「宋教仁遇刺案」全國各大報紙都在報道，外國報刊也都在跟進。而就在所有人為上海發生的槍戰震驚之時。宋教仁卻活生生地出現在了南京。
活的宋教仁？真是太震驚了。
宋教仁在黃興等人的陪同下在南京接見南方革命軍的將領們。
袁世凱有一些坐不住了，很顯然刺殺失敗了，沒有想到革命黨人會跟他玩了一招暗渡陳倉。
宋教仁接見駐寧的軍隊沒有什麼深意，但是在袁世凱眼裡這是一個危險的信號。
袁世凱的御用報刊開始大肆的攻擊宋教仁，漫罵國民黨人自編自導刺殺案。
外電收到宋教仁突然出現在南京消息後，還以為愚人節到了。
國民黨黨人因為北方政府污蔑及其憤怒，中下層軍官主張「革命」把沒品的袁世凱拉趕下台，但是上層將領卻都在觀望。
第三黨派在袁世凱的鼓動下開始抨擊國民黨為了大選勝利是不擇手段，卑鄙無恥之極，竟然使用刺殺這樣的苦肉計。
國民黨人在群情激怒之下一時苦說不出。不過，在上海案情又有了很突破。
英租界租收到線報，在一艘開往香港的貨船上抓獲了武士英、應桂馨。抓捕過程中英租界甚至出動了軍隊，為此有六名英勇的安南士兵陣亡。
總巡捕樸羅絲在貨輪中還找到了大量未銷毀的證據材料，這讓他興奮異常。
未銷毀的證據材料被英國領使館拍攝保存了起來，這些未銷毀的證據材料讓英方震驚的之餘，也倍感憤怒。
按照租界與袁世凱私下達成的秘密協議，袁世凱可以派人進入租界抓捕革命黨，袁世凱默認租界的擴界行為。可是這次他鬧的也太大了，已經觸到了他們英國人的底線了。
租界的外國報紙最先將證據中的來往函電公諸於世。其中最重要的有以下各件：
1月14日，趙秉鈞致應桂馨函中有：「密碼送請驗收，以後有電直寄國務院可也」等語，外附密碼1本，上注「國務院『應』密」。
1月25日應致趙秉鈞電：「國會盲爭，真相已得，洪（指洪述祖）回面詳。」
2月1日，洪述祖致應桂馨函：「大題目總以做一篇激烈文章，方有價值也。」
2月2日，應致趙秉鈞電：「孫、黃、黎、宋運動激烈，民黨忽主宋任總理。已由日本購孫、黃、宋劣史，……用照輯印10萬冊，擬從橫濱發行。」
同日，洪致應桂馨函：「緊要文章已略露一句，說必有激烈舉動。弟（指應）須於題前經電老趙，索一數目。」
2月4日，洪致應函：「冬電到趙處，即交兄手面呈，總統閱後頗色喜，說弟頗有本事，既有把握，即望進行。」
2月8日，洪致應函：「宋輩有無覓處，中央對此似頗注意。」
2月12日，洪致應電：「來函已面呈總統、總理閱過，以後勿通電國務院，因智（趙秉鈞字智庵）已將應密本交來，恐程君不機密，純令兄（洪自稱）一手經理。」
3月10日，應桂馨致洪述祖電：「八厘公債，在上海指定銀行，交足六六二折，買350萬，請轉呈，當日復。」
3月13日，應桂馨致洪述祖函：「《民立》記遁初在寧之演說詞，讀之即知近來勢力及趨向所在矣。事關大局，欲為釜底抽薪法，若不去宋，非特生出無窮是非，恐大局必為擾亂。」
同日，洪述祖致應桂馨電：「『川』密『蒸』電已交財政總長核辦，債止六厘，恐折扣大，通不過。毀宋酬勳，相度機宜，妥籌辦理。」
3月14日，應桂馨致洪述祖電：「梁山匪魁（指宋教仁），四出擾亂，危險實甚，已發緊急命令，設法剿捕之，轉呈候示。」
3月18日，洪復應電：「寒電立即照辦。」次日又電：「事速照行。」
3月21日凌晨2時，武士英刺殺宋教仁後不到4小時，應致洪述祖電：「24分鐘所發急令已達，請先呈報。」同日又電：「號電諒急，匪魁已滅，我軍無一傷亡堪慰，望轉呈。」
3月23日，洪述祖致應函：「兩電悉，不再另復。鄙人於4月7日到滬。」
這些函電被外國報刊公佈後，全國各大中文報紙轉載，陳其美、居正等國黨民等要員，要求英國領使館將這些證據交給他們。而北京袁世凱電令江蘇都督程全德索回這些證據以備查清案件，還事件本來之面目。
英國領使館對此次「證據門事件」大為光火。英國方面並沒有打算把證據公佈，而是準備與袁世凱換點東西的，現在事情全給那些記者攪黃了。
應桂馨、武士英二犯落網後，以及大量證據材料的出現，讓袁世凱惶恐萬狀。他密電程德全說：「連接南方私人來電，宋案牽涉洪述祖，是否確實，究何情節，宜速查復，以為憑核。」
接著，他致電催促程德全報告證據，以謀對付辦法。他的機要秘書張一麟也多次密電程德全，要他把牽涉中央的證據向英廳索取，派人送京，並特別叮嚀說：「可不作正式報告。」
鑒於外界的強大輿論以及中國的政府的要求，上海公共租界會審公堂先後將應桂馨、武士英二犯解交上海地方當局。又將凶器五響手槍1支，密電碼3本，封存的函電證據5包，皮箱1個移交上海地方當局。這些罪證都由程德全、應德閎同上海地方檢察廳長陳英檢查驗收。經過整理後，將有關緊要各證據共同蓋印，並拍照片。
目前，「宋案」的證據中，不管是人證，還是物證，都全部指向內閣總理趙秉鈞，而趙秉鈞又是袁世凱的心腹。國民黨內部對該案的處理分處兩派，一派主張通過法律途徑解決，另一派主張通過武力解決。
在日本考察的孫中山得知宋教仁遇刺後立即夠船票趕回國內，後來接國內來電稱宋教仁無事，便暫緩行程將日本考察的諸事料理完畢後才回到國內。回國後針對此事的處理，孫中山主張以法律手段加以解決。
宋教仁權衡再三次，決定通過法律手段解決。
上海地方當局傳票趙秉鈞到案接受質詢，可是趙秉鈞卻遲遲不到。宋教仁親自致電袁世凱，要求讓趙秉鈞到上海。袁世凱也行動了起來，公開發出手令敦促趙秉鈞南下。趙秉鈞以年老體弱、身體有病辭去內閣總理，同時回到了天津休養。
因為趙秉鈞不到案，迫使「宋案」的審理工作無限期擱置。國民黨黨人為此極為不滿，對袁世凱展開了更加猛烈的輿論抨擊。一些國民黨人更是倡議國會自行召集，先開預備會議於上海，再舉行成立會於南京，以此保證立法機關的安全，預防北京的干涉，使議員可以自由議定憲法，選舉總統。
袁氏聞聽此說，便張惶失措，日夕焦慮，求消弭之策。
遇刺後的宋教仁首次公開出現在演講台前，演講進行時，宋教仁拒絕了王亞樵了貼身保護，在其看來袁世凱還不敢在光天化日之下刺殺他。但是王亞樵認為此時參加這種大型的群體活動實在是太危險了，但是他的聲音實在是太微弱了。國民黨中的一些人對於宋教仁可能再次遇刺，抱著一種極度扭曲心理。
遇刺後的首次公開演講吸引了數萬聽眾以及大量中外記者，宋教仁的演講不時的傳來雷動般的掌聲。主席台下聽眾們不住的高呼著，「國民黨萬歲……」
「三民主義萬歲……」
台下千呼萬喚，台上宋教仁微笑著揮動著手臂。突然間，有人聽到一聲槍響，接著主席台上的宋教仁應聲而倒。四周的衛兵諸如王亞樵等，以及黃興等國民黨要員跑上前護住宋教仁，擋在宋教仁身前的黃興更是左肩中彈倒在了台上。
會場內一片混亂，而年輕軍人們憤怒地向四周張望著。