楊洪森雖不知英、日之間的協議，但是他知道中國被出賣了，在這個帝國主義橫行的世界裡，他的勢力太小了，所以他希望能將蘇南劃入自己地盤，再用上半年時間，吞併兩湖、甚至兩廣就可能放到議題上去了。
蘇南的李純不但不與楊洪森派去的交接，而且還派兵進入了上海，加強了製造局的守衛。
這個時候楊洪森當然不會袁世凱撕破臉。但是這個時候李純找楊洪森的茬，那是找死，李純並不知道楊洪森現正在火頭上。
楊洪森將暗殺李純的想法告訴了王亞樵，王亞樵親自趕到南京佈置工作。
李純與段、馮溝通決心保住蘇南這一「反楊」基地，可他知道自己的兵力不夠，而且南京還在楊洪森手中。另外，總統已將上海劃歸給洪森。在上海的第2艦隊還在北洋控制中，且製造局駐紮有一個團，為此他向上海又增派了一個團，這樣在上海就形了兩家各佔一半的局面。可是這激怒了楊洪森。
李純為了牽制楊洪森強拉壯丁，徵收重賦，到處攤牌，大那購械擴充兵馬，一下子拉出二師一旅近四萬人兵力。在兩軍交界處，雙方時不時會暴發些小的衝突。
上官雲峰派人拿著袁總統電報接手上海軍政大權，命令駐守在上海製造局部隊移駐他地，雙方發生糾紛，最終導致交火，其後海軍奉命炮轟了進攻的皖軍。上官雲峰一紙電文報到楊洪森處。
「娘西皮，李純什麼玩意，膽敢如此。」
一通謾罵之後，楊洪森開始調兵遣將，蘇南形勢越加緊張起來。
就在李純與楊洪森劍拔弩張的時候，揚州傳來消息，江蘇都督李純在家中遇襲身亡。據李家的人稱，李將軍新娶的小妾與其副官有染，李將軍撞破他們姦情的時候，欲打死兩人，撥槍時被副官搶去槍，擊中了面門，現在副官與小妾在逃。事實的經過就是這樣，但是消息傳到北方就變成了李將軍在家中打牌中去上廁所，突然屋簷飛下幾個黑衣人，開槍打死李將軍，打死李將軍的是大名鼎鼎聯省軍情處長王亞樵，李家人怕被滅口，不得已才說系小妾與李將軍副官偷情，為李將軍副官所害。當然關於李將軍被殺的版本還有很多，但多數版本都是王亞樵殺死的，他或用刀，或用斧，或用槍，不管如何，在李純死後皖軍迅速進入蘇南各地，李純所徵召的二師一旅並沒有做像樣的抵抗。張四維完全掌控蘇南各地後，以反革命十大罪狀將李將軍治下的數名師長、旅長，抄家，提起公審，經軍事法庭一審、二審判決反革命罪證成立，依法實施槍決。
藉著李純遇刺，楊洪森在蘇南進行大規模「肅正」，大規模進行抓逮，繞過南京高等法院，通過軍事委員會特別法庭，判決、槍斃的人員近六千人。對上海製造局招降失敗後，10月8日楊洪森調第3艦隊北上參戰，由於數名艦長抵制，楊洪森解除他們職務，升任何儒林暫代艦隊司令，第3艦隊到達上海後即對第2艦隊發起了進攻，第2艦隊多為老式巡洋艦和炮艇，雙方交戰中有3艘老式炮艦被擊沉，另有數艘兵船、巡邏艇被擊沉，十數艘艦船受傷，戰後第2艦隊併入第3艦隊。第2艦隊一戰死亡3000人，接著第3艦隊開始炮轟上海製造局，經過一天激戰，在海軍的火力支援下，上官雲峰攻入製造局，駐守在這裡的兩個團北洋軍，報經軍事革命委員會研究討論，此次事件被定性為嚴重地武裝軍事叛亂軍，參加叛亂的分子一律槍決。
楊洪森襲取蘇南前後只用了10天，行動之迅速，殺伐之果敢，讓北洋將領們看清了楊洪森的真面孔。
北洋對楊洪森蘇南、上海兩地「肅正」沒有發表過多的言論。
接著楊洪森依據租界與政府簽訂的秘密協議，於10月10日調上海警備部隊一個團以及青年團進入租界對叛亂分子進行抓捕。上海「雙十肅正」，上海租界內到處都能看到被槍決的「叛亂」分子
活動中最為猖獗的當屬「少年先鋒團」，這些14、15歲的少年，殺起人來最狠，他們身著土黃色長褲和襯衫，左臂上帶著紅色黃十字帶，每個都配有一把八響左輪，不管男女只按名單殺，他們的凶殘連工董局都不敢過問。在租界的整個行動共持續15天，共抓捕，槍殺2000餘人，其中包括逃入租界的北洋軍人、密探、者、代理人以及革命叛徒、右翼分子等。
楊洪森將這一系列行動表述為：「這是恢復國家秩序前所必經的陣痛。」
袁世凱對於楊洪森肅清蘇南、上海的「國家敵人」表示感謝，雖然這種感謝言不由衷，但雙方繼續著表面的和平，楊洪森繼續奉其為中國唯一的領袖，同時將五省上繳稅款中的第一筆800萬匯入了財政部在匯豐銀行的賬號中，袁世凱對此很滿意。
對於楊洪森只要其擁護中央，按時交上指定的稅賦這就足夠，若要他做出大的讓步是根本可能的，一味的強求只會導致戰爭，而袁世凱現在最擔心就打仗。
隨著蘇南、上海的平定，楊洪森將大本營由合肥遷至「六朝古都」南京。袁世凱聽說此事後大為高興，楊洪森一直待在合肥讓他感覺其隨時準備殺入中原與他爭天下，而南京那可是個地方好，離上海又近，功成名就之後，理當好好享受享受。
當孫中山邀請其加入「反袁」陣營時楊洪森再次予以回絕，他現在還沒有打算與袁世凱翻臉。
1914年11日楊洪森開始對五省土地改革情況進行摸底。同時，將工作的重點由農業轉向經濟發展。在兼顧鋼鐵，製造業的同時，大力發展紡織、麵粉、火柴三大產業。
當然楊洪森最狠的就是對金融市場的入侵，中國銀行、交通銀行都是楊洪森重點侍侯的對象。
1912年孫中山成立臨約政府後對原大清銀行進行改組，籌建了中國爭勝地，實際作為革命軍籌措軍餉之用，大革命失敗後北洋政府接手，總行遷至北京，此時的中國銀行是官商合辦的股份制銀行。
楊洪森利用恆生銀行惡意收購中國銀行股權，同時增加1,000萬元「商股」，最終達到持股51%的目標。在對付始建於1907年交通銀行時，楊洪森使用同樣的手法，完成了持股51%的目標，為此其順利地將交通銀行、中國銀行制於他的控制之下。至於其名下的恆生銀行此時以總資本近1.5億元成為中國最大的商業銀行。
楊洪森這個時候陸續將自己的資產作為特殊「黨費」納入社會人民黨黨產之中，楊洪森的行動讓他在黨內的聲望達到了一個新的高峰。其中鐵路公司、馬尾船廠、兵工廠、機械製造廠等一些「革命時期」個人創辦的企業，及其個人存款856萬元，都被其捐獻了出來。
「我們正處在一個新的時期，面臨著新的機遇，我黨同志應同心協力，實現革命的偉大勝利。」
楊洪森雖說出了不少血，但是他未傷及根本，其手中還有銀行，還有航運公司，還有軍火公司，還有大片的地產，另外他在美國的那幾家公司都是非常有前途的。當然，這些還不包括其在美國股市上的錢。
其捐款與他的總資產實際不能成正比。不過這些捐款在眾人的眼的確是一筆天大地巨款，
無數的革命者們都稱他為「中國最無私的革命家」。
這讓楊洪森比孫中山更偉大，孫中山幹了一輩子還是一個窮人，但是我們的領袖革命數年，一下就捐了數千萬元，黨內的同志開始積極向領袖學習，學習他的「無私」和「一心為黨」。