2001年5月19日，第一家蘋果零售店在弗吉尼亞州的高端購物中心泰森角（Tyson-sComer）開業了。亮白色的櫃檯、淺色的木地板，店內還懸掛著一張印有「非同凡想」的巨幅海報，上面是約翰·列儂和小野洋子躺在床上。那些懷疑論者估計錯了。當初，捷威計算機商店每週的客流量只有250人左右。截至2004年，蘋果零售店每週的客流量已經達到了5400人。在這一年，蘋果零售店的收入達到12億美元，並因為突破10億美元量級而創下了零售業的新紀錄。每家零售店的銷量每隔4分鐘就會由埃利森的軟件匯總成電子錶格，快速地生成關干如何整合製造、供應和銷售渠道的信息。
隨著零售店越來越受歡迎，喬布斯便開始涉入方方面面。李·克勞回憶道：「零售店剛開業時，在一次營銷會議上，喬布斯讓我們花半個小時的時間決定店內廁所的標誌該使用哪一種灰色。」波林-賽溫斯基-傑克遜建築事務所（BohlinCywinskiJackson）為店面提供設計方案，但是主要方面還是由喬布斯作決定。
喬布斯尤其關注樓梯的設計，蘋果零售店的樓梯和他以前為NeXT辦公樓設計的樓梯如出一轍。他每去一個正在興建的店舖時，都會對樓梯的設計提出改進建議。為他設計的樓梯遞交的兩項專利申請書上都把他作為主要發明者：一個專利是採用了透明玻璃踏板和玻璃混合金屬鈦的支架；一個專利是採用含有多層玻璃壓制而成的整塊承重玻璃系統。
1985年，在被蘋果驅逐之後，喬布斯去了意大利，佛羅倫薩人行道上的灰藍色石頭給他留下了深刻印象。2002年喬布斯得出一個結論：淺色的木地板有些平庸——你很難想像這種擔憂會困擾史蒂夫·鮑爾默這樣的人——就決定改用那種石頭做地面。一些同事建議他用混凝土，成本是石頭的1/10，而且也可以模仿出石頭的顏色和紋路。但是喬布斯堅持必須用真正的石頭。灰藍色的錫耶納沙石有著清晰的紋理感，來自佛羅倫薩外圍費倫佐拉的一個家庭自營採石場——IlCasone。約翰遜說：「我們只從山上採集的石頭中挑選了3%，因為它們必須要有合適的顏色、紋路和純度。史蒂夫對石頭的顏色和完整性非常挑剔。」所以佛羅倫薩的設計師千挑萬選，再叫人把它們切成尺寸適當的石塊，並在每一個石塊上面做好標記，以確定哪一塊石頭和哪一塊相鄰。約翰遜說：「鋪在佛羅倫薩人行道上的石頭，一定能經受住時間的考驗。」
蘋果零售店的另一個特色就是「天才吧」（GeniusBar）。這是約翰遜和他的團隊用兩天外出靜思的時間想出來的。他讓每個人描述他們享受過的最好的服務。幾乎每個人都提到了在四季酒店和麗茲卡爾頓酒店的一些經歷。所以約翰遜派出了第一批共5名零售店經理去參加麗茲卡爾頓酒店的培訓項目，然後他們學到了一點，就是建立一個融禮賓服務台與吧檯特色於一體的服務設施。「如果我們在吧檯都配上些最聰明的Mac專家，你看怎麼樣？」約翰遜對喬布斯說，「我們可以叫它『天才吧』。」
喬布斯覺得這個點子太離譜了，而且還反對這個名字。他說：「你不能叫他們『天才』，他們是極客。他們沒有那種交際能力來貫徹天才吧的宗旨。」約翰遜也不知所措了。但是第二天，他碰巧遇到蘋果公司的法律總顧問，對方告訴他：「對了，史蒂夫剛才讓我去給『天才吧』這個名字註冊商標。」
蘋果位於曼哈頓第五大道上的零售店在2006年開業，這家新開張的店面把喬布斯的很多創意激情集結到了一起：立方體、標誌性的樓梯、玻璃，並且把簡約主義發揮到了極致。約翰遜說：「這是真正的『喬布斯店』。」每天營業24小時，全年無休，開業第一年的客流量就達到每週5萬人（還記得捷威的客流量嗎？——每週250人），這也證明了喬布斯選址在繁華地段的策略是正確的。喬布斯在2010年自豪地說：「這家店每平方英尺帶來的平均收入比世界上任何一家店都多，而且總收入也比紐約的任何一家店（包括薩克斯百貨和布魯明戴爾百貨）要多這是實實在在的美元，還不僅僅是每平方英尺的平均收入。」
喬布斯還把產品發佈會上的那種戲劇性的手法用到了零售店的開業典禮上。人們開始奔走於各個開業典禮，並且整夜在門外排隊，就是為了能成為首批進店的人。蓋瑞·艾倫（GaryAllen）為蘋果零售店的粉絲們開設了一個網站，他說：「在我14歲兒子的建議下，我在帕洛奧圖第一次熬夜排隊，這成了當時一項有趣的社會活動。我們熬過好幾次夜，還有5次在其他國家，我們還遇到了很多很棒的人。」
2011年，第一批蘋果零售店開業10年之後，全世界已經有317家蘋果零售店。最大的店在倫敦的科芬園，最高的店在東京的銀座。每家店每週的平均客流量是17600人，每家店的平均收入是3400萬美元，2010財年的淨銷售總額是98億美元。但是零售店的貢獻還不僅僅是這一點。零售店為蘋果公司貢獻的收入僅佔15%，但它們在製造話題和提高品牌認知度這些方面作出了間接的貢獻，提升了整個公司的業務。
2010年，即使在與癌症作鬥爭時，喬布斯也仍然在花時間設想未來的店舖規劃。一天下午，他向我展示了一張第五大道店的照片。他指著兩邊各18塊玻璃的外牆對我說：「這是當時流行的玻璃技術，但我們必須自己製造高壓玻璃脫泡機。」然後，他拿出一張圖紙，上面的18塊玻璃已經變成了4大塊巨大的玻璃。他說這是他下一步要做的。這是對美學與技術結合的又一次挑戰。他說：「用現在的技術，我們不得不讓這個立方體外形矮一英尺。但是我不想這樣做，所以我們必須在中國造一些新的玻璃脫泡機。」
羅恩·約翰遜對這個提議並不感興趣。他認為18塊玻璃比4塊玻璃要好看些。他說：「這家店舖的外觀比例剛好和通用汽車大樓的柱廊協調一致。它像一個珠寶盒那樣熠熠閃光。我認為如果玻璃的透明度太高，也會成為一個錯誤。」他為此和喬布斯爭辯，但沒有用。約翰遜還說：「一旦技術有了新突破，他就要利用起來。而且，對史蒂夫來說，『少』永遠意味著『多』，越簡單越好。所以,最好就是能用更少的元素搭建起一個玻璃屋，不但更加簡約，而且是站在技術的前沿。這就是史蒂夫最喜歡做的，無論是對於他的產品還是對於他的零售店。」