明代初年，改諸路為府。洪武六年（公元1373年），分天下府為三等；糧二十萬石以上為上府，知府秩從三品；二十萬石以下為中府，知府正四品；十萬以下為下府，知府從四品。後來一律定為正四品。全國之府共有159個。每府設知府一人，同知（正五品）、通判無定員（正六品），推官一人（洪武三年始設，正七品）。下屬有經歷司，設經歷一人（正八品）、知事一人（正九品）。照磨所，設照磨一人（從九品），檢校一人。司獄司，設司獄一人。《明史amp;#8226；職官志四》說：「知府掌一府之政，宣風化，平獄訟，均賦役，以教養百姓。每三歲，察屬吏之賢否，上下其考，以達於省，上吏部」。同知、通判分掌軍紀、巡捕、管糧、治農，水利，屯田，牧馬等事。推官理刑名，贊計典。經歷、照磨，檢校，受發上下有關文書，磨勘六房宗卷。
明初選任府州縣官時都先賜給布疋、銀兩，稱為「養廉」，使其到任時能奉公守法，不致敲搾人民。《明會要amp;#8226；職官十三》引鄭曉《今言》載，洪武元年（公元1368年），明太祖詔中書省：「自今除府州縣官，賜銀十二兩，布六疋」。明太祖、明成祖都很重視地方官吏的選授，據《世法錄》記載：
洪武七年（公元1374年）諭吏部曰：古稱：「任官惟賢才」。凡郡得一賢守，縣得一賢今，如穎川之黃■、中牟之魯恭，何憂不治？今北方郡縣有民稀事簡者，而設官與繁劇同，祿入供給未免疲民，可量減之。
永樂元年（公元1403年），上謂吏部都察院曰：「為國牧守，莫切於守令。守令賢，則一郡一邑之民有所恃，而不得其所者寡矣，如其不賢，當速去之。然吏部選授之時，出於倉猝，未能盡其才。其令巡按監察御史及按察使，凡府州縣到任半歲之上者，察其能否廉貪之實，具奏。
明成祖還特諭吏部，府州縣官必須相對穩定，不能隨意更換、抽調或額外增加雜務，使他們能夠專心理民。
州有二種，即屬州和直隸州。屬州的待遇與縣同等，直隸州的待遇與府同等，但品秩相同。據《大政記》載，洪武十七年（公元1384年）八月，「詔州民戶不滿三千者皆改為縣，凡三十七州。」此外，全國尚有234個州。每州設知州一人（從五品），掌一州之政令，同知（從六品），判官無定員（從七品），視其州事之繁簡以供其職。凡面積不到30平方里的州，又無屬縣，不設同知、判官。有屬縣的，不設同知而置判官。州之屬吏還有吏目一人（從九品）。
吳元年定天下縣為三等：糧十萬石以下為上縣，知縣從六品；六萬石以下為中縣，知縣正七品；三萬石以下為下縣，知縣從七品。後來全部改為正七品。明代分全國縣共1，171個。每縣設知縣一人，掌一縣之政，《明史amp;#8226；職官志四》說：
凡賦役，歲會實征，十年造黃冊，以丁產為差。賦有金谷、布帛及諸貨物之賦。役有力役、雇役、借倩不時之役，皆視天時休咎，地利豐耗，人力貧富，調劑而均節之。歲歉則請於府，若省蠲減之。凡養老、祀神、貢士、讀法，表善良、恤窮乏、稽保甲、嚴緝捕、聽獄訟，皆躬親厥職而勤慎焉。若山海澤藪之產，足以資國用者，則按籍而致貢。
知縣之下有縣丞一人（正八品）、主簿一人（正九品）分掌娘馬、巡捕之事。其屬吏還有典史一人，管文書收發。若無縣丞，或無主簿，則分領丞簿之職（凡編戶不及二十里者，並裁丞簿）。
陰中期以前，州縣首官多從監生中選任。監生坐監後到吏部聽選，前後經二十多年，方得出身，至除授之時，年已五十以上，神志昏倦。又自認為在任不久便將黜退，升任的可能性很少，故受命之後，惟圖私利，沒有治民之心。從《明臣奏議》所見，當時有不少大臣上疏，建議改從進士、舉人中選拔年富力強、資質英俊者任地方官，但皆未能實行。據《夢余錄》所載，隆慶五年（公元1571年），穆宗才同意大學士高拱建議，從舉人中選任，就選者必稽其年貌。凡五十以上者，授以雜官，不得為州縣之長。
府縣的雜職尚有醫學，陰陽學，僧網司，道紀司。這些都是有官而無祿，是明代創製而為清代相沿不革。
關於地方學校考課之事，自宋代設提舉學事司始，元代則設儒學提舉司，都是地方高級督學之官職。各府、州、縣分設教授、學正、教諭。明初沿之，置儒學提舉司。洪武二年（公元1369年），詔天下府州縣皆立學。洪武十三年（公元1380年），改各州學正為未入流（以前為從九品）。二十四年（公元1391年），定儒學訓導位在雜職以上。三十一年（公元1398年），詔天下學官，凡在本籍任職者，一律改授旁郡州縣。
明代儒學，府設教授1人（從九品），訓導4人。州設學正1人，訓導3人。縣設教諭1人，訓導2人。教授、學正、教諭，掌教誨所屬生員，訓導協助其工作。
英宗正統元年（公元1436年）始設提督學校官，又有都司儒學（洪武十七年始置於遼東）、行都司儒學（洪武二十三始置於北平）、衛儒學（洪武十七年始置岷州衛），以教武臣子弟。俱設教授1人，訓導2人。河東又設都轉運司儒學，其制如府。
至於考選生員入學之事，明初本未設專官，中期以後，才由御史提督兩京學校，以按察司副使、僉事為各省提督學道。不僅生員，連府州縣教官也歸其考核
地方軍職
都指揮使司為明代地區軍事總機構，長官有都指揮使1人（正二品）、都指揮同知2人（從二品）、都指揮僉事4人（正三品），其屬有經歷司經歷（正六品）、都事（正七品）。斷事司斷事（正六品）、副斷事（正七品）、吏目各1人。司獄司司獄（從九品），倉庫、草場、大使、副使各一人。行都指揮使司，設官與都指揮使司同。長官之中有一人統司事，稱掌印，簡稱都司，位次在布、按兩司之上。《明史amp;#8226；職官志五》說：「都司掌一方之軍政，各率其衛所以隸於五府，而聽於兵部。」
衛指揮使司設官與京衛同。外衛皆統於都司及行都司。衛以下為千戶所，千戶所又轄百戶所。千戶所有正千戶1人（正五品），副千戶2人（從五品），鎮撫2人（從六品）。其屬吏目1人。千戶所轄百戶所10個，共有百戶10人（正六品），總旗20人，小旗100人。刑獄則歸鎮撫掌管。凡衛所皆隸於都司，而都司又分隸於五軍都督府。自衛所以下，其官兵多世襲，這是明代特殊制度之一。
都督府的都督名稱後來變為空頭的官階，而統兵之官則須別加總兵、副總兵、參將、游擊將軍、守備、把總等名目。《明史amp;#8226；職官志五》：「總鎮一方者為鎮守，獨鎮一路者為分守，各守一城一堡者為守備，與主將同守一城者為協守。又有提督、提調、巡視、備御、領班、備倭等名。凡總兵、副總兵一職均須有公、侯、伯、都督爵銜者充任。其總兵掛印稱將軍者，雲南曰征南將軍，大同曰征西將軍，湖廣曰平蠻將軍，兩廣曰征蠻將軍……其在薊鎮、貴州、湖廣、四川及儹運淮安者，不得稱將軍掛印。宣德間，又設山西、陝西二總兵。嘉靖間，分設廣東、廣西、貴州、湖廣二總兵為四，改設福建、保定副總兵為總兵，又添設浙江總兵。萬曆間，又在臨洮、山海增設總兵。至明代末年，總兵官增置繁多，不可勝記。總兵在明代本為無品級之差委，至清代則為正二品的正規武職。
此外，還有軍民府、土州、土縣，其官員設置，與府、州、縣制相同。