國民黨內定判決結果下，又有何不同？又有什麼好爭的啊？胡適對蔣介石苦口婆心，而蔣介石居然說：「胡先生同我向來是感情很好的。但是這一兩年來，胡先生好像只相信雷儆寰，不相信我們政府。」胡適聽後，激動了起來，說是話說重了，在這天日記中，猶情見乎辭。胡適「願意用我道義力量來支持蔣介石先生的政府」始終不渝。他早於一九四八年十二月，蔣政權危急時，力求美國支持蔣作戰，且在美國人面前流了淚（見司徒雷登函載Ｒｅａ＆Ｂｒｅｗｅｒｅｄ.，ｔｈｅＦｏｒｇｏｔｔｅｎＡｍｂａｓｓａｄｏｒ，Ｐ．２９２），有點像秦廷之哭。如此擁蔣使他根本沒有多少旋轉餘地，卻有無限傷感。他對國民黨和黨外，都有霧裡看花的一派天真。中國政治中像他這種有地位的清客，最後是及身而絕了。最可憐的是，以他最後的苦口婆心，竟連一雷三毛都不能救，他的悲哀，也就可想而知。「雷案」發生後，胡適應該以不回台灣為抗議、以辭中央研究院院長之職為抗議，這樣多少會給蔣介石一些壓力。但是胡適回來仍做他的院長，甚至不便去探雷震的監，終於在蔣介石的權威下妥協了。胡適寫文章喜歡宣傳黃以周「實事求是，莫做調人」的立場，但他自己，卻始終未能免於「調人」之譏。
《自由中國》被封閉之後，言論自由更無一點空間，怎麼又冒出一個轟動一時的「文星事件」呢？文星書店是一九五二年創辦的，《文星》雜誌是一九五七年創辦的。在《文星》雜誌創刊後的前四年裡，它只是一個正派而普通的刊物，成績平平。真正的突破，在李敖進人《文星》以後，自此四年中雜誌變色、書店改觀。在李敖影響之下，《文星》主張中國走現代化的道路，它的自由、民主、開明、進步、戰鬥等鮮明色彩，表現在《文星雜誌》上、《文星叢刊》上、《文星集刊》上，以及其他大量的出版品上。《文星》為中國思想趨向求答案，在挖根上苦心焦思、在尋根上慎終追遠、在歸根上四海一家，定向方面的成績，實在是思想冰河中的異數，文化沙漠中的奇跡。就這樣的，《文星》成為《自由中國》雜誌以後，官方眼中釘的遞補者。在封殺《文星》的手法裡，最耐人尋味的，除了照例扣紅帽子外，更利用一批出身共產黨或出身左派的人兒，去羅織《文星》。沒問題，硬挑出問題，叫做「羅」；羅出問題再予以串連成罪狀，叫做「織」。就在這種羅織作業下，《文星》的被迫隕落，也就指日可待了。
最有趣的是，當國民黨中常會上，小人們向蔣介石報告《文星》鬧事應該嚴辦的時候，蔣介石說：「把蕭孟能、李敖先給黨紀處分。」小人們再說：「但蕭孟能、李敖不是黨員。」蔣介石說：「蕭孟能的父親蕭同茲是啊?選要蕭同茲負責?選」蕭同茲在國民黨裡的老面子，延緩了《文星》之被消滅，並不能使《文星》免於被消滅。大禍臨頭像一張禁網，它是慢慢扣下來的。先是開始查禁《文星》第九十期，那只是一個動手的訊號，殺戒一開，自然就有好戲看。「殺身之禍」是一九六五年十二月間籌印《文星》第九十九期時發生的。查禁命令，內容洋洋大觀，《文星》被停刊一年。但這只是一個表面上的處分，骨子裡，處分卻是更嚴重的，那就是蔣介石下手令：「該書店應即迅速設法予以封閉。」在這一手令下，《文星》被封，就在眼前。不過，《文星》的問題是李敖，如果李敖與《文星》脫鉤，《文星》仍然有救。在此一「希望」下，在蔣介石秘書長張群的「黨黨相護」下，蕭同茲向蔣介石上了報告，「為《文星》雜誌辦理不善，受有停刊處分，為免於被外界利用，致產生不妥傾向，擬即由同茲負責整理，謹報請鑒察」。蕭同茲的報告措辭謹惟，雖為《文星》上報告，卻處處站在蔣介石利益進言，所謂「為免於被外界利用，致產生不妥傾向」、所謂「近聞海外有『左』傾分子托於言論自由之說，陰有支援文星，亦恐因此影響政府之威信」等等，都是站在這種立場進言的。報告文字洗煉，是出於李晉芳之手，再經黃少谷改正過的。這種文字，再經張群過目後，認為可以打動蔣介石，於是張群就附上相應的簽呈，張群的簽呈和蕭同茲的報告送到蔣介石面前後，蔣介石在張群、蕭同茲、黃少谷、黃傑四個人的老面子下，基於他自己的利益，終於網開一面，批示「可如擬試辦」五個字。於是張群得令於一九六六年二月二十六日，以「極機密最速件」，寫信專送給蕭同茲，報告佳音。就這樣，《文星》由蕭同茲「老年人接青年人棒子」，目的只有一個，就是由蕭同茲出面來擋，使《文星》度過險境。但是到了一九六七年，《文星》雜誌停刊一年處分已滿，依法原可以自動復刊的，但是二月二十三日，國民黨中四組以「五六宣五ＯＯ三七」號密件致蕭同茲，說是「據有關方面會商結果，認為在目前情況下，《文星》雜誌不宜復刊」。於是，就在黨的命令超過行政命令下，《文星》雜誌永不復起。這就好像先用行政命令把你打昏，然後再用黨的命令把你殺死。蔣介石縱使一時看老同志的老面子，放過《文星》，但蔣經國率領的一批政戰系、情治系、黨政系的人們，絕不放過《文星》。因此，蕭同茲雖「心力交瘁」的挽救，《文星》改組仍不會成功。拖到一九六八年，官方終於忍不住了，首先，官方開始在稅務問題上面找《文星》的麻煩，希望能夠查出逃稅漏稅的證據，用做借口。不料，《文星》早防到這一著，稅務機關追查之下，竟發現《文星》連賣一張報紙，都會自動開發票?選在這種簡直無懈可擊的情況下，官方除非走栽贓嫁禍的路，也就別無他法。於是，官方決定硬來了。
一九六八年一月二十五日的下午，警總糾合各路人馬，突擊搜查《文星》資料室。三天以後（一月二十八日），蕭同茲座車開始被跟蹤；第四天（一月二十九日）起，《文星》書店門口有「計程車」兩部及便衣多人駐守不去。情勢發展至此，可見蔣經國他們的確不經過張群，「直接上報而要逕自執行」了。蕭同茲感到「與人刃我，寧我自刃」，就在二月五日寫信給張群，「惶悚待命」了。蕭同茲不愧是老於世故的，明明是你蔣介石兩面做人、逼我關門，可是我絕口不提一個字，反倒字裡行間，哀哀請求你恩准我自我結束。張群收到信後，只好轉呈蔣介石，蔣介石批了一個「閱」字，意思是說知道了，你就去停業吧。於是，苟延殘喘了兩年的《文星》終於還是難逃一死了。
雖然蔣介石那邊決定了《文星》停業，但在蔣經國這邊，卻照舊一不做二不休開始抓人，以期把案子落實。在《文星》宣告結束的廣告與海報出現後，《文星》讀者為了搶購、為了抗議，也為了惜別，天天擠滿了書店，買個不停，場面之大與聲勢之壯，也足欣慰，令他人膽寒。到了三月三十一日晚，是《文星》最後一天，正趕上星期日，整日書店擠得水洩不通，其中甚至有國民黨大員如陳建中等，也混進來買書而去。十點後蕭孟能親去書店，在慰問中陪讀者度過了最後的兩小時，到子夜十二點，正式結束。這時書店門口便衣與「計程車」很多，一個特殊身份的「客人」，一直陪到最後，臨出店門，還在櫥窗前看了好一會兒才走。
星沉之後，《文星》風潮的動力李敖，被封筆、被跟蹤、被監視，最後因彭明敏案被誣指為「台獨五大中央委員之一」而入冤獄五年半。李敖入獄之前，作家柏楊因刊登大力水手漫畫，被指為譏刺蔣氏父子而入黑牢。柏楊原是蔣經國文學侍從之臣，根本無意逆蔣氏父子之鱗，而李敖則是存心對著干的。可見在蔣氏父子眼裡，無意也好，有心也罷，只要冒犯了聖顏，就得由特務來收拾，打入黑獄，濫施刑罰來以儆傚尤。
由此可見，《文星》雖由老國民黨員蕭同茲來接管，仍然不行，亦就不足為異了，因為趕盡就要殺絕。有人以為雷震若僅書生論政，不去組黨，不會出事，亦只知其一而不知其二。胡虛一已舉證說明，組黨之前，蔣介石就想以高價收買《自由中國》，然被雷震所拒，已觸蔣氏之怒（胡虛一《雷震與蔣介石交惡述源》，載《清算蔣介石》，頁二七七至二八四），所以不組黨還是會被封。《自由中國》反對蔣違憲連任，就會被消滅。組黨不過是冒犯之一，任何冒犯都會導致同樣的命運。
蔣介石從一九五Ｏ年三月一日復職起，到一九七五年四月五日死亡止，前後二十五年之間，他的總統身份，都是非法的。即使蔣介石以強勢在一九五Ｏ年三月一日復職後，非法總統干到一九六Ｏ年，還是出了大問題，因為「中華民國憲法」第四十七條明定：「總統副總統之任期為六年，連選得連任一次。」可見縱使一九六Ｏ年以前幹的都合憲法，一九六Ｏ年到了，既滿了兩個六年，也不能再超過「連任一次」的限制，也得下台。但一九六Ｏ年將屆，蔣介石再變花樣，以使國大代表加薪到和立委相同等賄選手段，由非法的國民大會通過了修改動員戡亂時期臨時修款案，竟通過「動員戡亂時期，總統副總統得連選連任，不受憲法第四十七條連任一次之限制」。一九六Ｏ年三月十一日，蔣介石公佈了這一條款，十天以後（三月二十一日），他就憑這一條款再幹上第三任「總統」，以後如法炮製，至死方休了。
在蔣介石一連二十五年的非法總統過程裡，一九六Ｏ年的一次，是個重要關口，因為這次違憲，比復職那次違憲還明確，照台灣「憲法」第四十七條規定，根本沒有第三任，白紙黑字，清清楚楚，包括胡適、張君勱等海內外有識之士，十目所視、十指所指，都不贊成蔣介石再連任，所以蔣介石悍然違憲，必須要費一陣手腳。蔣介石在頭一年（一九五九年）召見錢穆，問以「此次選舉，汝是否有反對我連任之意」，就是全盤手腳中的一個小動作。錢穆在蔣介石追問下，挺不起腰桿，否認此事。蔣介石「隨即起身向書架取書」，要用書證明錢穆的否認不可靠。錢穆當時即連忙說：「總統勿再檢此書，應是我民國三十九年初到香港時所寫向政府進忠告，並非為選舉總統事而發。」當年錢穆的文章題為《反攻大陸聲中向國民政府進一忠告》，登在一九五Ｏ年四月二十日香港《民主評論》第一卷第二十期。統觀全文，錢穆談到的，縱全做反對連任解，也不過希望蔣介石功成身退而已。但是蔣氏猜忌之心，居然會在近十年後突然迂迴而至，來興問罪之師。當然，錢穆對蔣介石功成身退的希望，原是一種馬屁，第一次假定在抗戰勝利後，第二次假定在反攻大陸後，後者尤屬一種天方夜譚。但是，縱屬假定，蔣介石也是不高興的，他的素性是大權在握、至死方休的，你叫他「適可而止，急流勇退」，他就會給你顏色看。所以，一九五九年九月召見那一次，錢穆雖以遜謝之態，一再解釋，但蔣介石「屢頷首，不做一辭」。最後，雖「已屆午刻」，卻連一頓飯都不賞錢穆吃。這種小動作，看破以後，都是有文章的。
蔣介石撤退到台灣，不能說不痛定思痛，然而他的「痛定」是並非民主不夠，而是獨裁不足，張群先意承旨，早於一九五一年一月十六日在總統府大禮堂召開的行政院設計委員會上，公然指出憲法必須修改，陳誠還補充說，「當年結束訓政與制訂現行憲法因受黨外影響」，回到大陸後可研究仍採用訓政。最後決定「權在總裁」，做最後的決策（見蕭同茲未刊日記），日後一再違憲連任也就不足為奇了。
一九六六年十一月十二日，蔣介石發表了《中山樓中華文化堂落成紀念文》（收入《先總統蔣公全集》第三冊），大唱發揚中華文化的高調，國民黨人群起附和，稱之為「中華文化復興運動」，此一運動是否復興了中華文化呢？
事實上，文化其名，政治動機與目標其實。從此一運動發生的時間就可以知道，那是針對毛澤東在大陸上發動的「無產階級文化大革命」而來的。毛要革文化的命，蔣就要復興文化給毛看，基本心態就是如此。只是孤島上的草山老人，力不從心，隔岸觀火，杯水車薪而已。
蔣介石倡導的「文化復興」，其政治性是十分明顯的。他本人就毫不隱飾地把中華文化與三民主義掛鉤，把孫中山與中華一貫的道統文化掛鉤，更侈言：「今日復興基地之台灣省，實為彙集我中華文物精華惟一之寶庫。」（《先總統蔣公全集》第三冊，頁四二三Ｏ）在蔣介石的政治號召下，全台灣各界人士熱烈響應，於一九六七年七月二十八日，在陽明山成立中華文化復興運動推行委員會，通過推行綱領與組織章程，並請蔣介石為會長。一呼百諾，又略見法西斯的臭味矣。
中華文化並沒有在文化沙漠中復興起來，由於復古意味較重，也不可能復興起來，更與現代化運動有礙而少益，倒是可以勉強稱之為反毛反共運動，或重振三民主義運動。蔣介石希望這是一個長期持續的運動，但是像當年的「新生活運動」一樣，曇花一現，無疾而終。如今蔣氏王朝終結之後，連三民主義都要被取消了、連中國文人都要被視為外國文化了，文化復興運動之無根，可見一斑。
總之，在政治高壓下、思想冰河裡、文化沙漠上，蔣介石為所欲為，死而後已，無人可以阻攔。在父親的蔭庇下，蔣經國一再高昇，由主任而後部長、部長而後院長、院長而後總統，似乎是水到渠成，實際上莫不是刻意的安排。