袁紹棄官而去之後，董卓就更加囂張了。現在董卓可以毫無顧忌地進行他的廢立大計了。
三日之後，董卓請少帝與文武百官來到嘉德殿，說好聽是商議廢立皇帝，說難聽點就是他董卓一個人的意思。百官到位後，董卓手握寶劍，對百官言道：「當今天子闇弱，不足以君臨天下。今有策文一道，宜為宣讀。」董卓當即就命令李儒大聲讀出策文。
李儒張著他那特有陰險的嗓音道：「孝靈皇帝，早棄臣民；皇帝承嗣，海內側望。而帝天資輕佻，威儀不恪，居喪慢惰：否德既彰，有忝大位。皇太后教無母儀，統政荒亂。永樂太后暴崩，眾論惑焉。三綱之道，天地之紀，毋乃有闕？陳留王協，聖德偉懋，規矩肅然；居喪哀戚，言不以邪；休聲美譽，天下所聞，宜承洪業，為萬世統。茲廢皇帝為弘農王，皇太后還政，請奉陳留王為皇帝，應天順人，以慰生靈之望。」
董卓早已等得不耐煩了，等李儒讀完，董卓斥令御林軍扶少帝下龍位，沒收少帝臨時雕刻的玉璽，向北面長跪，稱臣聽命。又把何後從後面拉出來也一起跪在地上，少帝與何後抱頭痛苦，百官皆有不忍之色。
尚書丁管憤怒大罵道：「逆臣董賊，怎敢欺天之命妄談廢立天子大事，吾當以頸血濺之。」說完丁管就揮舞著象牙簡向董卓衝去，董卓下令武士將丁管推出去斬首。丁管罵不絕口，至死神色不變。
董卓處理完丁管之後所有的大臣都安靜下來了，沒有一個人敢出去發言。董卓哈哈大笑，請陳留王劉協登上帝位，百官朝拜完畢，董卓下令把少帝、何後與唐妃軟禁到永安宮，百官群臣沒有董卓的命令誰也不能進入。陳留王劉協，表字柏和，乃靈帝中子，登基後是為漢獻帝，改元初平，董卓為相國，贊拜不名，入朝不趨，劍履上殿，威福莫比。
就這樣，公元189年9月，董卓廢少帝劉辯為弘農王，立九歲的陳留王劉協為帝，是為獻帝。
董卓掌權之後，李儒就勸董卓重用當世名流，於是董卓就征當代名士蔡邕為官，但是蔡邕不想去，董卓恐喝道：「汝不來，當滅你九族。」蔡邕無法只好硬著頭皮上了，董卓見到蔡邕之後也被他的才學所懾服，一月三遷其官。
少帝、何後與唐妃被軟禁在永樂宮之後連最基本生活用度都極為缺少，一日少帝見一對燕子飛於庭中，少帝有感而發念出一首足以斷頭之詩：「嫩草綠凝煙，裊裊雙飛燕。洛水一條青，陌上人稱羨。遠望碧雲深，是吾舊宮殿。何人仗忠義，洩我心中怨。」有人把少帝的這首詩上報給董卓，董卓哈哈大笑道：「怨望作詩，殺之有名矣。」於是董卓就命令李儒帶領武士把少帝、何後、唐妃鴆殺於永樂宮之內。
袁紹也是不甘寂寞之輩，袁紹傳書與司徒王允道：「董賊欺天廢主，人不忍言；而公恣其跋扈，如不聽聞，豈報國效忠之臣哉？紹今集兵練卒，欲掃清王室，未敢輕動。公若有心，當乘間圖之。如有驅使，即當奉命。」王允得書之後大喜，召集幾個忠於漢室的大臣們商議，王允掩面痛哭道：「董卓欺主弄權，社稷旦夕難保。想高皇誅秦滅楚，奄有天下；誰想傳至今日，乃喪於董卓之手：此吾所以哭也。」百官聽後都掩面而哭。然有一人卻一撫掌大笑道：「滿朝公卿，夜哭到明，明哭到夜，還能哭死董卓否。」眾人視之乃驍騎校尉曹操也，王允大怒道：「汝祖宗亦食祿漢朝，今不思報國而反笑耶。」曹操道：「我非笑它事，我笑眾位大臣竟無一計殺董卓，操雖不才，願即斷董卓頭，懸之都門，以謝天下。」王允大喜道：「孟德有何妙計可除董賊。」曹操道：「近日操屈身以事卓者，實欲乘間圖之耳。今卓頗信操，操因得時近卓。聞司徒有七寶刀一口，願借與操入相府刺殺之，雖死不恨。」王允想要除去董卓獨攬大權怎會稀罕一柄寶刀，於是王允命人取來七星寶刀，遞給曹操道：「孟德果有是心，天下幸甚。」曹操一拔出七星刀一看，上面金光閃爍，七顆寶石熠熠發光果然不愧為絕世寶刀，曹操拿著七星刀向眾人拜別而去。
次日，曹操帶著七星刀來到相府，問家丁得知董卓正在午睡，曹操大喜，吩咐家丁不要驚擾董卓自己進去便是。家丁見曹操也是董卓的心腹也不阻止他，曹操徑直來到董卓面前，發現董卓正在睡覺毫無清醒之狀，於是曹操慢慢的拔出七星刀，一步步的向董卓逼近。眼看就要得手之際，呂布正牽著一匹馬進來，曹操也是個老奸巨猾之人，急忙跪地道：「操近得寶刀一把，特來獻於恩相。」董卓也慢慢醒來，轉身拿過寶刀一看見其刀長尺餘，七寶嵌飾，極其鋒利，果寶刀也。董卓命令呂布手下，董卓得刀大喜，帶著曹操來看呂布牽來之馬，曹操道：「果真西涼名馬，願借來一騎，不知恩相肯割愛否。」董卓得了曹操的七星寶刀了，現在曹操要求他送匹馬給他哪裡還會拒絕。董卓道：「孟德不用客氣，此馬就當贈你如何。」曹操大喜急忙牽馬出相府快馬加鞭往東南方而去。
曹操走後，呂布對董卓道：「義父，適來曹操似有行刺之狀，及被喝破，故推獻刀。」董卓也覺得可疑，正好這時李儒來了，董卓就把剛才之事告之李儒。李儒道：「操無妻小在京，只獨居寓所。今差人往召，如彼無疑而便來，則是獻刀；如推托不來，則必是行刺，便可擒而問也。」於是董卓就命令四名御林軍前去召喚曹操。御林軍回來道：「曹操不曾回府中，縱馬飛出東門而去。」
董卓大怒道：「我如此重用於他，他竟反要害我。」於是董卓下令遍行文書，畫影圖形，捉拿曹操，擒獻者，賞千金，封萬戶侯；窩藏者同罪。
此時，蕭言在臨淄得知此事，知道諸侯聯盟共討董卓之時快到了，於是蕭言下令沮授駐守北海，從北海招回太史慈，集合麾下眾人，隨後將大本營移至濟南，二十萬大軍駐紮在濟南等待時機。