明崇禎十四年八月二十二日，東印度公司駐巴達維亞爾，向大明軍隊投降，從這一刻開始，巴達維亞的主人，換成了中國人！
指揮奪取巴達維亞的鍾建，完全遵守了自己的諾言，他在巴達維亞進行了簡單的補給和休整，將整個的巴達維亞，包括俘虜在內全部交給了鄭森，而自己賊帶著部下和艦隊退回到了台灣和澳門兩處。
得到消息的鄭芝龍欣喜不已，本來他以為就算江南軍會把巴達維亞交給自己，也必然會在那拖上很長一段時候，等把荷蘭人的財富搜刮得差不多了才會離開，他絕對沒有想到江南軍會是如此的講信用。
可是對於鄭芝龍來說，得到巴達維亞究竟是福還是禍呢……
……
江南軍之伐罪軍連戰連捷，大破巴達維亞荷蘭紅夷，縱橫大海，揚威海外的赫赫戰功，傳到江南的時候，已經是崇禎十五年的新年了。
對於大明朝廷來說，這不是一個讓人快樂的新年。
松山決戰的失敗，已經直接危及大明江山之安危。大明在關外連戰連敗，已使穩固的寧錦防線處於瓦解之中。朝廷得此消息，京師大震。
按例，朝廷要追究喪地之責。吳三桂同其他各鎮將不能逃脫責任。但出乎意料的是，崇禎不但沒有追究吳三桂的責任，反而給他加升提督職銜。指示他收殘轉敗，把各鎮殘兵敗卒總歸吳三桂收拾集中，上緊整頓，徐圖再舉。
受到懲處地是王樸，以臨陣首逃之罪被逮捕，法司開庭審訊。這種不公平的處置引起朝廷輿論嘩然。御史郝晉上書：「六鎮罪同。皆宜死。」
他認為，六鎮總兵都應按逃罪處死，而朝廷只問罪王樸，卻不追論其餘五人之罪是不公平的。晉對此大為不滿，特別提到，「吳三桂實遼左之將，不戰而逃，奈何反加提督？」
兵部尚書陳新甲復議。向崇禎提出處理意見：只斬王樸，勒令總兵馬科立軍令狀，再有失誤必處死。吳三桂失地，也應斬首，但姑念其守寧遠有功，可與李輔明、白廣恩、唐通等貶秩，充為事官。
崇禎帝批准，立將王樸處決。吳三桂僅受到降級處分，仍守寧遠。職方郎中張若麒受到朝野譴責，要求重處死。旋即逮捕處以死刑，而兵部職方主事馬紹愉給予削籍的處分。
朝廷不追究吳三桂的死罪，予以寬大，絕不是隨意作出的，這有多方面地因素。吳家在遼東已佔據要津，是地方的一大實力派。繼松山之敗後。在這裡除了吳氏父子已無更合適的人選為朝廷固守這塊殘土。
顯然，朝廷不敢得罪吳氏，因吳氏父子尚有可利用的價值，朝廷中有吳氏的靠山，為其開脫，也不無作用。對比之下，王樸的地位，沒有吳三桂那麼重要。他所得軍功不顯，名曰總兵，但在朝廷中並無實際影響。他在關係明朝危亡的松山決戰中，帶頭逃跑。攪亂軍心，以致各鎮將紛紛傚尤。王樸的行徑惡劣，罪在不赦。按律處斬，人們無足惜。
當然，也不能把所有敗將都處死。問題是，獨斬王樸，而其他各帥只給以降級地象徵性處分，這就看出吳三桂等人與王樸在朝廷心目中的懸差的地位了。
吳三桂自知犯有逃罪，也許出於贖罪之念，他在松山戰後的第二年，即崇禎十五年三月，松山剛破，便與另一逃將白廣恩等率兵四千，試圖組織一次進攻。他們進至塔山紮營。塔山已處在清軍的圍困之中，吳三桂下令以一半兵力至高橋，與清兵遭遇，但不戰而退。
吳三桂此次軍事行動，大抵是試探清軍虛實，並非是尋找清兵展開戰鬥。
整整過了四天，崇禎十五年三月八日，祖大壽在完全絕望的情況下，願獻城投降。他向圍錦的清將諸王許下諾言：「我若歸順，寧遠亦可得也。」諸王准降。
祖大壽，這位大明的戰將，終於走出了這可恥的一步……
於是，錦州經一年的圍困，終於不戰而克。錦州一破，滿清諸王議取寧遠之策，當乘總兵吳三桂尚未交替之時，立即發起攻擊！
在這些滿清諸王看來，吳三桂犯有逃罪，肯定要被朝廷撤換，當乘其尚未撤換之時，利用祖大壽在寧遠地家屬與他的親屬關係，一舉奪取寧遠。
但是，吳三桂並不想降。和碩鄭親王濟爾哈朗與多羅睿郡王多爾袞奏報：他們曾派人到寧遠，想與祖大壽的兒子取得聯絡。守城官員知祖大壽已降，不許入城。派去的人被拒之城外，對城上喊話，城上守官沒聽幾句，就不予理睬。
松山、錦州相繼攻取，杏山、塔山日夕可破，清太宗和他的諸王、大臣便把注意力轉向寧遠。此城距錦州僅兩百里，騎兵瞬間可至。寧遠原先有錦州及松山諸城作屏障，明兵進退自如。而此時，寧遠已直接暴露在強大的清兵面前，駐守此城地明朝官兵已失去安全感。明朝謀臣、統帥最擔心的是，清兵隨時可以直驅城下，以圍錦的戰術來圍寧遠。
滿清內部確有人主張乘清兵大勝，迅速取寧遠。都察院參政祖可法、張存仁、理事官馬國柱、雷興等漢官向清太宗建議說：「今錦州既下，寧遠驚駭，山海潰亂，燕京震動，明總兵吳三桂以松、錦失守之故，既踏可殺之罪，今祖氏全歸，吳鎮自不能安，又必有脫死之術。祖氏之子婦在寧遠者，已心切來歸矣。況其為祖鎮之遺類，與其在門牆者，豈不畏死而求生乎！」
儘管滿清中有此主張。但明朝朝廷所擔心地事並沒有發生。因為皇太極還不打算乘勝加兵於寧遠，他以為處於驚慌失措中的寧遠明官兵無力抗拒清兵
，可以傳檄而定。
他在處理錦州明官兵及家屬時，特別強調，凡在錦州的原屬寧遠等處的官員，一律留養保全。不得傷害。他要用招撫地政策，不動干戈地得到寧遠。
同時，皇太極又派遣八旗兵屯駐於寧遠以西地大路，保持對吳三桂的軍事壓力。他指示在前線的諸王貝勒，寧遠之人，若欲歸順，令我軍入城，必索城中大員為質。命我兵嚴守城門，然後可入，不然，恐怕中了吳三桂地計謀……
時間一天天過去，已經到了四月，仍然看不出吳三桂投降的任何跡象。漢官張存仁再進取寧遠之策。這次，他不主張進兵寧遠，提出對寧遠採取和平攻勢，闡明政策，招之來歸。
他憶及當年守大凌河城時。屢次讀到皇太極的招降信，促使守城的將官包括他本人無不「動念」，最後獻城投降。他認為這是一個成功的經驗，特提醒清太宗當乘「今之寧遠正在倉皇無措之際」，速給寧遠吳三桂等人寫信勸降。
皇太極接受了張存仁地建議，立即以他的名義。分別給寧遠吳三桂諸將及被圍的塔山、杏山官兵寫信招降。特派刑部啟心郎額爾格圖趕往前線，將他的信件交圍城的諸王貝勒，由他們傳送各處。
皇太極寫給吳三桂的信，聲情並茂，並且提出了諸多的條件，諸如只要吳三桂肯降，保留他的全部官職，依舊讓他鎮守寧遠等等。
—
並且。為了成功勸降，他還讓降將，吳三桂的舅舅祖大壽給吳三桂寫了一封信。但出人意料的是，所有地信件送出去後。都如泥牛入海，再不見半分消息。
這一次，吳三桂還是表現出了自己的氣節，他戰敗當了逃兵，皇上不但不追究他的過錯，反而還嘉勉有餘，這讓吳三桂大是感動，堅定了將寧遠守下去的決心！
松山四城已失，大明岌岌可危，但真正將給予他們致命一擊的，卻還是那些在中原已成氣候的大股賊軍！
李自成在第一次攻擊開封失手之後，於崇禎十四年年底捲土重來。
十二月底地時候，李自成再次圍攻開封。
丁啟睿奉命率部三千人協防開封，但軍紀很差，戰鬥力也不強，李自成首先擊破這一部分明軍，奪佔了開封北門的甕城。知縣王變負責守北門，逃入北門的丁啟睿還有些殘部被關在北門外，於是向王變請求開門放這些人入城，王以為形勢危急，拒絕開門。
此時賊軍已經追到，和丁軍殘部在城下混作一團，守城官兵準備用火器射擊並結合火攻，丁啟睿怕誤傷城下自己人，堅決反對。王變明裡表示為難，暗地裡卻命令開火！
城下賊軍和丁啟睿殘部都遭到了重大殺傷，李自成見難以得手，急令撤退。
賊軍稍作修整，將大量火器調上已被攻佔的甕城，向北門城樓猛烈射擊，把城壁打得像篩子一樣。周王以重金賞賜，徵募勇士上城與李軍對射。官軍同時組織人手在城牆上築起防火器的掩體，加強了北門防守，穩定了人心。
此時正當冬季，夜裡有不少守城官兵凍死，城裡糧餉也不夠了，有些兵一整天吃不到一頓飽飯。周王前次圍城中已經捐了不少錢糧，這次大家雖然還想打他的主意，但都覺得不好意思開口，王變自告奮勇去找周王要錢糧。
周王本是個開通的人，加上得知福王在洛陽的慘死，毫不猶豫地又捐出白銀數萬兩以資軍用，開封守城官兵為此士氣大振。藩王積極，守城文武將官勇敢善戰，官兵士氣高漲，決定了開封不是一座可以輕易攻克地城市。
守城的河南巡撫高名衡，見賊軍連攻數日之後有所懈怠，遂於夜半挑選三千精兵夜襲闖營，殺人放火，李軍不備，很吃了些虧。等李自成嚴令加強戒備，大家半夜都瞪著眼睛提防劫營時，高名衡又不來了——要的就是讓攻城方疲憊不堪。
李自成又築炮台四座，直轟城上，守軍則在城牆頂築起防炮牆掩護，雙方互有攻守，一時僵持不下。
轉眼到了崇禎十五年的正月初一，李自成調集數萬精兵猛攻開封城，城上以葦草沃油點燃，拋到城腳，讓攻城方無法近前，許多人被燒死。有數十名賊軍登上城頭，但後續沒有跟上，全被守軍俘斬。
這是整個開封圍城戰中最慘烈地一仗，這天攻守雙方都付出了重大犧牲。接下來，李自成軍穴城、爆破，開封城牆坍塌了數十處，但守軍頑強防守，城池仍然無法被攻克。
守軍忙裡偷閒，也用重炮狙擊了李自成的帥帳，李自成本人命大當時不在帳中。由於左良玉等軍趕來增援，李自成於正月十四日撤圍，第二次開封攻守戰，持續了二十天。
左良玉一直尾隨在李自成後面，但總是保持距離，也不進攻。高名衡在城裡守得艱苦，就指望左軍前來解圍，但左良玉慢得像蝸牛。高名衡忍不住責問他：
「左將軍威震華夏，國家倚重為長城，可目前開封城危如累卵，您大軍近在咫尺，可怎麼老是不見人影呢？您胸有成竹，我們這些腐儒自然明白不了，不過萬一開封城陷，您將何以謝朝廷？」
左良玉回信訴苦：「我兵單弱。」這倒不全是托辭，左良玉雖然在明軍中算是比較強的一支部隊，但要和李自成決戰而勝之，確實沒有多大把握。
而他要貿然出擊失利，不但自己要倒霉，就是開封城也會丟得更快些。他只能耐心等待機會，等待李自成在開封城下師老兵疲，然後一戰破敵！