李純認為要堅守南昌必須要具備三大要素「民心」、「軍心」、「士氣」，可是現在民心相背，軍心不穩，士氣低迷，經過與諸將商議後，李純決定放棄南昌向北撤。為了鼓舞士氣，他縱兵對南昌大肆搶掠後於11月29日統帥二師一旅3萬大軍一路向北。
江西各地民軍自發行動，偷襲暗算，破壞道路，試圖拉住李純集團。
北洋軍上下自洗劫了南昌後，軍心、士氣都是空前團結和高漲，李純告訴這些當兵的，「不想被皖軍拉出去砍頭，就隨我打到九江去。」
劉正泰一路北上，沿途的小股頑抗他都賴的去打，馬不停蹄的向南昌趕，而沿途的百姓聽說「討袁」軍打回來，夾道歡迎，就連那些地主、鄉紳們也加入了歡迎的隊伍，比起窮鬼翻身，北洋軍更可惡。`
對於沿途要求加入的地方民軍，劉正泰留下聯絡員，交給後續部隊。現在北洋軍正在跑路，再不跑快點功勞就跑了。
九江、湖口連續被拿下來後，那些投靠北洋軍政府的地方武裝都在自謀出路，有人想打下縣城作為日後與軍政府談判的砝碼，而贛西一帶的北洋軍則準備撤往湖南。
楊洪森所領導的皖軍在江西發威，北線集團攻克湖口、奇襲九江，南線集團兵進南昌，兵勢之盛，令譚延闓為之心動，他趕緊將譚培德召到總都督商議。譚延闓他眼光是毒到，看出北洋軍在江西完了，江西不久將落入楊洪森之手，所以將譚培德召至都督府商議「援贛攻鄂」事宜。
譚延闓問道，「培德，你看如何？」
「從我黨的角度出去，我堅決歡迎叔叔加入討袁大業來，但是由個人角度出發，我卻不贊同。」
「為何？」
「廣東龍濟光及西南動向不明這是其一；其二若叔叔決心討袁當由委員長電請之後為宜。」
譚延闓認為有一點道理，「那麼以當前之戰局，你看大元帥下一步將會如何？」
「我認為叔叔此時就應當有所準確，奪去江西後，大帥必定揮兵入鄂，若將川、陝連成片，袁世凱死期不遠。」
譚延闓看著地圖拍手道，「與我所謀相同。」
在譚延闓眼裡廣東龍濟光和西南那些人都是牆頭草，等楊洪森攻下江西全境，在與湘軍取下湖北，將川、陝西連成片，這些傢伙八成會宣佈獨立，繼爾「討袁」。
湘軍的作戰任務此時發生180度大轉彎，由「入贛」作戰變為「入鄂」作戰，並以此開始大規模的準備。
危局，危局，袁世凱聽說李純放棄南昌大為光火，丟了江西，湖北將陷入討袁軍包夾之中。袁世凱對外界極力掩蓋江西的戰況，但北洋軍在江西失利的消息早已傳遍了整個江南，有心者都關注著江西的戰事，氣急敗壞的袁世凱調動力量策應江西戰線，北洋軍艦隊主力奉命開赴江西。
江西的李純正突破重重阻礙沿著南潯鐵路殺向九江，身後的皖軍如同野狗一樣追著他們，落單就意味著必死。
走則生，停則死，全軍上下都完全清楚這個道理。
楊洪森給王文遠等人的命令是，「如有條件堅決阻擊將其消滅，條件不允許可放入九江再行消滅。」
收到楊洪林的電令後，王文遠將九江城內的居民全部疏散，準備在九江與北洋軍決戰。
南線陶繼光與王振武等將領作為第二支北伐軍進駐南昌城，楊洪森隨即任命陶繼光擔任江西省長，方振武擔任江西軍政部長。工作重點要放在恢復江西工農業生產、穩定社會、治安，發展縣一級黨支部，鞏固江西根據地，保衛勝利成果。為此，軍事任務暫時退居次要位置。
李純經過一系列苦戰，在左右夾擊、前堵後追之下終於到達了九江城下，在海軍的全力支援下，迫使守軍撤出九江。隨李純從南昌殺出來的3萬大軍，此時只剩下不足8000人，皖軍主力正在陸續彙集中，九江城外操著各式武器從四面八方趕來的援軍有3、4萬之眾。至12月8日，北洋軍在江西只剩下了九江這一處橋頭堡。除了九江城內的北洋軍以及「撤入」湖南的部隊，北洋政府這十數天的時間裡損兵近4萬人。
12月10日，方文遠按照楊洪森的指示精神，發動對江西北洋軍的最後一擊。
遭到「化學彈」攻擊的北洋軍亂成一片，主將李純因吸入「毒氣」昏迷不醒，北洋軍指揮系統崩潰，眾兵將出城後擁擠在商埠外的碼頭處，李純本人在眾衛士的保護上船後安全撤至勞家渡，後轉至租界接受西式治療。
「化學彈」的效果讓袁世凱大為震驚，九江城內的守軍有半數因為吸入有毒氣體死亡或失去戰鬥能力。
袁世凱急忙向各國提出請求，向他們購買「化學」炮彈。
「化學彈」這種非常規武器，各國可能有，但不會放在貨架上，更不會大聲的叫賣。上海的各國軍火商再怎麼了不得也還是常規武器供應商。他們回答沒有，袁世凱來說就是拒絕向其出售。但是，某些軍火商私下答應願為北洋政府提共有毒化學品方便其自行加工。
西方各國對江西戰事逆轉大為不安，以英、法為首的西方各國敦促南北和談。英國方面更是應北洋政府請求，派出艦隊進入長江，公開阻止南軍渡江進入湖北。為此，楊洪森派代表向英國方面表示抗議。
「如果英國艦隻阻撓、攻擊起義軍，軍政府將不得不啟動應急措施。」
英國方面並不是鐵了心的要幫袁世凱，只是通過武力威懾，嚇嚇楊洪森，看到楊洪森強硬的態度後，他們的態度隨即轉變。
「英國艦隊進入長江，只在保護各國在湖北僑民安全。」
英國公使在北京呼籲南北雙方進行談判，雷曼再次造訪安徽，這次他帶來了袁世凱的誠意。
「我的朋友，勝利有大門已經被我打開，你認為我會同意停戰？」
「停戰對雙方都有好處，袁總統願意與您合作，並提名您為副總統，保證社會人民黨在安徽、江西地位……，戰爭持續了這麼長時候，平民傷亡數十萬，流離失所之達百萬，中華再也經受不起如此大的折騰了……。」雷曼引誘加動情的述說並沒有打出楊洪森的心，「這是袁總統為你準備的100萬英鎊，他願意在這個基礎上與您商談和平。」
雷曼與楊洪森的接觸沒有取得實質性進展，袁世凱的第二波談判代表就到了。北方代表頻繁通過第三方與楊洪森接觸，讓宋教仁感覺不安，他找到楊洪森陳述現下有利之形勢，楊洪森沒有就下一步給予他明確的答覆，所以致電孫中山，希望應立即回國，在宋教仁看來楊洪森可能會聽取孫中山的意見，堅持武力鬥爭。
孫中山雖然有意回國，但是卻受到日本政府的嚴加阻撓無法成行。為了盡快回國的孫中山，乘坐美國火輪前往檀香山，轉道返回國內。在孫中山未回國之季，袁世凱開動宣傳機器大談和平，甚至為了天下百姓願意放下私人恩怨，為中華崛起而努力，袁世凱的轉變更有進步黨領袖黎元洪的搖旗助威，其他小黨派也起哄敦促楊洪森接受政府和平條約。袁世凱甚至不惜花重金聯絡朱瑞、譚延闓、孫道仁。朱瑞力主和平談判；譚延闓主要還是看楊洪森的態度；孫道仁一時難以決斷；那些被楊洪森驅逐的「右派」也跳出來大聲附合和平談判，一時全國上下都和平之聲。