黃帝自得到清虛允諾相助之後便駕雲向有熊部落飛去，不日便已到達。黃帝降下雲頭走進議事廳，便著召集眾臣來議事。眾臣聞黃帝已回且相召議事，忙丟下手中之事向議事廳趕去，黃帝待眾臣到齊便說道：「老師已然應允到時相助，擋住刑天等三位大神通者，我等可即日興兵以圖一戰而定蚩尤，還天下百姓以安寧。」眾臣聞言大喜，忙各自去準備，不日大軍便整裝待發，黃帝在起兵前祝告天地曰：「今有九黎部落首領蚩尤，膻起刀兵，屠戮萬民，今我欲討之，蒼天保佑，我等一戰而定。」
黃帝再次領大軍討伐蚩尤，蚩尤得知後大怒，言道：「軒轅小兒屢犯我疆境，我還未曾伐他，他到先來攻我，今定不讓他生還。」說完也盡起大軍向黃帝迎去，雙方在涿鹿相遇，擺開陣勢一通大戰，卻是誰也奈何不了誰。蚩尤見狀對幾位大巫說道：「還請諸位兄弟助我。」眾大巫應道：「理當相助。」說完便各使神通向黃帝殺去，黃帝身後一眾修士也是各展神通，向幾位大巫殺去，雙方卻是再次僵持。蚩尤轉身對刑天、九鳳說道：「還是要請二位大人和相柳兄弟出手，擊敗軒轅帳下一眾修士，以便我軍戰勝軒轅。」刑天、九鳳、相柳點頭允諾，隨即和相柳向黃帝陣前殺去。
就在此時刑天三人聽見一個聲音說道：「三位都是有大神通之人，當知巫妖二族隕落，人族大興乃是天數，又何必助蚩尤與黃帝作戰，平白惹上因果。」刑天等三人聞言停下身形看去，只見一身穿月白道袍，頭戴紫金九宮冠的道人擋在三人身前。刑天仔細一看正是軒轅黃帝之師，道門首徒——清虛道君。
刑天開口說道：「清虛，你欲相助弟子，直說便是，又何必拐彎抹角說些廢話。」清虛聞言臉上微微一紅，隨即又說道：「刑天大巫卻是爽快之人，那貧道也不在做作。不錯貧道正是為相助弟子而來，此事與三位卻是本不相干，三位又何必趟這道渾水。」
刑天說道：「那蚩尤乃是我巫族大巫，又怎會與我等無關。今日你欲相助弟子，我等也不會罷手，還是做過一場再說。」清虛道：「貧道本不欲與三位為敵，奈何三位卻是執迷不悟。」刑天大笑道：「清虛，我也曾聽過你的威名，知道你神通廣大，號稱聖人之下第一人，今日我三人就來領教道君大法。」說完便操干戚與九鳳、相柳一起向清虛攻去。
清虛見狀忙一推頂上九宮冠，只見腦後現出一斗大的功德金輪，五條清氣翻轉而上在清虛頂上形成一半畝大小的慶雲，慶雲之上三朵斗大的青蓮浮於其上，青蓮之上托著一高萬丈的玲瓏寶塔。只見清虛伸手一指刑天三人喊了一聲「去」，就見那被青蓮托於其上的天地玄黃玲瓏寶塔從慶雲之上飛下，飛至刑天、九鳳、相柳三人頂上，絲絲玄黃之氣垂下，將刑天三人困於其中，這天地玄黃玲瓏寶塔乃是天下一等一的防守至寶，用之困人卻也是無往而不利。
刑天三人見自己被玲瓏寶塔所困，忙各自顯出原身，意圖將天地玄黃玲瓏寶塔打破，只見刑天化為一千丈高渾身經脈盤結的巨人左手握著長方形的盾牌，右手拿著一柄閃光的大斧，一下下向玲瓏寶塔砍去；九鳳乃是九首人面，鳥的身體，口中噴出一團團的死氣向寶塔上垂下的玄黃之氣飄去；相柳乃是一長著九個頭的大蛇，蛇皮上的花紋似虎斑，口中噴吐著毒液以圖將玄黃之氣腐蝕穿透。
可天地玄黃玲瓏寶塔作為後天第一功德之物天下一等一的防禦至寶，又怎麼會輕易被破，只見道道玄黃之氣絲絲垂下，連綿不絕。刑天三人怎麼都打不破天地玄黃玲瓏寶塔的防禦，清虛又見九鳳、相柳噴出的都是不潔之物，怕污了自己的寶物，便有把頭頂一拍，只見清虛頂上原本斗大的功德金輪變得巨大無比將天地玄黃玲瓏寶塔整個罩在其中，九鳳、相柳噴出的死氣和毒液被功德金光一照立馬化為無有。而清虛在將刑天等三位大巫困住之後卻也不在攻擊，只將其三人困住，不讓他們出去相助蚩尤。
蚩尤先前見刑天三人被清虛道君所阻，便知此戰刑天三人已然指望不到，便不再去看清虛與刑天之戰，只專心指揮和黃帝作戰，而此時雙方卻是僵持不下，誰也無法勝出，蚩尤見狀便將他一直雪藏的由一眾小巫和巫人組成的巫族數萬大軍派出，只見巫族大軍個個勇猛無比，且其身上都有法力，黃帝的軍隊卻不是對手，一下便落於下風，黃帝見狀大為著急，但卻也是無法可想，眼見黃帝大軍即將落敗。
突然，從九天之上降下一金甲神人，領著數萬天兵天將從天而降，將巫族大軍擋住廝殺，那神人轉首對黃帝說道：「小將奉昊天金閥無上至尊自然妙有彌羅至真玉皇上帝（又名玄穹高上玉皇大帝）之命前來相助人皇。
說完便領著一眾天兵天將向巫族殺去，黃帝麾下眾將士見天帝派兵相助自己一放頓時士氣大振，而蚩尤一方卻是士氣低迷，黃帝見狀忙揮陣一陣掩殺，將蚩尤九黎部落戰士殺的大敗，而天上玉皇所派之天兵天將也將巫族大軍殺敗。
蚩尤見狀不妙忙向遠方逃去，巫族一眾戰士見蚩尤已逃便也一轟而逃，幾位大巫也是見勢不妙轉身逃向遠方，九黎部落的戰士見大家都逃了，便也開始逃跑，終於演變成大潰逃。
黃帝見九黎大軍已敗忙揮軍掩殺，眾士卒個個奮勇向前，將九黎大軍打得潰不成軍，而黃帝也帶著一眾練氣士向蚩尤追去，蚩尤見無法逃脫便轉身接戰，只見眾位練氣士圍著蚩尤一陣狂攻，蚩尤不能抵擋忙轉身而逃，黃帝眾人也是繼續追，想要將蚩尤抓住。
每次當黃帝和一眾練氣士快要追上之時，蚩尤便放出蚩尤旗抵擋一陣，自己轉身就逃，如此眾人追不上，蚩尤也逃不脫。黃帝極為煩惱。就在這時從三十三天之外飛來一枚紅繡球砸在蚩尤身上，將蚩尤打暈，眾人忙上前將蚩尤按住，因巫族肉身神通無雙，眾人便欲將蚩尤琵琶骨穿透，廢其神通，以便關押，可那蚩尤乃是大巫之身，一身筋骨直如精鋼一般，眾人皆是束手無策。
黃帝突然想起自己接任人皇之位時人教教主太上老君曾送自己一把寶劍，說是可斷萬物。忙將那軒轅劍抽出，將蚩尤鎖骨刺穿，穿上龍筋，並捆綁一番送回大軍陣中關押。