計劃傑克對於機器人軍團現今領導者的仇恨，由於雅絲尼的突然死亡，被擴大了數倍。傑克重來沒有感覺到如此得痛恨自己的對手，雅絲尼，這個小百靈留給自己的唯一禮物，當傑克看著雅絲尼蒼白的屍體的一剎那，對於傑克來說，可不光光是失去了一個共同患難的女性朋友那麼簡單，隨著雅絲尼離開人世的一瞬間，傑克感覺自己永遠的和小百靈斷絕了聯繫，那個可愛的小百靈，永遠的從自己的現實生活中消失。此時傑克腦中的靈魂凱特也同樣憤怒的吼叫著，讓自己去給雅絲尼，這個乖巧的小女孩報仇，當然，就是不用凱特來說，傑克也不準備讓機器人軍團好過。
「傳令下去，召集天使要塞，暗黑要塞，新人類軍團所有軍團長到會議室中，十分鐘後，開始制定對機器人軍團戰役具體情況。」傑克冷酷的對身旁的傳令員說著，而自己大步向暗黑要塞地主會議室走去。傑克被惹怒了，怒的讓每一位看到傑克的人都感覺恐怖。十分鐘後，暗黑要塞的主會議室鍾已經坐滿了上百位來自三大勢力的將領。當然這些高傲的將領們，都大氣不敢出的看著站在會議桌的正前方，雙眼閃動著噬血光芒的傑克，對於這位看似沒有什麼經驗的青年，在座的每一位可沒有一位敢因為外表來輕視他。三千年前，人類三大帝國所有艦隊的軍團總指揮傑克，單單是從他從逃生艙中甦醒後，在數場戰鬥中展現的勢力，就以絕對得實力，能讓在場的所有將領們自歎不如。「暗黑要塞，天使要塞，對新人類軍團進行物質援助，戰艦修理，務必在最短的時間內，恢復新人類軍團的作戰實力。」
傑克對坐在身旁的兩位少女千心和暗菲利絲說道。「是。」菲利絲和千心出聲回答著眼前的少年。菲利絲到還好說，畢竟三千年前，和傑克一起經歷過戰爭的洗禮，那時就看過傑克認真起來得樣子，當讓傑克在菲利絲眼中，永遠都是帥氣的不得了，只不過看著認真做事的傑克，菲利絲會越發的感覺自己這位老公男人味到更加濃重。
可是千心看著此時此刻，站在會議桌和星際虛擬地圖前，怒氣滿身，嚴肅的和平時嬉笑的樣子判若兩人的傑克，一時還真有些反應不過來，難道這才是千家千年之前計事錄中記錄的那位傑出得幾乎和神一樣強大的指揮官傑克的真實面目，出於對傑克和祖輩的信任，千心還是沒有提出任何質疑的接受了命令。「天使要塞，以終極防禦形態，所屬艦隊配合要塞火力，向機器人軍團太空防衛部隊，進行進攻，進攻航線按照以下發佈的路線……」
「暗黑要塞，以終極攻擊形態，配合天使要塞對前來支援得機器人軍團進行攻擊，艦隊，要塞航線如下……」
「新人類軍團，進行空間跳躍，在暗黑要塞和機器人主力軍團開戰的時刻，聽從指揮信號，從單側對機器人主力軍團進行騷擾……」
傑克接連不斷的變換著指揮室內的星際坐標圖，對三大勢力的將領們委派著任務。長達一個宇宙時的複雜戰略終於結束，傑克看了看正陷入思考中的眾人，「成敗在此一戰，人類的未來將掌握在我們自己手中，現在可不是考慮各人得失的時刻，新人類軍團，還有所有的將領們，都給老子聽好了，要是誰敢在戰鬥中拖我後腿，為了保存自己艦隊得實力而消極對戰的話，將第一時間被列入同機器人軍團一系，殺無赦。此時對機器人軍團的戰役名為——人類火種。所有將領，立刻回到崗位，按照指令，進行戰前準備，一個宇宙時後，最後決戰，人類火種戰役開始，身為本次戰役總指揮，我將坐鎮暗黑要塞，在戰爭的最前線，指揮全軍，對機器人軍團進行決戰。生死存亡，在此一戰。」
傑克放下狠話後，向在座的眾人揮揮手，示意他們離開後，開始閉目養神，思考接下來的戰爭佈局。「鳳姐姐，這次指揮我想請自完成，如果有指揮不當的地方，希望你能及時指點。」傑克對腦中的鳳舞說道。鳳舞看著眼前的傑克，難道一次認真的樣子，「放心了，傑克，你的指揮技術已經不再我之下，並且這次把軍隊按照勢力範圍分成三路軍的作戰方式，也是一個很不錯的決定，就是讓我來親自指揮，我恐怕也會像你這樣分兵對機器人軍團進行對戰，畢竟先進的天使要塞，暗黑要塞和新人類軍團雖然聯盟，但是並沒有進行過哪怕是一次的聯合作戰，要是集結兵力，主控一路對機器人軍團進行對戰，難免會在戰爭過程中出現混亂。雖然分兵三路指揮，對總指揮的能力要求十分苛刻，但是姐姐相信你一定會成功。」
鳳舞安慰著傑克，以鳳舞這種幾乎是為了指揮宇宙艦隊軍團戰爭而生的人，對即將開始的大戰，內心免不了熱血沸騰。一個宇宙時的時間飛速既是，人類正規
軍的數百萬大軍，已經分兵三路，全線進發，達到了原本屬於人類三大帝國領域的外層星系。
隨著天使要塞，六大艦隊攻向機器人軍團太空基地的一刻，人類和機器人間的第二次宇宙大戰，宣佈開始。「天使要塞，六大艦隊，成菱形陣型，對機器人要塞進攻一……」坐在暗黑總指揮室內的傑克，雙眼一眨不眨的看著眼前三個巨大標誌著敵我雙方戰艦位置的星際顯示屏，向天使要塞發佈著進攻命令。機器人軍團，星辰此刻已經聽到了邊境防衛的將領，發來的通報，人類躲避在外太空的艦隊，居然以極快的速度，向機器人領地前進，並在前一刻對己方太空基地發動了兇猛的攻擊。「進行空間跳躍，進攻。」星辰用了短短的幾個字，表示了心中的不滿，沒想到自己強大的機器人軍團還沒有率先發起攻勢，這些低等的種族一向來自己看來懦弱的人類們居然有膽率先進攻。這是挑釁，赤裸裸的挑釁，在和人類艦隊敵對狀態的50O年間，像這樣的事情可是從來沒有發生過，此刻星辰憤怒的摔打房間內的電子設置，並且一腳踢開了感控門，怒氣沖沖的同樣向指揮室內走去。遍佈在宇宙的機器人軍團開始陸續的集結。人類軍團暗黑要塞總指揮室中，傑克看著星際坐標顯示屏上，一時間開始像流行火雨般，出現了眾多的敵方艦隊紅色的亮點。機器人軍團已經來了，並且來勢洶洶，異常強大。
但是此時的傑克看來，鎮定非常。「就怕你們不來。」傑克想著並快速的向暗黑艦隊發起了攻擊的命令。「暗黑第一集團軍，sss級別艦隊按照A計劃對★★★★，★星級坐標進範圍攻擊。暗黑第二集團軍，sss，級別戰艦，SS級別戰艦，s級別戰艦，開啟光能主炮，以點線連接方式圖，對機器人軍團的先頭部隊，進行定點清理。」
「暗黑第三集團軍，第四集團軍，sSs級別戰艦，啟動能量裂變導彈，對敵方探測偵查艦進行攻擊，務必第一時間摧毀敵方遠程視野。其餘戰艦，按照此輪陣，進行混亂轉動，絞殺進入射程的所有敵軍。」
「暗黑要塞，全速前進，目標機器人軍團正前方，要塞主炮進行沖能，當敵方艦隊數量超過百萬後，按照48，9度角，進行移動狀態發射主炮。——」
隨著傑克的指揮，機器人軍團在剛一露面，就找到了猛烈的火力壓制，產生了短占的混亂，但是這些都被星辰很快的壓制下來，星辰憑藉著手中的機器人軍團，開始以絕對優勢的戰艦數量，瘋狂的向人類艦隊還擊。令人討厭的對手，一個惡魔般的難纏的人類，這是從戰爭一開始星辰對傑克的評價，但是星辰還是相信，戰爭的最終勝利，將屬於偉大的機器人帝國。就算以十倍的數量，拼掉一個人類艦隊，相比有著雄厚物質和強大的後防領域的機器人艦隊，加上眾多機器人兵工廠的輔助，相對於異鄉作戰的人類，機器人軍團還是十分合算。而此時，傑克看著眼前的戰果，這些該死的機器人軍團，雖然指揮將領在自己眼中看來，漏洞百出，但是機器人軍團憑藉著上千萬的艦隊，竟然逐漸把暗黑艦隊和天使軍團大壓，戰爭的天平正逐漸向機器人軍團方偏移。「新人類軍團，開啟隱藏控制防衛器，從後方對機器人軍團進行進攻——」
傑克不得已開始出動手中的暗牌，新人類軍團，這個唯一在傑克看來，擁有著生物隱形裝置，能夠對機器人艦隊的探測系統部分免疫的艦隊。戰鬥，星辰的後援戰隊在一天後趕到，接著是不斷的消耗戰，這個可怕的智慧體，每天都派一個艦隊10萬戰艦，不計損失的向人類聯盟發動猛烈的攻擊，連續半個月的攻擊，傑克已經摧毀了15支艦隊，但是機器人的援軍卻源源不斷地趕來。
正在苦惱的傑克突然接到信息，星辰率領的機器人兵團今天沒有進攻，反而緋紅軍團趕到，傑克在聽到了立刻迎接了林達，傑克把天使要塞，暗黑要塞和新人類的指揮權都交給了林達，這個鳳舞的弟子，3000年的時間，傑克相信她在戰艦指揮方面已經很強很強了。幾天來的戰鬥似的傑克和鳳舞達成了一個共識，對抗機器人帝國只有兩個方法：
一是閃電戰，立刻不計損失的去消滅形成，但是擁有上百萬艦隊的星辰同樣是個硬骨頭，一旦叫她逃離，帶給人類的將是毀滅性的打擊，機器人能迅速的恢復戰艦數量，但是人類不能。二是找到小啞，救出小啞，發動機器人內部的叛亂。最後傑克選擇了後者，既然已經得到了小啞被囚禁的地點，營救在他看來，再好不過。從林達能率領30萬戰艦把機器人的後方所有的兵工場在短短半個月的時間內都摧毀這點可以看出。機器人的後方兵工場，絕對是守衛嚴密，可是林達，居然在短短半個月的時間內，繞開了大多數的堵截，成功地摧毀了散落在星系間的全部
機器人的兵工場，使得星辰率領的主力部隊不得不停止以高消耗的打法和人類戰鬥。那些兵工場，最少半年內不能修復，為人類贏得了半年的反攻時間。林達和傑克在一個小型的會議室見面，傑克身後坐著暗—
菲利絲，身旁站著霞，此時的林達已經把面紗摘了下來。
3000年的等待，終於再次見面，回想3000年前，自己舉行戰艦指揮比試招親，就是這個狂妄的少年，叫她知道了自己有多麼的弱小，並且救了當時的緋紅軍團，同時贏得了自己的芳心。在聽到傑克的話後，把所有的指揮權給自己，她，已經失去了人類身體的林達想說些什麼，但是卻沒張開口，一聲也發不出來，雖然自己現在是最高級的人造人材料製造的身體，但是從根本上來看，已經失去了成為人類的資格。自己已經不配和沉睡3000年的菲利絲去爭奪傑克的權利，她想對傑克發表自己的愛慕，卻一句話也說不出。此時傑克和腦中的鳳舞都在細細的觀看著林達，高挑的身材，小啞不愧是自己人，連選個人造人身材都挑個這麼火辣的，他可不知道，當時林達為了這個人造人身材，可選了整整五天，最終連小啞都被林達的執著弄得頭暈。女子對於自己容貌的執著不是小啞這個擁有智能生命體的機器少女能理解的。「好了，林達，這裡就交給你了，我將帶著暗黑第一特戰隊和21個最終兵器少女秘密去三大帝國邊緣的人造行星——卡特尼星去營救小啞，時間緊迫，我這就起身。」傑克對著林達說著，說完立刻離開了會議室，向暗黑家第一特戰隊和最終兵器少女們發出集合令。霞也跟著傑克的背影離開了會議室。目送傑克的離開，林達迷茫了，3000年後的相見，沒有像菲利絲那樣煽情，只是軍事上的轉交了下指揮權，把人類艦隊的所有指揮權給了自己，她現在不知道，傑克會不會接受自己這個半機器人。
「放心吧，我的林達妹妹，我瞭解傑克，他回來後，你和我一起成為他的老婆，這個呆子，走之前也不知道跟我的林達妹妹說下私人問題。」菲利絲看到了林達的恐慌，笑著，拉著林達的小手說道。「可是，我已經成了機器人。」林達緩緩地說著，說完再次低下了頭。「要相信傑克，他愛你，不管你是否是人類。」菲利絲正色的說著。暗黑第一特戰隊，200名優秀的戰甲師和包括霞在內的21名最終兵器少女在一個小時後來到了一艘微型SSS級戰艦前，在他們面前站著的是傑克，暗黑家的親王，自己家主菲利絲等待了3000年的男子。每個暗黑機甲特戰隊的精英都感到激動，他們知道，這次任務，是和傑克，這個傳奇少年一起去完成的。傑克首先登上了微型戰艦，其他的人也跟著登機，十分鐘後，戰艦內部休息大廳裡，看著作戰會議。卡特尼星的全息圖像正顯示在會議後方的屏幕上，「這次的任務是營救一個人質，被關押在卡特尼星上的人質，關押地點據情報說是卡特尼星的海洋最低不，一個人工製造的小型的監獄。水下萬米的秘密軍事基地，並且四周有少量機器人部隊，情報上顯示大約四百架機甲，和三艘SS級戰艦，因此我們要在最短的時間內救出人質。
行動安排是，霞和我潛入萬米下的機器人的監獄救人，而剩下的最終兵器少女還有你們特戰隊來消滅這個星球上的所有機器人據天，吸引敵人的火力，為營救工作拖延時間。聽懂了沒有？」說完傑克看了看下面的戰士還有那些最終兵器少女們。「是。」
「這太簡單了，兩倍的敵軍，吸引火力，估計老大你還沒從萬米深的海水底下出來我們特戰隊就全殲了卡特尼星的機器人部隊了。」特戰隊的一個戰士聽後笑著回答到。「好了，散會，休息，32小時後將進入卡特尼星，戰鬥也將在32小時後開始。」傑克也跟著笑了笑，接著轉身離開，去各人休息室休息去了。400架機甲，這個數字傑克也不敢相信，一向以數量稱霸的機器人帝國居然就派這麼少人來看押小啞，但是轉念一想，小啞被關押的秘密性，估計是星辰不想事情暴露才派這麼少人看管的吧。躺在床上的傑克，不覺中拿起雅絲尼的日記讀了起來，白色的日記本，在雅絲尼死後，他就一直保存，但是一直沒有時間來讀。「今天是甦醒後的第一天，上帝保佑，我終於從那該死的冷凍槽裡被救了出來，沉睡，無盡的沉睡，醒來後的我都不敢再獨自的躺在床上睡了。救我出來的是祖師百靈的朋友，也是她在程序領域最崇拜的人，傑克。他很帥，笑得很邪，但是躺在他的懷裡有一種安全感。我將重返人類社會了。」
接著，傑克翻著，都是一些少女心情的描寫，什麼東西好吃了，平時還看不出來雅絲尼原來這麼喜歡吃。
在第二十頁，傑克又發現重要的記錄了。「我來到了
生物星系，可怕的外星生物，新人類已經到了破滅的邊緣了，不知道傑克為什麼要去，他帶了一個少女給我，一個一眼看去就知道是營養不良的的少女，眼眶發青，要我進行最終兵器少女實驗。我沒有拒絕，事實上我找不到拒絕的理由，祖師小百靈的遺願，她給最愛的人的遺物，我將親手實現，第一個完整版最終兵器少女將在我雅絲尼手上實現，我清楚地知道這個實驗成功後的兵器擁有的毀滅力。但願傑克能走上一條正路，不過現在人類已經被機器人壓迫了數百年，即使再壞，也將是個拯救世界的英雄，其實我最喜歡白馬王子，跟著欣兒聽到的那個據說是傑克講的童話故事中的王子，救了睡美人的王子。他，傑克把我從沉睡中救醒，但可惜不是一個吻。」
接著，傑克快速的翻著，看著，他終於知道為什麼雅絲尼要叫自己看她的日記了，原來這個少女也像小百靈一樣喜歡他。終於傑克翻到了最後一頁，也讀到了最後一頁。「實驗很成功，傑克給我的20名最終兵器少女我已經提升了她們的能源吸收系統，可以自由的在戰鬥中吸收空氣中的能量，但是效果卻沒有霞強，相比霞來說只有十分之一的效率。我知道這些少女將是傑克拯救人類的王牌軍，為此我安了一個程序，一個瞬間叫她們變得比完整版的最終兵器少女霞還強大十倍的程序。
但是我希望永遠也用不到這個程序，因為我想到的，百靈祖師很久前就已經想到了，強大的毀滅力將同時帶來不可恢復的後果。一小時後，她們這些少女，心臟將由於供血不足而爆裂，想像下這些妙齡少女的死亡，即使僥倖活下來，負作用將是永遠失去變身為最終兵器的能力，並且失去下肢的移動權，成為一個廢人，我寧願永遠不啟動這個程序，程序代號——T392毀滅。」
傑克看到這，後背一陣冷汗，雅絲尼，居然在短短的三天，給這些半成品的最終兵器少女們安上了一個毀滅性的程序，十倍霞的摧毀力，親眼見到霞頃刻間消滅那些戰甲的傑克可完全知道那是多麼可怕的摧毀力。看完後，傑克把日記放到床頭，接著閉上眼睛睡著了。睡夢中的他卻不知道，在他入睡後，欣兒給他送咖啡，在送咖啡的同時看到了已經入睡的傑克，同時也看到了那本白色的日記，出於好奇心，欣兒快速的瀏覽著，接著把日記放到原處，帶著咖啡悄悄地離開了傑克的臥室，臨走時還在門口對著正在睡夢中的傑克輕聲地說，「傑克哥哥，我會保護你的。」
三十二小時後，戰艦抵達卡特尼星，在一片汪洋的大海上降落，戰艦懸浮在海面上，傑克乘坐著暗家最先進的戰甲—
幽魂。黝黑流線型的戰甲，擁有一個如同三國名將關羽用過的青龍偃月刀的巨型武器。並且漆黑的戰甲肩膀上被安上了兩個導彈發射器，身後同時背著一支微型的狙擊槍。傑克駕駛著幽魂，霞轉換成戰鬥狀態，同時潛入深海，在海面上，暗家的特戰隊員都登上了各自的戰甲在戰艦外巡視，等待著傑克的命令，隨時準備向卡特尼星的機器人的軍事基地。而其他的二十名最終兵器少女們在戰艦內部等待突發事件。淡藍的海水隨著傑克的下降約來越灰暗，還好機甲帶有掃瞄系統，使得機甲進行下沉的很平穩。十分鐘後，暗黑特展隊抵達機器人的要塞，同時傑克和霞也到達了深海的最底部，關押小啞的一個秘密囚室外。
囚室的四周被能量罩罩住，發著藍光的能量罩抵擋了深海的大氣壓。傑克駕駛著機甲走進能量罩的小門，從機甲中走出。看著眼前的激光鎖，和對面的人造機器人少女小啞，傑克腦中的凱特無比欣慰，「小啞，爺爺來救你了。」激動的凱特向傑克要來了身體的指揮權，通過機甲的通訊器，對立面被激光柱關押住的小啞關切的說道。聽到呼喚聲，小啞抬起頭，看向已經從機甲中走出的傑克，激動的說道，「不，快走，這是個陷阱，星辰的陷阱，三十萬戰艦在這個星球上隱藏著，不要碰這個密碼鎖，快離開這，完了誰也走不了。」
「什麼，三十萬的機器人部隊。」腦中的傑克和鳳舞同時驚訝的說道。「小啞，這到底是怎麼回事，我不管，今天一定要救你出去，傑克，我凱特一生沒求過別人，今天為了小啞，我求你件事，無論如何要把她帶出這個牢房。」凱特激動的說道，接著把身體的指揮權還給了傑克，他知道，接下來是一場九死一生的戰鬥。但是小啞就像是自己的女兒，為了她，凱特可以失去一切。正在此時，傑克的通許器響起了暗黑特戰隊的通訊聲，「報告，傑克統帥，陷阱，這是個陷阱，天上數萬戰甲，想辦法逃離，快逃，你不能死，不能……」接著通許器失去了聯繫。「傑克哥哥，我們的戰艦已經被包圍了，和特戰隊失去了聯繫，」接著，傑克的通訊器再次響起在戰艦裡待命的最終兵器少女欣兒的聲音。