蔣介石失去大陸，在美國的反共右派分子鼓噪下，杜魯門也替蔣背上「失去中國」的黑鍋。但杜魯門是不服氣的，當毛澤東宣佈建國之後，他於一九五Ｏ年一月四日白宮記者招待會上，明確宣佈不再介入中國內戰，不再給在台灣的蔣介石任何軍援，甚至將自台灣撤僑，顯然是要放棄蔣介石了。
事實上，根據美國的情報與判斷，在中共即將展開的龐大攻勢，台灣是無法保得住的。美國雖不願見台灣赤化，但是大勢已去，無可奈何花落去，至少杜魯門政府已準備接受無可逆轉的事實，承認新中國也勢所必至。蔣介石對此心知肚明，他有一封五月二十八日給胡適的信（親筆函藏胡適紀念館），從內容看應是一九五Ｏ年，他最關切的不是美國物資援助，而是希望美國不要承認中共，希望胡適與顧維鈞「大使」在這一方面努力。可見此刻連蔣介石都怕美國會承認中華人民共和國了。
……二戰後，朝鮮自日本獨立，由美、蘇兩霸權以三十八度線分割南北韓，猶如漢界楚河，金日成的越界立即使老美認為是共產勢力的南進，認為金日成不過是「唐老鴨」，斯大林才是迪斯尼（ＷａｌｔｅｒＤｉｓｎｅｙ）。杜魯門不僅斷然出兵，而且為了阻止共產主義在亞洲的擴張，派第七艦隊巡邏台灣海峽。這一下子，老美又介入中國內戰了，激怒中共抗美，抗美之不足，接著援朝，最後在朝鮮半島上大打特打起來，北京與華府成為死敵，關係惡化二十年之久，更不能談承認的問題了。
此一轉機是蔣介石事前不曾料到的，誠如他的駐韓「大使」邵毓麟所說：「我們面臨的中共軍事威脅，以及友邦美國遺棄我，與承認匪偽的外交危機，已因韓戰爆發而局勢大變，露出一線轉機。」（《使韓回憶錄》），司徒雷登在回憶錄裡的言外之意，亦認為若非朝鮮戰爭爆發，美國勢必要承認中華人民共和國。（Ｓｔａｕｒｔ，FiFｔｙＹｅａｒｓｉｎＣｈｉｎａ，Ｐ．２７３—２７５）不過，在一線轉機真正到來之前，尚有一番驚險。當彭德懷統率的中國志願軍逼使美軍倉皇南撤，使美軍遭遇到「史無前例」的慘敗時，聯合國曾有請中共停戰，然後把台澎交給中共的提議，但毛澤東不肯於和議開始之前停戰，最後攻勢受阻，形成拉鋸戰，不分上下，自然不會再把台灣送上門去，蔣介石在台灣才真正有了「安全保障」。
不過，蔣介石並不以受到美國的保護而滿足，更希望美國捲入反共的世界大戰，以幫助他反攻大陸，復國雪恥。所以朝鮮戰爭一爆發，他就表示可派出三個精銳師參戰，以便參與反共戰爭。蔣願意出兵，不惜犧牲，而別人居然不要。幫南韓作戰的聯軍主要是美軍，但也有一些別國軍隊，如英國已承認中共，當然不肯與蔣介石的軍隊並肩作戰。不過，最主要的是杜魯門根本不予考慮。當問起他是否仔細考慮過蔣介石派兵朝鮮的問題，杜說：
仔細個屁。他的軍隊會有什麼用？那些軍隊從來不曾能夠他媽的打好仗。我們給他價值三億五千萬的軍備，結果他的五百萬人向北平與南京之間的三十萬共軍投降。然後共軍用這些裝備把蔣介石及其徒眾趕出中國。我告訴你，「他從來就不像個樣子」。（Ｈｅｎｅｖｅｒｗａｓａｎｙｄａｍｎｇｏｏｄ．）（Ｍｉｌｌｅｒ.ＰｌａｉｎＳｐｅａｋｉｎｇ.Ｐ．２８２—２８３）
可見朝鮮戰爭爆發之後，杜魯門對華政策雖有所改變，但對蔣之鄙夷不屑卻依然如故。美國軍方派麥克阿瑟到台灣告訴蔣，用他的軍隊「不適合」。這位高傲自大的麥帥應該把這一消息帶到，然而在蔣面前真正說了些什麼，只有他們二人與上帝知道。麥離台後，蔣的發言人卻說蔣麥二氏意見完全一致。這個一致，顯然是麥帥雖也不要蔣出兵朝鮮，卻鼓勵蔣反攻大陸。這是有違杜魯門的政策的，所以杜魯門特別派哈里曼（ＡｖｅｒｅｌｌＨａｒｄｍａｎ）去東京找麥克阿瑟談，告誡蔣有以台灣為跳板反攻大陸的渴望。麥說並無意讓蔣把美國拖入國共內戰，更重申服從總統命令乃軍人的天職，但不久麥又聲言說要鼓勵蔣介石。杜命令麥撤銷聲明，但聲明已經傳播。等到中共跨過鴨綠江，右派政客公開支持麥克阿瑟鼓勵蔣反攻的論調，麥也一再擅作主張要求動用蔣軍，還要轟炸東北，擴大戰爭。（參閱Ｍｉｌｌｅｒ，ＰｌａｉｎＳｐｅａｋｉｎｇ，Cｈ．２４）不過，蔣介石所盼望的第三次世界大戰，正是杜魯門極力要避免的，遂不顧任何政治後果，炒了麥克阿瑟的魷魚。
一九五二年的美國大選，艾森豪威爾（ＤｗｉｇｈｔＥｉｓｅｎｈｏｗｅr）將軍當選總統，使反共的共和黨東山再起，新總統於一九五三年二月的國會咨文中，說明不再限制蔣介石對中國大陸的軍事活動，而艾森豪威爾的國務卿杜勒斯（ＪｏｈｎＦ．Ｄｕｌｌｅｓ）更是冷戰時期的反共健將，對反共的蔣介石特具好感，獨裁不獨裁、民主不民主，也就無所謂了。此一發展卒有一九五四年底的《中美共同防禦條約》，為蔣介石提供軍事上的保護傘，同時也拴住蔣，不准他隨便反攻大陸，把美國捲入。（參閱Ｋｉｒｋｅｎｄａｌｌ，ＡＧｌｏｂａｌＰｏｗｅｒ，Ｐ．１０４）總之，老美又來幫蔣介石的忙了，到六十年代為止，又提供了四十餘億美援；到七十年代底為止，一貫承認蔣「政府」為「惟一合法的中國政府」。蔣介石在台灣終於安定了下來，在全球冷戰對抗的夾縫裡安定了下來，享受他一生中少有的長期安定。
安定固然，但並不安分。他知道老美最氣他用人惟私，認為是失去大陸的主要原因之一。所以撤退到台灣之後，為了贏得老美的青睞，一方面把老美不喜歡的ＣＣ頭子陳立夫充了軍，我們從司徒雷登拍給國務院的電文可知，他一再向蔣建議陳立夫離華赴美考察政黨政治，並曾要求「解散ＣＣ派」（ｄｉｓｓｏｌｕｔｉｏｎｏｆｔｈｅｃｃｃｌｉｑｕｅ）（見Ｒｅａ＆Ｂｒｅｗｅｒｅｄ．，ｔｈｅＦｏｒｇｏｔｔｅｎＡｍｂａｓｓａｄｏｒ，Ｐ．１３１，１３７，２８８），另一方面起用了吳國楨當省主席，孫立人當陸軍總司令，以示用人惟才、惟公，並表示民主開明。就是由老美自己來選任此文武兩要職，亦非吳、孫二人莫屬。但是老美幫定蔣之後，吳、孫二人原對外作用已小，而對內的問題立即浮上檯面。民主開明、有才有能並不有利於權力的掌握，更重要的是，如果這一文一武建立了聲望與權勢，即使動搖不了他自己的地位，必將成為兒子經國走向權力之路的攔路虎。處置吳、孫，於艾森豪威爾上台後即已開始醞釀，豈偶然哉。知道事件的根源，有助於明白事件的表象。
吳國楨是湖北佬，生於一九Ｏ三年，清華出身，一九二六年獲得美國普林斯頓大學政治系博士，翌年回國做官。抗戰勝利後出任上海特別市市長，當大陸局勢逆轉，逃難到台灣的國民黨大員不知凡幾，而吳國楨官運仍然亨通，當上了「行政院」「政務委員」兼台灣省「主席」，顯因合乎老美的論才標準。但是這一任省「主席」干下來，卻跟國民黨黨中央結了樑子，最後終以辭職聞。在他辭職前，一會兒請病假、一會兒遞辭呈，已經暗潮洶湧，這一暗潮內幕，我們至今不清楚，大概政見之爭者少，權力鬥爭者多。
吳國楨雖然丟掉了「省主席」，但是一官匏系，仍舊保留了「政務委員」。他不想幹，前後五次請辭，可是都不為蔣介石所准，顯因剩餘價值未失，他也就不再堅持，只是願到美國一行。因為只是不快，並沒鬧僵，他的美國之行就被批准了。吳國楨帶著老婆去美國後，一開始尚沒說什麼，不料台北這方面發生了「總統府秘書長」王世傑「矇混舞弊，不盡職守」案，王世傑被撤職，有貪污之說，牽連到吳國楨。吳國楨正在美國坐冷板凳，愈坐愈不是滋味，心有未甘，乃寫好啟事稿，寄到台北各報闢謠。台北各報不敢登，送呈中央黨部秘書長張其昀；張其昀也不敢登，送呈蔣介石；蔣介石看了，說不必登了。吳國楨再由他在台北的父親出面，再送稿到台北各報，請求刊登，各報一律拒登，吳國楨火了，在美國亮了一手，逼蔣介石登，蔣介石無奈，勉強登在一九五四年二月七日《中央日報》上。啟事是一月十五日的日期，可是拖了二十三天才登出，蔣介石以為可息事寧人，但太遲了，吳國楨已在二月七日同一天，發表了指摘國民黨的話，十六日又繼之以再。不過這種批評，尚稱空洞，如「不民主」、「過於專權」，以及「若干人士竟認為與共產主義作戰，必須採用共產主義的方法」等等，說來說去，尚不落實證，不料國民黨中ＣＣ派要做秀，也為了不甘讓吳國楨這樣神氣的闢謠，乃決定予以制裁，方式是由吳國楨在南開的老同學「立法院院長」張道藩出面，在「立法院」開刀。二月二十六日，張道藩以「立法委員」身份提出質詢，二十七日即見報。可是吳國楨厲害，當天就加以反擊，二十七日有芝加哥合眾社電及二十八日有紐約中央社電。同一天，吳國楨又擴大戰場，發出致國民代表大會函一件，其中指責蔣政府之「一黨專政」、「軍隊黨化」、「特務橫行」、「人權無保障」、「言論不自由」、「思想控制」等等，並建議「國民大會」查明國民黨經費來源、取消軍中黨組織、限制特務機關權力、追究抑制言論自由的責任、撤銷青年救國團等等，無不針對蔣氏父子而來。這封信，經「國民大會」秘書處根據主席團決議，在三月十日分發給每位國大代表，全信語氣，顯而易見已經不若《吳國楨啟事》那樣客氣了。
吳國楨發出這封信後，台北的國民黨還不知厲害，張道藩在三月四日召開記者招待會，大揭吳國楨瘡疤，可是效果適得其反。《自由中國》第十卷第六期有朱啟葆《吳國楨事件發展中的平議》，評論張道藩之笨，可是，張道藩之笨，是國民黨之笨，國民黨之笨，是蔣介石之笨，是一笨不可收拾的。蔣介石在吳國楨的反擊下，像是日正當中走在馬路中間的一隻鴨子，頭昏腦漲，笨態百出。最後發現張道藩式政客不足以御奸，於是祭出曲學阿世的知識分子來，大家來做秀，這就是所謂大學教授聯名駁斥吳國楨事件。聯名是三月十七日見報的，首先是國立台灣大學毛子水、沈剛伯等七十五名教授出場。接著是師範大學（當時叫「台灣省立師範學院」）黃君璧、郭廷以等五十九名教授出場。蔣介石統治下知識分子的沒有個性，在這兩封聯名文件裡，已經昭然若揭。知識分子們不知拉自己的野屎，反倒忙著給國民黨擦屁股，口口聲聲替國民黨回護，還懷疑吳國楨的品格。大學教授們怪吳國楨在台灣不講話，在美國才講話，但是照國民黨的體制，吳國楨能講話嗎？敢講話嗎？自己做不到的事，又何能苛責於吳國楨？至於所謂台灣言論自由「都可暢所欲言」、有「集會結社自由」，以及為政工制度、救國團制度回護等話，自然都是曲學阿世之筆，高等知識分子如此護航，所得結果，只是另一場笨戲而已。
在三月十七日的同一天，蔣介石頒布命令如下：
據行政院呈，「本院政務委員吳國楨於去年五月借病請假美赴，托故不歸，自本年二月以來，竟連續散播荒誕言論，多方詆毀政府，企圖淆亂國際視聽，破壞反攻復國大計，擬請予以撤職處分。另據各方報告，該員前在台灣省政府主席任內多有違法與瀆職之處，自應一併依法查明究辦。請鑒核明令示遵」等情。查該吳國楨歷任政府高職官史，負重要要責者二十餘年，乃出國甫及數月即背叛國家誣蔑政府，妄圖分化國軍，離間人民與政府及僑胞與祖國之關係，居心叵測，罪跡顯著，應即將所任行政院政務委員一職，予以撤免，以振綱紀。至所報該吳國楨前在台灣省政府主席任內，違法與瀆職情事，並應依法徹查究辦。此令。
在老頭子說話的同一天，國民大會通過臨時動議「請政府撤職查辦吳國楨案」，第二天國民黨《中央日報》說：「該案系一審查委員會提出之審查報告所列三件提案合併討論之結果。三件提案是：一、章慎言等二十一人提：吳國楨身為現任官吏，在美竟公然發表荒謬言論，詆毀政府，跡近叛國，應予嚴厲制裁案。二、方念諧等三十四人提：建議政府對誣蔑政府之現任政務委員吳國楨，立予撤職查辦以振綱紀案。三、向大蕃等三十二人提：行政院政務委員吳國楨詆毀政府，有損國譽，影響反攻復國前途。至深且巨，建議政府將該員迅即吊銷護照，勒令回國依法處辦，如違即予明令撤職通緝歸案，以維國紀而正官常案。經第一審查委員會就上述三案合併審查，提出審查意見三點：一、查吳國楨系借口政見不同，在國外散播流言，掩飾其在台灣省政府主席任內之種種不法行為，送請政府明令撤免其政務委員職務。二、請政府徹查吳國楨在台灣省政府主席任內之各種不法行為，依法究辦。三、請政府飭令吳國楨迅即回國聽候查辦。昨晨會中，討論該案時，經全場代表一致無異議通過。」四月一日，國民黨「對外秘密，列入交代」的《中央》半月刊上，已登出中央委員會黨紀處分代電，全文是：
各級黨部：查黨員吳國楨在美發表荒謬言論，肆意詆毀本黨及政府，違反黨紀，經中央決議：「吳國楨開除黨籍，並交從政主管同志依法查辦。」除分電外，即希一體知照，為要。中央委員會紀印。
儘管蔣介石在台灣聲討吳國楨，撤職他、徹查他、究辦他、開除他，並要他「你給我回來」，可是吳國楨哪裡在乎，他在三天後（三月二十日），又發信給國民黨中央社紐約分社，原信如下：
敬啟者：
查日來貴社在台灣及海外各處，散播台灣方面有組織的對楨之惡意宣傳，茲謹將楨於本日上蔣總統函一件，抄送貴社，即請貴社轉送總社及各分社，各辦事處照樣發表。如貴社不允照辦，則當依法控訴，要求賠償名譽損失二百萬元美金（以華僑一千三百萬及台灣八百五十萬人計，本應超過此數，姑從寬以二百萬元計算）。楨得此款後，除訴訟必需費用外，餘款四分之三將歸還美國政府，其餘四分之一則捐由在美僑胞，共同組織基金保管委員會，作為救濟流亡中國知識青年之用，楨絕不取分文。此函並限於本月二十五日以前答覆。否則即進行法律手續，此致
中央社紐約辦事處（「中華民國」駐紐約「總領事館」轉交）
吳國楨啟三月二十日
吳國楨這種一個人對一個集團的大纏鬥，就這樣一波又一波的展開著。最後，吳國楨拿出撒手鑭，他說你們逼我，我可真要舉出實證來了。於是，他亮了一手，公佈了一點國民黨黨中央要他作惡的手跡與密件，像一顆原子彈似的，從天空上丟了下來。這下子蔣介石寒了，知道婁子給捅大了。原來吳國楨手裡藏有秘密武器。吳國楨是惹不起的。於是台北方面一聲令下，全部撻伐一夕停止，宋美齡秘密趕赴美國見吳國楨，費盡了口舌，才擺平了吳國楨事件。最後，吳國楨的兒子也被准許離開台灣了。
蔣介石整不了吳國楨，無奈之餘，只好央胡適出面，跟吳國楨做另一層次的論辯。於是吳國楨和胡適在美國打開了筆仗。八月三日，胡適給吳國楨信，頗多曲學阿世之筆，其中為蔣介石做打手的痕跡已極明顯。以胡適的職位，他從何看得到「二百六十九件判決書」？又從何看得到吳國楨的「親筆簽名」？這當然是國民黨提供材料的。以胡適對國民黨組織的瞭解，他當然知道吳國楨對安全系統的力量是有限的、是掛名的、是畫行的，當時「台灣省政府主席」兼「台灣保安司令部司令」，只是名為「司令」，實權絕不在「主席」手中，胡適明明知道，又何能苛責於吳國楨？說吳國楨是「一個道義的懦夫」。這對吳國楨是不公平的，因為跟蔣介石走的、做官的，又有哪一個不是「道義的懦夫」？不是這種「懦夫」，又何來高官可做？胡適如此倒因為果，殷海光就責問過胡適，說吳國楨說的，都是真話，都是我們想說的話，為什麼胡先生要如此為國民黨護航？殷海光說，胡適晚年變成一個大鄉願，至少在吳國楨事件上，胡適真的是鄉願。
吳國楨是高級知識分子，跟著蔣介石下面做官，進入國民黨權力核心，扶同為惡，同流合污，壞事自然有份。當他已經不在其位後，開始窩裡反，反得實在有心機，我們可以視他有「贖罪」心態。蔣介石及其國民黨低估了窩裡反的人對它的傷害。吳國楨雖未被打倒，但形同放逐，蔣介石多少還是有點收穫，為兒子經國除去了一個心腹之患。
吳國楨事件發生之後，緊接著的是孫立人事件。孫將軍是國民黨集團中最傑出的將領，學歷之深，無人可及；練兵之精，無人可及；戰功之高，無人可及；身上彈孔之多，無人可及；國際性聲譽之隆，也無人可及。他從小感受到外侮，立志要雪恥，清華、普渡兩名校畢業之後，投筆從戎。自美國弗吉尼亞軍校學成，回國後南征北討，脫穎而出，但受制於蔣介石的嫡系，一再被黃埔軍頭排擠。蔣介石落魄到台灣之後，為爭取美援，打出孫立人牌，然而當鳥盡弓藏之時，便以冤案軟禁孫立人。
能夠洞悉蔣介石性格的人，便知孫案伏機極早，早到孫立人的出身。孫既非黃埔又比黃埔傑出，已注定了他被排擠、被嫉妒的「原罪」。再加上他的國際聲望，贏得美國名將史迪威、艾森豪威爾、巴頓、麥克阿瑟等的禮遇與敬重，更令忌才多疑的蔣介石不安與猜忌。一旦情況稍穩，就把良將拉下馬來。拉下馬要靠罪名，於是冤案出矣。
孫立人軍事素養深厚，技高一籌，印緬作戰，出奇兵、打硬仗，反攻緬北時，得「東方隆美爾」的美譽，獲英國皇家獎章，成為世界級的名將，戰後被邀赴歐洲戰場巡視，蔣介石麾下無人可望項背。國共內戰，孫立人在東北打得順利，忽遭黃埔排擠，最後被送到台灣訓練新兵，讓黃埔軍頭去立功，孰知立功不成，反而慘敗，紛紛撤退來台。孫立人在台內有新兵，外有美國支持，「要槍給槍、要錢給錢」，一如韓信，他有「反」的大好機會，而由於忠於蔣介石之一念而不「反」，忠於上級，也如韓信。孫立人「戴震主之威，挾不賞之功」，令上級不安，也如韓信；他「時至不行，反受其殃」，弄得「人有上書告楚王信反」、「人告公反」，也如韓信。至於看不起其他將軍，韓信「生乃與?眼樊?演噲等為伍」，孫立人「生乃與黃埔系軍頭等為伍」，更是一如韓信了。所不同的是，韓信的下場是身首異處、家夷三族；孫立人只是身囚台中、冤氣難伸，家屬奉陪，賣「將軍花」維生而已。
一九九四年二月台北《新新聞》週刊第三六一、三六二合刊本，以醒目的標題，長篇報道所謂「孫立人案的大發現」、「ＣＩＡ機密檔案驚人揭露」、「獨家報道美國中情局最新解密檔案」，認為「在美政客、將領鼓吹下，孫立人答應與美發動兵變」云云，好像是落實了孫立人的兵變。其實，所謂「最新解密檔案」，美國學者早已利用了；所謂「獨家報道」的主要論述，實自一九九Ｏ年普林斯頓大學出版的康明思（ＢｒｕｃｅＣｕｍｉｎｇｓ）著《韓戰的起源》（Ｃｕｍｉｎｇｓ，ＴｈｅＯｒｉｇｉｎｓｏｆｔｈｅＫｏｒｅａｎＷａｒ）一書下卷，有關孫立人部分抄譯而來。這些解密的檔案不過顯示美方單方面的意願，臘斯克有一度想驅蔣之後，把台灣置於麥帥控制之下（見Ｓｃｈａｌｌｅｒ，ＤｏｕｇｌａｓＭａｃＡｒｔｈｕｒＰ．１７９）遲至一九五Ｏ年六月十九日，美國國務院的文件猶謂：
美國應該經由最可信賴的私人密使告訴孫立人，假如他願意搞政變以便置台島於其軍事控制之下，美國政府準備為他提供必需的軍事援助與意見。（譯自Ｃｕｍｉｎｇｓ，ＴｈｅＯｒｉｇｉｎsｏｆｔｈｅＫｏｒｅａｎＷａｒ，Ｐ．５０８）
朝鮮戰爭於六月二十五日爆發，朝鮮戰爭一爆發美國已轉而又支持蔣介石，至戰爭發生前夕的六月十九日，美方仍在單方面示意、仍用假設語氣，並無孫立人正面回應的跡象。孫立人之所以一再被美方一廂情願地看中，誠如康明思所說，「由於孫曾在弗吉尼亞軍校受訓以及能說一口流利的英語」（Ｃｕｍｉｎｇｓ，ＴｈｅＯｒｉｇｉｎｓｏｆｔｈｅＫｏｒｅａｎＷａｒ，Vｏｌ．２．Ｐ．５３４）之故，當年美國駐台北「代辦」斯特朗（ＲｏｂｅｒｔＳｔｒｏｎｇ）曾告訴康明思，前美駐台北領事克倫茨（ＫｅｎｎｅｔｈＫｒｅｎｔｚ）於一九四九年年底與孫立人接觸並告訴他，假如同意控制「國民政府」，美方將全力支持他，但是「孫斷然拒絕如此做」（Ｓｕｎｆｌａｔｅｌｙｒｅｆｕｓｅｄｔｏｄｏｓｏ．）。（見同書，頁五三四，參閱頁八七二，注八十五）其他檔案資料中所謂孫立人的「正面反應」，不過是「據報」、「傳聞」或「假設性方案」之類，惟一較為具體的所謂證據是根據臘斯克（DeanRusk）的回憶：
一九五Ｏ年六月初，臘斯克收到一封秘密又親自交來的台灣衛戍司令孫立人將軍所寫的便箋……孫有一驚人的建議：他將要領導兵變逐蔣。此一兵變的含義不明，但孫要求美國的支持，至少默認。假如孫取得權力，他將中止政府中的貪污，亦會比蔣介石之對付共產黨更具彈性。此事需要總統來決定。臘斯克銷毀了孫氏便箋以防止可能的洩密，因知若蔣發現，孫會被處死。然後他去見艾奇遜，艾答應與杜魯門商談此事。然而當總統做出決定之前，北朝鮮進攻南韓。此一變局很可能挽救了蔣政權，因為此後蔣介石獲得美國進一步的支持。（見Ｓｃｈｏｅｎｂａｕｍ.ＷａｇｉｎｇPｅａｃｅａｎｄＷａｒ.Ｐ．２０９）
這一段話破綻纍纍，且不論孫立人既有人傳話（第七艦隊司令柯克上將），竟然會寫一便箋留下痕跡與把柄，已不可思議。臘斯克既謂此事由總統決定，竟然不讓總統杜魯門以及國務卿艾奇遜看秘箋，就逕自銷毀，更不可思議。試想陰謀密件有幾件不涉及人命，如果孫立人不怕死留下把柄，臘斯克又何愛乎孫將軍之一命？亦有違常情。再說臘斯克於六月初得孫秘箋，而國務院文件顯示遲至六月十九日，尚在試圖告訴孫立人美方意圖，試探孫立人是否願意，正可破臘斯克之讕言。美方看中孫立人及其示意既可確定，而臘斯克反謂孫有求於美方，豈其然哉？美方倒蔣意圖甚明，又一再向孫示意，即使由孫說出，亦不至於令臘斯克感到「吃驚」（ｓｔａｒｔｌｉｎｇ），已露馬腳。康明思到底是一有見識的學者，立即懷疑「臘斯克有嫁禍於孫之意圖」（ＲｕｓｋｍａｙｗｉｓｈｔｏｐｌａｃｅｔｈｅｏｎｕｓｆｏｒｔｈｅＣｏｕｑｏｎＳｕｎ）（見Ｃｕｍｉｎｇｓ.ＴｈｅＯｒｉｇｉｎｓｏｆｔｈｅＫｏｒｅａｎＷａｒ.Ｐ．５３７），以卸華府的責任。然而仍有一些學者繼續馳騁想像，以事出有因，遽下論斷，甚至說，孫立人已著手兵變，蔣介石調劉安琪自海南島回師制止。當蔣責問孫，孫謂乃中共挑撥，蔣接受之，而孫遂放棄其計劃云云（ＭｃＧｌｏｔｈｌｅｎ.ＣｏｎｔｒｏｌｌｉｎｇｔｈｅＷａｎｅｓ，Ｐ．１０５），何異信口開河？《新新聞》週刊雖也注意到康明思的懷疑，卻仍然肯定確有此一秘箋，順流而下還要妄改臘斯克收到秘箋的時間為六月下旬而非六月初（見該刊，頁二十九、三十），還要侈言「以本刊抽絲剝繭、爬梳核實，終於發掘到歷史真相，撥開長達四十年的政治迷霧」。（同上，頁十八）剝了什麼繭？爬了什麼梳？檔案雖然解密，竟不會解讀，孫立人何辜。
其實，蔣介石未撤退到台灣之前，美國早已想放棄他，認為再多給美援亦無濟於事，所以一再要求他讓賢，或完全授權給有能力的人。美國人當面向蔣一再提及這些，並不是什麼秘密。蔣介石第三次下野固然由於徐蚌失利，美國的壓力也是主要原因。美國人看上孫立人亦非秘密，事實上無論就軍事素養、能力以及戰功而言，國民黨將領中實無出其右者，並非僅僅是曾經留美之故。真正的歷史真相是，孫立人雖然滿腹牢騷，瞧不起黃埔，不把蔣經國放在眼裡，但因一念之差仍然效忠蔣介石。孫於一九四九年至一九五Ｏ年間有足夠的時間與條件聯美倒蔣，更何況李宗仁也想除蔣。蔣當時雖幕後操縱，畢竟是下了野，失去了名分，既有美國的全力支持，裡應外合，於蔣亡命之際倒之，實易如反掌。蕭公權教授曾說過，他於一九四九年秋天離台赴美前，因與孫立人乃清華舊友，過從甚密，孫於週末照例派吉普車來接，無話不談。談到牢騷處，蕭戲說若有決心，願草檄文，而孫終無決心，更無意倒蔣，故蕭氏謂「孫將軍有勇無謀」，無謀者，沒有政治野心之謂也，亦可為孫未嘗對美方有所謂正面回應的旁證。
孫立人於一九四九年至一九五Ｏ年代可倒蔣而不願倒蔣，蔣於一九五五年孫無以倒蔣時，竟以莫須有之罪名指孫欲以兵變倒蔣，實欲藉故除孫耳，可謂狠者勝、善者冤也。
從歷史定位看，孫立人案的種種冤情，確如岳飛案。岳飛案的成立關鍵是憑「眾證結案，而武穆竟無服辭雲」。這就是說，全憑別人的旁證咬岳飛，並沒有岳飛自己承認的證據，孫立人也是「無服辭」，真是古今同調；岳飛案的罪名是「措置別做擘劃」，孫立人案中的罪名是「明告叛亂計劃」，也是古今同調；岳飛案中的罪名是「指斥乘輿」，孫立人案中的罪名是「辱罵元首」，也是古今同調。岳飛案中的元兇趙構殺岳飛以免直搗黃龍，迎回兩宮；孫案的元兇蔣介石囚禁孫立人以免妨礙太子接班，更是古今同調。最妙的，岳飛本人並沒「依軍法施行」，而是以「詔獄」「特賜死」；孫立人本人也沒「依軍法施行」，而是「另案辦理」，以手令特賜在家軟禁，也是古今同調。岳飛手下的張憲、岳雲等都「依軍法施行」；孫立人手下的郭廷亮、江雲錦等也都受軍法審判，也是古今同調。所不同的是，岳飛案中有罪犯「送二千里外州軍編管」；台灣太小了，只好送幾百里外綠島編管了。汪榮祖有詩為證：
暮年不復舊英姿，
一死余哀感此時。
本意沙場爭愛國，
豈知衙內每徇私。
傷黃泣李枉囚雪（黃氏姊妹與李鴻），
摧骨胸午夜悲（聞孫將軍被囚禁後，中夜醒來搥胸悲鳴）。
難望趙秦平冤曲，
如聞怒髮衝冠詞。
二
秉鉞專征追馬班，
江南浴血氣如山。
傷痕纍纍終無悔，
禁網深深久困閒。
百戰功高罕有失，
揚威域外竟成患。
天人共鑒還清白，
又燭東窗構檜奸。
我們不難發現，真正製造冤案的，不是別人，而是蔣介石、蔣經國父子，原因是孫立人反對政工制度，與太子為難。世人罵秦檜而不罵宋高宗趙構，是錯誤的。——沒有宋高宗的「旨意」和「苦心」，秦檜扳得倒岳飛嗎？真正製造風波亭冤獄的，乃是「領袖」父子自己。可悲的是，岳飛案是多少年前的歷史陳跡，可是孫立人案呢，卻是活生生的現代版，並且還有增訂版。蔣氏父子的心術，實在超過宋高宗之上多多。因為宋高宗晚年，在讓位給兒子宋孝宗後一個月，就由兒子承旨下詔，把岳飛「追復原官，以禮改葬，訪求其後，特予錄用」，表示對岳飛的抱歉。可是蔣氏父子呢？在他們有生之年，不但使孫立人一冤到底，甚至在他們死後，未亡人們也照本宣科，不肯平反。
蔣介石敗退到台灣，似應痛定思痛，不再ＣＣ、不再黃埔了，國民黨也要改造了。一時之間，文有吳國楨，武有孫立人，結果仍然是權宜之計。曾幾何時，這一對文武，放逐的放逐、囚禁的囚禁，而蔣政權更加「私」了，私到兒子身上去了。吳國楨說老蔣「愛權甚於愛國，愛子甚於愛民」，可稱一針見血之見。其實知蔣甚稔的司徒雷登，在回憶錄裡亦曾指出，對蔣而言，要區分他個人以及他本國的利益，並不容易（Ｓｔａｕｒｔ，ＦｉｆｔｙＹｅａｒｓｉｎＣｈｉｎａ，Ｐ.２７６），也就是說公私根本不分。蔣介石自稱革命一生，到頭來在小島上建立小朝廷，傳子接代，套一句殷海光的口頭禪：「這教人從何說起呢？」