少女計劃擱淺兩人溫柔的眼神相望了許久之後，還是傑克最先反應過來，看著淚流滿面的暗—菲利絲，傑克緩步走上前，張開雙臂，緊緊地把菲利絲抱在懷中，感受著利絲在自己懷中不斷抖動的傑克，把嘴湊到了利絲的耳邊，輕聲地說道，「老婆，我回來了。」
隨著傑克的舉動，和著平常的不能再平常的話語，身在傑克堅實的胸膛前的菲利絲，哭泣的更加厲害，兩個柔軟的雙手也狠狠的抱住了傑克的後腰，「嗚嗚」的哭泣聲在寧靜的戰艦停放場內響起，看得暗黑和新人類兩方的人員，都靜站在兩側，不忍心上前打擾這久別的情侶。「好感人啊，姐姐都被感動了，要是小林達還活著就好了，我也要去抱抱她。」靈魂狀態的鳳舞，在傑克腦中，看著眼前上演的動人場景，自言自語道。「我女兒不知道怎麼樣了，我這個爸爸看來真是不合格，等等傑克這小子情緒穩定了，我要讓他問問菲利絲。」像來不把情感暴露出來，不會表達感情的楓，此時也不免想到了自己的女兒，可是楓心裡很清楚，楓思思活在這三千年後的世界中，幾率很小很小。
「希望啞兒還活著，看現在機器人軍團的統治形勢和戰鬥指揮，明顯啞兒被手下反叛了。」靈魂狀態的凱特感歎著，回想著這個自己一生之中，除了傑克外，唯一讓自己牽掛的人，第一代人工智能少女，機器人政權的原指揮著小啞。而此時霞和雅絲尼都站在運輸艦的艙門口，看著傑克和菲利絲的重逢。霞想過去，卻被雅絲尼拉住了，雅絲尼知道，此時應該給這兩位戀人點空間。三天後，傑克已經接管了人類艦隊，並且和機器人先遣部隊發生了幾次小的摩擦，當然是以完勝告終。坐在休息室裡地傑克今天悶悶不樂，因為今早他收到手下兩條消息。一好一壞。好消息是關於小啞的信息。緋紅軍團傳來密報，小啞正被現任機器人總指揮星辰轉移，壓載小啞的戰艦正秘密的轉移到遠離戰火的，三大帝國的一個邊緣的人造行星上。這條消息根據手下分析只有百分之五十的可信度。但是百分之五十地可信度絕對值得傑克放手一搏。如果救出小啞，在憑借腦中凱特地開導。說不定就能靠小啞的號召力，停止持續了500年的人類和機器人間的戰爭。穿著一身睡衣地傑克。剛看完這條消息後，感到前途一片光明，這段時間與機器人部隊戰鬥中的煩惱消淡了不少。但是第二個消息，卻使得傑克立即換上了軍裝，連招呼都沒和暗—菲利絲打一下就出門，開動自己地專用飛車，加足馬力，目的地人類第九實驗室。
一邊開著飛車，傑克一邊在腦中不斷地說這是假的，假的，但是他卻非常清楚，這條上面標誌著暗黑家族標誌的密報的真實度。「最終兵器總實驗師雅絲尼昨晚零時被機器人間諜暗殺，2)
名參加改造計劃的最終兵器少女被迫停止改造實驗，並且當場殺死了那個間諜。」
傑克的飛車來到第九實驗室，此時，四周戰滿了士兵，看到傑克的到來，直接讓開了一條路，三天來的指揮，幾乎所有的人類都知道，傑克這個統帥的存在，年輕，並且傳奇的戰艦統帥。來到實驗室裡，最終兵器少女欣兒和幾個姐妹正在一個沙發上哭泣。「傑克哥哥，雅絲尼姐姐死了，被可惡的機器人殺死了。」欣兒看到傑克的到來，立刻跑到傑克身前，靠在傑克的肩膀邊哭邊說著。「乖，欣兒，慢慢給哥哥講下事情的經過，雅絲尼的仇我一定會報的。」傑克拍著欣兒的頭，盡量溫柔的說著。從帶雅絲尼回來，傑克就給她安排到第九實驗室裡，並且從天使要塞那要來了未完成品德最終兵器少女們，那20個少女，帶到了雅絲尼的面前。傑克給雅絲尼的命令只有一個，就是把這些半成品盡量完善，爭取製造成像霞似的完整版的最終兵器少女。雅絲尼從來到第九實驗室後就開始全身心的投入到研究中，重整最終兵器少女的計劃書，根據欣兒等人的體格情況進行改造，每天都工作到下半夜。「昨晚雅絲尼姐姐正在給我們幾個調試新的功能，她說這個功能很強大，在實驗到一半的時候，我還在培養艙裡，突然聽到了一個槍聲，接著是雅絲尼姐姐的喊聲，我立刻敲碎了實驗槽，出來，看到雅絲尼姐姐全身中了五槍，白色的工作服已經被染成鮮紅，躺在地上，對面是個穿著服務員裝束的人。
我和幾個姐妹立刻變身，把那個開槍殺害雅絲尼姐姐的兇手制服，突然看見那個人的眼睛閃著非人類的紅光，接著那個人口中機械性的喊了句，啟動自毀程序，接著，那個殺害雅絲尼姐姐的人自暴了，灑了一地的機器零件，居然是個機器人的間諜。雅絲尼姐姐臨終的時候讓我轉告你一句話，叫你看她的日記本，白色的日記本，在她床頭枕頭下的日記本。」接著欣兒沉默了。「好，我會送你們休息的。」傑克再次拍了拍欣兒的頭部說道。「傳令下去，全人類進行檢測，每個人都給我好好的參加檢測，如果發現是機器身體，並且沒有相關的改造報告者，立刻給我關押起來。」傑克接著要過來手下的一個通訊器，向暗黑要塞的指揮部發出命令。自己實在是太大意了，竟然叫機器人混了進來，並且消滅了人類最強的武器研發系統的總指揮雅絲尼。那個在小百靈在秘密實驗室裡給自己留的禮物，擁有最終兵器少女完整版資科的雅絲尼居然被可惡的機器人間諜殺死了。也就是說，他將失去一個有力的武器，如同死神般的武器，霞的威力他可是親眼見到，那絕對不屬於人類的傷害力。上天收走了雅絲尼，最後一個對最終兵器少女計劃瞭如指掌的科研人員，傑克也失去了小百靈給他的最有力的武器，原本可以輕鬆製造一個團的完整版最終兵器少女，現今算上霞，也就只有21位。