正當北方積極備戰準備大舉進攻的時候，南京的南明朝廷卻混亂一場。
本來史可法親臨揚州，穩定了忠於南明的大臣們在軍事上的地位；但他過早離開朝廷卻加速了一場政治危機的到來。因為史可法不在朝中，所謂「正人君子」便缺少一位足以同馬士英及勳貴集團抗衡的強有力的人物。
馬士英本來是駐守信陽的，可是他並不甘心僅僅做一個藩鎮，這位1619年的進士在掌握兵權以後野心迅速膨脹，但他本人並無足夠的軍隊來成大事，然而在朝廷勳臣中，馬士英很容易就找到足了夠的同盟者，其中最重要的是：操江提督誠意伯劉孔昭、南京提督忻城伯趙之龍。這些勳臣都是幫助朱元璋創建明朝的將軍們的後裔，他們對文官當權心懷不滿，將朱慈烺視為自己的保護人，將馬士英視為強大的盟友，希望恢復其家族自明初便已失去的某些權力。
雙方一拍即合，很快的馬士英就帶著大量的錢財來到南京拜謁各種官員，也開始結黨營私，和他的同盟者們商量如何剷除東林黨。
自從北京的高級官員紛紛湧入南京以來，大批東林黨人也在北京陷落後雲集南京。其中不少人，包括原來在崇禎時受到排擠的官員，此時頗受人們的歡迎，並被授以高位。
在弘光皇帝的五位大學士中，至少有兩人——張慎言和姜曰廣——是眾所周知的東林黨人。兩位左都御史徐石麒和劉宗周也明顯地屬於「正人君子」一黨：前者曾因黃道周而受到魏忠賢的指控和迫害；後者的名字即是東林黨所追求的剛正不阿精神的象徵。實際上，劉宗周接受弘光朝廷的職位，將意味著對朝廷賢明的認可，並進而證實其權威的合法性。
但當弘光帝登基之後，這位思想家決定不在朝為官。事情的起因在於新的科舉考試，為了鞏固自己的地位迅速招攬門人形成勢利以馬士英為首的保守集團即勳貴集團（主要包括各種皇室成員和歷代世系的爵爺）操縱了這次科舉考試，這其中最為關鍵的人物就是陳子龍。
自從受到皇帝的重用以後，陳子龍深感自己勢單力薄，與史可法他又格格不入，因為從前的底子不乾淨使得他覺得史可法等人總是高他一頭，所以當馬士英向他拋出橄欖枝的時候他欣然接受。
陳子龍不是傻子，他深知這次科考的重要性，畢竟這是朝廷南遷之後的第一次開科考試，同時這一次錄取的文人也將會在今後的政權中作為中堅力量，所以掌握這些人才是至關重要的。而由於皇帝的信任他得到了監考官的職權，這也正是馬士英頻頻向他招手示好的原因所在。
陳子龍深知自己的地位和能量，從他當初投靠魏忠賢的那一刻起，讀書人的禮儀廉恥已經都不重要了，他最看重的就是權利，有了權利就有了一切。因此他費盡了心機才偷到考試試題，並且將之有選擇性的告訴了馬士英等人，同時也召集了一些自己的門生故舊以及昔日「志同道合」的同窗，進以輔導，結果揭榜之日就成了馬士英和陳子龍等人最興奮的日子，他們這一系全線飄紅，而東林黨人大多名落孫山，即使有考中的名次也不靠前。
對於中了進士乃至狀元的這些人的學識，劉宗週一清二楚，他完全看出了這其中的貓膩，但是卻很難找到罪魁禍首，畢竟主考是張慎言和姜曰廣，他們是絕對不可能出現問題的，而陳子龍則沒有這種機會，並且這個年輕人一項老老實實（陳子龍深知槍打出頭鳥的道理，所以做人很低調，他和馬士英的聯絡都是秘密進行的）。對於這樣的難題劉宗周解決的辦法倒是很簡單，就是要求重新考試，但是這無疑是有損皇帝的威嚴的，馬士英等人以此為由力阻。年幼的朱慈烺是很容易受人左右的，尤其是史可法不在朝中，馬士英等人的氣焰立時囂張，所以他沒有同意劉宗周的意見。
或許是為了換取皇帝的重視吧，劉宗周決定以罷官相威脅，6月23日，他回絕了弘光帝請他出任左都御史的任命，返回了紹興老家。7月11日，大概是在得知皇帝不允許其推辭之後，他又離開了家鄉來到杭州。他三次上疏，不指名地譴責了皇帝周圍的一些大臣。而後，來到南京東面的丹陽，等待皇帝對其奏疏的答覆。就在這一時期，他為自己取號為「草莽孤臣」，以此表
明對已故皇帝而不是對建立南明的當今皇帝的忠誠，這一舉動，很容易被馬士英以「妄自尊大」的罪名加以指責，甚至可以因其不願到弘光朝廷作官，而被指責為大不敬。劉宗周這種除非皇上接受其建議，否則不願入朝為官的態度，可以被視為對馬士英或弘光帝本人的傲慢不恭，但對那些將其奉為楷模的「正人君子」來說，卻有著重大象徵意義。
一時之間由科舉而引起的紛爭驟然而起，因為東林黨無法向馬士英那樣取得軍隊的，為了否定這次科舉他們別無選擇，只好使出他們最拿手的政治手段：通過對官吏的銓選和品評來控制文官。大學士、東林黨人張慎言已是吏部尚書；另一位東林黨人，兵部左侍郎解學龍又推薦黃道周作吏部左侍郎，與張慎言呼應。
通過這一任命，東林黨人掌握了人事大權。於是，他們立即著手將其者安插於要職。例如：解學龍提議讓黃道周的最重要的政治盟友葉廷秀任戶部主事。
這種情況下馬士英自然不甘落後，他也迅速行動起來，一方面他堅持肯定科舉的必要性和公正性，以使得自己的黨徒竊據要職，另一方面對東林黨人試圖佔據政府重要職位的努力進行反擊。他阻撓對葉廷秀的任命，提議召勳臣劉孔昭入閣，使之成為第六位大學士，從而轉變朝廷最高層權力分配的現狀。
由於劉孔昭非科舉出身，又由於勳臣擔任大學士從無先例，吏部尚書張慎言輕而易舉地否定了這一任命。劉孔昭大怒，立即作出反應，推薦馬士英為大學士，這一舉措立刻得到皇帝的批准，馬士英輕鬆的擠入內閣。
1634年6月27日早朝時，劉孔昭又在勳臣趙之龍下，當著皇帝的面，對張慎言進行突然襲擊。他指責張慎言拒絕任用勳臣武將，而以推薦吳甡、鄭三俊等勾結李自成的罪臣為官的方式圖謀反叛。他還指責張慎言利用吏部的任免之權，在朝中安插親信，而被安插者又都與東林黨過往甚密。最後，這位勳臣對張慎言進行了人身攻擊，叫罵道：「皇上張慎言排斥武臣，結黨行私，非殺此老奸不可」
整個朝堂上現在都一下子靜了下來，隨著劉孔昭此言一出整個明爭暗鬥的黨爭變得白熱化和公開化，張慎言聽到這話簡直怒不可遏，只見他的胸部劇烈起伏，沉重的呼吸聲很多人都聽得到。
「皇上，既然劉大人說臣排斥武臣，結黨行私，非殺臣不可，那麼臣請辭吏部尚書一職，至於皇上殺不殺臣，還請皇上決斷，君要臣死，臣不得的不死！」最後的這幾個字說的擲地有聲，那分明就是給小皇帝看的，這完全就是和劉宗周走的一個路子，逼小皇帝就範。
「皇上，臣等也請辭！」劉宗周話音剛落，高弘圖與姜曰廣也同時出列要求辭職。
「眾位愛卿，何苦如此呢，如今國家正值危難之際，用人之時，愛卿都是兩朝元老了，當以國家社稷為重，劉大人不過是話說重了一些，你們大可不必在意！」小皇帝試圖以國家面臨的危難及他們在朝中的重要地位來說服他們。對此，高弘圖雖畢恭畢敬，但仍堅持己見：
「皇上，臣非為這一點小事辭官，而是臣反對如此不公地對待張慎言張大人，因為正是張大人任用了像劉宗周、黃道周這樣的正直之士。而此次科舉卻是選人不當應當重新考過，張大人不過是盡自己的職責罷了，卻被誣為排斥武臣，結黨行私，這實在是不公，值此動亂之秋，朝廷應適時而變，尤其是任免大學士這樣的高官，應按先帝舊制進行，由九卿會議決定，而不能由一二人專權。既然連這些都做不倒還有和公平可言，臣這官不做也罷！」
高弘圖所要求恢復的是一種集體協商的選官制度，即由皇帝召集朝廷大臣對被選人的優缺點進行評議，而後再決定任用與否。這是崇禎以前的制度，後來因為黨爭被崇禎廢除了。如今，新皇帝已經登基，高弘圖及其他正人君子的領袖們自然是希望恢復過去的制度，並企望由此恢復朝廷大臣的權力，擺脫由皇帝和權臣議定任免大臣的選官方法。因為這種舊有的方法雖有利於皇帝和權臣，卻勢必削弱六部言官及內閣的權力，失去公信力以及監督。
而另一方面，馬士英心底已經暗笑，在他看來這些書獃子們根本就不配玩政治，他最樂於見到的就是這種情況，這種正人君子們因為所謂的氣節威脅皇帝，殊不知在這個年齡的人都有一種逆反心理，尤其是像朱慈烺這樣的剛剛繼位的小皇帝，對權力的慾望是很大的，他看好的也正是這一點，才主張進一步強化皇帝和權臣對官吏的任免權。
「皇上，萬萬不可啊，用人應當以皇上您的判斷為主，同時有科舉輸送賢能的人才，這樣何愁我大明的江山不穩呢，用個別官員的例子責怪整個朝廷是不恰當的，也是不公正的。高弘圖等人漠視朝廷，也漠視皇上的威嚴應該得到處罰，否則還哪裡有皇上您的權威啊！」馬士英話音一落高弘圖立刻反駁說道：
「公開評議的選官制度有何不好，我認為這才是是公道的，經過群臣會議推薦不更光明嗎？總比某些人在背後偷雞摸狗的營私舞弊要好吧！」
「你說誰營私舞弊，高大人你可要把話說清楚，否則我告你誹謗誣陷朝廷大臣之罪！」馬士英立即反攻，表面上雙方爭論的是選官公正與否的問題，而實際上，問題的焦點在於究竟實行什麼樣的選官制度。
這一天的爭論並沒有得到什麼結果，皇帝還是接受了張慎言的辭呈，於是，張慎言離開了朝廷，而高弘圖與姜曰廣的辭呈沒有得到皇帝的批准，兩人不得不接著幹下去。
很明顯馬士英成功了，他的第一步計劃已經成功就看下面的了，馬士英堅持主張廢除經九卿評議選任大臣的制度是有目的的。他希望他的老朋友和者阮大鋮進入南明政府；他又深知要實現這一不得人心的甚至荒謬的任命，必須避開廷議，而直接取得皇帝的詔令。
阮大鋮自「南都防亂公揭」傳出後，一直過著隱居的生活。他閉門不出，對那些輕蔑地摒棄他的人恨之入骨。清軍攻佔北京和南明政權建立，對他來說，似乎是一次政治機會——因為一些反對過他的東林黨成員投降過大清，現在又有更多的人投考我的政權，這使東林黨的聲譽受到損害。同時，他的好友馬士英又成為南明政權中的重要人物。於是，阮大鋮奏上一道很長的「孤忠被陷之由疏」，表示願為弘光帝效忠。疏中聲稱，他曾私下勸阻其他人追隨魏忠賢，後來僅在1624年的很短一段時間內，與逆黨魏忠賢共事，此後他雖然得到一個官職，但只干了70天就隱居回鄉了。
在這孤傲、寂寞的放逐生活中，阮大鋮又遭到東林黨惡毒誹謗，然而（在某種意義上，這是阮大鋮打動朱慈烺的最重要的一點）正是這些曾攻擊他與一位皇帝寵臣勾結的人，竟為實際上殺死了皇帝的異族效力（在阮大鋮眼裡遼東及朝鮮政權也算作是異族，而我則成了不折不扣的民族敗類）。換句話說，許多過去的東林黨人成了為我服務的「偽官」。阮大鋮質問道：究竟誰是真正的忠臣？是站在弘光帝立場上的他，還是那些「貳臣」？
這道奏疏最初在反對阮大鋮的官員中沒有產生什麼影響，因為這些官員一直在南京任職，從未考慮過要對北京的同僚加以區別。但在1634年7月9日馬士英提名阮大鋮任兵部右侍郎時，呂大器上疏怒斥：
先帝血肉未寒，爰書凜若日星，而士英悍然不顧，請用大鋮。不惟視吏部如芻狗，抑且視陛下為弁髦。
從7月12日到7月20日，其他官員的奏章也雪片般地飛來，群起攻擊阮大鋮並抨擊這項提名。遠在揚州的史可法也對此事有所瞭解，他認為，阮大鋮入朝，會使十多年前的的黨爭重演，所以也對阮大鋮入朝強烈反對。
但馬士英及其同黨並未退縮，劉佐良從其駐地上疏彈劾呂大器「圖謀不軌」，以此迫其辭職，朝中，姜曰廣和高弘圖則不再參加內閣議政，並隨即一起辭職。由於這些人離開了朝廷，某些重要官員又被收買，馬士英終於在9月30日成功地得到了皇上的詔令，直接任命阮大鋮為兵部添注侍郎。
此次黨爭以馬士英的等人的勝利和阮大鋮入兵部而暫時宣告結束，但是一切遠遠沒有就這樣停歇，黨爭已經白熱化並且愈演愈烈。
當我從朝鮮回到北京的時候，得到了關於南京政權這次紛爭的全部信息，心中不由得感歎，都什麼時候了，南明朝廷還這樣黨同伐異，當真是老天都要亡明啊！畢竟緊靠史可法這樣的幾個忠臣是無法力挽狂瀾的，更為悲哀的是為了盡早平定天下，我不得不使出陰謀伎倆幫著馬士英算計這些「正人君子」們。
正人君子，什麼是正人君子呢，我肯定不是了，但是姜曰廣和高弘圖他們就算是正人君子麼，這些人太不知道變通了，更不知道手腕靈活，假如他們腦子活絡一些絕對不是這種結果的。
感歎歸感歎，陰謀詭計還要照樣進行，不能因為我的同情就停止了征戰天下的步伐，對於我來說南明朝廷是越亂越好，那些沒用的弄臣們官是越做越大才好。
悲哀啊，這個時代並不需要正人君子！
註：這些天來一方面要忙乎新書的更新，另一方面還要裝修房子，籌備婚禮，所以更新慢了，請大家見諒，獸醫一定竭盡全力保證更新。同時回頭看一看這部《獸醫》還有很多不足之處，幾天來更新的停止也使得我在不斷反思，獸醫寫道這份上，絕對是不可能再靠放點毒，弄些生化武器來取勝了，一個國家的建立，一種政治形勢的確立是需要很的，這也是獸醫更新減慢的原因，因為需要思考，需要反思，需要調整！
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