永樂十九年（公元1421年），明成祖遷都北京，改南京為留都。南京除了沒有皇帝之外，其他各種官僚機構的設置完全和北京一樣。南京所設立之六部稱「南六部」，雖同有一套職官，但多安置閒散退休或被排斥的官員，其職權遠不如北京六部。所以，南京各官自成一種勢力，與北京明爭暗鬥，兩京官員迭為消長，操縱朝局。這是明代的一種奇特現象。
明代六部所屬各清吏司之郎中、員外郎、主事等司官，皆為實際任職之人，所以頗能上下其手，招降納賄。
明代六部尚書往往不拘定額，可以添差，故有道士而任禮部尚書，工頭而任工部尚書的現象。
都察院
明代初年，沿元舊制，設御史台，洪武十三年（公元1380年）五月罷御史台。十五年改置都察院。這個機構為明代所創設的，與前代御史台之制不甚相同。都察院設左右都御史、左右副都御史、左右僉都御史及浙江、江西、福建、四川、陝西、雲南、河南、廣西、廣東、山西、山東、湖廣、貴州等十三道監察御史共110人。都御史為台長，與六部平行，合稱七卿。都御史之職，據《明史amp;#8226；職官志二》說：
都御史職專糾劾百司，辯明冤枉，提督各道，為天子耳目風紀之司。凡大臣奸邪，小人構黨，作威福亂政者，劾。凡百官猥茸貪冒壞官紀者，劾。凡學術不正，上書陳言變亂成憲，希進用者，劾。遇期覲，考察，同吏部司賢否陟黜。大獄重囚會鞫於外朝，偕刑部、大理讞平之。其奉敕內地，拊循外地，各專其敕行事。可見明代都御史的權力很大，凡官吏之考察黜陟則會同吏部、重大刑獄則會同刑部與大理院。其他各官署則分屬十三道監察御史稽察。監察御史充任的職務，遠比前代繁重。據《明史amp;#8226；職官志二》所載：
在內兩京刷卷，巡視京營、監臨鄉、會試及武舉，巡視光祿，巡視倉場，巡視內庫、皇城、五城、輪值登聞鼓。在外巡按（北直隸二人，南直隸三人，宣大一人，遼東一人，甘肅一人，十三省各一人），清軍，提督學校（兩京各一人，萬曆末南京增設一人）。巡鹽（兩淮一人，兩浙一人，長蘆一人，河東一人），茶馬（陝西）、巡漕、巡關、儹運、印馬、屯田。師行則監軍紀功，各以其事專監察。而巡按則代天子巡狩，所按藩服大臣、府州縣官諸考察，舉劾尤專，大事奏裁，小事立斷。按臨所至，必先審錄罪囚，吊刷案卷，有故出入者理辯之。
御史權重如此，所以選授也極慎重，自永樂八年（公元1410年）以後，規定御史必從進士及監生中有學識並通達治體者選任。《明會要amp;#8226；職官五》引《三編》載：
永樂七年（公元1409年），召御史張循理等二十八人至，問其出身，皆由進士及監生，惟洪秉等四人由吏。帝曰：「用人雖不專一途，然御史為朝廷耳目之寄，宜用有學識通達治體者。」黜秉等為序班。詔：「自今勿復用吏。」明年冬，申諭吏部，著為令。
御史之權既重，然處事若有差失，懲辦也極嚴厲。據《世法錄》記載，洪武十五年（公元1382年）五月，御史雷勵誤把良民判為徒罪。明太祖查獲其事，責之曰：「朝廷能使頑惡懾伏，良善得所者在法耳。少有偏重，民無所守。爾為御史，執法不平，何以激濁揚清，伸理冤枉？徒罪尚可改正，若死罪論決，可以再生乎？」並命法司論雷勵之罪，以示警戒。就連書寫失誤，也被認為不稱職而一例治罪。據《夢余錄》記載，宣德間，御史謝瑤在薦舉文牘上誤書被薦者姓氏，奏書上呈後，又自陳改正。宣宗謂吏部曰：「古人奏牘皆存敬慎，石慶書『馬』字缺點，懼及死。今薦賢不知其姓，豈能知其才？輕率如此，豈稱御史之職？」便把謝瑤貶為交阯大蠻縣知縣。宣德十年（公元1435年），宣宗又特諭都察院：「朝廷設風憲，所以重耳目之寄，嚴紀綱之任。近年以來，未盡得人，妄逞威福，是非倒置，風紀廢弛，令吏部：今後，初仕者不許銓除風憲。凡監察御史有缺，令都察院堂上及各道官保舉，務要開具實行，移咨吏部，審察不謬，然後奏除。其後有犯贓及不稱職，舉者同罪」。可見有明一代，對御史官的選授和督察是甚為嚴格的。