清廷利用趙強被俘的事情作足了文章。他們一方面在全國各地張貼告示，散發傳單，公告趙強已經投降了滿清，清廷已經封趙強為西南王；還讓各地的潛伏人員散佈謠言，說趙強在太平教中的權力被李剛、尚大勇他們篡奪，一怒之下投降了滿清；還有謠言說趙強早就做了清廷的奸細，當年就是他搶走了陳圓圓，又嫁禍給李自成，才逼迫吳三桂投降的清軍；也有謠言是說陳圓圓是清廷的臥底，李自成、吳三桂都是敗落在她的手上，這次趙強投奔滿清也是被陳圓圓的美色所誘惑，一時間謠言四起，世人議論紛紛，有信的、有不信的、也有疑惑不解的，但是漢人抗清的領袖到了滿人那裡卻是不爭的事實。清廷還模仿趙強的筆跡和語氣給各級太平軍的將領官員們以及南明朝廷的官員寫信，讓他們放棄抵抗，投降清軍。
趙強在太平軍內部和民間的威望甚高，他的失蹤給太平軍內部造成了極大的混亂，不少教眾心灰意冷，選擇了逃避，各地都有教眾和官員退出太平軍。南明小朝廷一直對太平軍的發展壯大心存顧忌，加上滿清已經提出要和他們議和，此時也抓住這個借口，下令限制太平軍的發展，各地的督撫也紛紛同太平軍劃清界限，開始限制境內太平教的發展，連盧象升和張曉東也對外聲明同趙強沒有瓜葛，南方的抗清陣營四分五裂，太平軍陷入孤立，士氣低落，戰鬥力急劇下降。
清軍則抓住這個難得的機會突然分三路發起了大規模的進攻，一路攻打四川的張獻忠，進逼貴州，一路進逼襄陽，威脅華中數省、一路由山東起兵，攻打江蘇，直接威脅南明小朝廷的首都南京。
這年九月，清軍西路軍攻佔四川，張獻忠兵敗自殺；十月清軍突破明軍的長江防線，將左良玉編練的南明新軍擊潰，一路南下，佔領南京；十月清軍重兵猛攻襄陽，一個月後，襄陽陷落，山西營全軍覆沒，盧象升兵敗自殺。兩個月後，太平軍在湖州大敗，後撤到雲南廣西，武昌陷落，湖北全境落入清軍的魔爪。
此次清軍南下的戰役由多爾袞親自指揮，他在滿清的貴族們的下，公然違抗皇太后的旨意，暗地裡恢復旗奴制度，為了鼓舞士氣，解決糧餉的供應，多爾袞命令前線將領就地解決兵員和糧餉問題，改變了以往不許擾民的宗旨，這等於為八旗兵劫掠百姓開了口子。八旗兵本就嗜殺成性，得到了上官的默許以後，如同聞到血腥的蒼蠅一般，變的更加瘋狂，每占一地都要大肆的燒殺搶掠，遇到抵抗強烈的城鎮，攻佔以後還將城中殺的雞犬不留，以示懲戒。清軍的殘忍行徑一方面激起了各地百姓的激烈反抗，另一方面也引起了以皇太后為首的一批朝廷大臣，尤其是漢臣們的強烈不安。皇太后以皇上的名義幾次對前線的八旗將士下諭旨，申斥殘暴殺害漢人的行為，但是那些驕兵悍將們有攝政王多爾袞撐腰，根本不把未成年的皇帝放在眼裡，依舊我行我素，暴行逾演逾烈！
前線的八旗兵到處劫掠財物，收穫頗豐，在京城的滿清王公貴族們看著眼紅，他們聯名給多爾袞寫信，強烈要求朝廷能准許他們在北方幾省以圈地的辦法來擴大領地和旗奴數量，以彌補在長年戰爭中造成的虧耗。多爾袞為了籠絡八旗旗主和王公貴族，答應了他們的要求，並指示戶部將北方各省比較肥沃的田地劃分給八旗旗主和貴族們，一時間圈地之風迅速在北方各省刮起來，大片田地被滿人強行霸佔，很多漢人被趕出家園，流離失所或者淪為旗奴，剛剛平靜了兩年的中原各省又急劇動盪起來。
多爾袞的所作所為已經完全背離了皇太極當初定下的基本國策，皇太后玉兒恨的咬牙切齒，但又奈何不了他，皇帝年紀尚小，還沒有親政，朝政都在多爾袞手中把持，各地的官員也都是由他任命，大清的兵權全部掌握在他手中，連同京師直隸的旗營也是多爾袞的親信擔任統領。玉兒跟隨皇太極多年，已經深諳治國之道，她知道如果這樣下去，大清即使打下了江山也會是千瘡百孔，根本就無法治理，滿清的結局或許會比崇禎的下場還慘，這個爛攤子幼小的皇帝是根本就收拾不了的。而多爾袞這麼做，其實是通過戰爭來向自己示威，來要挾皇帝退位！情急之下，皇太后想起了趙強，如果趙強能夠歸順，那就可以在朝中制衡多爾袞，如果趙強不肯降，那索性將他放了，讓他在野，也一樣能牽制多爾袞。