面對拉登的威脅，克林頓政府多管齊下。
美國政府指控拉登陰謀刺殺埃及總統穆巴拉克、羅馬教皇保羅二世。
克林頓還下達指令，要求所有的美國公司斷絕與拉登經營的公司作生意，並呼籲世界各國的有關公司和金融機構停止與拉登的貿易，凍結拉登的銀行賬戶。克林頓嚴正宣告，將組成國際統一戰線，誓與拉登決一死戰。而拉登的態度，卻是異乎尋常地強硬，甚至帶了幾分「我即真理」的義正辭嚴。
他說：「如果美國人指控我，我就要指控他們。我作好了上塔利班法庭的準備，只有他們才能指控我」。
美國試圖置拉登於死地，為12名遇害美國人報仇雪恨。美國人發射了巡航導彈，通過秘密渠道進行外交活動，還展開了大規模的海外刑事調查，據說是歷來最大的一次，但這些行動都沒有達到目的。拉登對美國人為消滅他所作的種種努力均嗤之以鼻。
他說：「我們穆斯林相信自己的命運」。
對拉登恐怖網絡的調查漸漸收網。
自從8月7日東非爆炸案以來，美國聯邦調查局加強了偵破工作，對凡是與本·拉登及其網絡有經濟和行動往來的人都進行了嚴格調查，不放過任何蛛絲馬跡。到9月底，美國情報機構掌握的線索已漸趨明朗。
8、9月間，美國與國際間的合作使許多恐怖主義分子被認為是拉登在歐洲和美國的同夥相繼被捕，這表明美國對拉登東非網絡的調查已初見成效。
在美國駐肯、坦兩使館發生爆炸的當天，巴基斯坦情報部門在卡拉奇國際機場逮捕了一名32歲的男子穆罕默德·薩迪克·歐登。歐登持偽造的也門護照，他企圖利用行賄海關人員的手段混人巴基斯坦。
歐登被捕後，向巴基斯坦警方坦白了他在內羅畢爆炸一案中的所做所為。他說他是一個由7人組成的伊斯蘭激進團體的成員，他們的活動經費由拉登供給，他們這次為製造美國大使館爆炸案的「同志」提供了技術幫助，所用的開銷全部是拉登資助的，歐登負責技術工程。
據報道，歐登曾是出生於約旦的巴勒斯坦工程師。1990年在阿富汗結識拉登，之後於1994年被派往肯尼亞，從事在非洲在的反美活動。
薩迪克·歐登供認，他原籍巴勒斯坦，其餘參與這兩起爆炸案的人都已安全越過巴基斯坦邊境進入阿富汗，他們將在那裡與拉登會合。在非洲兩起大爆炸案發生之前，他們接到嚴厲的密令：互相協助，盡快從肯尼亞撤離，到卡拉奇靜候消息。
歐登還承認，他曾在菲律賓和約旦多次執行拉登的指令。
歐登被捕後於8月7日被引渡到肯尼亞，然後再從肯尼亞引渡到了美國。巴基斯坦外交部長在星期四的記者招待會上說：「我們會盡我們的責任繼續與恐怖主義鬥爭，在這個方面我們會繼續扮演積極的角色。」
在問及拉登的問題時，巴外長說：「如果拉登真的捲入恐怖主義行動，我們是不會支持他的這種行為的。」但當記者問他，是否美國要求巴基斯坦採取特殊行動協助追捕拉登時，他又環顧左右而言它，回答僅僅是：「我們已經討論過這個問題了。」
聯邦調查局還與肯尼亞警方合作，逮捕了炸彈攻擊美國大使館的另一名嫌疑犯——本·拉登的同夥穆罕默德·歐哈里，歐哈里也是在爆炸當天被捕的。當時他在內羅畢乘坐著一輛裝滿炸藥的卡車，打算在爆炸中自殺。他被認出是爆炸前幾天在大使館門前攝像的那個人。同時有人認出，他向大使館保安投擲炸彈。
歐哈里向美國聯邦調查局詳細交代了他的情況，他曾在阿富汗的訓練營接受過爆炸、劫機、綁架的訓練。
9月7日，菲律賓警方也逮捕了兩名屬於拉登恐怖主義網絡的疑犯。據《馬尼拉時報》報道，這兩人是在週一早上於尼洛國際機場被捕的，當時他們持有偽造的希臘護照、
據說假護照是他們在曼谷花2000美元買的，他們使用真名登機，在下飛機時換上假護照，機場方面報告沒有任何希臘乘客的記錄。
當時機場安全工作極其嚴密，因為警方接到的情報說，有4名拉登手下將持歐洲旅遊護照入境，警方還懷疑這兩人參與策劃了炸毀馬尼拉的美國大使館。
9月初，有人在一架降落於科威特的飛機上的洗手間裡發現一張紙條。紙條的內容是威脅要炸毀馬尼拉的美國大使館，上面用英文寫著：「菲律賓的美國大使館將於1998年9月4日爆炸。」
這家大使館幾周來一直處於警戒狀態。
那幾天來一直接到威脅信的海景酒店也實施了嚴格的防範措施，這家五星級的大酒店向安全人員提交了一份備忘錄，備忘錄上印有60名恐怖主義嫌疑犯的姓名與照片。
被捕的還有穆罕默德·薩利姆和瓦迪·艾爾哈基。9月19日，《華盛頓郵報》引述美國政府人士的談話報導，德國警方已於16日逮捕了本·拉登的激進伊斯蘭教組織的一名主要成員，美國官員也已在紐約秘密對此人提起刑事訴訟。郵報指出，逮捕這名涉嫌的恐怖分子，是最近執法當局對效忠本·拉登的全球組織所採取的一連串行動的一部分。
消息人士說，此人名叫馬姆杜·穆罕默德·薩利姆。薩利姆是拉登手下的高級軍官。德國反恐怖主義警察在接到美國特工的線報後將他逮捕。他被指控為拉登的財政副手，並負責對拉登的手下進行訓練和裝備。
薩利姆還成立了在阿富汗。巴基斯坦和蘇丹的恐怖主義訓練營，並試圖獲取非常規武器，包括核武器部件。
據《華盛頓郵報》報導，聯邦調查局和中央情報局都曾協助巴伐利亞警方逮捕薩利姆，一名美國官員說他是本·拉登的主要金融助手，同時也協助採購武器。
這位官員又說：「這是一項重大的逮捕行動，對本·拉登的組織是一大打擊——雖然不會消除他的組織，但是當他失去一名高級成員之後，這是一項衝擊……這裡的人都非常高興。」
美國司法部門的官員表示，尋求逮捕薩利姆的秘密拘票是最近在曼哈頓提出的，但是他們拒絕說明薩利姆是否為炸彈攻擊美國駐東非大使館的嫌犯之一。
9月16日晚間，聯邦調查局逮捕了一度擔任過本·拉登私人秘書的一名德克薩斯州男子瓦迪·艾爾哈基。瓦迪·艾爾哈基是住在德克薩斯的美國公民，他在流亡蘇丹期間擔任過拉登的私人秘書。他被指控對美國聯邦調查局撒謊，有證據證明他參與了大使館爆炸案。
17日下午，聯邦檢察官也公佈了對本·拉登的另一名同夥提起的刑事訴訟，他涉嫌協助執行用炸彈攻擊美國駐內羅畢大使館的行動，目前仍然在逃。
烏干達警方在9月中旬逮捕了18名屬拉登恐怖主義網絡的嫌疑分子。據烏干達政府報紙報道，地方安全官員指認其中兩人涉嫌內羅畢和達累斯薩拉姆美國大使館的爆炸案，美國聯邦調查局官員隨即前往烏干達偵訊這些嫌犯。
烏干達是在接到美國情報後於9月17和18日逮捕了這18人的，警方懷疑他們策劃襲擊坎普拉的美國大使館。據報道，警方搜查出大量炸藥，其中一個炸彈竟有一噸重。
被捕者向警方舉報了其他在坎普拉和鄰近地區的同黨。警方在其中幾位身上搜出一些關於恐怖主義團體活動的書面材料，其中一位嫌疑分子是一個穆斯林慈善團體的財政秘書。
9月底，英國警方在一次反恐怖主義的聯合行動中，也逮捕了7名屬於拉登網絡的嫌疑犯。據英國廣播公司（BBC）報道，此7人有「中東血統」。
這次逮捕的7人中，其中一人名叫艾爾·法瓦茲，據說是沙特異黨分子駐倫敦的代表。在最近的一次採訪中，法瓦茲申稱自己與拉登相交甚密。他認為拉登是一個「智慧而和善的人」。
根據英國法律，這些嫌疑犯可在沒有控訴罪名以前，接受4天的詢問。蘇格蘭法院聲稱，英國新法不適用於這次逮捕。新法中規定，在國外策劃恐怖主義行動在英國也是一項犯罪，而這次是根據1989年的反恐怖主義法對此7人進行逮捕的。
不管新法是否適用於這次逮捕，英國方面保證，恐怖主義團體將比以前更難在英國找到安全的土壤。目前英國約有400個穆斯林組織，其中一些與恐怖組織有關的正在接受調查。
此外，美國國務院和聯邦調查局並已懸賞兩百萬美元，緝捕被控攻擊美國駐肯尼亞大使館的另一名本·拉登信徒哈隆恩·法茲爾，法茲爾被控在內羅畢爆炸案中起關鍵作用。
據報道，法茲爾在炸彈組裝地租了一幢別墅，並在那裡策劃襲擊行動。爆炸發生一周後，他設法在聯邦調查局找到他住所以前，乘飛機逃走。他現在藏身於阿富汗。
這些被捕者透露了拉登龐大的世界範圍的恐怖主義網絡，他們的同黨遍及西方國家及中東和非洲。這些國家或地區包括：蘇丹、沙特、也門、索馬裡、阿富汗。巴基斯坦、波斯尼亞、克羅地亞、阿爾及利亞、突尼斯、黎巴嫩、菲律賓、塔吉克斯坦、克什米爾、肯尼亞、美國等。
這些行動表明，美國試圖摧毀拉登在世界範圍的恐怖主義網絡的行動已初見成效。從目前取得的進展看，這些努力並不只局限於軍事領域，美國最大的成功是在情報與國際合作方面。儘管最近的反恐怖主義行動取得了重大進展，然而這對拉登今後將要採取行動的能力有多大影響並不明確。但無論如何，這些進展象徵著國際間合作可取得怎樣的成果。
國際恐怖主義的毒菌在世界各地的蔓延，引起了各國政府和國際社會的普遍關注和憂慮。一時間，研究恐怖主義問題成了一項熱門學問。一批研究機構應運而生，一批學術著作和論文相繼問世。不少專家從政治學、法律學、軍事學、社會學、行為學、心理學等不同角度探討了恐怖主義產生的根源及特點，為解決恐怖主義問題出謀劃策。
受到國際恐怖主義威脅的各國政府日益把對付恐怖主義作為一項重要的工作。不少國家新執政的政黨和領導人都把解決恐怖主義問題作為自己的施政目標，恐怖主義成為各國政府志在必除的心腹之患。在各國政府的努力下，一支支令恐怖分子聞風喪膽的特種部隊建立起來了，一項項打擊恐怖分子的法令與政策措施開始執行了，近20年來，暗殺、綁架、劫持人質等侵害人身安全和自由的國際恐怖事件不斷發生。為了防止和懲治這類恐怖活動，國際上制訂了一些條約，其中屬於區域性的有：1971年2月2月簽訂的《美洲國家組織關於防止和懲治恐怖主主行為公約》；1976年10月10日簽訂的《歐洲制止恐怖主義條約》。屬於普遍性的有：1973年簽訂的《關於防止和懲處侵豁應受國際保護人員包括外交代表的罪行的公約》；1979年通過的《反對劫持人質的國際公約》……這些都有效地遏制了恐怖主義無限上升的勢頭。
與此同時，世界許多國家開始謀求國際性的合作，召開了一系列的國際性會議，制定了一系列的雙邊和多邊協議，頒布了不少反恐怖主義的國際公約。各國的情報部門和反恐怖部門緊密配合，協同作戰，一張圍剿國際恐怖主義的巨大羅網在世界範圍鋪開。國際間正在加強反恐怖合作，力圖形成一個堅強的世界範圍內的反恐怖聯盟。